XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemcirculating
肾细胞癌（RCC）中匹配的组织和循环肿瘤DNA（CTDNA）分析：来自多模式现实世界数据库
结果•从tempus多模式数据库中，我们回顾了带有双组织（tempus XT，648个基因）和ctDNA测试的RCC的患者（PTS）的去识别的NGS数据（PTS）（tempus XF，105个基因）•PTS•PTS clunicatiental and clintical Spellicatient contricatient•colletical Spellicatient•colletical contericatients•另一种天数•另一位 +90天 +/-90天，评估了简短变体（PSSV）和拷贝数变体[（放大和删除，两个拷贝数损失（CNL）]。•一致性分析仅限于在ctDNA面板上测试的105个基因，并进一步限于短变体，除了放大和XF和XT检测到的CNL外。
肾细胞癌（RCC）中匹配的组织和循环肿瘤DNA（CTDNA）分析：来自多模式现实世界数据库
结果•从tempus多模式数据库中，我们回顾了带有双组织（tempus XT，648个基因）和ctDNA测试的RCC的患者（PTS）的去识别的NGS数据（PTS）（tempus XF，105个基因）•cluntericatiental xf seletister•clunical clinistic and clunical Spactical contricatient contricatient•colletical contricatiencatient•colletical contericatience +colleticatience +contericatience +conted +colletical +seles +90天。评估了简短变体（PSSV）和拷贝数变体[（放大和删除，两个拷贝数损失（CNL）]。•一致性分析仅限于在ctDNA面板上测试的105个基因，并进一步限于短变体，除了放大和XF和XT检测到的CNL外。
敏感的循环肿瘤DNA的残留疾病...
上皮卵巢癌（EOC）是全球女性与癌症相关死亡的主要原因之一，其特征是手术和化学疗法后的复发率很高。我们试图实施循环的肿瘤DNA（CTDNA） - 基于血液检查，以对该疾病进行更准确的术后监测。我们分析了2016年6月至2021年9月在63名EOC患者之间收集的264个血浆样品，使用肿瘤引导的无血浆细胞DNA分析，以检测治疗后的残留疾病。分析进行了验证。ctDNA，在进展中检测到18个（100％）样品中的18个（100％）。在最后进行处理样本中的阳性ctDNA与快速进展（中位数1.02对3.38年，HR = 5.63，p <0.001）和降低的总生存率（中位2.31对NR YR，HR，HR = 8.22，P <0.001）患者在高级别浆液癌的患者中。对于12例患者，ctDNA测定法比标准监视早得多，中间时间为5.9 mo。要接近ctDNA检测的物理极限，使用超敏感的测定法对五名患者进行了询问479 - 1,856肿瘤突变，能够跟踪CtDNA馏分降至0.0004％。我们的结果表明，CTDNA测定在检测EOC中术后残留疾病时具有高灵敏度和特异性。
自发皮肤中的生物传输循环microRNA ...
microRNA（miRNA）在早期诊断自动流动性疾病中起着至关重要的作用，而Hidradenenitis Purpurativa（HS）是一个显着的例子。hs，一种影响毛s骨单位的自身炎性皮肤疾病，对患者的生活质量产生了深远的影响。其隐藏的性质，具有阴险的初始症状和患者不愿寻求医疗咨询的情况，通常会导致长达7年的诊断延迟。认识到早期诊断工具的紧迫性，最近的研究确定了循环miRNA表达的显着差异，包括miR-24-1-5p，miR-146a-5p，miR26a-5p，miR26a-5p，miR-206，miR-206，miR338-3p，miR338-3p和miR-338-5p，HS患者和健康对照者之间的miR-338-5p。这些miRNA是早期疾病检测的潜在生物标志物。传统的分子生物学技术，例如使用特定引物和探针进行检测，例如逆转录定量 - 聚合酶链反应（RT-QPCR）。另外，短肽为捕获miRNA提供了一种多功能和有效的手段，提供了特定的养殖，易于合成，稳定性和多重潜力。在这种情况下，我们提出了一种用于制作肽序列的计算模拟管道，该管道可以捕获自身炎性皮肤疾病（包括HS）患者的血液中的循环miRNA。这种创新的方法旨在加快早期诊断并增强治疗性随访，以解决及时干预HS和类似疾病的关键需求。
循环人造血干细胞的自然和年龄相关的变化1
此预印本版的版权持有人于2024年3月26日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.11.30.569167 doi：Biorxiv Preprint
比较早期三阴性乳腺癌中循环肿瘤DNA分子检测的分子残留疾病检测
通常称为分子残留疾病（MRD）检测，与未来复发的高风险有关。检测CTDNA最常使用肿瘤信息的测定法进行，并通过对肿瘤组织进行测序，以鉴定用于开发个性化测定的体细胞变体，该测定法可以跟踪一些具有数字PCR（DPCR）的突变或具有错误验证测序的多个突变。肿瘤不可知测定法，利用异常肿瘤特异性甲基化（而无需肿瘤组织测序）也正在发育中。随着多种ctDNA方法的发展，迫切需要进行比较研究，以确定在临床上至关重要的特征，并识别在临床试验和未来临床实践中实施的最佳测定法。在治疗早期至高风险的三重阴性乳腺癌（TNBC）治疗后，C-TRAK-TN的前瞻性临床试验鉴定了MRD患者，并评估了MRD检测后用pembrolizumab进一步辅助治疗的潜在活性。其他具有类似设计的临床试验正在进行中，例如IMVigor011（NCT04660344），该试验旨在在治疗高危肌肉侵入性膀胱癌后识别和治疗MRD患者（1）。在C-Trak TN临床试验中，在MRD检测的位置比预期的（2）更高的转移性疾病率更高，强调需要评估CTDNA测定是否具有更好的敏感性可能会延长MRD检测到从临床复发到临床临床试验并促进旨在提高Intervent in Intervent from Intervent at Intervent actection的临床试验的提前时间。用CTDNA分析检测MRD是具有挑战性的，因为这些患者的CTDNA水平可能非常低，需要超敏感和高度特定的测定法（3）。目前可用多种ctDNA分析，并且只有对这些技术的跨平台比较有限（4-7），通常未知是否可以安全地应用于其他测定法。美国临床肿瘤学会立场论文强调了
脊髓灰质炎监测到不列颠哥伦比亚省的难民综合体，循环疫苗衍生的脊髓灰质炎病毒2
1。加拿大公共卫生机构。脊髓灰质炎：适用于卫生专业人员。2023。https：//www.canada.ca/en/public-health/services/疾病/poliomyelitis-polio/health-professionals.html 2。疾病控制和预防中心。疫苗衍生的脊髓灰质炎病毒。2022。欧洲疾病预防与控制中心。疾病的疾病关于脊髓灰质炎的事实说明。2023。https://www.ecdc.europa.eu/en/poliomyelitis/facts
对循环肿瘤DNA的动态监测揭示了接受CAR T细胞疗法的复发或难治性大B细胞淋巴瘤患者的结果和基因组改变
在接受CD19靶标的嵌合抗原受体（CAR19）T-Cell治疗的复发或难治性大B细胞淋巴瘤（R/R LBCL）患者中，超过50％的抽象背景无法实现持久的缓解。 早期鉴定复发或进展仍然是一个重大挑战。 在这项研究中，我们在未进行的CAR19 T细胞疗法的R/R患者中，这是第一次，前瞻性地研究了动态循环肿瘤DNA（CTDNA）和遗传进化的预后价值。 方法在淋巴结序列前和在CAR19 T细胞输注后的多个时间点之前，纵向等离子体样品均被前瞻性收集。 使用基于捕获的下一代测序检测 ctDNA，该测序已在未处理的LBCL中验证。 结果该研究招募了23例R/R LBCL患者，并收集了101个CTDNA样品。 较高的预处理ctDNA水平与不较低的无进展生存率（PFS）（P = 0.031）和总生存期（OS）（P = 0.023）有关。 在第14天（D14）（D14）患有无法检测到的CTDNA阴性（CTDNA –）的患者的3个月完全缓解率为77.8％的3个月完全缓解率为77.8％，而可检测的CTDNA阳性（CTDNA+）患者的患者相似，d28的结果相似。 ctDNA– D28预测的1年PFS明显更长（90.9％vs 27.3％; P = 0.004）和OS（90.9％vs 49.1％; P = 0.003），而剩下的患者则为CtDNA+。 多个突变基因在进行性疾病的患者中表现出升高的患病率，包括TP53，IGLL5，PIM1，BTG1，CD79B，GNA13和P2RY8。抽象背景无法实现持久的缓解。早期鉴定复发或进展仍然是一个重大挑战。在这项研究中，我们在未进行的CAR19 T细胞疗法的R/R患者中，这是第一次，前瞻性地研究了动态循环肿瘤DNA（CTDNA）和遗传进化的预后价值。方法在淋巴结序列前和在CAR19 T细胞输注后的多个时间点之前，纵向等离子体样品均被前瞻性收集。ctDNA，该测序已在未处理的LBCL中验证。结果该研究招募了23例R/R LBCL患者，并收集了101个CTDNA样品。较高的预处理ctDNA水平与不较低的无进展生存率（PFS）（P = 0.031）和总生存期（OS）（P = 0.023）有关。在第14天（D14）（D14）患有无法检测到的CTDNA阴性（CTDNA –）的患者的3个月完全缓解率为77.8％的3个月完全缓解率为77.8％，而可检测的CTDNA阳性（CTDNA+）患者的患者相似，d28的结果相似。ctDNA– D28预测的1年PFS明显更长（90.9％vs 27.3％; P = 0.004）和OS（90.9％vs 49.1％; P = 0.003），而剩下的患者则为CtDNA+。多个突变基因在进行性疾病的患者中表现出升高的患病率，包括TP53，IGLL5，PIM1，BTG1，CD79B，GNA13和P2RY8。值得注意的是，这是第一次报告较短的ctDNA片段（<170个碱基对）与较差的PFS显着相关（D14的P = 0.031； D28的P = 0.002）和OS（D14的P = 0.013; D14; D14; D28; p = 0.008; p = 0.008 d28）在LBCL CARIVIVITIVED CAR PAIPET t t-CELL CAR PAIPE患者中。值得注意的是，我们观察到Igll5突变与下PFS（P = 0.008）和OS（P = 0.014）之间存在显着相关性。
预测和验证循环G四链体作为结直肠癌的新生物标志物
对G4二级结构的分析表明，内源性G4基因组景观受到严格调节，只有700,000多个人类序列中，只有1-2％能够在体外生物物理折叠成G4结构（4）。据报道，G4S在癌细胞中的患病率增加（5），并且特别与患者衍生的侵袭性乳腺癌组织中高度表达和扩增的基因有关（6）。多个证据表明，与正常细胞相比，G4在癌细胞中检测到较高的G4量在癌症的生长和进展中起作用（7,8），这使得G4成为引人入胜的药物发现靶标（7,9）。G4似乎与癌症相关基因有关联，因为与正常细胞相比，在癌细胞中检测到更大的G4。实时跟踪G4，直接了解其生物学作用是一个新的基本生物学领域，并且可能为诊断和治疗癌症等疾病（10）开辟了新的途径（10）。此外，G4结构可以用作新的预后生物标志物和有效的治疗靶点
循环肿瘤HPV16DNA水平和HPV阳性头颈鳞状细胞癌患者的循环肿瘤HPV16DNA水平和定量PET参数的关联
循环肿瘤DNA（ctDNA）在体内癌细胞中流出后在血液中循环，最近作为出色的肿瘤标记引起了人们的注意。本研究的目的是评估CT人乳头瘤病毒（HPV）16 DNA（CTHPV16DNA）水平是否与HPV阳性头颈（HN）鳞状细胞癌（SCC）患者的定量PET参数有关。包括五十例口咽SCC（OPSCC）和5例患者，包括未知初级（SCCUP）的SCC。他们都接受了血液采样以测试CTHPV16DNA水平和FDG PET-CT检查。定量PET参数包括SUVMAX，代谢肿瘤体积（MTV），全身病变的MTV（WBMTV）和56个纹理特征。将OPSCC患者（A组）或OPSCC和SCCUP患者（B组）和其他PET参数中最大的原发性或转移性淋巴结病变或其他PET参数中的原发性肿瘤（A组）或其他PET参数中的原发性肿瘤（A组）或最大的原发性或转移性淋巴结病变进行了比较。Spearman等级相关测试和多元回归分析用于确认CTHPV16DNA水平与PET参数之间的关联。CTHPV16DNA水平与WBMTV相关，但与A和B组中的Suvmax或MTV无关。CTHPV16DNA水平表现出与A和B组低的灰色水平区域重点的负相关性较弱。多元回归分析表明，WBMTV和高灰度区域的重点是B组CTHPV16DNA水平的重要因素。在A组中未观察到这些结果。这项研究表明，CTHPV16DNA水平与HPV阳性HNSCC患者的FDG PET-CT上可视化的全身肿瘤负担和肿瘤异质性相关。