XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemclinvar
样本案例 - 不用于临床用途
基因改变位置vaf clinvar转录类型途径BRCA2 C.8638DELA P.T2880F EXON 21 13.8％-NM_00000059.3删除 - 删除 - 造成DNA损伤 /修复BRCA2，乳腺癌2易感性蛋白是一种抑制肿瘤的基因组，是DNA的基因组，是DNA的中心，DNA是基因组的中心。 （PMID：）。此外，BRCA2通过检查点激酶CHK1和CHK2的羧基末端27530658磷酸化调节DNA修复。磷酸化调节BRCA2与RAD51的相互作用，从而导致BRCA-RAD51复合物募集到DNA损伤部位（PMID：）。BRCA2中的种系突变可能与18317453有关，增加了对遗传性乳腺癌和卵巢癌综合征的敏感性（PMID：，PMID：）。22006311 8524414基因改变位置vaf clinvar clinvar clinvar iD类型途径
大脑基因策展的丰富资源
目的：在神经发育障碍研究中，临床确定的变异不足。我们建立了脑基因注册中心（BGR），以使用参与者表型在推定的脑基因中临床上鉴定的变体。在这里，我们报告了第一个179名BGR注册者中的179种遗传变异，并分析了进入时对Clinvar的新颖比例，而在其他疾病数据库中缺乏的比例。方法：从10个学术上的机构中，有179名具有179个变体的人被录取到BGR中。变体在Clinvar中的先前存在和在其他6个遗传数据库中的存在交叉引用。结果：在76个基因中的179种变异中，有76个（42.5％）是新颖的，而分析的所有数据库中都没有62种变体，而没有62种（34.6％）。在Clinvar中存在的103种变体中，有37个（35.9％）是不确定的（不确定意义的变体的Clinvar骨料分类或分类不确定的分类）。对于5种变体，骨架分类与BGR站点提供的分类的解释不一致。结论：不共享新颖或不确定的临床变异的显着比例，限制了新的基因疾病关系的证据基础。与表型配对的临床遗传测试结果的注册有可能提高人们对基因与神经发育障碍之间关系的了解。©2023作者。由Elsevier Inc.代表美国医学遗传与基因组学院出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
用于快速和简化的...
2020年4月8日访问了Clinvar数据库。变体用以下条件过滤：1）包括有效的grch38/hg38坐标2）标记为“临床分解”列的致病性，3）包含一个由列的串联来确定的唯一标识符，由列的“名称”，“名称”，“ rs＃（dbsnp）”，“ rs＃（dbsnp）”和“ variatiationId”。所有具有模棱两可的IUPAC代码的变体都被转换为具有非模棱两可碱基的单独条目，用于下游分析。按照以下步骤，Clinvar变体的总数总计为69,481。序列输入均为所有条目的安装和校正这些病原变体的格式。在Clinvar变体上运行PrimedSign后，候选Pegrna Designs
人类多能干细胞的碱基编辑用于模拟长 QT 综合征
规则，必须为20nt+PAM形式，突变位点在sgRNA编辑窗口2-8内，获得符合基因编辑条件的治疗靶点。为避免基因编辑过程中的旁观者编辑，我们建议仅对sgRNA编辑窗口2-8内的一个突变位点进行编辑。其他数据库如ClinVar（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/）也是推荐的。
对Ern-Ithaca的1522例索引病例的基于溶液-RD Clinvar的重新分析揭示了外显子测序中常见的陷阱和误解。
目的：在Solve-RD项目（https://solve-rd.eu/）内，欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常智力网络旨在调查基于Clinvar案例的未解决病例的外来分析是否可以建立其他诊断。我们介绍了“ Clinvar低悬一起”重新分析的结果，先前分析失败的原因以及学习的经验教训。方法：来自欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常的欧洲参考网络收集的第一个3576个外来的数据（1522个证券和2054个亲戚）通过Solve-rd Consortium重新分析，通过评估单核位变种和临床插入式（cline clinient and Simplerient and Silkerions and Silkeriptions and in Simples和delersert ins in to noce）和多种插入率（clience intery contence in Cline）和多种插入率（涉及单核）。根据频率，基因型和遗传模式和重新解释的频率，基因型和模式进行过滤。结果：我们确定了59例（3.9％）的因果变异，其中50例也由其他诉讼和9例导致了新的诊断，突出了解释挑战：在第一次分析时与人类疾病相关的基因的变异，或者误导了局部局部局部变化（变异型），该变异属于人类疾病的变化（变异）（变化型）。 lters，低等位基因平衡或高频）。结论：“ Clinvar低悬挂水果”分析代表了一种从外显子组测序数据中恢复因果变异的有效，快速且简单的方法，这也有助于减少诊断僵局。©2023作者。由Elsevier Inc.代表美国医学遗传与基因组学院出版。这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。
针对数千种人类致病变异的 CRISPR 主编辑器的自动设计
1. 纽约基因组中心，纽约州纽约市，美国。2. 纽约大学生物学系，纽约州纽约市，美国。† 这些作者贡献相同。 * 电子邮件：neville@sanjanalab.org 关键词：Prime 编辑、CRISPR、致病变异、ClinVar、人类遗传变异
针对单碱基编辑的致病变异的基因组规模分析
方法：使用 ClinVar 数据库 (GRCh37_clinvar_20171203) 搜索和选择可用于当前单碱基编辑系统的突变。我们仅纳入致病和可能致病的变异以供进一步分析。对于每一个可能可编辑的突变，我们检查 PAM 的存在。如果发现 PAM，我们会分析序列以找到只编辑一个核苷酸而不改变相邻核苷酸的可能性。用于搜索 Clinvar 数据库和分析序列的脚本代码是用 R 编写的，可在附录中找到。结果：我们分析了目前在 9 篇出版物中报道的 21 个编辑系统。每个系统都有不同的工作特性，例如编辑窗口和 PAM 序列。C > T 碱基编辑器可以精确定位 3196 个突变（占所有致病 T > C 变异的 46%），A > G 编辑器可以精确定位 6900 个突变（占所有致病 G > A 变异的 34%）。
非小细胞肺癌（NSCLC）中EGFR外显子7突变的新发现：四个病例的临床和病理分析
表皮生长因子受体（EGFR）基因的18至21的外显子基因是NSCLC患者中最常见的突变区域[1]。在具有特定EGFR突变的NSCLC患者中，对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）的治疗有良好的反应，例如19-DEL，L858R，T790M，20-INS，G719X，S768I和L861Q [2]。近年来，临床实践中大规模平行测序技术的开发和标准化实施使得可以鉴定稀有突变，包括EGFR的外显子7中的突变。2018年，Dai L等。 [3]报道了C.866C> t（p。A289V）突变，它影响了EGFR外显子7的细胞外区域。 该突变尚未包含在主要国际数据库中，例如Oncokb，Uncormon EGFR和Clinvar [4]。2018年，Dai L等。[3]报道了C.866C> t（p。A289V）突变，它影响了EGFR外显子7的细胞外区域。该突变尚未包含在主要国际数据库中，例如Oncokb，Uncormon EGFR和Clinvar [4]。
高脂血症检查（内分泌科）Plus
我们在两例 LDL 和总胆固醇偏高的患者中发现了这种变异（BpG 未发表的观测数据）。位于 EGF 前体同源域的变异已在家族性高胆固醇血症 (FH) 患者（PMID 19837725、15241806、11810272、2088165、23375686）以及心肌梗死患者（PMID 25487149）和乳糜微粒血症综合征患者（PMID 28391899）中报告。Pirillo 等人报告了 107 名患有杂合 p.(Gly549Asp) 变异的 FH 患者和一名患有 p.(Gly549Asp) 变异且 PCSK9 基因中存在变异的患者（PMID 28965616）。 T raeger-Synodinos 报告了 34 名年龄在 2 个月至 16 岁之间的儿童，他们携带 p.(Gly549Asp) 变异杂合子 (PMID 9544850)。该变异也已在数名 FH 患者临床变异数据库 ClinVar 3698、荷兰 FH 数据库和 UMD-LDLR 数据库中报告。功能研究表明，该变异可降低受刺激的 T 淋巴细胞和 EBV 转化的 B 淋巴细胞中的 LDLR 活性，并抑制 LDL 转运并减少细胞中的 LDL 摄取 (PMID 21865347、25647241)。此外，已报道另一种影响相同氨基酸残基的变体 p.(Gly549Val) 或 p.(Gly528Val) 与 FH 相关 (PMID 1301940 , ClinVar 251955 )。
深入探索鲜为人知的基因
关于鲜为人知或中等风险基因、低等位基因和 VUS TMC 癌症遗传学部门拥有 10,000 多例病例的精选种系基因型和表型数据 - 不仅包括 BRCA1/2、MLH1、MSH2、TP53、PALB2 等特征明确的基因，还包括鲜为人知的基因（CHEK2、BRIP1、RAD51、CDH1、MSH6、PMS2、SDH 等）。我们已将数百个 ClinVar VUS 重新归类为可能良性，并将一些重新归类为可能致病性