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硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。
硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。
密切相关的 II-C 型 Cas9 直系同源物可识别多种 PAM
A0A011P7F8 Mannheimia granulomatis MgrCas9 1049 65.5 A0A0A2YBT2 Gallibacterium anatis IPDH697-78 GanCas9 1035 59.7 A0A0J0YQ19 Neisseria arctica NarCas9 1070 70.4 A0A1T0B6J6 [Haemophilus felis HfeCas9 1058 65.3 A0A1X3DFB7 Neisseria dentiae NdeCas9 1074 66.4 A0A263HCH5 Actinobacillus seminis AseCas9 1059 66 A0A2M8S290 Conservatibacter flavescens CflCas9 1063 64.2 A0A2U0SK41 Pasteurella langaaensis DSM 22999 PlaCas9 1056 63.9 A0A356E7S3巴斯德氏菌 PstCas9 1076 63 A0A369Z1C7 副流感嗜血杆菌 Hpa1Cas9 1056 64.8 A0A369Z3K3 副流感嗜血杆菌 Hpa2Cas9 1054 65.2 A0A377J007 皮特曼嗜血杆菌 HpiCas9 1053 65.2 A0A378UFN0 脱氮伯氏菌（脱氮奈瑟菌）
博士出生
•Zarco-Zavala，M.，G.G。McMilllan，D.，Suzuki，T.，Uuno，H.，Mendoza-Hoffmann，F.，Garcia-Trejo，J.J.，Noji，H。3 x 120 o paracoccus paracoccus denitrans denitrans f 1 -atpase sis-atpase sis-atpace f 1 -atpast。2020。美国国家科学院（PNAS）的会议论文集。 117（47）：29647-2 doi：10.1073/pnas.200316317因素de incto： •Mendoza-Hoffmann，F.，Pérez-Oseguera，A.，Cevallos，M.A.，Zarco-Zavala，M.，Ortega，R. 的生物学作用应悬浮为f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f -atpase pagcoccucs dediticus deditracans 的单向抑制剂美国国家科学院（PNAS）的会议论文集。117（47）：29647-2doi：10.1073/pnas.200316317因素de incto：•Mendoza-Hoffmann，F.，Pérez-Oseguera，A.，Cevallos，M.A.，Zarco-Zavala，M.，Ortega，R.的生物学作用应悬浮为f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f 1 f -atpase pagcoccucs dediticus deditracans单元报告（2018），doi：10.1016/j.celrep.2017.12.106因素de incto：•Mendoza-Hoffmann，f。，Zar-Zavala，M.，Ortega，R。和J.J.García-Trajo通过抑制性α -helix从展开的ε或精致无序的ζ和1蛋白中控制F 1 F 1 F 1 F 1 F -ATP合酶纳米运动型的旋转。生物能学杂志（JobB）50（5）; 403-4doi：10.1007/s10863-018-9773-9因素因素：Protekto Rocientes
PHA微塑料老化降低了N2O水槽的容量
摘要：细菌反硝化是土壤N 2 O水槽的主要途径，这对于评估和控制N 2 O排放至关重要。生物基多羟基烷烃（PHA）微塑料颗粒（MPS）在常规环境中缓慢降解，持续惰性持续时间。然而，在降解之前，PHA微塑料老化对细菌n 2 O下沉量的影响仍然很少。在这里，土壤模型菌株denitrificans暴露于0.05-0.5％（w/w）的Virgin和老年PHA MPS。尽管没有观察到分子量的显着变化，但老化的PHA MPS阻碍了细胞的生长和n 2 O的降低率，导致N 2 O排放的激增。1 h NMR光谱和UPLC-QTOF-MS分析确定γ-丁洛洛洛酮是从老年PHA MPS释放的关键成分。在细胞水平上的代谢验证证实了其对N 2 O水槽和ATP合成的抑制作用。在周围自发质子化和水解的γ-丁龙酮将与ATPase的质子竞争，并破坏硝化电子转移和氧化磷酸化之间的耦合。因此，能量缺陷的细胞减少了降低n 2 o的电子供应，这并不有助于节能。这项工作揭示了一种新型机制，通过这种机制，PHA微塑性衰老会损害细菌N 2 O下沉，并突出了考虑生物基型微塑性衰老带来的环境风险的需求。关键字：多羟基烷酸盐，生物塑性衰老，细菌反硝化，n 2 o下水道，能量代谢，γ-丁酸苯二甲酸，denitrificans
使用固定的微生物在修饰的沸石
使用不同的进食策略和初始浓度评估了9.5 L填充床柱生物反应器的硝酸盐去除效率。生物反应器充满沸石矿物颗粒，并最初用硫哥省denitrificans处理。检查了几个液压保留时间，以评估去除硝酸盐的有效性。最有利的方案导致在三个小时内的400 mg/l进水中硝酸盐浓度降低了87％。为了确定生物反应器的最佳长度，开发了计算流体动力学模型。通过将模拟与实验结果进行比较，针对400 mg/l，250 mg/l，120 mg/l，120 mg/l，和80 mg/l的硝酸盐浓度分别为400 mg/l，250 mg/l，和80 mg/l，确定对完全反硝化的生物反应器的理想高度为90 cm，45 cm，30 cm和20 cm。
bacopa monnieri细菌内生菌：调节植物生长和
摘要，随着微生物群落结构的转移影响宿主 - 微生物组关系的相互函数，微生物的根际和内生多样性的改变引起了人们的注意。本研究调查了先前未开发的药物植物内生细菌伴侣Bacopa Monnieri的统治，并揭示了它们在认可植物生长和生物合成活性植物染料方面的关键功能。使用表型和分子表征从广泛的细菌分离株中选择了两个细菌分离株（Achromobacter denitrificans和shinella oryzae）。通过B. monnieri的芽和接种后的根长度的著名生长来验证细菌内生菌的协同潜力。在LC-MS分析的基础上，几种活性植物含量，例如Bacopaside I，II，Brahmic Acid，Epegenin，Eblin和Stigmasterol，在内生植物中含量明显更高的含量中观察到了接种处理的较高含量。在无菌土壤进行的实验中检测到了这些植物化学物质，强调了宿主植物与细菌内生物学群落之间的复杂相互作用。该报告首次提及内生细菌achromobacter denitrificans和shinella oryzae在增强B. monnieri植物生长和活性成分方面的作用。这种开创性的发达带来了可持续农业和药理改善的新前景，并揭示了B. Monnieri的内生同生助理的先前未识别的潜力。1。Bacopa Monnieri含有尼古丁，婆罗门和疱疹等生物碱。引言Bacopa Monnieri，通常被称为恩典或印度一分钱的草药，以及百里香蛋白脂肪植物或Hyssop Water在传统的阿育吠陀医学中占有重要地位，在那里被称为婆罗门[1]。bacopa monnieri是一种重要的药用植物，对制药公司的活性成分有巨大的需求。该植物正在用于传统和现代药物中的各种应用中培养和利用，但这些植物是对内生植物作为生物活性化合物的宏伟来源的低水平研究[2]。在这些化合物中，Bacoside-A，包括Bacoside-A3，Bacopasaponin-C，Bacopaside-II和Bacopaside-X，是B. monnieri的广泛研究和潜在成分[3]，[4]。此外，还通过合成促进植物生长并增强宿主植物的活性成分的化合物的合成化合物[5]，[6]。某些内生菌株具有调节宿主植物生长并具有巨大的农业和生物技术相关性，这是由于其在植物健康，生产力和可持续性中的关键作用[7]。内生菌与其宿主生物保持着密切的共生关系，了解这种相互作用通过活性成分的生物合成可持续地产生重要的药物化合物具有巨大的希望[9]，[10]。许多内生植物产生信号分子（例如一氧化氮和生长调节化合物，例如生长素和乙烯）的广泛能力可能进一步表示内生植物与植物之间的共同进化联系[11]，[12]。
通过诱导的微观选择来开发降解塑料微生物联盟
高度顽固的塑料材料的生产增加及其在生态系统中的积累产生了调查新的可持续策略以减少这种污染的需求。根据最近的工作，使用微生物联盟可能有助于改善塑料生物降解性能。这项工作涉及使用从人为受污染的微观重点中的顺序和诱导的富集技术来选择和表征塑料降解的微生物联盟。缩影由土壤样品组成，其中埋葬了LLDPE（线性低密度聚乙烯）。联盟。富集培养物在每月转移到新培养基中孵育105天。监测总细菌和真菌的丰度和多样性。像LLDPE一样，木质素是一种非常复杂的聚合物，因此其生物降解与某些顽固塑料的聚合物紧密相关。出于这个原因，还进行了不同富集的木氨基氨氨利释放微生物的计数。另外，联盟成员被分离，分子鉴定并酶表征。结果表明，在诱导选择过程结束时，每个培养物转移的微生物多样性丧失。该联盟的一些成员显示出与顽固塑料聚合物降解有关的广泛酶促活性，铜绿假单胞菌REBP5或假单胞菌AlloputiDA afloputida rebp7菌株脱颖而出。与在薄膜形式的LLDPE培养物中选择的联盟相比，从粉末形式的LLDPE培养物中选择的财团更有效，从而导致微塑性重量在2.5％至5.5％之间。被确定为Castellaniella denitrificans Rebf6和Debaryomyces Hansenii Relf8的菌株也被认为是该联盟的相关成员，尽管它们显示出更离散的酶促曲线。其他财团成员可以在伴随LLDPE聚合物的添加剂降解中进行合作，从而促进了塑料结构的其他真正降级器的随后访问。尽管初步，但在这项工作中选择的微生物联盟有助于当前对自然环境中积累的人为起源的顽固塑料降解的知识。