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循环肿瘤 DNA 突变分析及配对...
摘要：循环肿瘤DNA（ctDNA）是一种常规的液体活检样本，可通过采集来动态监测疾病状态。然而，其潜在的临床价值以及与腹水样本或肿瘤活检的一致性对于卵巢癌患者还有待进一步评估。因此，本研究比较了ctDNA、配对肿瘤组织和腹水样本之间的突变谱，以探讨它们在卵巢癌中的可能临床价值。使用靶向下一代测序筛查卵巢癌患者18个外周血样本、6个配对腹水样本和8个配对肿瘤组织中的突变。使用公共数据库进行功能分析。使用WebGestalt进行基因本体论和通路富集分析。使用cBioPortal for Cancer Genomics评估治疗靶点。使用Chilibot和检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具来获取关键基因及其功能相互作用。使用维恩图对三类样本进行比较分析。在ctDNA样本中共发现104个癌症相关突变基因，在肿瘤组织中共发现95个基因，在腹水样本中共发现44个基因。通过Chilibot分析获得了一个涵盖10个基因的簇，即NOTCH2、NOTCH3、赖氨酸甲基转移酶2A、PTEN、雄激素受体、DNA活化蛋白激酶催化亚基、肝细胞核因子1同源框A、SRC、胰岛素受体底物2和SRY盒转录因子10。该基因组可能具有监测卵巢癌转移和确定治疗靶点的潜力
引用本文：Sato Y.非小细胞肺癌治疗中基于液体活检的伴侣诊断的临床实用性。
最近，循环肿瘤DNA（CTDNA）检测和生物学表征的技术进步已使液体活检测试能够在临床实践中实施。用于分析液体活检的方法在过去几年中迅速发展并继续前进，从而提供了有关肿瘤生物学特征的详细信息，例如肿瘤进展，转移，肿瘤异质性，基因组突变谱，克隆进化等。与技术进步同时，已经进行了常规临床环境中的液体活检。在2016年，食品和药物管理局（FDA）批准了第一个CTDNA液体活检检验，以检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者的表皮生长因子受体（EGFR）基因突变，作为EGFR-胰糖苷基因酶Inbibi Inspior（TKI）的分子靶向药物的伴生诊断，EGFFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFRFFRFRFFRER（TKI）。最近，液体活检的多基因面板测定已被批准为伴侣诊断，并已用于常规临床环境中。血液肿瘤突变负担（BTMB）预测免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的功效可能是液体活检的有希望的方法之一。实施液体活检的下一阶段用于常规临床环境，用于监测手术治疗后的ctDNA，以预测预后和检测到疾病复发，而不是常规成像诊断。在几项临床试验中，其临床实用性正在评估。本综述介绍了液体活检方法，生物标志物的发展以及其在NSCLC患者治疗方面的临床实用性的最新进展。
无细胞DNA的 AR和PI3K基因组分析可以鉴定耐lutetium-177-PSMA的较差的转移性cast割前列腺癌患者中的反应者
lutetium-177前列腺特异性膜抗原放射线（177 Lu-PSMA）是用于治疗转移性cast割耐药疾病癌（MCRPC）的新治疗剂。我们评估了MCRPC患者使用177 lu-PSMA I＆T开始治疗的循环肿瘤DNA（CTDNA）促进的预后价值。在2020年1月至2022年10月之间，有后期MCRPC（n = 57）的患者参加了一项单中心观察队列研究。AR基因，PI3K信号通路，TP53和TMPRSS2-ERG的基因组改变与Kaplan-Meier和多变量Cox回归分析的无进展生存（PFS）相关。观察到3.84 mO（95％的置置间隔[CI] 3.3-5.4）的中位PFS，在治疗期间，可评估患者的21/56（37.5％）可评估的患者经验丰富。在177 Lu-PSMA治疗之前提供血液样本的46例患者中，。 在39（84.8％）中检测到 ctDNA；较高的ctDNA与较短的PFS相关。 AR基因中的基因组结构重排（危险比[HR] 9.74，95％的置置间隔[CI] 2.4-39.5; P = 0.001）和PI3K sig-nalling途径的变化（HR 3.58，95％CI 1.41-91-9.41-9.07 lu pretine at poineration; p = 0.007;多变量COX回归的预后。 有必要对生物标志物驱动试验中的这些关联进行预期评估。 患者摘要：我们检查了晚期转移性前列腺癌患者的血液样本中的无细胞DNA，他们开始接受新的放射性疗法的Lutetium-177- PSMA治疗。 2023作者。。ctDNA；较高的ctDNA与较短的PFS相关。AR基因中的基因组结构重排（危险比[HR] 9.74，95％的置置间隔[CI] 2.4-39.5; P = 0.001）和PI3K sig-nalling途径的变化（HR 3.58，95％CI 1.41-91-9.41-9.07 lu pretine at poineration; p = 0.007;多变量COX回归的预后。有必要对生物标志物驱动试验中的这些关联进行预期评估。患者摘要：我们检查了晚期转移性前列腺癌患者的血液样本中的无细胞DNA，他们开始接受新的放射性疗法的Lutetium-177- PSMA治疗。2023作者。我们发现，雄激素受体基因或PI3K途径基因的遗传改变的患者并未经历Lutetium-177-PSMA的持久益处。由Elsevier B.V.代表欧洲泌尿科协会出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http：//creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放式访问文章。
个性化癌症护理中的分子诊断
cfDNA，无细胞的DNA； CTC，循环的肿瘤细胞； ctDNA，循环肿瘤DNA；电动汽车，细胞外囊泡； FFPE，福尔马林固定，石蜡包裹； LOD，检测极限； TEP，受肿瘤教育的血小板； TME，肿瘤微环境。图像改编自Alba-Bernal A等人。ebiomedicine。2020; 62：103100。
plasmamatch：旨在评估
次要结果度量1。临床利益率和无进展生存率（PFS），定义为完全/部分反应或稳定疾病，由recist v1.1至少持续24周定义。PFS将从进入治疗队列的日期到第一次根据RECIST标准或死亡确认进行性疾病的日期。2。使用NCI CTCAE v4.0 3。响应持续时间是从第一个记录恢复完整 /部分响应（以第一个状态记录为准）到第一次复发或进行性疾病的第一个日期，从而衡量的持续时间。4。< /div>在CTDNA筛查中鉴定出的突变频率以及进入治疗成分的可靶向突变患者的比例5。ctDNA突变状态与进入治疗成分的患者的组织突变状态之间的一致性6。在第2-4天和队列B评估的队列中的药代动力学评估1-4天1
医疗政策 - 用于管理...
某些癌症中治疗选择的标准是活检或手术过程中组织样品的生物标志物分析。活检和手术都是侵入性的，周转时间缓慢，以获得结果。肿瘤组织也可能是异质的，这可能导致患者接受化疗而不是靶向治疗。基于组织的分子检测的一种替代方法是癌症患者血浆中的无细胞DNA。血液中无细胞的DNA来自非恶性和恶性细胞DNA。肿瘤细胞释放到血液中的小型DNA片段称为循环肿瘤DNA（CTDNA）。大多数CTDNA均来自原发性肿瘤，转移或循环肿瘤细胞的凋亡和坏死细胞。与凋亡不同，坏死被认为是一种病理过程，由于基因组DNA的不完整和随机消化而产生较大的DNA片段。循环DNA的长度或完整性可以潜在地
循环肿瘤DNA预测双Akt/ ... div>的功效
磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt/哺乳动物rapa- mycin（MTOR）途径经常在HER2阴性乳腺癌中激活，并可能在紫杉烷耐药性中起作用。IB/II期toktic试验（NCT01980277）表明，将双重AKT和P70核糖蛋白S6激酶（p70S6K）抑制剂（LY2780301）结合在一起，口服的每周paclitaxel与Her2nepative Adventical Breats Conciential Is Ciperiforialifienciention和Prforefiention prffelimimential prfelimimential prfelimimential civessiential。我们想探索在这种情况下循环肿瘤DNA（CTDNA）是否可能是治疗效率的替代标志。串行等离子体样品，并使用低覆盖的全基因组测序对无细胞的DNA进行测序，并使用液滴数字聚合酶链反应（PCR）完成分析的某些驾驶员突变患者。治疗7周后基线肿瘤分数（TF）和TF与无进展生存率（PFS）和总体反应率进行了比较。我们还探索了与治疗失败相关的循环拷贝数改变。在塔克特试验的51名患者中，至少有一个血浆样本可用于44例（96个时间点）。所有肿瘤TP53，PI3KCA或AKT1型患者均具有血浆中至少一种改变。TF与PFS相关（6M-PFS为92％；危险比[HR] = 3.45，95％，置换率[1.34 - 8.90]，P = 0.007）。ctDNA状态与预后无关。总而言之，ctDNA检测即使大多数循环拷贝数改变在疾病进展中是保守的，但在产后样品中，某些感兴趣的基因组区域也有所改变。
研究培训奖（RTA-23）获奖者
Erica Mandato 麦吉尔大学 通过液体活检检测 HPV ctDNA 作为宫颈癌筛查和监测的新方法 Shuk On Annie Leung，麦吉尔大学健康中心 Julia Burnier，麦吉尔大学健康中心研究所 由特里福克斯研究所共同支持
循环肿瘤DNA可以对癌症类型的可起作基因融合和重排的敏感检测
摘要◥目的：基因组重排可以产生有效的致癌驱动因素或破坏肿瘤抑制基因。本研究检查了循环肿瘤DNA（CTDNA）在不同癌症类型的循环肿瘤DNA（CTDNA）检测到的融合局势和重排的景观。实验设计：使用FoundationOneleliquid CDX（一种杂交捕获测序平台，从53,842例患者进行66例实体瘤类型的患者的LBX，该LBX被降低，该平台查询了324个与癌症相关的基因。使用粉底核定型的组织活检（TBX）利用为比较器。结果：在所有LBX中，有7,377（14％）检测到≥1个致病后脉冲。总共3,648（6.8％）LBX具有≥1个功能（GOF）致癌基因重排，而检测到4,428（8.2％）LBX的功能障碍障碍丧失。癌症类型具有较高的GOF重排率的癌症类型包括