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大肠杆菌的
先前的工作归因于降低的脂多糖水平和脂质双层的暴露归因于降低的脂多糖水平。在此处介绍的Enva渗透性表型的详细表征中，Enval突变被证明可以赋予周质酶，-lactamase和RNaseI。在三种不同的遗传背景中观察到泄漏，包括原始的Enkal菌株及其母体。相反，未观察到细胞质酶i8-乳糖苷酶的可检测到可检测的泄漏。测试了Enkal菌株对先前未报告的一系列抗生素的敏感性，并确定了多种抗生素的亲脂性（分区系数）。根据对大型亲水性抗生素和溶菌酶的敏感性的观察结果，提议ENK突变体的渗透性表型的一部分是由于短暂的破裂和EDTA敏感性外膜的重新密封。在这方面，Enva渗透性表型属于大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏菌的一般渗透性/渗漏突变体。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
大肠杆菌非甲基化基因组 DNA
产品描述 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 包含从 Dam – 和 Dcm – 的 K-12 大肠杆菌菌株中纯化的 DNA。它非常适合用作 DNA 甲基化分析的阴性对照，该分析需要完全没有甲基化的 DNA。该标准还可以在下一代测序文库制备过程中加入实验样品或与实验样品并行运行，以监测亚硫酸盐转化效率和/或工作流程性能。如果用作原位加入对照，大肠杆菌菌株 K-12 亚菌株 MG1655 的参考基因组可用于比对和分析。可通过以下网址访问：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/167?genome_assembly_id=161521 推荐用法 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 可用作亚硫酸盐转化和下游分析的对照，例如亚硫酸盐 PCR、甲基化测序应用、原位加标对照、甲基化测定校准等。 协议 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 是高度完整的基因组 DNA。为了获得最佳结果，在定量和使用前确保 DNA 完全同质且完全溶解非常重要。量化和使用前建议执行以下步骤 1：
新型大肠杆菌毒素的合成——……
大肠杆菌是人体肠道正常菌群的一部分，具有重要功能；然而，某些菌株会导致宿主患病，损害肠道功能并对整体健康产生不利影响。大肠杆菌 B2 血清群中的 pks 基因簇编码大肠杆菌素，这是一种次级代谢物和潜在的肠道毒素。然而，大肠杆菌中大肠杆菌素产生的机制很复杂，pks 基因簇的功能尚未完全了解。本综述探讨了大肠杆菌中 pks 岛产生大肠杆菌素的复杂机制和过程，阐明了其中 clbA-S 基因所起的具体作用。并揭示了colibactin对宿主细胞DNA的毒性作用，阐述了可能在诱导结直肠癌发展中起重要作用的机制，如单碱基替换（SBS）、小插入/缺失（small indel）特征（ID-pks）、染色体间连锁（ICLs）、DNA双链断裂（DSBs），这些机制的阐明对相关药物的进一步探索和开发具有重要意义。
对抗大肠杆菌和沙门氏菌。
摘要 植物天生具有产生多种化学化合物的内在能力，这些化合物可以抵御细菌、真菌、昆虫和大型动物。人类从各种植物中获取这些化合物，并将其用作许多传染性和非传染性疾病的传统疗法。其中一种植物是罗望子 (Tamarind)，这是一种常见于非洲的热带树种。许多研究都提取了这种植物的植物化学物质，并证明其具有止泻、抗氧化、抗炎和抗菌作用。在本研究中，我们从罗望子叶中提取了植物化学物质，并测试了它们对大肠杆菌和沙门氏菌的抗菌活性。提取物的抗菌敏感性测试表明，在含有不同浓度提取物的琼脂孔周围存在大量抑制区，表明对测试生物具有阳性抗菌活性。这里获得的结果可能在鉴定和开发可用于治疗细菌感染的药物化合物方面发挥重要作用。关键词：抗菌活性；罗望子；叶提取物；罗望子 引言 在人类发展过程中，植物一直被用作草药，用于治疗多种传染性和非传染性疾病。它们具有多种植物化学物质作为次生代谢产物，可作为植物抵御多种微生物入侵的防御机制。这些植物部分提取物表现出的抗菌活性可能有助于发现新的抗菌化合物来源，这些化合物可能有助于药物开发和治疗由这些微生物引起的疾病。抗生素耐药性是发展中国家大部分地区医疗保健行业面临的主要挑战。多重耐药 (MDR) 菌株在发展中国家的出现和传播
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
大肠杆菌终结者的智能设计
终端是位于基因3'末端的特定核苷酸序列，并包含转录终止信息。作为基本的遗传调节元件，终结子在基因回路的设计中起着至关重要的作用。准确表征终结器强度对于提高基因电路设计的精度至关重要。终结器强度的实验表征是耗时的和劳动的；因此，有必要开发能够准确预测终结器强度的计算工具。当前的预测方法未完全考虑与终止者有关的序列或热力学信息，而缺乏可靠的模型来准确预测。同时，深层生成模型在生物序列的设计中表现出巨大的潜力，并有望应用于终结序列设计。本研究的重点是大肠杆菌终结剂的智能设计，主要进行以下研究：（1）为大肠杆菌构建固有的终结器强度预测模型，这项研究提取了大肠杆菌固有末端的序列特征和热力学特征。基于选定功能的机器学习模型实现了R 2 = 0.72的预测性能。（2）本研究采用生成对抗网络（GAN）来从内在的终结器序列训练数据中学习并生成终结器序列。评估表明，生成的终结器表现出与内在终结器相似的数据分布，这证明了Gan生成的终止序列的可靠性。（3）本研究使用构造的终结器强度预测模型从生成的集合中筛选出强终端。实验验证表明，在18个选定的终结者中，有72％的终止效率大于90％，证实了大肠杆菌终结者的智能设计方法的可靠性。总的来说，这项研究构建了大肠杆菌的终结器强度预测模型和终结器生成模型，为基因电路中的终结器设计提供了模型支持。这增强了生物成分设计的模块化，并促进了合成生物学的发展。
应用于大肠杆菌核心代谢
摘要：基本通量模式（EFM）为系统地表征稳态，细胞表型以及代谢网络鲁棒性和脆弱性提供了严格的基础。但是，EFM的数量通常随代谢网络的大小而成倍增长，导致过度的计算需求，不幸的是，由于系统限制，这些EFM的很大一部分在生物学上是不可行的。这种组合爆炸通常阻止对基因组规模代谢模型的完整分析。传统上，EFM是通过Double Description方法计算的，这是一种基于矩阵计算的有效算法；但是，只能将少数几个约束集成到该计算中。他们必须对辅助的设定包含是单调的；否则，必须在后处理中对其进行处理，因此不能节省计算时间。我们提出ASPEFM，这是一种基于答案集编程（ASP）和线性编程（LP）的混合计算工具，允许在实施许多不同类型的约束时进行EFM的计算。我们将方法应用于包含226×10 6 EFM的大肠杆菌核心模型。在考虑转录和环境调节，热力学约束和资源使用方面的考虑时，解决方案空间被降低至可直接使用ASPEFM计算的1118 EFM。使用后处理和Pareto前部分析，可以将完全有氧厌氧的O大肠杆菌生长到O的2个完全有氧厌氧的O 2梯度上的大肠杆菌生长。
用...
本研究提出了一个利用检索增强产生（RAG）来增强大肠杆菌（E.COLI）基因组学中复杂生物信息学数据的解释和分析的框架。通过整合包括成对对准的生物信息学工具，NCBI注释，多序列对准（MSA）与大语言模型（LLM）（例如GPT O3-MINI），GEMINI 2.0 Advanced Flash Thinky Thinking Thinking Thinking Trusive trining实验模型以及Grok 3，我们的方法将实时数据的试验与动态数据的自然语言生成结合。这种集成使原始计算输出转换为连贯且可访问的叙述，从而有助于对基因组组织和基因功能的更深入了解。通过检索特定于域的知识来增强llm功能的RAG框架，然后将其用于完善和上下文化生成的见解。通过自定义提示工程，我们的系统合成了不同的数据集，以突出多个大肠杆菌菌株的基因组变异，保守同义和注释一致性的关键方面。通常，我们的工作表明，将抹布与传统的生物信息学方法整合在一起，为在微生物研究中为更有效，更准确的基因组分析铺平了强大，可扩展的解决方案，以将复杂的基因组数据集转化为具有动作能力的生物学见解。