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生物炭和秸秆改良剂促进盐渍灌溉棉田中微生物对磷动态的调节
咸水滴灌是解决干旱地区淡水短缺问题的一个潜在解决方案。然而，长期使用会使土壤盐分积累并降低磷 (P) 的有效性。生物炭和秸秆改良剂已被证明可以减轻这些影响，但它们在调节长期咸水灌溉下参与磷转化的微生物基因方面的机制仍不清楚。本研究旨在评估生物炭和秸秆掺入对盐灌棉田土壤微生物群落结构和磷有效性的影响。基于 14 年的田间试验，开发了三种处理方法：仅咸水灌溉 (CK)、咸水灌溉加生物炭 (BC) 和咸水灌溉加秸秆 (ST)。结果表明，这两种改良剂都显著提高了土壤含水量、有机碳、总磷、有效磷和无机磷组分 (Ca 10 -P、Al-P、Fe-P 和 OP)，同时降低了土壤电导率和 Ca 2 -P 和 Ca 8 -P 组分。生物炭增加了 Chloro flexi、Gemmatimonadetes 和 Verrucomicrobia 的相对丰度，而秸秆则促进了 Proteobacteria 和 Planctomycetota 的丰度。两种处理均降低了几种 P 矿化基因（例如 phoD、phoA）的丰度并增加了与 P 溶解相关的基因（例如 gcd）。相关性研究表明，微生物种群和 P 循环基因与土壤特性紧密相关，其中 Ca 2 -P 和 Al-P 是重要的介质。通常，在长期含盐灌溉下，生物炭和秸秆改良剂可降低土壤盐分，提高土壤 P 的有效性，降低磷循环相关微生物基因的表达并改善土壤特性。这些结果使它们成为可持续土壤管理的绝佳技术。
通过变性梯度凝胶电泳分析聚合酶链反应扩增的基因编码复杂微生物种群
我们描述了一种分析复杂微生物种群遗传多样性的新型分子方法。该技术基于通过变性梯度凝胶电泳 (DGGE) 分离编码 16S rRNA 的聚合酶链式反应扩增基因片段，这些片段的长度相同。对不同微生物群落的 DGGE 分析表明，分离模式中存在多达 10 个可区分的条带，这些条带很可能来自构成这些种群的许多不同物种，从而生成了种群的 DGGE 图谱。我们表明，可以识别仅占总种群 1% 的成分。使用针对硫酸盐还原菌 16S rRNA 的 V3 区特异性的寡核苷酸探针，可以通过杂交分析识别某些微生物种群的特定 DNA 片段。对在有氧条件下生长的细菌生物膜的基因组 DNA 进行分析表明，尽管硫酸盐还原菌具有厌氧性，但它们仍存在于这种环境中。我们获得的结果表明，该技术将有助于我们了解未知微生物种群的遗传多样性。
抗菌药物处方 - 泌尿道感染（复发性）
雅培雅培实验室阿克拉姆医疗中心肢端骨发育不全支持与研究行动肾癌 Advanz Pharma 抗菌药物处方、耐药性和医疗相关感染咨询委员会 AHRO 学术研究中心安特里大学医院 NHS 基金会 Airedale 远程医疗数字护理中心 Alder Hey 儿童 NHS 基金会 Alexin 医疗保健 CIC 全威尔士儿科节制论坛 Amdipharm Mercury Company Ltd 安奈林贝文大学卫生委员会抗菌药物工作组，Aneurin Bevan UHB ARHAI Aspire Pharma 节制咨询协会青少年健康协会救护车首席执行官协会英国及爱尔兰麻醉师协会母乳喂养母亲协会儿童糖尿病临床医师协会英国临床心理学家协会儿童服务总监协会实验室医学协会 B. Braun Medical Ltd BAME HEALTH COLLABORATIVE 巴恩斯利医院 NHS 基金会巴斯和东北萨默塞特、斯温顿和威尔特郡 CCG BD Medical - 参见 Becton Dickenson BD UK Ltd BDA 孕产妇和生育营养专家组 Beat Kidney Stones Beckman Coulter Becton Dickinson Bedford 医院 NHS 信托 Belfast 健康与社会保健信托 BHR Pharmaceuticals Ltd 伯明翰儿童医院 NHS 基金会信托 英国膀胱和肠道协会 英国膀胱健康协会 BMJ 技术评估组 BNF 出版物 波士顿科学 Bourne Hall 健康中心 布拉德福德区护理信托 英国社区儿童健康协会 英国儿科肾脏病协会 英国性健康和艾滋病协会 英国普通儿科协会 英国儿科肾脏病协会 英国围产期医学协会 英国整形重建和美容外科医生协会 英国游戏治疗师协会 英国社会工作者协会 英国泌尿外科外科医生协会 英国泌尿外科外科医生协会 英国老年医学会 英国感染协会 英国医学协会
生物学与化学学院的土壤分子微生物科学与工程学院的全额资助
科学，瑞安学院的申请邀请了合格的合格候选人，从2024年9月开始，从2024年9月开始，隶属于科学与工程学院，生物学与化学科学学院，瑞安大学瑞安学院。与盖尔韦大学的Alexandre de Menezes博士（分子微生物生态学和土壤微生物学）组合获得了一项完整的4年博士学位奖学金。作为该项目的一部分，将分析影响土壤一氧化二氮排放的微生物过程。该项目将包括分子生态技术，DNA和RNA测序，分析化学（气相色谱和质谱法）和机器学习方法。项目描述。农业土壤是温室气体（GHG）排放的重要来源。要控制农业温室气体排放，必须了解产生它们的生物学过程。该项目将研究一个被忽视的过程，该过程会影响土壤微生物氮循环，这是有效的温室气体氧化二氮的主要来源之一。我们的长期视野是利用土壤的自然硝化抑制过程，以减轻土壤一氧化二氮，并支持低排放，可持续农业。博士生将与博士后研究员和研究助理紧密合作。生活津贴（津贴）：€22,000欧元每年的大学费：学费将支付4年。成功的候选人将进行土壤缩影实验，并使用分子生物学，微生物组测序，射击枪宏基因组学和元文字组学来表征土壤气体与土壤碳和氮气循环之间的关系。开始日期：2024年9月至2024年10月（可以协商）。学术入学要求：生物学，微生物学，生物化学，环境科学，生态学或相关领域的BSC和/或MSC。候选人必须具有良好的学术英语写作和口语能力。对宏基因组学，生物信息学，机器学习和环境可持续性的强烈兴趣将是一个优势。申请奖学金：请发送您的简历，一份利益声明，包括先前的研究经验的摘要（最多1页），成绩单的副本和至少两名裁判的联系方式到Alexandre.demenezes@universityofgalway.ie。联系人名称：Alexandre de Menezes博士。联系电子邮件：Alexandre.demenezes@universityofgalway.ie。应用程序截止日期：12/07/2024 at 23:59
从蔬菜中分离微生物污染物
抽象蔬菜是植物的可食用部分。蔬菜微生物变质的发生被认为是对人和动物的潜在健康危害的根源。该研究的重点是隔离微生物，尤其是细菌和真菌与销售蔬菜。样品，并使用标准的微生物学分析来分离细菌和真菌。分离出的八个细菌分离株是Brevibacillus brevi，枯草芽孢杆菌，branmehamlla cattarhalis，Escherichia coli，Salmonella Typhi，Pseudomonas atruginosa，Serrratia Marcscen和Chaphyloccus sp。也分离出四个真菌分离株；曲霉曲霉，尼日尔曲霉，青霉人SP，糖疗法sp。胡椒（Capsicum Annuum）的细菌计数最高（6.53×10 9 CFU/mL），而Shoko（Argentia celosia Argentia）的真菌计数最高（5.45×10 9 CFU/mL）。在这项研究中，这些蔬菜的真菌和细菌污染的高流行率在耕种，收获，运输或销售时描绘了对这些食物材料的卫生处理。因此，需要通过适当清洗和消毒这些产品来保护最终消费者的健康，这些产品以其原始形式消费。键盘：细菌分离株，微生物负荷，蔬菜。简介蔬菜一词在15世纪初首次用英语记录。它来自旧法国，最初用于所有植物。在生物学环境中，这个词仍然在这种意义上使用。它源自中世纪的拉丁植物，意为“成长”，“繁荣”（沃顿，1970年）。蔬菜是植物的可食用成分。这通常意味着植物的叶子，茎，灯泡，种子和根。但是，蔬菜一词不是科学的，其含义主要基于烹饪和文化传统（ICMSF，1986； Bankefa，2013； Akinyele等al。，2013年）。蔬菜是食物的重要保护成分，对维持健康和预防疾病非常有益。它们含有不同比例的维生素，例如维生素A，K，B6，Provitamin，饮食
关于合成微生物群落（Syncom）生物传感器
合成微生物群落（Syncom）生物传感器是一种有前途的技术，用于检测和响应环境线索和靶分子。Syncom生物传感器使用工程的微生物来创建一个更复杂和多样化的传感系统，从而使它们能够以增强的灵敏度和准确性对刺激做出反应。在这里，我们给出了Syncom生物传感器的定义，超越了他们的建筑工作，并讨论了当前的生物传感技术。我们还强调了开发和优化Syncom生物传感器以及在农业和食品经营中的潜在应用，生物治疗发展，家庭感应，城市和环境监测以及One Health Foundation的挑战和未来。我们认为，Syncom生物传感器可以实时和遥控的方式使用，以感知不断动态的环境的混乱。
微生物取证和计算生物学
[19] Kunin，V.，Copeland，A.，Lapidus，A.，Mavromatis，K。，＆Hugenholtz，P。（2008）。宏基因组学的生物信息学指南。微生物学和分子生物学评论，72（4），557-578。[20] Jolley，K。A.，Chan，M。S.，＆Maiden，M.C。（2004）。MLSTDBNET分布的多洛克斯序列键入（MLST）数据库。BMC生物信息学，5（1），86。[21] Enright，M。C.和Spratt，B。G.（1999）。多焦点序列键入。微生物学的趋势，7（12），482-487。[22] Healy，M.，Huong，J.，Bittner，T.，Lising，M.，Frye，S.，Raza，S。，＆Woods，C。（2005）。通过自动重复序列的PCR键入微生物DNA。临床微生物学杂志，第43（1）期，199-207。[23] Vergnaud，G。和Pourcel，C。（2006）。多个基因座VNTR（串联重复的可变数量）分析。分子鉴定，系统学和原核生物的种群结构，83-104。[24] Van Belkum，A。（2007）。通过多焦点数量的串联重复分析（MLVA）来追踪细菌物种的分离株。病原体和疾病，49（1），22-27。[25] Vergnaud，G。和Pourcel，C。（2009）。多个基因座变量串联重复分析数。微生物的分子流行病学：方法和方案，141-158。[26] Fricke，W。F.，Rasko，D。A.和Ravel，J。（2009）。基因组学在鉴定，预测和预防生物学威胁中的作用。PLOS Biology，7（10），E1000217。[27] Wu，M。和Eisen，J。A.（2008）。95-100）。一种简单，快速且准确的系统基因推断方法。基因组生物学，9（10），R151。[28] Liu，B.，Gibbons，T.，Ghodsi，M。和Pop，M。（2010年12月）。隐式：元基因组序列的分类分析。生物信息学和生物医学（BIBM），2010年IEEE国际会议（pp。IEEE。 [29] Wang，Z。，＆Wu，M。（2013）。 门水平细菌系统发育标记数据库。 分子生物学与进化，30（6），1258-1262。 [30] Darling，A。E.，Jospin，G.，Lowe，E.，Matsen IV，F。A.，Bik，H。M.，＆Eisen，J. A. （2014）。 系统缩影：基因组和宏基因组的系统发育分析。 peerj，2，e243。 [31] Taberlet，P.，Prud'Homme，S.M.，Campione，E.，Roy，J.，Miquel，C.，Shehzad，W。，＆Melodelima，C。（2012）。 土壤采样和细胞外DNA的分离，适用于大量的起始材料。 分子生态学，21（8），1816-1820。IEEE。[29] Wang，Z。，＆Wu，M。（2013）。门水平细菌系统发育标记数据库。分子生物学与进化，30（6），1258-1262。[30] Darling，A。E.，Jospin，G.，Lowe，E.，Matsen IV，F。A.，Bik，H。M.，＆Eisen，J.A.（2014）。系统缩影：基因组和宏基因组的系统发育分析。peerj，2，e243。[31] Taberlet，P.，Prud'Homme，S.M.，Campione，E.，Roy，J.，Miquel，C.，Shehzad，W。，＆Melodelima，C。（2012）。土壤采样和细胞外DNA的分离，适用于大量的起始材料。分子生态学，21（8），1816-1820。
引用了原始发表的论文（记录的版本）：Blöbaum，L。，Torello Pianale，L.，Olsson，L。等（2024）。量化微生物鲁棒
抽象背景微生物必须对其环境变化做出反应。分析函数的鲁棒性（即性能稳定性）这种动态扰动在实验室和工业环境中都引起了极大的兴趣。最近，一种能够评估各种功能的鲁棒性的定量方法，例如在不同条件，时间范围和种群中为在96孔板中生长的微型ISM开发了各种功能的鲁棒性。在微静电板中，环境变化缓慢且未定义。动态微型单细胞培养（DMSCC）实现了微环境的精确维护和操纵，同时使用活细胞成像随着时间的推移跟踪单细胞。在这里，我们将DMSCC和鲁棒性量化方法结合在一起，以评估在几秒钟或几分钟内发生变化的性能稳定性。结果，酿酒酵母CEN.PK113-7D，具有用于细胞内ATP水平的生物传感器，暴露于葡萄糖盛宴饥饿周期，每种状况在20小时内持续1.5至48分钟。开发并应用了半自动图像和数据分析管道，以评估种群，亚种群和单细胞分辨率的各种功能的性能和鲁棒性。我们观察到特定生长速率的降低，但振荡间隔更长的细胞内ATP水平增加。持续48分钟振荡的细胞表现出最高的平均ATP含量，但随着时间的流逝，稳定性最低，在人群中的异质性最高。结论所提出的管道使随着时间的时间和种群内的动态环境中的功能稳定性进行了研究。该策略允许并行化和自动化，并且很容易适应新的生物，生物传感器，培养条件和振荡频率。对微生物对不断变化环境的反应的见解将指导应变开发和生物处理优化。关键词酿酒酵母，种群异质性，动态环境，尺度降低，生物传感器，活细胞成像，微流体单细胞培养，营养振荡
果蝇的抗微生物防御
在真菌，细菌和病毒感染期间，果蝇果蝇在强大的防御反应中进行了强有力的防御反应。我们已经调查了这种辩护，并提出了三种类型的问题：（1）果蝇如何认识到入侵的微生物； （2）识别如何导致细胞内信号传导级联反应和基因重编程的激活； （3）产生哪些效应分子以反对微生物。我们的结果指出了一种复杂的防御机制，该机制基于微生物配体的几种循环，跨膜或胞质受体。结合受体触发了几个不同的信号级联，这些级联在NF-κB家族成员的激活中达到顶点，进而控制了数百种免疫反应基因的表达，其中一些基因具有有效的抗菌活性。与哺乳动物先天免疫机制的严格相似之处指向这种辩护的共同血统，并将在演讲中进行讨论。最近的评论：J.A。Hoffmann（2003）。 果蝇的免疫反应。 自然，第426、33-38卷。Hoffmann（2003）。果蝇的免疫反应。自然，第426、33-38卷。