总结,有人提出,在严重的Covid-19患者的呼吸恶化期间,病毒复制的作用比炎症较重要。使用基于液滴的数字PCR(DDPCR)来精确量化血浆SARS-COV-2病毒载荷(SARS-COV-2 RNAEMIA),我们研究了血浆病毒载量,合并症和122个批判性疾病病毒性疾病的病毒载量和死亡率之间的关系之间的关系。SARS-COV-2 rnaemia,范围从70至213,152份。在46例患者(38%)中观察到高(> 1000份/ml)或非常高的SARS-COV-2 rnaemia(> 10,000份/ml)SARS-COV-2 rnaemia,其中26例是糖尿病患者。糖尿病与较高的SARS-COV-2 rnaemia独立相关。在多变量逻辑回归模型中,SARS-COV-2 RNAEMIA与第60天的死亡率密切相关。在199例患有高rNAEMIA的重症患者中,可能会考虑抗病毒疗法的早期开始。
2019 年至 2024 年期间生产了 6 批 Multiplex I cfDNA 参考标准品套装 (HD780)。从每批中选择了 4 个变体,并通过 ddPCR 测试了 3 个等位基因频率(包含在产品套装中)。图 A–C 显示了各批次的可重复性
重组腺相关病毒(RAAV)是通常用于基因治疗的病毒载体。残留的宿主细胞DNA是一种与感染和致癌性风险有关的杂质。因此,需要对其进行监控以进行质量控制。我们旨在开发针对18S核糖体RNA(RRNA)基因的液滴数字聚合酶链反应(DDPCR)方法,以定量残留宿主细胞DNA。使用两组共享C-末端的启动对确定18S rRNA基因的拷贝数。对于将18S rRNA基因的拷贝数转化为基因组DNA的质量浓度,HEK293基因组DNA中18S rRNA基因的准确拷贝数通过与三个参考基因的拷贝数(EIF5B,DCK和HBB的拷贝数进行比较)确定。结果表明,回收了88.6–97.9.9%的HEK293基因组DNA,被回收到RAAV制剂中。将基于DDPCR的分析应用于RAAV制剂,以定量残留的宿主细胞DNA作为杂质。我们的发现表明该测定可用于RAAV产品中残留宿主细胞DNA的定量和尺寸分布。
摘要背景:基因设计的嵌合抗原受体(CAR)T淋巴细胞是有希望的癌症治疗工具。目前批准了四种汽车T细胞药物,包括Tisagenlecleucel(Tisa-Cel)(Tisa-Cel)和Axibabtagene-Ciloleucel(AXI-CEL),所有靶标CD19都被批准用于治疗B细胞恶性肿瘤。流式细胞仪(FC)仍然是使用重组生物素化靶蛋白的单层CAR T细胞的标准。尽管如此,需要其他工具,而挑战是开发一种简单,相关,高度敏感,可重现和廉价的检测方法。分子工具可以满足这种需求,以特别监视长期持续的汽车T细胞。方法:基于2个实验性CAR T细胞构建体IL-1RAP和CS1,我们设计了2个定量数字液滴(DDPCR)PCR分析。通过针对4.1BB/CD3Z(28BBz)或28/CD3Z(28Z)结面积,我们证明PCR分析可以应用于经过批准的CD19 CAR T药物。28Z和28BBZ DDPCR分析允许确定每个单元格的平均矢量拷贝数(VCN)。我们确认VCN取决于感染的多样性,并证实了我们的实验性或GMP样IL-1RAP CAR T细胞的VCN是否满足了临床部门的要求(<5 VCN/细胞),类似于批准的AXI-CEL或TISA-CEL药物。结果:28BBz和28Z DDPCR测定法应用于2个肿瘤(急性髓样白血病(AML)或多发性骨髓瘤(MM)异种移植物人源化NSG小鼠模型,使我们能够量化早期膨胀(到注射后的T细胞30)。最后,循环汽车T有趣的是,在初始膨胀之后,当肿瘤挑战循环的CAR T细胞时,我们注意到了第二个膨胀阶段。对骨髓,脾脏和肺的研究表明,在先前注射白血病细胞系的小鼠中,在这些组织中散布更多的CAR T细胞。
对从瑞典不同地区收集的 24 个土壤样本进行了豌豆根腐病风险评估(图 1a)。在温室中对每种田间土壤进行了生物测定,其中种植了一种易感豌豆品种。将植物连根拔起,并在 3 周后评估其病害症状。从豌豆根中提取 DNA,并通过 PCR 和凝胶电泳进行分析。通过液滴数字 PCR (ddPCR) 分析土壤 DNA(图 1b)。
HBV小鼠模型:通过AAV载体转导HBV的免疫胜任动物,随着时间的推移,通过针对特定应用(直接抗病毒药或宿主靶向剂)定制的治疗方案,导致持续的病毒产物。疾病相关的终点包括:通过RT-PCR确定循环和肝脏病毒DNA和RNA;通过DDPCR和Southern印迹进行CCCDNA定量;分析病毒抗原HBEAG/ HBSAG;免疫浸润和细胞因子释放的分析;肝组织和AST/ALT评估的免疫历史学。
图3。抑制p53和KRAS基因表达。慢病毒表达靶向p53和KRAS基因的GRNA用于感染U-87 mg DCAS9-KRAB细胞。慢病毒没有GRNA表达作为对照。感染后24小时,将抗生素添加到培养基中,以富集抗生素耐药细胞。细胞颗粒并进行DDPCR基因表达定量分析。在感染GRNA的细胞中,p53和KRAS基因的表达显着抑制。
Biology: - Extraction of nucleic acids from human and environmental matrices - Preparation of essays in molecular biology (QPCR, DDPCR, DGGGE -PCR, PMA -QPCR) - Cellular crops - Cytotssicity test on cellular models of environmental matrices - Ames test - Preparation of analysis of Next Generation Sequencing (ION TORRENT ABD illuminates Nextseq 1000/2000) - 微生物培养物-MALDI -TOF质量光谱法 - 对抗生素的敏感性测试(磁盘扩散) - 实验室活动期间对学员的培训 - 书目研究
图2。在293 [HEK-293] DCAS9-KRAB细胞(ATCC®CRL-1573DCAS9-KRAB™)中对基因表达敲低的验证。抑制p53和setD9基因表达。表达靶向p53和setD9基因的GRNA的慢病毒分别用于感染293 [HEK-293] DCAS9-KRAB细胞。慢病毒没有GRNA表达作为对照。感染后24小时,将抗生素添加到培养基中,以富集抗生素耐药细胞。细胞颗粒并进行DDPCR基因表达定量分析。p53基因的表达(左)和setD9基因(右)在感染GRNA的细胞中受到了显着抑制。
尽管它作为生物标志物具有很大的价值,但提取和净化的CFDNA传统上还是由于其在血液中的低浓度和高水平的破碎而提出了挑战。Revvity的Chemagic™技术提供了一种强大的解决方案来应对这些挑战。利用M-PVA磁珠技术2从大等离子体体积中提取CfDNA,DNA提取和纯化平台设计用于最大程度地提高产量和纯度。与先进的量化技术(例如液滴数字™PCR(DDPCR))结合使用,该工作流在早期癌症生物标志物研究中提供了无与伦比的精度和可重复性。