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生物信息学表征小儿感官听力损失的不确定意义的变体
简介：下一代测序（NGS）和生物信息学工具的快速进步使医生可以比以往任何时候都以更快，更具成本效益和全面的方式获得基因检测结果。大约50％的小儿感官听力损失（SNHL）病例是由于遗传病因，因此医师经常使用靶向测序板，这些测序面板鉴定了与SNHL相关的基因中的变体。这些面板允许尽早检测病原变异，使医生可以为家庭提供预期的指导。分子测试并不总是由于存在不同分类的多基因变异物，包括存在不确定意义的变体（VUS），因此并不总是揭示出明显的病因。这项研究旨在在存在其他多基因变异的情况下对与II型Usher综合征相关的患者进行初步的生物信息学表征。我们还为医生提供了一种解释算法，以检查医学遗传学家的分子结果。方法：审查多基因和/或VUS结果的记录，确定了一些潜在的感兴趣主题。为了本研究的目的，两个ADGRV1化合物杂合子符合包容性标准。测序，数据处理和变体调用（从序列数据中鉴定出变体的过程）是在Invitae（San Francisco CA）上进行的。初步分析遵循美国医学遗传学与分子病理协会（ACMG-AMP）在2015年和2019年概述的建议。本研究利用计算分析，预测数据和人群数据以及Clinvar数据库中的图表审查以及公开可用信息的临床信息。结果：将两个受试者鉴定为基因ADGRV1中变体的化合物杂合子。主题1的变体被预测为有害的，而受试者2的变体被预测为无欺骗。这些结果基于Clinvar，多个计算数据，人群数据库以及临床表现的已知信息。
在Lynch综合征中识别出的罕见的MLH1重复
结果：在MMR基因中，在DHPLC基因变异筛选中鉴定了三个家族，该家族在MMR基因中具有致病性/可能的致病性种系变体。所有家庭在几代人的几个家庭成员中都有CRC的历史。肿瘤分析表明，与突变基因以及MSI相对应的MMR蛋白IHC染色的丢失。在MLH1中鉴定出a的a family A，一种结构变体，4至13的重复。预计重复将导致氨基酸520的框架和氨基酸539的过早终止密码子。在家庭B中，在MLH1中发现了1个碱基对缺失，从而在氨基酸491中产生移牌和终止密码子。在家庭C中，我们确定了MSH2中的一个剪接位点变体，该变体预计将导致剪接供体部位的损失。结论：我们在19个测序家族中的三个中，在MMR基因中完全确定了三种致病/可能的致病变异。基于洞察力和Clinvar数据库，MLH1变体是外显子4至13的复制和移码变体的新颖。 Clinvar的一个提交者报告了MSH2剪接网站变体。作为一种变体类别，在MMR基因文献中很少报道重复，尤其是涵盖多个外显子的文献。
一种高度特异性的 CRISPR-Cas12j 核酸酶能够使等位基因
CRISPR-Cas 系统可通过非同源末端连接 (NHEJ) 基因破坏突变等位基因来治疗常染色体显性遗传病。然而，目前的 CRISPR-Cas 系统无法将许多单核苷酸突变与野生型等位基因区分开来。在这里，我们对六种 Cas12j 核酸酶进行了功能性筛选，并确定 Cas12j-8 是一种具有超紧凑尺寸的理想基因组编辑器。Cas12j-8 表现出与 AsCas12a 和 Un1Cas12f1 相当的活性。Cas12j-8 是一种高度特异性的核酸酶，对原间隔区相邻基序 (PAM) - 近端区域中的单核苷酸错配敏感。我们通过实验证明 Cas12j-8 能够对具有单核苷酸多态性 (SNP) 的基因进行等位基因特异性破坏。Cas12j-8 识别简单的 TTN PAM，可提供高靶位点密度。计算机模拟分析显示，Cas12j-8 能够对 ClinVar 数据库中的 25,931 个临床相关变异和 dbSNP 数据库中的 485,130,147 个 SNP 进行等位基因特异性破坏。因此，Cas12j-8 特别适合用于治疗应用。
克林根变异致病性策划模块
ClinGen Variant Pathogenicity Curation Module Date of Release: January 6, 2025 Expiration Date: December 31, 2025 Credits offered: 102 CME, NSGC Category 2 (Self-report) Estimated time for completion: Up to 6 hours per curation (limit of up to 17 curations) Please note: It is recommended that variant curations be submitted in batches of at least 2.课程必须在到期日期概述之前完成临床基因组资源（Clingen，www.clinicalgenome.org）是一种NIH资助的资源，该资源致力于建立权威的中心资源，该中心资源定义了基因和用于精确医学和研究中使用的基因临床相关性。Clingen的变体致病性策展活动利用“序列变异解释的标准和指南：美国医学遗传学与基因组学学院的共同共识和分子病理协会”（Richards等人2015，PMCID：PMC4544753），提供了一个基于证据的框架，将与Mendelian疾病相关的序列变体分类为五层命名法系统。这些准则描述了使用诸如人群数据，计算和预测性分析，功能标准以及等位基因和等位基因和共发现数据的证据，根据标准将变体分为五类（致病性，可能的致病性，不确定的意义，可能是良性和良性）的过程。Clingen变体策展专家小组（VCEP）为Richards等人开发了疾病 - 基因的规格。ACMG/AMP基因 - 疾病对中的指南，特定临床领域内。vCEP由该领域内具有临床护理，研究和诊断实验室专业知识的成员以及具有变异性致病性策划过程经验的生物效果。成员使用其ACMG/AMP规格，并在Clingen的证据存储库和NCBI的Clinvar数据库中发布分类，这两个数据库均可公开使用。此外，Clingen在Clinvar中的VCEP主张被FDA认可为“使用公共人类遗传变异数据库来支持基于遗传和基因组的体外诊断的临床有效性的一部分”。在大多数情况下，生物效应者完成了变体评估并进行临时分类，然后将数据介绍给VCEP进行专家审查和最终批准。VCEP利用贴子变化界面（VCI）进行变异致病性分类的文献。学习目标：在本届会议结束时，参与者应该能够：
CRISPR Prime编辑的自动设计，用于56,000人的病原变体 使用优化的CAS9在病原体中使用的简短同源指导修复，Neoformans可以实现快速的基因缺失和标记 BBB捆绑包 - 与父母交谈 b'' 小胶质细胞：神经回路的活动依赖性调节剂 微型无线神经界面：教程 认知大脑的两个观点 孕产妇虐待：与后代大脑体积和白质连接性的关联 新生儿皮质表面的功能性分割 2025年脑蜂脑科学活动知识大纲 心脏研究所的2025年年度超声心动图和... rwmpc+2025+call+for+prograted+Talks.pdf Levidian的循环技术将在世界上的一个... 中播放 spar3d：来自单个图像的3D对象的稳定点感知重建 1。来自一个月TB006治疗方案的TOPLINE数据... 遗传综合征的基因治疗 七个原始问题 探索Go Gryptography
摘要Prime Editor（PES）是定期间隔的短篇小说重复序列（CRISPR）基于基于基于）的基因组工程工具，可以引入精确的基本配置编辑。我们开发了一条自动管道，以纠正（治疗性编辑）或引入（疾病建模）人类的致病变异，该变异能够阐明主要编辑所需的几种RNA构建体的设计，并避免了人类基因组中预测的非目标。但是，使用最佳的PE设计标准，我们发现只有一小部分这些致病性变体才能得到焦油。通过使用替代CAS9酶和扩展模板，我们将可靶向的病原变体的数量从32,000增加到56,000个变体，并使这些预先设计的PE构建体可通过基于Web的门户（http://primeedit.nygenome.org）访问。鉴于具有治疗基因编辑的巨大潜力，我们还评估了开发通用PE构建体的可能性，发现常见遗传变异仅影响少数少数设计的PE。
降低了引起肌萎缩性横向硬化症的基因变异的渗透率
抽象的背景肌萎缩性横向硬化症在病因和遗传学上与额颞痴呆症重叠，并以家族性和明显零星的形式发生。最常见的基因是C9orf72，SOD1，TARDBP和FUS。这些基因中引起疾病的变异的外观是不完整的，但在人群水平上尚未得到很好的研究。 目的我们试图确定通常导致肌萎缩性横向硬化症的基因中病原和可能致病性变异的种群水平的外观。 使用肌萎缩性侧面硬化症和额颞痴呆的流行病学数据用于计算人口水平下每个基因的预期引起疾病的变体的预期频率。 来自GNOMAD和CLINVAR数据库的变体数据用于确定观察到的引起疾病的变体数量，并估计每个基因的种群水平的渗透率。 C9orf72的数据是从已发表的文献中获得的。 发现肌萎缩性外侧硬化症或额颞痴呆的最大种群渗透率为C9ORF72（95％CI（20.9至53.2）），SOD1为54％，SOD1为54％（95％CI（95％CI）（95％CI（32.7至88.6），tardbp（38％），tardbp（95％CI）（95％CI（95％）（21 fo to y（21）。 （95％CI（13.0至28.4））。 结论肌萎缩性侧索硬化病疾病基因的种群水平渗透性降低。 这一发现对受影响个人及其未受影响的亲戚的基因检测和咨询具有影响。这些基因中引起疾病的变异的外观是不完整的，但在人群水平上尚未得到很好的研究。目的我们试图确定通常导致肌萎缩性横向硬化症的基因中病原和可能致病性变异的种群水平的外观。使用肌萎缩性侧面硬化症和额颞痴呆的流行病学数据用于计算人口水平下每个基因的预期引起疾病的变体的预期频率。来自GNOMAD和CLINVAR数据库的变体数据用于确定观察到的引起疾病的变体数量，并估计每个基因的种群水平的渗透率。C9orf72的数据是从已发表的文献中获得的。 发现肌萎缩性外侧硬化症或额颞痴呆的最大种群渗透率为C9ORF72（95％CI（20.9至53.2）），SOD1为54％，SOD1为54％（95％CI（95％CI）（95％CI（32.7至88.6），tardbp（38％），tardbp（95％CI）（95％CI（95％）（21 fo to y（21）。 （95％CI（13.0至28.4））。 结论肌萎缩性侧索硬化病疾病基因的种群水平渗透性降低。 这一发现对受影响个人及其未受影响的亲戚的基因检测和咨询具有影响。C9orf72的数据是从已发表的文献中获得的。发现肌萎缩性外侧硬化症或额颞痴呆的最大种群渗透率为C9ORF72（95％CI（20.9至53.2）），SOD1为54％，SOD1为54％（95％CI（95％CI）（95％CI（32.7至88.6），tardbp（38％），tardbp（95％CI）（95％CI（95％）（21 fo to y（21）。 （95％CI（13.0至28.4））。结论肌萎缩性侧索硬化病疾病基因的种群水平渗透性降低。这一发现对受影响个人及其未受影响的亲戚的基因检测和咨询具有影响。
对系统变体效应映射的优先基因
动机：临床上罕见的错义变体的致病性解释时，大多数被分类为不确定意义的变体（VUS）。尽管功能分析可以为变异分类提供有力的证据，但这种结果通常不可用。变体效应的多路复用测定可以生成实验性的“变异效应图”，该实验效果图几乎为选定蛋白质靶标的几乎所有可能的错义变体都对蛋白质功能产生影响。然而，这些努力并不总是优先考虑蛋白质的优先蛋白，这些蛋白质对临床变异的解释产生了最大的影响。结果：在这里，我们挖掘了临床解释的变体的数据库，并应用了三种策略，每种策略在上一个建筑物上，以优先考虑基因，以进行系统的功能测试。根据已报告给Clinvar的独特错义VU的数量，策略对基因进行了排名（i）； （ii）通过移动性和重新出现加权冲击评分，可以通过难以调整的影响分数为重新出现，可移动VU和（iii）提供额外的权重，以说明更长期基因的生成变异效应图的较高资源密集型性质。我们的结果可用于指导错义变化的系统功能测试，以更大的影响对临床变异解释。可用性和实施：源代码可用：https：//github.com/rothlab/mave-gene-prioritization联系人联系：robert.nussbaum@invitae.com或fritz.roth@utorento@utoronto.ca补充信息：补充数据可在Bioinformics Online上获得补充数据。
脂质纳米颗粒有效地提供了基本编辑器ABE8E，以进行col7a1校正，以疾病性表皮溶液bullosa成纤维细胞Invitro
到编辑脂质纳米颗粒（LNP）已被广泛批准，并在全球范围内用于传递mRNA。lnps可以包装并传递mRNA编码的基因编辑器，包括腺嘌呤碱基编辑器，它们将T碱基对转换为无需双重DNA断裂或供体DNA的G C C碱基对（Gaudelli等，2017）。腺嘌呤基本编辑器是一种潜在的治疗方法，用于遗传性疾病营养不良的表皮溶液Bullosa（DEB）。deb是由COL7A1的致病变异引起的，导致功能障碍或不存在VII型胶原蛋白（C7），这是固定纤维的主要组成部分，它们粘附了皮肤E表皮连接，从而使皮肤稳定性（Bardhan等，2020）。目前无法治愈DEB；然而，W 90％的Col7a1变体是单核苷酸变体，c> t单核苷酸变体可用于W 60％的变体（Clinvar数据库； 2023年8月访问）。这些变体是由腺嘌呤碱基编辑器定位的；我们的小组和其他人已经证明了腺嘌呤基本编辑器在恢复病原变体和恢复C7表达方面的实用性（Osborn等，2020; Sheriff等，2022）。在这项研究中，我们首先探讨了新型LNP的使用，以mRNA格式传递ABE8E（Richter等，2020），其单一指定RNA（SGRNA）针对致病性C.5047 c> t col7aa1 col7a1 col7a1变体在患者锻造的纸张中
PNB设计师：设计用于动物和植物的Prime和Base Editor指南的Web应用程序
抽象背景：CRISPR工具箱通过标记效应子域的快速扩展，以酶促无效CAS9（DCAS9）或Cas9 Nickase（NCAS9）导致了几种有希望的新基因编辑策略。最近的添加包括CRISPR胞嘧啶或腺嘌呤碱基编辑器（CBES和ABES）和CRISPR Prime编辑器（PES），其中脱氨酶或逆转录酶分别融合到NCAS9。这些工具在动物和植物模型中建模并纠正引起疾病的突变的巨大希望。但到目前为止，还没有广泛可用的工具可以自动化BE和PE试剂的设计。结果：我们开发了PNB Designer，这是一种基于Web的PEGR NAS设计的应用程序，用于BES，并指导RNA。PNB设计师使设计定位指向RNA的指南RNA针对跨越多个王国的变体或参考基因组上的单个或多个靶标的指南RNA。与PNB设计师一起，我们设计了PegrNA，以模拟所有已知疾病，从而导致Clinvar可用的突变。此外，PNB设计人员可用于设计指南RNA来安装或恢复SNV，用一个CBE和七个不同的ABE PAM变体扫描基因组，并返回最佳使用。PNB设计师可以在http：//fgcz-shiny .uzh.ch.ch.ch/pnbde signe r/结论上公开访问：结论：使用PNB设计师，我们为CRISPR PE和BE Reagents创建了一种用户友好的设计工具，应该简化选择编辑策略和避免设计并避免设计并进行设计。
一种基因致病性工具“ genepy”识别丢失的双质...
目的：100,000个基因组项目诊断出了四分之一的受影响参与者，但有26％的诊断不在应用基因面板上；许多人是从头变体。评估没有基因面板的双重变体更具挑战性。方法：我们试图使用Genepy识别丢失的双重诊断，其中包含等位基因频率，Zygosity和一个用户依赖的有害度量，每个参与者都会产生每个基因的综合基因分数。我们计算了78,216个100,000个基因组项目参与者的2862个隐性疾病基因的遗传评分。对于每个基因，我们对参与者的基因分数进行了排名，并在没有诊断的情况下对受影响的参与者进行了仔细检查，他们的分数在每个基因的前5名中排名。在参与者表型与感兴趣的疾病基因重叠的情况下，我们提取了稀有变体和应用相，clinvar和ACMG分类。结果：3184个未经分子诊断的人的受影响的个体的遗传评分为前5位，而3184中的682个（21％）的表型与顶级基因重叠。在669（18％）表型匹配的病例中的122例（不包括13例撤回参与者）中，我们确定了假定的错过诊断（占所有未诊断参与者的2.2％）。另外334例（50％）中有334例可能遗漏了诊断，但需要验证功能验证。结论：大规模应用基因研究已确定了456个潜在诊断，证明了新型诊断策略的价值。©2024作者。由Elsevier Inc.代表美国医学遗传与基因组学院出版。这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。