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MHC-I细胞免疫反应中的相互作用
Pai，Joy A.，Matthew D. Hellmann，Jennifer L. Sauter，Marissa Mattar，Hira Rizvi，Hyung Jun Woo，Nisargbhai Shah等。 2023。 “谱系追踪揭示了免疫检查点阻断期间肿瘤特异性T细胞的克隆祖细胞和长期持久性。”癌细胞41（4）：776-790.E7。 https://doi.org/10.1016/j.ccell.2023.03.009。Pai，Joy A.，Matthew D. Hellmann，Jennifer L. Sauter，Marissa Mattar，Hira Rizvi，Hyung Jun Woo，Nisargbhai Shah等。2023。“谱系追踪揭示了免疫检查点阻断期间肿瘤特异性T细胞的克隆祖细胞和长期持久性。”癌细胞41（4）：776-790.E7。https://doi.org/10.1016/j.ccell.2023.03.009。
干细胞研究
干细胞系的替代名称1502.3（MCRII019-A）1502.3 COL2A1 p。G1170S（MCRII019-A-2）墨尔本默多克儿童研究所，澳大利亚墨尔本和马萨诸塞州科技研究所，美国美国技术研究所，分销商ShireenLamandéShireen.lamandéShireen.lamandé.lamande.lamande@mcri.edu.au; Associate Professor Matthew Shoulders mshoulde@mit.edu Type of cell lines iPSC Origin Human Cell Source Dermal fibroblast-derived human induced pluripotent cell line MCRIi019-A (http://hpscreg.eu/cell-line/MCRIi019-A) Clonality Clonal Method of reprogramming Episomal vectors Multiline rationale Isogenic clones Gene modification Yes Type of modification Induced mutation Associated disease Legg-Calve-Perthes Disease OMIM #150600 Gene/locus COL2A1 c.3508 GGT > TCA (p.G1170S) Chromosome 12q13.11 Method of modification CRISPR/Cas9 Name of transgene or resistance N/A Inducible/constitutive system N/A Date archived/stock date February 2019 Cell line repository/bank https://hpscreg.eu/cell-line/mcrii019-a; https://hpscreg.eu/cell-line/mcrii019-a-2伦理批准这项研究得到了皇家儿童医院（HREC 33118）的人类研究伦理委员会的批准，澳大利亚维多利亚州
对抗癌症耐药性的进化策略
肿瘤形成是通过克隆群体的突变和选择而发生的。诺维尔 (Nowell) 于 1976 年 [ 1 ] 提出的癌症进化模型已被 45 多年的实验证据所证实。简而言之，肿瘤通过获得连续的促进生长的适应性从相应正常组织的单个细胞进化而来。这些适应性可以是遗传的，也可以是表观遗传的，是由突变、拷贝数变异、基因融合事件和其他分子紊乱引起的。选择能够提高特定细胞适应性的适应性，从而导致克隆群体的生长。随着连续适应性的获得，肿瘤从正常组织发展为癌前病变、原位癌、局部癌，最后发展为播散性转移性癌。在诊断时，实体瘤通常是一个高度异质性的群体。此外，由于身体不同部位施加的选择压力不同，转移会推动进一步分化。即使在单一组织中，由于免疫效应、正常组织相互作用、与血管的距离以及克隆干扰，选择压力也会有很大差异 [ 2 ]。这些进化过程使肿瘤能够适应几乎任何选择压力，包括临床治疗。癌症进化出对化疗耐药性的惊人能力是当今肿瘤学最艰巨的挑战之一。癌症是一种高度多样化的疾病——肿瘤可能来自不同的组织类型，这可能导致患者出现不同的症状。即使是同一器官中患有肿瘤的人，其症状和对治疗的反应也可能有所不同。癌症的严重程度分为四个阶段，这会影响预后。肿瘤也可以分化到不同程度。肿瘤分化越差，与原始组织的差异就越大，预后往往更差。不同个体肿瘤的差异被称为肿瘤间异质性。此外，随着肿瘤内细胞的快速增殖，可能出现具有不同进化轨迹的亚群，从而导致肿瘤内异质性。肿瘤内的亚群对治疗的反应程度可能不同，有时可能天生对某些药物有耐药性，这使得治疗更加困难，疾病复发的可能性也更大。鉴于疾病的多样性，人们采取了多种方法来治疗它（图 1）。药物耐药机制因药物而异
基于单细胞打印技术和乳液偶联分析对 CRISPR/Cas9 RANKL 敲除间充质干细胞克隆进行表征，作为单细胞克隆的低细胞工作流程
基因改造单细胞的同质性对于许多应用（例如细胞系开发、基因治疗和组织工程，尤其是再生医学应用）而言是必需的。缺乏有效分离和表征 CRISPR/Cas9 工程细胞的工具被认为是这些应用中的一个重大瓶颈。尤其是蛋白质检测技术不兼容，无法在没有先决条件大规模克隆扩增的情况下确认蛋白质表达变化，这在许多应用中造成了僵局。为了改善工程细胞的表征，我们提出了一种改进的工作流程，包括基于高产量荧光特性的单细胞打印/分离技术、基因组编辑筛选（测量测定）、评估改变的基因表达的 mRNA rtPCR 和一种称为乳化偶联的多功能蛋白质检测工具，以提供高含量、统一的单细胞工作流程。该工作流程以 RANKL 敲除永生化间充质干细胞的工程和功能验证为例，这些细胞的骨形成能力发生了改变。由此产生的工作流程经济实惠，无需大规模克隆扩增细胞，整体克隆效率高于 CRISPR/Cas9 编辑细胞的 30%。尽管如此，由于单细胞克隆在细胞发育的早期高度并行阶段得到全面表征，包括 DNA、RNA 和蛋白质水平，因此该工作流程可提供更多成功编辑的细胞以供进一步表征，从而降低开发过程中后期失败的可能性。
整合单细胞RNA和T细胞/B细胞受体...
目前缺乏对单细胞转录和蛋白质水平的整个生命周期中免疫景观的进化，在发育，成熟和衰老过程中目前缺乏。We recruited a total of 220 healthy volunteers from the Shanghai Pudong Cohort (NCT05206643), spanning 13 age groups from 0 to over 90 years, and profiled their peripheral immune cells through single-cell RNA-sequencing coupled with single T cell and B cell receptor sequencing, high-throughput mass cytometry, bulk RNA-sequencing and flow cytometry验证实验。我们揭示了T细胞受年龄影响最大的影响，并且在特定年龄期间经历了细胞 - 细胞相互作用中最密集的重新布线。不同的T细胞子集在转录组和免疫谱图中均显示出不同的衰老模式。例子包括Gnly + CD8 +效应记忆T细胞，这些细胞在所有T细胞子集中表现出最高的克隆膨胀，并在儿童和老年人中显示出明显的功能特征。和CD8 + MAIT细胞达到了青少年的相对丰度，克隆多样性和抗菌能力的峰值，然后逐渐逐渐变细。有趣的是，我们确定并实验验证了富含儿童的先前未识别的“细胞毒性” B细胞子群。最后，基于整个生命周期的单细胞数据开发了一个免疫年龄预测模型，该模型可以评估健康个体的免疫状态并确定具有障碍免疫功能的人。我们的工作提供了有价值的见解和资源，以进一步了解整个人类寿命的免疫系统的衰老。
髓系恶性肿瘤中的 RAS 突变：以新见解和治疗视角重新审视旧问题
NRAS 和 KRAS 激活点突变存在于 10 – 30% 的髓系恶性肿瘤中，并且通常与增殖表型相关。RAS 突变具有等位基因特异性结构和生化特性，具体取决于热点突变，从而导致不同的生物学后果。鉴于它们在大多数髓系恶性肿瘤中的亚克隆性质，它们的克隆结构以及与其他驱动基因改变的协同模式可能会对髓系恶性肿瘤的预后和治疗产生直接的因果影响。总体而言，RAS 突变往往与慢性和急性髓系恶性肿瘤的不良临床结果有关。最近的几种预后评分系统已纳入 RAS 突变状态。虽然 RAS 突变并不总是作为独立的预后因素，但它们会显著影响疾病进展和生存。然而，它们的临床意义取决于突变类型、疾病背景和所采用的治疗方法。最近的证据还表明，RAS 突变会导致对靶向治疗产生耐药性，尤其是 FLT3、IDH1/2 或 JAK2 抑制剂以及维奈克拉-阿扎胞苷组合。研究针对 RAS 通路内多个轴（包括上游和下游成分）的新型治疗策略和组合是一个活跃的研究领域。直接 RAS 抑制剂在实体瘤患者中的成功应用，让人们重新燃起希望，相信这一进展将转化为血液系统恶性肿瘤患者的治疗。在这篇综述中，我们重点介绍了过去十年间骨髓恶性肿瘤中 RAS 突变的关键见解，包括其流行率和分布、协同遗传事件、克隆结构和动态、预后意义和治疗靶向性。
沙门氏菌血清鼠伤寒沙门氏菌的定量...
抽象的鼠模型通常用于研究肠道病原体肠typhimurium的致病性和传播。在这里，我们量化了s。使用StampR分析管道和高度多样的小鼠中的小鼠中的伤寒人群动力学。typh- imurium barcod的文库，包含约55,000个独特的菌株，可通过枚举s来区分基因组条形码。伤寒创始人群和小鼠传播的解密途径。我们发现，严重的瓶颈只允许口服接种物中的一百万个细胞中的一个人在肠道中建立一个小众。此外，我们观察到整个肠道中病原体种群的分室化，肠段和粪便之间几乎没有条形码。链霉素治疗后这种严重的瓶颈扩大和分室化降低，这表明微生物群在限制病原体的定植和肠内运动中起关键作用。此外，在肠道和局部器官种群之间存在最小的共享，表明向肠外部位传播迅速发生，直到肠道大量病原体扩张。通过静脉注射或腹膜内注射通过接种小鼠来绕过肠道瓶颈，发现沙门氏菌在至少两种不同的途径中在肠外部位建立壁nir后将肠子重新进入肠。一条途径导致多样化的肠道种群。在一起，这些发现加深了我们对沙门氏菌种群动态的理解。另一种重生途径是通过胆汁，病原体通常是克隆的，导致克隆肠种群，并与胆囊病理相关。
合成SGRNA套件 - Net
请访问Synthego.com/Resources找到建议的转染协议。步骤4：分析敲除效率合成的推断CRISPR编辑（ICE）是一种免费的在线工具，可简单地使用Sanger序列数据对基因组编辑进行易于定量评估。该软件比较了从编辑和未编辑的细胞库中分离出的基因组DNA产生的扩增子的序列轨迹。该工具可在Ice.synthego.com上找到。基因组DNA制备，冰分析和克隆分离的方案可在Synthego.com/resources上获得。
斯坦福医学的芯片诊所
张博士在芯片诊所看到了许多患者，该诊所在血液学划分的情况下运作，发现他们偶然地通过了非处方DNA测试（例如23andMe）。“他们收回了测试结果，并告诉他们他们有一种叫做克隆的hema topoiesis的东西，他们不知道这意味着什么。”张博士说。在与他们的初级保健物理学结合后，这些患者经常被转诊为斯坦福大学的血液学家，最终是芯片诊所。“这是一个如此专业的研究领域，而且是如此新的领域，以至于许多从业人员需要将Chip患者转诊出去。”“那是我进来的地方。”