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标题：免疫检查点抑制剂（ICI）治疗期间的早期循环肿瘤DNA（CTDNA）变化可能会预测晚期
方法：使用个性化的，肿瘤信息的CTDNA分析（NATERA）对前瞻性收集的血浆样品的PTS进行了不可切除的III/IV期黑色素瘤/皮肤癌的前瞻性收集的等离子体样品，并在Wisconsin（Madison）的基于抗PD-1治疗的抗PD-1治疗中接受了抗PD-1治疗。基线ctDNA水平在治疗开始之前和3-4周（即在第二次治疗剂量之前）。根据两个时间点之间的ctDNA水平的变化（降低VS的增加），使用了逻辑回归模型评估总体疾病控制的几率[完全反应 +部分反应 +稳定疾病]。COX比例危害模型用于研究CTDNA水平变化对无进展生存（PFS）和总生存期（OS）的影响。
GDNA和CTDNA参考标准的DNA定量方法的比较分析
图2：通过QTDNA浓度进行定量，如Qubit™BR和Qubit™HS分析所测量。在两个样品体积（2µL和5µL）中测量了10个CTDNA参考标准标准。通过相同的测定测量（BR分析 - 绿色圆圈和三角形； HS分析 - 紫色的平方和倒三角形），两种样品体积之间没有显着差异。然而，当通过HS和BR测定测量相同的样品体积时，结果在统计学上存在显着差异（p <0.05；绿色圆圈与紫色正方形；绿色三角形与紫色倒立三角形）。
Keynote-361
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肾细胞癌（RCC）中匹配的组织和循环肿瘤DNA（CTDNA）分析：来自多模式现实世界数据库
结果•从tempus多模式数据库中，我们回顾了带有双组织（tempus XT，648个基因）和ctDNA测试的RCC的患者（PTS）的去识别的NGS数据（PTS）（tempus XF，105个基因）•PTS•PTS clunicatiental and clintical Spellicatient contricatient•colletical Spellicatient•colletical contericatients•另一种天数•另一位 +90天 +/-90天，评估了简短变体（PSSV）和拷贝数变体[（放大和删除，两个拷贝数损失（CNL）]。•一致性分析仅限于在ctDNA面板上测试的105个基因，并进一步限于短变体，除了放大和XF和XT检测到的CNL外。
肾细胞癌（RCC）中匹配的组织和循环肿瘤DNA（CTDNA）分析：来自多模式现实世界数据库
结果•从tempus多模式数据库中，我们回顾了带有双组织（tempus XT，648个基因）和ctDNA测试的RCC的患者（PTS）的去识别的NGS数据（PTS）（tempus XF，105个基因）•cluntericatiental xf seletister•clunical clinistic and clunical Spactical contricatient contricatient•colletical contricatiencatient•colletical contericatience +colleticatience +contericatience +conted +colletical +seles +90天。评估了简短变体（PSSV）和拷贝数变体[（放大和删除，两个拷贝数损失（CNL）]。•一致性分析仅限于在ctDNA面板上测试的105个基因，并进一步限于短变体，除了放大和XF和XT检测到的CNL外。
利用晚期黑色素瘤中的ctDNA：一种有前途的知情临床决策工具
摘要：皮肤黑色素瘤是一种侵略性恶性肿瘤，在引入免疫检查点抑制剂（ICI）和靶向疗法的情况下，在临床管理中发生了重大转化。当前的监测方法，例如成像扫描，当前局限性，促使探索替代生物标志物。本评论全面探讨了循环肿瘤DNA（CTDNA）在晚期黑色素瘤中的作用，涵盖了技术方面，检测方法及其预后和预测价值。最新发现强调了CTDNA在临床实践中的潜在应用和影响。本综述强调了在黑色素瘤护理中需要精确和动态生物标志物的必要性，将ctDNA定位为一种有前途的血液基于预后，治疗反应和抗药性机制的有希望的血液工具。CTDNA检测，与黑色素瘤突变的关联以及其在指导免疫疗法的治疗决策和靶向治疗方面的作用强调了其多面效用，这标志着临床决策的范式转移，并为您提供了有希望的个性化和知情的型号护理型，这标志着其多面效用。
ctDNA转移到尿液中的ctDNA超短状态，促进了HPV +口咽癌的无创液体活检
。此外，由于尿液可以在家中自我收集，因此这种远程标本的收集能力可以帮助达到服务不足的人群，并在人群范围内实现更有效的癌症筛查。尽管TR-CTDNA方法具有巨大的潜力，但与血液ctDNA相比，关于Tr-CTDNA检测效率的报道混杂（3-7）。对TR-CTDNA进行分析的潜在至关重要因素是知道尿液中存在的Tr-ctDNA片段的长度，因为这会影响测定设计，以在Tr-CTDNA检测中进行最佳灵敏度。迄今为止，已经有关于Tr-ctDNA片段长度的对比报告。基于PCR的TR-CTDNA研究，当使用缩短大于60 bp（4、8、9）时，在检测方面已显示出更大的成功，这是两项最近的下一代测序（NGS）研究（NGS）研究，该研究专门针对TR-CTDNA，表明中间长度的中间长度为112 bp（10）或101 bp（11）或较高的研究表明，与一项较高的comptions（相比），与一项较高的表现相结合。控件（11）。报告的NGS结果的限制是使用的特定库制备方法（例如，双链DNA [dsDNA]库制备方案，基于杂交的ctDNA片段捕获）容易偏向于恢复较短的片段，尤其是超级片段，尤其是超级片段（尤其是<50 bp）（12）（12）。为了检验这一假设，我们利用了能够捕获最小片段的单链NGS方法来开发TR-CTDNA大小的更完整的曲线。鉴于在非癌症环境中对无细胞的无细胞DNA（CFDNA）的研究（例如，孕妇尿液中的胎儿DNA或结核病患者的结核分枝杆菌DNA的胎儿DNA（13，14）（13，14）报道了跨性别的CFDNA是超消除的（<50 bp），我们可以彻底crunder（<50 bp） - 均可能是癌症。尿液。如结果所示，我们的数据表明TR-CTDNA是超短症（<50 bp），可在多种非动物癌症类型中检测到。除了单链DNA（SSDNA）NGS研究外，我们开发了一种基于液滴数字PCR（基于DDPCR）的测定法，以测量尿液中的TR-CTDNA，该测量提供了绝对的量化，更高的精度，更高的精度和更高的吞吐量。我们设计了此测定方法来研究患有HPV +口咽鳞状细胞癌（OPSCC）的患者。在此类患者中，HPV DNA序列在血液循环中以CTDNA为单位，我们假设可以通过DDPCR在尿液中检测到肾脏肾小球屏障的ctDNA片段。HPV ctDNA代表了TR-CTDNA的DDPCR分析开发的理想靶标，因为（a）90％的HPV + OPSCC患者共享单个HPV亚型HPV16的序列，因此，单个HPV16 TR-CTDNA分析可以覆盖大型患者； （b）由于HPV是一个非人类序列，因此预计没有HPV +癌症患者的“背景”信号将很低； （c）HPV16可以在肿瘤基因组内的多个位点整合，从而导致每个肿瘤基因组的信号更高。因此，我们试图开发一种能够从HPV + OPSCC患者的尿液中检测到尿液中超常用的HPV16 TR-CTDNA片段的第一代DDPCR分析。值得注意的是，与HPV +宫颈癌的设置不同，可以将肿瘤DNA直接沉积到尿液中，HPV16 HPV16信号在HPV + OPSCC患者的尿液中必然是跨性别的。我们将此测定（42 bp扩增子）与常规长度测定（77 bp amplicon）进行了比较，发现靶向超短片段对于可靠的尿液TR-CTDNA检测至关重要。利用超短扩增子测定法，我们在HPV + OPSCC患者的尿液中获得了TR-CTDNA检测，这些尿液与匹配的血浆CTDNA的结果一致。此外，使用小病例系列中的纵向尿液样品，我们展示了概念证明，用于早期发现癌症复发。因此，我们的结果表明，通过靶向超短DNA片段，TR-CTDNA成为HPV + OPSCC检测的可行方法，并且有可能在治疗后进行癌症复发监测。
用于诊断DNA损伤修复（DDR）功能丧失（LOF）（LOF）（LOF）和TRESR和ATTACC试验中的响应监测
我们感谢参加TRESR和/或ATTACC的患者的无私和愿意参加临床研究。我们感谢整个Camonsertib研究团队对TRESR RP-3500-01和ATTACC RP-3500-03的贡献。我们还要感谢我们的合作伙伴实验室，《守护者》（Guardant Health）为这项研究提供的技术帮助和数据生成。我们感谢全球主要公司Onyx在排版和准备海报方面的支持。E.R是一名研究研究者。 J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。 B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。 s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。 A.Y. ，E.L。 ，M.CA.E.R是一名研究研究者。J.S.R-F是一名研究研究员；并收到了高盛，Paige.ai，Repare Therapeutics和Persantis的咨询费；是Volition RX，Paige.ai，Repare Therapeutics，Personis和Bain Capital的科学咨询委员会的成员；是Grupo Oncoclinicas董事会成员；并且是Roche Tissue Diagnostics，Ventana Medical Systems，Astrazeneca，Daiichi Sankyo和Merck Sharp＆Dohme的科学咨询委员会的临时成员。B.A.C已通过阿斯利康，Abbvie，Actaute Therapeutics，Astellas，Bayer，Draginfly Therapeutics，Pfizer和Repare and then the Pepepeutics获得了Astrazeneca，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actaute Therapeutics，Actautics Therapeutics，并获得了研究资金。s.l已从默克，阿斯利康，雷金伦，罗氏，雷神治疗，葛兰素史克林和西根获得了其机构的赠款或合同； Novocure，Merck，Astrazeneca，Glaxosmithkline，Eisai和Shattuck Labs获得的咨询费；付款或荣誉奖，以进行讲座，演讲，发言人的局，手稿写作或来自阿斯利康，葛兰素史克林和Eisai/Merck的教育活动；并参与Astrazeneca的数据安全监控委员会或顾问委员会。A.Y. ，E.L。 ，M.CA.A.Y.，E.L。 ，M.CA.，E.L。 ，M.CA.M.CE已获得国家癌症研究所（NCI）指导的临床科学家研究职业发展奖；拜耳制药，DAVA肿瘤学，Taiho Pharmaceuticals，Seattle Genetics，Macrogenics和Daiichi Sankyo的个人费用；并持有Parthenon Therapeutics的股票期权。B.H已从Eisai获得酬金；曾在Amgen担任咨询或咨询角色；并从：Repare Therapeutics（Inst），Ideaya Biosciences（Inst），Amgen（Inst），Revolution Medicines（Inst），Astellas Pharma（Inst）获得研究资金。和S.Z.是监护人的雇员。D.U. ，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写D.U.，I.K。 ，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.K。，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。 联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写，I.M.S。 ，J.D.S，J.Y，K.F，M.K，P.N，S.S，V.R和Y.X是Repare的员工，可能会持有股票和/或股票期权。联系人：Ian Silverman（Isilverman@reparerx.com）缩写