摘要DNA存储我们的遗传信息,并且在生物学和生物技术应用中无处不在,其中它与从小分子到大型大分子复合物的结合伴侣相互作用。结合通过分子中的机械菌株调节,进而可以改变局部DNA结构。经常以封闭的拓扑形式发生DNA,拓扑和超串联为结合诱导的变形和应变调节结合的相互作用增加了全局约束。在这里,我们提出了一个定量模型,即DNA拓扑引入的全局约束如何调节结合并在拓扑和亲和力之间产生复杂的相互作用。我们专注于荧光介入量,该荧光介导剂放弃DNA并通过荧光检测启用直接定量。使用大量测量结果,我们表明,根据配体浓度和初始拓扑结构,相对于开放拓扑的DNA超螺旋可以增加或减少插入。我们的模型定量地说明了使用psoralen用于紫外线诱导的DNA交联获得的观察结果,该交联经常用于量化体内超螺旋。最后,我们观察到单分子测定中拓扑依赖性的结合,该结合可直接访问结合动力学和DNA超级旋转动力学。我们的结果对DNA的检测和定量以及在细胞环境中DNA结合的调节具有广泛的意义。
请引用本文:Ha, J. 等人(2021 年)。突变型 p53 DNA 结合域和全长蛋白的尿素变性、锌结合和 DNA 结合试验。Bio-protocol 11(20): e4188。DOI:10.21769/BioProtoc.4188。
复原 我们建议在打开前先短暂离心此小瓶,使内容物沉至底部。请使用去离子无菌水复原蛋白质至浓度为 0.1-1.0 mg/mL。我们建议添加 5-50% 甘油(最终浓度)并分装以在 -20°C/-80°C 下长期储存。我们默认的甘油最终浓度为 50%。客户可以将其作为参考。
我们研究量子环境下计算绑定字符串承诺方案的定义和构造。承诺方案是一种双方协议,由两个阶段组成,即承诺阶段和开放阶段。承诺的目标是允许发送者在承诺阶段传输与消息 m 相关的信息,以使接收者对消息一无所知(隐藏属性)。但同时,发送者不能在之后改变对消息的想法(绑定属性)。之后,在开放阶段,发送者透露消息 m 并证明这确实是它之前想到的消息。我们将重点关注非交互式经典承诺,即承诺和开放阶段由单个经典消息组成。然而,试图打破绑定或隐藏属性的对手将是一个量子多项式时间算法。乍一看,似乎这种环境下绑定属性的定义很简单;我们只采用经典定义,但考虑量子对手而不是经典对手:
根据华盛顿州法律,我在此证明,我就是上述申请人,并且据我所知,我所提交的所有信息和证据在各方面均真实完整。我理解,本申请的申请费不可退还,仅用于支付处理申请的正常行政费用,支付上述费用不会导致本申请中要求的许可证自动签发。印刷体姓名: 所有者 代理人/其他(请说明):
在经典承诺中,统计绑定意味着几乎所有承诺成绩单最多都有可能的开口。虽然量子承诺(对于经典消息)有时比其经典同行有益(例如在假设方面),它们提供了较弱的结合概念。本质上,发件人不能以明显大于1/2的概率开放给定值的给定承诺。< / div>我们引入了对量子承诺的经典结合概念,该量子承诺提供了类似于经典案例的保证。在我们的概念中,接收器对量子承诺字符串进行(部分)测量,并且该测量结果决定了发件人可以打开的单个值。我们希望我们的概念可以在各种设置中取代经典承诺,而安全证明基本上没有变化。作为一个例子,我们显示了GMW零知识证明系统的合理性证明。我们构建了一种非相互作用的量子承诺方案,该方案是经典的统计结合,并根据任何后量子后单向函数的存在,具有经典的开口。先前的候选人具有固有的量子开口,并且没有经典结合。相反,我们表明,无论假设或复杂性如何,都无法实现统计上隐藏承诺的经典结合。我们的方案只是NAOR的承诺方案(在经典上需要一个常见的随机字符串,CRS),但在CRS的所有可能值中以叠加执行,并重复多次。我们希望使用量子通信去除CRS的技术可以找到其他用途。