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2024 年 5 月 DEPS 年度报告
我们的目标：• 促进 DE 社区内的交流• 通过研究资助和实习加强 DE 教育• 通过我们的研究员计划表彰杰出的 DE 贡献• 发布和存档 DE 成就（定向能杂志）• 通过专业会议和研讨会促进 DE 推广
2024-2055 Hays CVD Cisds Deps dv>
年经验187天薪水计划薪水时间表薪水时间表0 $ 303.5615 $ 58,284 $ 58,284 $ 61,927 $ 63,748 $ 63,748 $ 65,266 1 $ 312.1230 $ 59,928 $ 59,928 $ 63,673 $ 67,529 $ 69,137 3 $ 326.6471 $ 62,716 $ 66,636 $ 68,596 $ 68,596 $ 70,229 4 $ 333.4973 $ 64,031 $ 68,031 $ 73,694 6 $ 345.7059 $ 66,376 $ 70,524 $ 72,598 $ 72,598 $ 74,327 7 $ 348.3796 $ 66,889 $ 71,069 $ 73,160 $ 73,160 $ 75,477 9 $ 353.7273 $ 67,916 $ 72,160 $ 74,283 $ 74,283 $ 76,051 10 $ 359.7166 $ 69,066 $ 73,382 $ 75,75,540 $ 364.8503 $ 70,051 $ 74,429 $ 76,619 $ 78,443 13 $ 367.6845 $ 70,595 $ 75,008 $ 77,214 $ 79,052 14 $ 71,684 $ 76,164 $ 78,404 $ 80,271 16 $ 376.5081 $ 72,290 $ 76,808 $ 79,067 $ 80,949 17 $ 379.3958 $ 77,986 $ 80,280 $ 82,191 19 $ 385.1712 $ 73,953 $ 78,575 $ 78,575 $ 80,886 $ 82,812 20 $ 388.0589 $ 74,507 $ 79,507 $ 79,164 $ 82,155 $ 84,111 22 $ 393.8343 $ 75,616 $ 80,342 $ 82,705 $ 82,705 $ 84,674 23 $ 396.4545 $ 76,119 $ 80,877 $ 85,801 25 $ 401.6952 $ 77,125 $ 81,946 $ 84,356 $ 84,356 $ 86,364 26 $ 404.5294 $ 77,5294 $ 77,670 $ 82,524 $ 84,951 $ 409.6631 $ 78,655 $ 83,571 $ 86,029 $ 88,078 29 $ 412.2299 $ 412.2299 $ 79,148 $ 84,095 $ 86,568 $ 88,88,629
通过 RNA 引导的 Cas9 核酸酶精确编辑 OsPYL9 基因，通过调节昼夜节律和非生物胁迫反应蛋白来增强水稻 (Oryza sativa L.) 的抗旱性和产量
摘要：脱落酸（ABA）参与调控抗旱性，而吡巴克汀抗性样（PYL）蛋白被称为脱落酸受体。为了阐明水稻中脱落酸受体之一的作用，通过 CRISPR / Cas9 在水稻中诱变 OsPYL9。基于位点特异性测序筛选出缺乏任何脱落酸靶标和 T-DNA 的纯合和杂合突变体植物，并用于形态生理学、分子和蛋白质组学分析。在胁迫条件下，突变株似乎积累了更高的脱落酸、抗氧化活性、叶绿素含量、叶片角质层蜡质和存活率，而丙二醛水平、气孔导度、蒸腾速率和维管束则较低。蛋白质组学分析发现总共有 324 种差异表达蛋白 (DEP)，其中 184 种和 140 种分别上调和下调。OsPYL9 突变体在干旱和水分充足的田间条件下均表现出谷物产量增加。大多数与昼夜节律、干旱反应和活性氧有关的 DEP 在突变体植物中上调。京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 分析显示 DEP 仅参与昼夜节律，基因本体论 (GO) 分析表明大多数 DEP 参与对非生物刺激的反应以及脱落酸激活的信号通路。蛋白质 GIGANTEA、Adagio 样和伪反应调节蛋白在蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络中表现出更高的相互作用。因此，总体结果表明CRISPR / Cas9产生的OsPYL9突变体具有提高水稻抗旱性和产量的潜力。此外，全局蛋白质组分析为水稻抗旱的分子机制提供了新的潜在生物标记和理解。
胆碱能 - 雌激素的相互作用与教育对泰国健康人群的认知性别差异的影响有关
人脑的发展是遗传和环境因素塑造的。由于神经信息传播中的性二态性，在人类中发现了认知功能的性别差异。许多研究报道了教育对认知功能的作用。然而，很少的工作研究了教育对基于健康人群的认知性别差异和背后的神经机制的影响。在这项研究中，使用威斯康星州卡分类测试（WCST）来检查135名泰语健康受试者认知功能的性别差异，并使用无标记的无标记定量蛋白质组学方法和生物信息学分析来研究性别特异性神经释放性释放性神经释放蛋白相关的蛋白质相关蛋白质表达谱。结果显示了两个WCST子得分的性别差异：基本教育组的总纠正和总错误百分比（贝叶斯因子> 100），男性的表现更好，而在二级和第三级教育水平中消除了这种差异。更重要的是，男女之间的11种差异表达的蛋白质（FDR <0.1）在两个教育群体中都呈现，其中大多数在女性中上调。这些DEP的一半与NACHR3直接相互作用，而另一个更深端通过与雌激素相互作用，将其他深度直接连接到胆碱能途径。这些发现提供了初步的迹象，表明胆碱能 - 雌激素的相互作用与教育对泰国健康人群中认知性别差异的影响有关，并且可能支持教育的影响。
原始研究定量蛋白质组学揭示了β1-42诱导的N2A神经母细胞瘤细胞中Ginkgolide B的神经保护机理
目的：Ginkgolide B（GB）具有抗炎，抗氧化剂和抗凋亡特性，抗淀粉样蛋白β（Aβ）引起的神经毒性（Aβ），但GB在阿尔茨海默氏症治疗中的潜在神经保护作用仍然难以捉摸。我们旨在通过GB预处理对β1-42诱导细胞损伤进行蛋白质组学分析，以发现GB的潜在药理机制。方法：串联质量标签（TMT）标记为液相色谱串联质谱法（LC-MS/MS）方法，用于分析β1-42诱导的小鼠神经母细胞瘤N2A细胞中的蛋白质表达，或者没有GB预处理。折叠变化> 1.5且来自两个独立实验的p <0.1的蛋白质被视为差异表达的蛋白质（DEPS）。进行基因和基因组（KEGG）富集分析的基因本体论（GO）和京都百科全书，以分析DEP的功能注释信息。使用Western blot和定量实时PCR在另外三个样品中验证了两个关键蛋白骨座蛋白（SPP1）和铁蛋白重链1（FTH1）。结果：我们在GB处理的N2A细胞中确定了总共61个DEP，包括42个上调和19个下调的蛋白质。生物信息学分析表明，DEPS主要通过下调SPP1蛋白和上调FTH1蛋白来调节细胞死亡和铁铁作用。结论：我们的发现表明，GB治疗对β1-42诱导的细胞损伤提供了神经保护作用，这可能与细胞死亡和铁毒性的调节有关。该研究为治疗阿尔茨海默氏病（AD）的GB潜在蛋白质靶标提供了新的见解。
通过蛋白质组学分析了解急性脑违规中针灸的机制：前瞻性随机对照试验的方案
方法：在针灸组，对照组和假针刺组中，总共将以1：1：1的比例随机分配132名涉及四家医院的患者。所有患者将接受基本治疗，针灸和假针刺组中的患者也将分别接受针灸或假针刺治疗，每周六次疗程为2周，然后进行3个月的随访。主要结果是在治疗后国家健康中风量表（NIHSS）分数的变化。次要结果将包括FUGL-MEYER评估（FMA）量表得分和Barthel指数（BI）。将记录在试验期间发生的不良事件。要发现差异表达的蛋白质（DEP）及其在ACI受试者和健康对照之间的作用，我们还将执行4D定量蛋白质组学分析，并且将通过酶联免疫吸收测定法（ELISA）确认DEPS。这项研究得到了天津传统中医大学第一教学医院（TYLL2023043）的机构审查委员会的批准。需要患者的书面知情同意书。该试验在中国临床试验注册中注册（CHICTR2300079204）。试验结果将在经过同行评审的学术期刊上发布。
红斑狼疮低级疾病的分子特征
摘要 目的 揭示低疾病活动度 (LDA) 和缓解期与活动性系统性红斑狼疮 (SLE) 之间的生物学环境。方法 我们确定了 PRECISESADS 项目 (NTC02890121) 中 SLE 患者的差异表达通路 (DEP)，并将患者分层为满足和不满足以下标准的患者：(1) 狼疮 LDA 状态 (LLDAS)、(2) SLE 缓解期的缓解定义和 (3) 不包括缓解期的 LLDAS。结果 我们分析了 321 名患者的数据；40.8% 处于 LLDAS，17.4% 处于 DORIS 缓解期。排除缓解期患者后，28.3% 处于 LLDAS。总体而言，LLDAS 患者和非 LLDAS 患者的 604 条通路存在显著差异，错误发现率校正后的 p (q)<0.05，稳健效应大小 (dr)≥0.36。因此，DORIS 缓解者和非缓解者之间的 288 条通路存在显著差异（q<0.05 和 dr≥0.36）。DEP 产生了不同的分子簇，其特征是血清学、肌肉骨骼和肾脏活动的差异。部分重叠样本的分析表明，LLDAS 和 DORIS 缓解之间没有 DEP。揭示了药物再利用治疗 SLE 的潜力，以及活动性 SLE 的重要途径，这些途径的调节可能有助于实现 LLDAS/缓解，包括 toll 样受体 (TLR) 级联、Bruton 酪氨酸激酶 (BTK) 活性、细胞毒性 T 淋巴细胞抗原 4 (CTLA-4) 相关抑制信号传导，以及核苷酸结合寡聚化结构域富含亮氨酸重复序列蛋白 3 (NLRP3) 炎症小体通路。结论我们首次证明了区分 LLDAS/缓解和活动性 SLE 的分子信号通路。 LLDAS/缓解与 SLE 发病机制和特定临床表现相关的生物过程逆转有关。与 LLDAS 相比，DEP 按缓解聚类更能对患者进行分组，证实缓解是 SLE 的最终治疗目标；然而，两种状态之间缺乏实质性的通路差异，从生物学角度来看 LLDAS 是一个可接受的目标。
和牛摘要 02/2024
预期后代差异 (EPD) 信息用于衡量将所需遗传特征从父母传递给后代的能力，预期后代差异 - EPD 是根据动物及其后代的谱系和性能信息计算得出的。它表明由特定饲养者（公牛或母牛）后代的遗传因素决定的差异的预期变化，并且可以与评估种群中任何动物后代的特征（表型）的平均表现进行比较，从而可以选择具有给定特征的最佳个体。为了说明，我们假设公牛 A 的大理石花纹 EPD 分数为正值 +1.5，而公牛 B 的大理石花纹 EPD 分数为负值 -1.5，两者的 EPD 差为 3 分。如果公牛 A 和 B 与具有相同 EPD 的母牛交配，并且它们的后代在相似的条件下饲养，则两组后代的平均得分预期差异将为 3，其中公牛 A 的后代比公牛 B 的后代具有更好的大理石花纹得分。始终应分析 EPD 以考虑其准确性。例如，一个非常阳性但准确度较低的 EPD 可能比一个不太阳性但准确度较高的 EPD 更不可靠，因为 EPD 是随着时间的推移使用累积信息重复计算的，这可以在每一轮基因评估中为这些计算带来更高的准确性。
通过基于模型的合成方法设计物理系统。电动车辆锂离子电池的示例
摘要本文介绍了系统工程框架中复杂物理系统初步设计的方法。这种方法集中在设计前任务所涉及的活动和参与者上。它专注于设计问题的建模（设计问题规范），这是一种用于指定和建模工程设计问题的形式主义。这种设计方法完成了基于模拟的分析方法，该方法主要用于物理系统的设计。尤其是我们的方法允许综合设计前架构，分析/仿真方法无法做到。从要求的文本规范开始，提出的方法构建了设计问题的正式模型，并使用约束编程解决了它。思想和概念：问题模型可重复使用的问题，问题，知识和解决方案空间的概念以及要求的正式规范以及将设计问题模型与设计系统模型区分开来的所有其他内容。电动汽车的锂离子电池设计的一个例子是本文的实际用例。