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婴儿微生物组的数字双胞胎预测神经发育缺陷
尽管公认的肠脑轴连接，但患者之间微生物谱的自然变化阻碍了正常的丰度范围，从而混淆了营养不良对婴儿神经发育的影响。我们从一些初始观察结果中推断出婴儿微生物组的数字双胞胎，预测生态系统轨迹。使用来自88位早产儿（398个粪便样本和32,942个微型类别的32,942个丰度估计）的16 s核糖体RNA谱，该模型（Q-NET）可预测R 2 = 0.69的丰度动态。与典型发展与次优发展的Q-NET相比，我们可以可靠地估计个体赤字风险（MΔ），并确定婴儿在接收器操作员特征曲线下，在98％的98％特异性时，在接收器操作员特征曲线下，在接收器操作员特征曲线下，在接收器操作员特征曲线下，在接收器操作员特征曲线下具有≈76％的面积。我们发现，早期移植可能会减轻≈45.2％的队列的风险，并可能导致不正确的补充产生负面影响。Q-NET是生态系统动力学的生成人工智能模型，具有广泛的潜在应用。
利用紧凑型 CRISPR–Cas13 系统对未培养微生物进行可编程 RNA 编辑
RISPR-Cas 系统已被分为六种亚型，在广泛的微生物群落中具有众多直系同源物 1 。最近在未培养微生物中鉴定出的 II 型和 V 型家族的紧凑型 CRISPR 系统，进一步拓宽了我们对不同 CRISPR 机制和传染性病原体之间广泛共同进化的认识 2 – 4 。此外，由于腺相关病毒 (AAV) 的体内递送限制，紧凑型 CRISPR 效应子更适合用于产生基于 CRISPR 的治疗方式，而腺相关病毒通常用于治疗持久性疾病 5 。与 Cas9 和 Cas12 的 DNA 靶向活性相比，Cas13 是最近在 VI 型 CRISPR 系统中鉴定出的具有 RNA 引导的 RNA 干扰活性的单一效应子 6、7。CRISPR-Cas13 为哺乳动物细胞和植物的 RNA 研究提供了多种应用，例如活体成像、RNA 降解、碱基编辑和核酸检测 8 。此前已鉴定出多种 Cas13 效应子，分为四个家族；然而，天然微生物中 CRISPR-Cas13 系统的未知空间仍然难以捉摸。本文，我们在宏基因组数据集中鉴定出两个紧凑的 CRISPR-Cas13 家族，并对其进行改造，使其在哺乳动物细胞中降解 RNA 并进行 RNA 碱基转换。
果蝇中先天免疫的类固醇激素调节Melanogaster
au：PleaseConfirmThatalleadingLevelSarerePresentedCorrectly：内分泌信号网络控制着多种后生动物的各种生物学过程和生活历史特征。在无脊椎动物和脊椎动物分类群中，类固醇激素调节免疫系统的功能，响应内在和环境刺激（例如微生物感染）。这种内分泌 - 免疫调节的机制是复杂的，并构成了正在进行的研究促进基因动物模型所促进的努力。20-羟基丁香（20E）是节肢动物中的主要类固醇激素，主要研究其在介导发育过渡和变质中的重要作用。 20E还可以调节各种昆虫类群中的先天免疫力。本评论概述了我们当前对20E介导的先天免疫反应的理解。在一系列的多代谢昆虫中总结了20E驱动的发育过渡和先天免疫激活之间的相关率。随后的讨论重点是使用果蝇中广泛的遗传资源进行的研究，这些研究已开始揭示在发育和细菌感染的背景下20E免疫调节的机制。最后，我提出了对20E免疫调节的未来研究方向，这将促进我们对交互式内分泌网络如何协调动物对环境微生物的生理反应的了解。
艾滋病毒和炎症：我们如何到达...
摘要：艾滋病毒（PWH）的人过着持久的生活，并从非辅助状况中承受着更大的病态负担。慢性治疗的HIV疾病与持续的全身性炎症有关，这有助于慢性病（例如心脏瓦斯加斯加疾病）和老年综合症（例如，脆弱）。除了艾滋病毒疾病外，全身炎症的逐渐增加是生物老化的特征，这一过程被称为“炎症”。炎症衰老是由持续的抗Gen刺激和应力驱动的，导致免疫特征的特征是血液炎症标记水平升高，细胞激活和衰老。慢性HIV疾病以突出炎症的免疫特征，部分是通过淋巴组织的病毒持久性，永久性损伤损害免疫恢复，存在同性恋疾病，肠胃疾病的存在，微生体易位易位和微型易位易位，以及与免疫激活相关的染色体和染色体和遗传危害。几乎没有策略来安全有效地调节旧PWH中系统性炎症。当前最有力的证据支持对可修改的危险因素（例如脂质，血压和体育锻炼水平）进行的治疗。未来的炎症研究应致力于推进实现的方法，例如体育锻炼，以及研究PWH中炎症的新型机制和治疗方法。
有机修订对香菜种植的协同作用
摘要在过去的几十年中，普遍应用合成土壤修正案引发了环境问题，这激发了对环保农业的有机修订的迷恋。有机修订被认为可以增强植物的生长，开花，微型活性和害虫控制，但科学证据，尤其是在容器化植物生产中，仍然有限。这项研究研究了生物炭（BC），海藻提取物（SWE）的影响及其对Corainder（Cori-Andrum sativum）在POT实验中的生长和培养的组合。该研究评估了BC，SWE及其对植物发育的合并应用的影响，产生特征以及叶子中存在的宏观和微量元素水平。每10天进行测量，从10、20、20、30和40天的种子开始。评估了关键生长参数，例如种子发芽，植物高度，叶子数，节点和节间数，根长度和养分浓度（N，P，K，Mg，Ca，Ca，Fe，Mn，Mn，Zn，Cu）。的结果表明，与对照相比，BC和SWE单独或合并，显着增强了大多数形态学性状和产量成分。值得注意的是，单独或与SWE结合使用的低水平BC处理对生长和养分浓度最为明显的积极作用。发现的结果表明，有机肥料，尤其是生物炭和海藻提取物，为改善Coriandrum sativum的生长和产量提供了一种有希望的替代品。
MSLAR：微生物合成致死和救援数据库
合成致死性（SL）发生，而两个基因中的单个突变都没有显着影响。此概念也可以扩展到SL的三个或更多基因。计算方法和实验方法来预测和验证SL基因对，特别是对于酵母和大肠杆菌。但是，目前缺乏一个专门的平台来收集微型SL基因对。因此，我们为微生物遗传学设计了一个合成相互作用数据库，该数据库收集了13,313个SL和2,994个合成救援（SR）基因对，该基因对，文献中有86,981个假定的SL对通过281种细菌基因组中的同源式transe方法获得。我们的数据库网站提供了多种功能，例如搜索，浏览，可视化和爆炸。基于s中的SL相互作用数据。酿酒酵母，我们回顾了重复的重要性问题，并观察到重复的基因和单例在我们考虑个体和SL时具有相似的比例。微生物合成致死和救援数据库（MSLAR）有望成为对微生物SL和SR基因感兴趣的研究人员的有用参考资源。MSLAR可以自由地向所有人开放，并在网络上可在http：//guolab.whu上找到。edu.cn/mslar/。
resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。
丙酸发酵 - 底物，菌株和抗菌特性的研究
摘要：由于牛奶乳清是一种丰富的乳制品副产品，并且对环境有重大威胁，因此其利用引起了极大的兴趣。这项研究比较了乳糖和乳酸（通过发酵）的乳糖和乳酸的价值（乳清的主要碳来源）。食品级细菌在发酵过程中释放的抗菌作用可以帮助提高食物的微生物安全性。丙酸 - 一种强的抗菌剂 - 主要是通过石化途径获得的，但对其在生物技术途径中的合成越来越兴趣。五株丙酸细菌（酸性核酸杆菌，酸性杆菌，环己丙己省丙糖酸，弗洛德尼丙肽杆菌，酸性核酸杆菌，Jensenii酸性杆菌，Jensenii和使用酸性的酸性酸杆菌的能力），并产生了酸性的酸性，并产生了有机酸酯的能力。碳源。在用食源性病原体研究期间，研究了选定的发酵液的抗菌效率：大肠杆菌，克雷伯氏菌肺炎，铜绿假单胞菌，铜绿假单胞菌，枯草芽孢杆菌，枯草菌和葡萄球菌aureus。结果证实，酸和生物量的产生对添加的碳源影响很大。测试的发酵液具有针对铜绿假单胞菌，枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌的强大抗小体活性。此外，抑制金黄色葡萄球菌和肺炎肺炎的抑制取决于产生的细菌素的活性。本文还讨论了通过酸性提高发酵物抗菌活性的可能性。
cesin是一种短自然变体，尽管缺乏两个C末端大环
摘要尼我们是一种广泛使用的脂肪生物，由于其有效的抗菌活性及其食品级状态。其作用方式包括细胞壁合成抑制和孔形成，分别归因于脂质II结合和形成孔形成域。我们发现了Cesin，这是尼生蛋白的短自然变体，是由精神嗜血杆菌卵巢卵巢卵石产生的。与其他天然尼宁变体不同，Cesin缺少构成孔形成域的两个末端大环。目前的研究旨在异源表达和表征Cesin的抗小胞活性和物理化学特性。在乳酸乳酸球菌在乳酸菌中成功的Heterolo gous表达之后，甘西生酰生物表现出与Nisin相当的广泛而有效的抗菌谱。使用脂质II和Lipoteichoic Acid结合测定法确定其作用方式，将有效的抗菌活性与脂质II结合和与Teichoic Acids的静电相互作用联系起来。荧光显微镜表明Cesin缺乏自然形式的孔形成能力。稳定性测试表明，在不同的pH值和温度条件下，盐脂型在高度稳定，但可以通过胰蛋白酶降解。然而，一种生物工程的类似物Cesin R15G克服了胰蛋白酶降解，同时保持了全抗菌活性。这项研究表明，Cesin是一种新颖的（小）尼生变体，通过抑制细胞壁合成而没有孔隙形成，可以有效地杀死靶细菌。
myh11稀有变体增强主动脉生长，并诱导心脏肥大和心力衰竭，并以压力超负荷
基因组基础模型具有精确医学，药物发现和理解复杂生物系统的变革潜力。然而，现有模型通常效率低下，受到次优的令牌化和建筑设计的约束，并偏向参考基因组，限制了它们在稀有生物圈中对低丰度，未培养的微生物的表示。为了应对这些挑战，我们开发了Genomeocean，这是一个40亿参数的基因组基础模型，该模型对超过600 GBP的高质量重叠群进行了训练，这些基础是从地球生态系统中各种栖息地收集的220 TB元基因组数据集的高质量重叠群。基因瘤的一项关键创新是直接对元基因组样品的大规模共组合进行培训，从而增强了稀有微生物物种的表示，并提高了以基因组为中心方法的概括性。我们实施了基因组序列产生的字节对编码（BPE）代币化策略，以及建筑优化，实现高达150倍的更快序列产生，同时保持高生物学保真度。Genomeocean在代表微生物物种和产生受进化原理约束的蛋白质编码基因方面表现出色。此外，其微调模型还展示了在天然基因组中发现新型生物合成基因簇（BGC）的能力，并执行生物化学上完全合理的完整BGC的零拍合成。Genomeocean为元基因组研究，自然产品发现和合成生物学设定了一个新的基准，为这些领域提供了强大的基础。