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总坦西尼酮可以通过影响sting-irf3结合
©作者2024，更正的出版物2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
β-葡聚糖结合蛋白是相互植物 - 微生物相互作用中免疫和共生的关键调节剂
摘要为了区分有害，共生和有益微生物，植物依赖于多糖，例如B-葡萄糖，它们是微生物和植物细胞壁的组成部分。将与细胞壁相关的B-葡聚糖聚合物转化为特定结果，该结果影响植物 - 微生物相互作用是由水解和非溶解度B-葡聚糖结合蛋白介导的。这些蛋白质在微生物定殖过程中起着至关重要的作用：它们会影响宿主和微生物细胞壁的组成和弹性，调节B-葡萄糖寡聚体的倍形浓度的稳态，并介导B -glucan的感知和信号传导。本综述概述了B-葡聚糖及其结合蛋白在植物免疫和共生中的双重作用，强调了最新发现，关于B-葡聚糖结合蛋白的作用，是免疫的模量，以及与伴有的共生受体有关的，涉及微生物良好调节的良好调查。
s t r u c t u r a l a l b i o lo lo g y iCf综合征蛋白CDCA7拥有一个独特的DNA结合域，该结构域在NO
CDCA7，用羧基末端半胱氨酸结构域（CRD）编码蛋白质，在免疫缺陷，丝状不稳定性和面部异常（ICF）综合征中突变，这种疾病与近二酸 - 近甲基卫星DNA的甲基化有关。CDCA7如何将DNA甲基化引导到并置玻璃液区域是未知的。在这里，我们表明CDCA7 CRD采用了独特的锌结合结构，该结构识别由两个序列基序形成的非B DNA中的CpG二元组。CDCA7，但不是ICF突变体，优先通过链特异性CpG半甲基化结合非B DNA。未甲基化的序列基序高度富集在人类染色体的centromeres上，而甲基化基序分布在整个基因组中。在S期，CDCA7而不是ICF突变体集中在组成型异染色质灶中，并且通过由CRD结合的外源半甲基化的非B DNA可以抑制这种灶的形成。在DNA复制过程中在近齿粒区域中形成的非B DNA的结合提供了一种机制，通过该机制CDCA7控制DNA甲基化的特异性。
（32）紧密结合理论认为价电子更紧密地保持原子，但在整个固体中被视价轨道
（32）紧密结合理论认为价电子更紧密地保持原子，但在整个固体中被视价轨道重叠进行了离域。该模型适用于SI和GE等半导体，ALP和NACL等绝缘体和盐，以及𝑑金属及其化合物。实际上，紧密结合理论与分子轨道（MO）理论具有显着相似之处。电子结构的任何计算都需要选择原子轨道（AO）基集，该集通常是最小的基础集，仅包含价原子轨道。对这些AOS中的每一个都分配了价值轨道能，可以从原子光谱或Hartree-fock计算中进行经验确定，如下所示。10这些能量反映了原子电负性的趋势。然后，构建了这些AOS的对称适应性线性组合（SALC）。在MO理论中，salcs利用分子点群的不可约表示。对于紧密结合理论，使用空间群的晶格翻译亚组的不可约表示构建相应的salcs。 使用这些salcs，构建了有限的Hermitian Hamiltonian Matrix（𝐻）。 在MO理论中，𝐻具有等于分子中基本AO的数量。 在紧密结合理论中，为适当选择的波形构建，其尺寸等于一个单位细胞中的基础AOS数量。 求解特征值（电子能）和本征函数（AO系数）的世俗决定因素产率。在MO理论中，salcs利用分子点群的不可约表示。对于紧密结合理论，使用空间群的晶格翻译亚组的不可约表示构建相应的salcs。使用这些salcs，构建了有限的Hermitian Hamiltonian Matrix（𝐻）。在MO理论中，𝐻具有等于分子中基本AO的数量。在紧密结合理论中，为适当选择的波形构建，其尺寸等于一个单位细胞中的基础AOS数量。求解特征值（电子能）和本征函数（AO系数）的世俗决定因素产率。这些数值结果然后用于生成相关信息和图表。对于MO理论，输出包括MO能量图，确定最高占用和最低的无置置的MOS，即HOMO和LUMO，以及使用AO系数进行电子密度分布和键合分析的人群分析。紧密结合计算的结果产生了状态图的电子密度，这是电子能级的准连续分布，可以分解为来自各种轨道或原子成分的态密度，以及相应的FERMI水平，这是Homo的固态类似物的固态类似物。种群分析也可以进行，并提供用于识别重要键合特征的晶体轨道重叠种群（COOP）或汉密尔顿人群（COHP）图。最后，带结构图或能量分散曲线，这些曲线是沿波向量空间中特定方向的波形绘制的能量。
脑血清素2a受体结合预测psilocybin对健康人的主观时间和神秘作用
psilocybin是一种血清素能的迷幻药物（Nichols，2016），最近被探索为一种与其他迷幻物质一起的新型胸膜疾病治疗方法（Dos Santos和Hallak，2020; Johnson et el。来自一系列临床试验的结果，这些证据表明可以在治疗上使用psilocybin，例如重度抑郁症（Carhart-Harris等，2016，2016，2018），强迫性强迫症（Moreno等，2006）（2006年），焦虑和抑郁症，与生命繁重的癌症相关（Griffiths et and and and and and and。 Al。，2015年； Johnson等人，2014年）。中等剂量（即> 0.2 mg/kg), psilocybin induces an acute psychedelic experience, characterized by three experiential phases: (a) the onset of psy- choactive effects followed by (b) a peak plateau and (c) a gradual return to normal waking consciousness (i.e.研究参与者将其视为其典型的清醒意识状态，没有任何精神活性药物）（Madsen等，2019； Preller和Vollenweider，2018）。In contrast to normal waking consciousness, perceptual alterations and changes in sense of self, affect, meaning and cognition are typically experi- enced during the psilocybin psychoactive phases within a spec- trum of what users of psychedelic drugs and researchers have termed ‘peak' (Maslow, 1959), ‘mysticomimetic' (Nielson et al.,
通过综合计算方法优先考虑改变 NKX2-5 和 TBX5 结合的心血管疾病相关变异
心血管疾病 (CVD) 是全球最大的死亡原因，受遗传因素影响很大。全基因组关联研究已经在非编码基因组中定位了 90% 以上的 CVD 相关变异，这些变异可以改变转录因子 (TF) 等调节蛋白的功能。然而，由于全基因组关联研究中的单核苷酸多态性 (SNP) 数量极其庞大 (> 500,000)，因此对体外分析的变异进行优先排序仍然具有挑战性。在这项工作中，我们实现了一种计算方法，该方法考虑基于支持向量机 (SVM) 的 TF 结合位点分类和心脏表达数量性状位点 (eQTL) 分析，以识别和优先排序潜在的 CVD 致病 SNP。我们在 TF 足迹和假定的心脏增强子中发现了 1535 个与 CVD 相关的 SNP，以及 14,218 个与心脏组织中的基因型依赖性基因表达处于连锁不平衡的变异。利用来自人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞中的两种心脏 TF（NKX2-5 和 TBX5）的 ChIP-seq 数据，我们训练了一个大规模间隙 k-mer SVM 模型，以识别改变 NKX2-5 和 TBX5 结合的与 CVD 相关的 SNP。通过对假定增强子中的人类心脏 TF 基因组足迹进行评分并通过电泳迁移率分析测量体外结合来测试该模型。根据预测的结合变化幅度，对预测会改变 NKX2-5（rs59310144、rs6715570 和 rs61872084）和 TBX5（rs7612445 和 rs7790964）结合的五种变体进行了优先体外验证，这些变体位于心脏组织 eQTL 中。所有五种变体均改变了 NKX2-5 和 TBX5 DNA 结合。我们提出了一种生物信息学方法，该方法考虑了组织特异性 eQTL 分析和基于 SVM 的 TF 结合位点分类，以优先考虑 CVD 相关变体进行体外分析。
基础III：进化与生物多样性-CDN
1 Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 2 Huck Institutes Center for Eukaryotic Gene Regulation, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 3 Huck Institutes Center for Malaria Research, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 4 Center for Genomic and Computational Biology, University of Southern加利福尼亚，洛杉矶，加利福尼亚州90089，美国5个生物统计学和生物信息学系，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶，CA 90089，美国6计划生物学与生物信息学方面，南加州大学，洛杉矶大学，洛杉矶大学，加利福尼亚州90089，CA 90089，美国7年定量和计算生物学系，美国南加州大学8 00，洛斯，加利福尼亚州，洛斯，加利福尼亚州。 of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 9 Department of Physics and Astronomy, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 10 Thomas Lord Department of Computer Science, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA 11 Department of Computer Science, Durham, NC 27708, USA 12 Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University, Durham, NC 27708，美国13宾夕法尼亚州大学公园，宾夕法尼亚州16802，宾夕法尼亚州立大学化学系
响应电离辐射诱导的结合蛋白
1 AVIV 部，MNHN，CNRS UMR7196，INSERM U1154，法国巴黎； 2 巴黎萨克雷大学，奥赛，法国； 3 AVIV 部，MNHN，CNRS UMR7221，法国巴黎； 4 CeMIM、MNHN、CNRS UMR7245，法国巴黎； 5 Génomique ENS、Institut de Biologie de l'ENS (IBENS)、高等师范学院、CNRS、INSERM、Université PSL，法国巴黎； 6 大学。格勒诺布尔阿尔卑斯、INSERM、CEA、UA13 BGE、CNRS、CEA，法国格勒诺布尔； 7 居里研究所，Inserm U1021-CNRS UMR 3347，巴黎萨克雷大学，PSL 大学，奥赛 Cedex，法国； 8 Platform RADEXP，法国奥赛居里研究所； 9 电子显微镜平台技术，MNHN，巴黎，法国； 10 AVIV MNHN 部，UMR7245，法国巴黎； 11 MMBM，居里研究所，CNRS UMR168，法国巴黎； 12 摩德纳和雷焦艾米利亚大学生命科学系，意大利摩德纳； 13 NBFC，国家生物多样性未来中心，意大利巴勒莫
时空DNA甲基化动力学形状巨型级甲基甲基景观
Zn 2+是大约850个人类转录因子所需的必需金属。这些蛋白质如何获得其必需的Zn 2+辅因子，以及它们是否对细胞中不稳定的Zn 2+池的变化敏感仍然是开放的问题。使用ATAC-SEQ进行可访问的染色质的区域，并结合转训练因子富集分析，我们研究了不稳定锌池的增加和减少如何影响染色质的可及性和转录因子富集。我们发现685个转录因子基序被差异富集，对应于507个独特的转录因子。在启动子与基因间区域的扰动模式和转录因子的类型截然不同，锌 - 纤维转录因子在升高的Zn 2+中强烈富集在基因间区域中。测试ATAC-SEQ和转录因子富集分析预测是否与转录因子结合的变化相关，我们使用ChIP-QPCR来实现六个p53结合位点。我们发现，对于六个目标，p53结合与ATAC-SEQ确定的局部可访问性相关。这些结果降低了不稳定锌的变化改变染色质的可及性和转录因子与DNA的结合。