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MotifDb：蛋白质-DNA 结合序列基序的注释集合
tbl.tfClassExample <- data.frame(motifName=c("MA0006.1", "MA0042.2", "MA0043.2"), chrom=c("chr1", "chr1", "chr1"), start=c(1000005, 1000085, 1000105), start=c(1000013, 1000092, 1000123), score=c(0.85, 0.92, 0.98), stringsAsFactors=FALSE) # 这里我们说明如何添加具有所需名称的列：tbl.tfClassExample$shortMotif <- tbl.tfClassExample$motifName tbl.out <- associateTranscriptionFactors(MotifDb, tbl.tfClassExample, source="TFClass", expand.rows=TRUE) dim(tbl.out) # 许多 tfs 已映射，主要是 FOX 家族基因 tbl.motifDbExample <- data.frame(motifName=c("Mmusculus-jaspar2016-Ahr::Arnt-MA0006.1", "Hsapiens-jaspar2016-FOXI1-MA0042.2", "Hsapiens-jaspar2016-HLF-MA0043.2"), chrom=c("chr1", "chr1", "chr1"), start=c(1000005, 1000085, 1000105), start=c(1000013, 1000092, 1000123), score=c(0.85, 0.92, 0.98),字符串因子=FALSE）
多细胞，IVT衍生的，未修饰的人类转录组，用于纳米直接RNA分析
协议使用Oligo名称序列（5'→3'）IVT FWD PRIMER PCR NANOPORE_IVT_T7_FORWARD_FORED_PRIMER TAATACGACTCACTATAGCGCGGGCGGCGGTTTTTTTTTTTTTTTCTGTGTGTGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGTGCT IVT REV PIRER PIRER PRIMER PCR NANOPORE_IVTRIMERER_TRIMERERIMERERIMer Sanger Seq的ActTGCCTGTCGCTTCTTCTC PCR F PRIMER在Chr1上：23792793 Sanger_Chr1：23792793_f ccgtgtgtggtggtggtgtgtgtgtgtggt pcr r pcr r Primer for sanger seq for sanger seq in Chr1：23792793 sanger_chr1：2379327927927927992799279999279999999999999999999999999999.23999999999999999999. caggtagcagccaaacaggt pcr f primer for sanger seq for chr2：117817639 sanger_chr2：117817639_f gggaggcatgtctcatcatcaagaagca pcr r primer，用于sanger seq的sanger seq in Chr2：117817639 sanger_chr2：117817639 sanger_chr2： AAACTAAATGGCTGAAGTTCAAAGA PCR F primer for Sanger seq at Chr19:2917188 Sanger_Chr19:2917188_F ACTGTGGACGAAAAGCACCT PCR R primer for Sanger seq at Chr19:2917188 Sanger_Chr19:2917188_R sanger seq的tccgacactgctcgcattt pcr f primer在CHR3：19950940 sanger_chr3：19950940_f ggacatggctagtcgaggc pcr r启动sanger seq at ch ch chr3：19950940 sanger_chr3：19950940 sanger_chr3：199505 seq chr4：109816233 sanger_chr4：109816233_f atgtttttcgaggcgggcggggggcgggg pcr r primer primer for sanger seq for chr4：109816233 sanger_chr4：109816233 CHR1：35603333 PSMB2_PSEUDOU_F_PRIMER TGTTTGGGTACCTCTCTACCAC PCR PCR PCR F PRIMER PRIMER for SANGER SEQ在Chr1上：35603333333333 psmb2_pseudou_r_r_r_r_r_r_r_r_r_primer aggacatgatgatgatgatgatgatgttaggtaggaggagccc
SAFER-Detection 用于有效检测基因编辑人类细胞中的 DNA 重排
评估人类基因组编辑产品安全性的一个重要标准是验证基因组完整性。这包括对大量插入或缺失、外源 DNA 整合以及致癌性或插入诱变可能性的评估。在本研究中，我们介绍了 SAFER-Detection（高效重排检测的选择性扩增）。SAFER-Detection 是一种基于标记和下一代测序的方法，旨在以单碱基分辨率定量检测染色体重排断点。该方法能够对由可编程核酸酶（如 CRISPR/Cas 和 TALEN）进行的靶向和脱靶编辑导致的重排进行分类。SAFER-Detection 使用 Cas9 和 CCR5 向导 RNA，可轻松识别靶位点 (CCR5) 与附近同源物 (CCR2) 中的脱靶或同源位点之间的染色体内缺失、插入和倒位。CCR5 靶位点与 chr1 和 chr13 上的脱靶位点之间的染色体间易位也被捕获并通过 PCR 进一步验证。SAFER-Detection 在检测由脱靶活动或同源重组介导的染色体内和染色体间重排方面表现出高灵敏度，适用于含有低细胞数的样本。当与灵敏的脱靶提名技术（如 ONE-seq）结合使用时，SAFER 检测提供了一种评估治疗性基因组编辑中染色体重排风险的宝贵方法。
赛博朋克 2020 参考书
赛博朋克 2013 和 2020 书籍 代码编号 CP13 赛博朋克 2013 CP3001 CP20 赛博朋克 2020 CP3002 BH 黑手街头武器 CP3461 Chr1 Chromebook 1 CP3701 Chr2 Chromebook 2 CP3181 Chr3 Chromebook 3 CP3331 Chr4 Chromebook 4 CP3471 CB1 Corpbook 1 CP3111 CB2 Corpbook 2 CP3151 CB3 Corpbook 3 CP3161 DS Deep Space CP3211 NO Near Orbit CP3301 ER Edgerunners Inc. CP3391 ES Eurosource CP3901 ES+ Eurosource Plus CP3421 SF Firestorm: Stormfront CP3481 SW Firestorm: Shockwave RT03491 HoB 勇者之家 CP3221 LU 听着原始螺丝头 CP3291 LD 现场直播 CP3431 MM 最大金属 CP3191 NEO 新部落 CP3371 NC 夜之城 CP3501 PAC 环太平洋 CP3311 P&S 保护和服务 CP3171 BB R Bartmoss 的脑机爆发 CP3521 NET Rache Bartmoss 的网络指南 CP3241 RB Rockerboy CP3401 UK 英国粗略指南 CP3281 SOF 财富独奏 CP 3101 SOF2 财富独奏 2 CP3361 WS 狂野 CP3271 ET 欧洲之旅 (c) CP3131 LoF 自由之地 (c) CP 3231 FH 绝望希望的故事（c）CP3121 WCD 当芯片故障时 （a）CP3801 HW 硬接线 （w）CP3201 WGF 当重力失效时 （w）CP3601
赛博朋克2020 参考书
赛博朋克 2013 和 2020 书籍 代码编号 CP13 赛博朋克 2013 CP3001 CP20 赛博朋克 2020 CP3002 BH 黑手街头武器 CP3461 Chr1 Chromebook 1 CP3701 Chr2 Chromebook 2 CP3181 Chr3 Chromebook 3 CP3331 Chr4 Chromebook 4 CP3471 CB1 Corpbook 1 CP3111 CB2 Corpbook 2 CP3151 CB3 Corpbook 3 CP3161 DS Deep Space CP3211 NO Near Orbit CP3301 ER Edgerunners Inc. CP3391 ES Eurosource CP3901 ES+ Eurosource Plus CP3421 SF Firestorm: Stormfront CP3481 SW Firestorm: Shockwave RT03491 HoB勇敢者的家园 CP3221 LU 听着 原始螺丝头 CP3291 LD 现场直播 CP3431 MM 最大金属 CP3191 NEO 新部落 CP3371 NC 夜之城 CP3501 PAC 环太平洋 CP3311 P&S 保护和服务 CP3171 BB R 巴特莫斯的脑机接口井喷 CP3521 NET 瑞秋·巴特莫斯的网络指南 CP3241 RB 摇滚男孩 CP3401 UK 英国粗略指南 CP3281 SOF 财富独奏 CP 3101 SOF2 财富独奏 2 CP3361 WS 狂野之地 CP3271 ET 欧洲之旅 (c) CP3131 LoF 自由之地 (c) CP 3231 FH 绝望的故事 (c) CP3121 WCD 何时芯片故障 (a) CP3801 HW 硬接线 (w) CP3201 WGF 重力失效 (w) CP3601
赛博朋克 2020 参考书 v5
赛博朋克 2013 和 2020 书籍 代码编号 CP13 赛博朋克 2013 CP3001 CP20 赛博朋克 2020 CP3002 BH 黑手街头武器 CP3461 Chr1 Chromebook 1 CP3701 Chr2 Chromebook 2 CP3181 Chr3 Chromebook 3 CP3331 Chr4 Chromebook 4 CP3471 CB1 Corpbook 1 CP3111 CB2 Corpbook 2 CP3151 CB3 Corpbook 3 CP3161 DS Deep Space CP3211 NO Near Orbit CP3301 ER Edgerunners Inc. CP3391 ES Eurosource CP3901 ES+ Eurosource Plus CP3421 SF Firestorm: Stormfront CP3481 SW Firestorm: Shockwave RT03491 HoB 勇者之家 CP3221 LU 听着原始螺丝头 CP3291 LD 现场直播 CP3431 MM 最大金属 CP3191 NEO 新部落 CP3371 NC 夜之城 CP3501 PAC 环太平洋 CP3311 P&S 保护和服务 CP3171 BB R Bartmoss 的脑机爆发 CP3521 NET Rache Bartmoss 的网络指南 CP3241 RB Rockerboy CP3401 UK 英国粗略指南 CP3281 SOF 财富独奏 CP 3101 SOF2 财富独奏 2 CP3361 WS 狂野 CP3271 ET 欧洲之旅 (c) CP3131 LoF 自由之地 (c) CP 3231 FH 绝望希望的故事（c）CP3121 WCD 当芯片故障时 （a）CP3801 HW 硬接线 （w）CP3201 WGF 当重力失效时 （w）CP3601