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基因突变很重要
结直肠癌 (CRC) 是全球癌症相关死亡的第三大常见原因，每年有近 100 万人死于该病 (1)。大约一半的转移性 CRC 携带 KRAS（Kirsten 大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物）激活突变，导致 GTP 结合活性形式和 GDP 结合非活性形式之间的稳态平衡被破坏。RAS 活性形式的持续存在与上游 RTK 的影响完全脱节，导致主要涉及细胞增殖和迁移过程的几种下游通路过度激活 (2,3)。因此，以 RTK 为靶点的药物（如抗表皮生长因子受体 (EGFR) 单克隆抗体 (moAb)）无效。外显子 2 上的密码子 12 和 13 以及外显子 3 上的密码子 61 是最常见的 KRAS 突变位点，而外显子 4 上的密码子 117 和 146 以及其他 RAS 家族成员 HRAS 和 NRAS 上的突变则非常罕见（4-7）。对转移性 CRC 患者中 KRAS 突变的临床影响的理解始于外显子 2 突变被确定为对西妥昔单抗和帕尼单抗等抗 EGFR 单抗反应的负面预测因子（8、9）。然后，对 KRAS 的扩展评估
酵母杀伤毒素K2的信号序列赋予生产者的自我保护，并允许转换为模块化毒素 - 抗毒素系统
图1。N末端区域在K2免疫力中的重要性。 a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。 将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。 酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。 K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。N末端区域在K2免疫力中的重要性。a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。K2毒素。b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。单个重复值显示为点。wt：野生型K2，控制：空矢量。c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。
santos_jcf_2022-crispr.pdf
在CFTR基因中已经识别出来，其中8％是非理性变体[2，3]。CFTR基因中第二大最普遍的废话变体是W1282X（C.3846G> A），占全球等位基因的1.2％[2]。W1282X-CFTR变体生成过早的终止密码子（PTC），该密码子（PTC）导致胡说八道介导的衰减（NMD），因此产生了很少或没有全长的CFTR蛋白[3]。在过去的十年中，食品药品监督管理局（FDA）和欧洲药品局（EMA）批准了四种不同的CFTR蛋白模型，以治疗CF的根本原因：一个增强剂（VX-770），这些原因（VX-770）增加了质量膜上的通道开放概率，并对97个不同的变化群和三个不同的变量（VX-809）（Vx-809，VX）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx）（Vx-880）（Vx）（Vx-880）（Vx）（Vx-8809）， VX-445）改善了最普遍的CF变体F508DEL的蛋白质折叠和效果[4，5]。总共意味着约85％的CF患者有潜在的治疗方法。但是，由于这些药物直接作用于CFTR蛋白，因此它们不适合治疗患有W1282X和其他PTC变体的CF患者。
基于双 AAV CRISPR-Cas9 的“...
mRho hRHO/+ 小鼠注射了双 AAV 系统，其中以不同的载体 1：载体 2 比例识别出领先的 gRNA 59，并在注射后 6 周进行分析（载体 n=12；gRNA 59 n=20–22）。显示平均值 (SD)。*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001、****p<0.0001 vs 载体。# p<0.05、## p<0.01、#### p<0.0001 vs 其它载体比例。(A) 编辑标准化为转导区域。黑色虚线表示达到治疗相关编辑水平 (≥25%) 的阈值。3 (B) gRNA 水平。(C) Cas9 mRNA 水平。(D) 内源性 hRHO mRNA 水平。数据标签表示与载体相比的百分比下降。(E) 外源性替代 coRHO mRNA 水平。数据标签表示与载体相比的倍数增加。AAV，腺相关病毒；bp，碱基对；coRHO，密码子优化的RHO等位基因；gRNA，向导RNA；hRHO，人类RHO等位基因；mRho，小鼠Rho等位基因；NGS，下一代测序；RHO/Rho，视紫红质；SD，标准差。
朝着基于双AAV CRISPR-CAS9的双重前进
MRHO HRHO/+小鼠在各种矢量1：矢量2比率下注射了双AAV系统，并在注射后6周分析了铅GRNA 59，并在注射后6周进行分析（车辆n = 12; n = 20-22的GRNA 59）。平均（SD）。*p <0.05，** p <0.01，*** p <0.001，**** p <0.0001与车辆。＃p <0.05，## p <0.01，#### p <0.0001 vs其他向量比。（a）编辑归一化为转导面积的编辑。黑色虚线表示实现治疗相关的编辑水平（≥25％）的阈值。3（b）GRNA水平。（c）Cas9 mRNA水平。（d）内源性HRHO mRNA水平。数据标签表明％降低与车辆。（E）外源替代Corho mRNA水平。数据标签表明折叠与车辆增加。AAV，腺相关病毒； BP，基对； Corho，密码子优化了Rho等位基因； GRNA，导向RNA； Hrho，人类Rho等位基因； Mrho，老鼠Rho等位基因； NGS，下一代测序； Rho/Rho，Rhodopsin； SD，标准偏差。
Pioneer Factor 改进了基于 CRISPR 的 C-To-G 和 C-To-T 碱基编辑
真核生物中的碱基编辑事件需要兼容的染色质环境，但关于染色质因子如何影响编辑效率或窗口的研究很少。通过设计与各种先驱因子融合的BE（碱基编辑器），作者发现SOX2显著提高了GBE和CBE的编辑效率。SoxN-GBE（SOX2-NH3-GBE）提高了原型间隔物整体胞嘧啶的编辑效率，而SoxM-GBE/CBE（SOX2-Middle-GBE/CBE）则能够在PAM-近端胞嘧啶处实现更高的碱基编辑。通过分离SOX2的功能域，构建了SadN-GBE（SOX2激活域-NH3-GBE）以获得更高的编辑效率，而SadM-CBE则具有更宽的编辑窗口。通过 DNase I 试验，还证明了编辑效率的提高很可能与 SAD 诱导染色质可及性有关。最后，使用 SadM-CBE 在原癌基因 MYC 中引入终止密码子，该位点以前很少被高效编辑。在这项工作中，通过融合先锋因子或其功能域构建了一类新的先锋 BE，它在真核生物中表现出更高的编辑效率或更宽的编辑窗口。
Hsp90 的综合适应度图显示出广泛的环境依赖性
摘要 长期以来，人们一直认为基因-环境相互作用会影响分子进化。然而，大多数突变的环境依赖性仍然未知。利用深度突变扫描，我们对酵母进行了改造，使其具有编码 Hsp90 中 14,160 种氨基酸变体的所有 44,604 个单密码子变化，并在标准条件和五种应激条件下量化了生长效应。据我们所知，这些是点突变体确定的最大综合适应度图。许多变体的生长在不同条件下有所不同，表明环境会对 Hsp90 进化产生很大影响。多种变体在个别条件下提供了生长优势；然而，这些变体在其他环境中往往表现出生长缺陷。在现存真核生物中观察到的 Hsp90 序列多样性优先包含在所有测试条件下都支持稳健生长的变体。Hsp90 的长期选择压力可能不是在个别条件下有利于替换，而是来自波动的环境，导致在各种条件下都具有稳健性。
温和的怀疑论至定位的第一代...
摘要这项研究报告了我们关于遗传主题“ UUU的堕落”的严重缺陷的发现，如•Matthaei-Nirenberg Poly-U实验在1961年从未提及第一遗传代码UUU的退化性质。• Ochoa's experimental conclusion “3U:phe, 2U1C:phe” was lack of the chemical transforming process between “20 groups of 3 nucleotides (or 20 species of amino acids)” and “64 linear nucleotide triplets( or 64 times of amino acids frequency), the mathematical transformation of three consecutive nucleotides on Watson-Crick model of DNA from 64 linear triplets to 20三角形（在Gamow对钻石代码的观察中）永远不可能使“ 20种氨基酸”重复为“ 64次氨基酸”，而Ochoa的UUU既不是三个U，也不是线性三胞胎UUU•UUU退化涉及的许多概念严重违反了1961年的Matthaei-Nirenberg Poly-U实验。•在数学中，参数阵列（1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：3，1：6，1：6，1：6，1：6，1：6，1：6，1：6，1：6; 6也不是deg isher deg is of deg nover of。因此，可以选择每个氨基酸的“膨胀值”，以对应Gamow中的三胞胎的任何值 - Crick“编码”建议。•摆动假说只会改变反登激，不会改变tRNA上的氨基酸物种。•在化学中，多 - （u，c）在非尼伦贝格实验中产生多phe严重违反了Matthaie-Nirenberg实验中产生的多phe。最后，我们建议取消UUU堕落的概念，即：“ UUU退化为UUC”无法在生化科学中建立。• No biochemists find the model protein in which the phenylalanine has only 2 shares, nor the total proportion among different amino acids are as “(1:1:2 :2,:2 :2:2 :2 :2 :2:2 :3:4 :4:4:4:4:6:6:6) “, and in which the model nucleic acid has 64 triplet (each triplet codon displays once in the model nucleic酸）。
由于大流行期间的流动性限制而引起的气候变化：审查瘦素受体基因（LEPR）...
已知瘦素受体基因（LEPR）的多态性发生在该基因的多个部位，并被认为在引起肥胖症的瘦素耐药性中起作用。在密码子223中发现了最广泛研究的单核苷酸聚合物Phism，这通过将腺嘌呤（a）转换为鸟嘌呤（g），从而导致谷氨酰胺（CAG）转化为精氨酸（CGG）。然而，它与肥胖的人体测量学和代谢参数的关系尚不清楚。LEPR上的遗传变异可能会改变受体的结构和功能，从而影响肥胖症中的脂肪含义。但是，它可能会在不同年龄，性别和种族的个体中提供各种结果。本综述旨在确定世界上几个人群中GLN223ARG LEPR多态性和肥胖之间的关联，以及对口腔健康的见解，尤其是炎症性口服疾病。作为本评论文章的结果，LEPR多态性与肥胖之间的关系（包括其代谢变化）在人群之间有所不同，这可能是由于基因到基因的交流或与环境的基因相互作用所致。马来西亚医学与健康科学杂志（2024）20（SUPP12）156-165。 doi：10.47836/mjmhs.20.s12.22马来西亚医学与健康科学杂志（2024）20（SUPP12）156-165。 doi：10.47836/mjmhs.20.s12.22
CodeBreak 200：研究局限性和未来方向
近年来，肺癌研究的突破性进展为直接针对 KRAS 突变的创新治疗铺平了道路。长期以来，KRAS 突变一直被认为无法用药，因为它们对底物 [鸟苷三磷酸 (GTP)] 的亲和力高，达到皮摩尔水平，且缺乏已知的调节结合位点。非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的 KRAS 突变最常发生在外显子 2 和 3 的热点中，特别是在密码子 12、13 和 61 处，不同突变体的生化特性各不相同 (1)。值得注意的是，KRAS p.G12C 突变的特征是第 12 个密码子上的甘氨酸 (G) 被半胱氨酸 (C) 取代，约占非小细胞肺癌中发现的 KRAS 突变的 40%，或西半球非小细胞肺癌中已知致癌驱动因素的 13-16%，与其他 KRAS 突变相比，其内在 GTP 水解水平接近正常水平，因此能够在鸟苷二磷酸 (GDP) 结合（失活）和 GTP 结合（活性）状态之间循环。除了结构分析方面的进步外，这种基因型特异性的生化特征为产生突变选择性共价抑制剂奠定了基础，这种抑制剂可以不可逆地与 GDP 结合（失活）形式的 KRAS G12C (2) 结合。