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分子相似性在药物发现、靶标预测和化学空间可视化中的应用
摘要：相似的药物分子通常具有相似的特性和活性。因此，量化分子相似性对于药物发现和优化至关重要。在这里，我回顾了我所在跨学科网络 NCCR TransCure 内开发的使用分子相似性测量的计算方法，该网络研究离子通道和膜转运蛋白的生理学、结构生物学和药理学。我们设计了一种 3D 分子形状和药效团比较算法，通过骨架跳跃优化弱和非选择性抑制剂，并发现了离子通道 TRPV6 和 TRPM4、内源性大麻素膜转运以及二价金属转运蛋白 DMT1 和 ZIP8 的强效和选择性抑制剂。我们通过将不同分子指纹的分子相似性搜索与 ChEMBL 数据库中的靶标注释化合物相结合来预测脱靶效应。最后，我们创建了反映分子相似性的交互式化学空间图，以方便筛选化合物的选择和筛选结果的分析。这些不同的工具可在线获取，网址为 https://gdb.unibe.ch/tools/。
针对DNA / RNA和Amplicon样品的样品制备和运输的指南< / div>
• Double-stranded high molecular weight DNA with an OD 260/280 ≥ 1.8-2,0 and an OD 260/230 ≥ 1,8-2,2 • Preferably dissolved in RNAse-, DNAse- and protease-free Tris-HCl buffer (pH 8.0 – 8.5) • “Ready to load” genomic libraries, ready to load PCR products or PCR products without sequencing adapters must be column purified从低分子量的杂质（例如底漆和核苷酸）和反应缓冲液中，应在琼脂糖凝胶上以单条带的形式出现。请注意，除了特定频段之外，“涂片”将干扰以下准备步骤。在咨询时，欧罗芬基因组学可以执行额外的珠子纯化步骤（以额外的费用），以便在进行进一步处理之前优化样品质量。•该溶液不得包含任何杂质，例如生物学大分子（例如蛋白质，多糖，脂质），螯合剂（例如EDTA），硫代金属阳离子（例如，MG2+），脱位剂（例如，变性）（例如Triton-X100）。
压力引起的 CsEuF3 价态波动
三元稀土金属氟化物CsEuF 3 在环境条件下呈现理想的立方钙钛矿结构[ABX 3 ]，B阳离子位点被稀土Eu离子占据，形成EuF 6 八面体。本研究通过对Eu-L 3 边的磁化率和同步加速器X射线吸收光谱(XAS)分析，证实在环境条件下Eu处于二价氧化态。温度依赖的磁化率数据显示，由于从Eu 2+态到Eu 3+态的部分跃迁，Eu的平均价态在20 K以下升高，从而形成平均价态为+2.23的混合价态。利用高压高能量分辨率荧光检测-XAS技术获得了CsEuF 3中Eu离子价态波动的直接证据，其中观察到价态从环境压力下的2.15 +连续变化到10.5 GPa下的2.5 +。这些发现表明，在类似的系统中，稀土金属有可能发现与价态不稳定性相关的有趣物理特性。
分子相似性在药物发现、靶标预测和化学空间可视化中的应用
摘要：相似的药物分子通常具有相似的特性和活性。因此，量化分子相似性对于药物发现和优化至关重要。在这里，我回顾了我所在跨学科网络 NCCR TransCure 内开发的使用分子相似性测量的计算方法，该网络研究离子通道和膜转运蛋白的生理学、结构生物学和药理学。我们设计了一种 3D 分子形状和药效团比较算法，通过骨架跳跃优化弱和非选择性抑制剂，并发现了离子通道 TRPV6 和 TRPM4、内源性大麻素膜转运以及二价金属转运蛋白 DMT1 和 ZIP8 的强效和选择性抑制剂。我们通过将不同分子指纹的分子相似性搜索与 ChEMBL 数据库中的靶标注释化合物相结合来预测脱靶效应。最后，我们创建了反映分子相似性的交互式化学空间图，以方便筛选化合物的选择和筛选结果的分析。这些不同的工具可在线获取，网址为 https://gdb.unibe.ch/tools/。
芘衍生的碳纳米膜选择性地通过水中的金属离子
为了探索一价（K + 、Na + 和 Li + ）和二价（Mg 2 + 、Ca 2 + ）金属离子之间的离子选择性，Esfandiar 等人制作了一个带有 0.67 纳米狭缝的人工亚纳流体装置，揭示了复杂的尺寸排阻行为。[10] 尽管如此，当施加电压作为驱动力时，对离子选择性的机械理解被证明是不够的。[11] 受生物通道中超选择性离子传导的启发，人们对具有金属离子选择性电动传输功能的纳米多孔膜有需求。[12] 在这方面，具有窄孔径分布和最终厚度的固有多孔碳纳米膜（CNM）代表了分离和脱盐技术的一个有趣的平台。 [13,14] 传统的 CNMs 由自组装的三联苯硫醇 (TPT) 制成，可形成厚度为 1.2 nm 且孔径为 0.7 nm 的透水性膜，通过硫化物基团的空间效应和静电排斥，可完全排斥离子。[14] 另一方面，由联苯硫醇 (BPT) 获得的较薄的 CNMs (约 0.9 nm) 表现出较低的选择性水传输，同时 K + 和 Cl – 优先离子迁移
具有平面内 σ‐ 的稳定环状 (R2SnAu)3 阴离子...
具有四个价电子的 被称为不稳定的反芳香阴离子，而具有三个二价锡配体的 3 @ 则是稳定的芳香阴离子，其具有前所未有的 Mçbius 轨道阵列，这与 3 @ 的扰动 MO 和 CCSD 分析预测的结果一致。原子电子排布为 [Xe]4f 14 5d 10 6s 1 的金是贵金属，其化学目前是发展最快的化学领域之一。[1] 金化学研究涉及许多主题，包括金纳米粒子、小的金单核和多核分子、它们对各种有机反应的催化作用以及它们的键合和结构的理论方面。金的氧化态通常为 +1、+3 和 +5，但由于较大的相对论效应及其相对较高的电子亲和力，会出现相当不寻常的 @1 态； [1a] 如碱金属金化物（如 RbAu、CsAu、[2] 和 (NMe 4 )Au）所示，[3] Au @ 通常充当较重的拟卤化物，如 Br @ 和 I @ 。虽然最近已经合成了许多单核和多核金分子和离子，并通过 X 射线分析、核磁共振光谱等进行了表征，但对其键合性质和化学性质的了解仍然有限。
主动稳定Kilogauss磁场至PPM水平，以在UltranArrow Feshbach共振上进行磁相结合
意识到诸如RBSR之类的双重分子的磁相结合已经证明了迄今为止的难以捉摸的目标，尽管已经取得了长足的进步。14,15,28–31由于SR和其他二价原子的单线特征，不存在Bialkali系统期望的通常的自旋 - 旋转耦合，并且Feshbach共振非常狭窄。32–34实际上，RBSR系统的最有前途的共振位于1313 g（用于Bose-Bose 87 RB + 84 SR系统）和519 G（用于87 RB + 87 SR BOSE-FERMI混合物），具有1.7和1.7和16 mg的宽度。 15因此，需要对施加磁场的PPM级控制。此外，初始激光冷却阶段需要在接近零和四极磁场之间切换，因此需要避免永久磁铁和其他磁性材料。总的来说，磁场所需的控制水平和可重复性构成了严重的实验挑战。先前报道的方案稳定了实验室中的Feshbach线圈电流或环境磁场，但并非两者兼而有之。例如，先前证明了用于平均至子PPM精度的原子物理学的低噪声驱动因素。35,36
低伴侣钙钛矿与四烯的偶联用于单线裂变太阳能电池应用
a b s t r a c t实施单线裂变材料是提高太阳能电池效率的有效策略，而无需引入实质性的复杂性或成本。在这项研究中，我们探讨了包括四烯的双层系统中的单元激激裂裂变过程的可能性，该过程是基于铅（PB）和TIN（PB）和TIN（SN）的混合物（CH 3 NH 3 NH 3 NH 3 nH 3 nH 3 nH 3 X x Pb 1- i 3）。我们首先合成了一系列解决方案的低频带gap ch 3 nh 3 nh 3 x pb 1 -x i 3 perovskites（0 然后，我们将热蒸发的四烯耦合为有机分子三重敏敏化剂，三重态能量为≈1.3eV，ch 3 nh 3 nh 3 nh 3 x x pb 1 -x i 3 perovskites（0 我们的发现表明，从四烯烯到钙钛矿没有明显的能量转移，这是由四烯烯在钙钛矿的激发扫描中的负贡献所证明的，并且当与四烯交织时，钙钛矿峰的磁场光致发光响应没有磁场光致发光响应。 这些结果为开发基于钙钛矿的单线嵌入太阳能电池提供了宝贵的见解。然后，我们将热蒸发的四烯耦合为有机分子三重敏敏化剂，三重态能量为≈1.3eV，ch 3 nh 3 nh 3 nh 3 x x pb 1 -x i 3 perovskites（0 我们的发现表明，从四烯烯到钙钛矿没有明显的能量转移，这是由四烯烯在钙钛矿的激发扫描中的负贡献所证明的，并且当与四烯交织时，钙钛矿峰的磁场光致发光响应没有磁场光致发光响应。 这些结果为开发基于钙钛矿的单线嵌入太阳能电池提供了宝贵的见解。我们的发现表明，从四烯烯到钙钛矿没有明显的能量转移，这是由四烯烯在钙钛矿的激发扫描中的负贡献所证明的，并且当与四烯交织时，钙钛矿峰的磁场光致发光响应没有磁场光致发光响应。这些结果为开发基于钙钛矿的单线嵌入太阳能电池提供了宝贵的见解。
具有功能完整蛋白质的DNA折纸纳米结构的位点特异性装饰
摘要：DNA折纸结构为具有纳米精度的单个生物分子的组织提供了灵活的Sca效果。当他们发现对多种生物应用的增加使用时，在定义的化学计量，高产量和保护蛋白质功能下的蛋白质的功能化仍然具有挑战性。在这项研究中，我们将单分子荧光显微镜与细胞生物学功能测定结合使用，以系统地评估DNA折纸结构特异性装饰的不同策略，重点介绍了效率，稳定量表，稳定量表和蛋白质功能。使用T细胞受体（TCR）的激活配体作为感兴趣的蛋白质，我们发现两种常用方法在化学计量和蛋白质功能方面表现不佳。While strategies employing tetravalent wildtype streptavidin for coupling of a biotinylated TCR-ligand yielded mixed populations of DNA origami structures featuring up to three proteins, the use of divalent (dSAv) or DNA-conjugated monovalent streptavidin (mSAv) allowed for site-speci fi c attachment of a single biotinylated TCR-ligand.通过共价DNA结合，最直接的装饰策略导致配体效力降低了3倍，这可能是由于电荷介导的蛋白质功能受损所致。在配体共轭物中，用电荷中性肽核酸（PNA）代替DNA作为耦合策略，在我们的研究中具有最佳的整体性能，因为它产生了最高的产率，没有多价DNA折纸结构和完全保留的蛋白质功能。在我们的研究中，我们旨在为静态定义的，定义的，特定于位置的DNA折纸结构的蛋白质，具有可供选择的蛋白质，可用于广泛的生物学应用。关键字：DNA折纸，DNA纳米结构，蛋白质结合，功能化，单分子荧光显微镜，T细胞活化D
使用纳滤、反渗透和膜电容去离子处理含有四甲基氢氧化铵 (TMAH) 的半导体废水
摘要：随着半导体行业在过去几十年的迅猛发展，其对环境的影响也日益令人担忧，包括淡水的抽取和有害废水的产生。四甲基氢氧化铵 (TMAH) 是半导体废水中不可避免的有毒化合物之一，应在废水排放前去除。然而，很少有经济实惠的技术可以去除半导体废水中的 TMAH。因此，本研究的目的是比较不同的处理方案，如膜电容去离子 (MCDI)、反渗透 (RO) 和纳滤 (NF)，用于处理含有 TMAH 的半导体废水。进行了一系列台式实验装置，以研究 TMAH、TDS 和 TOC 的去除效率。结果证实，MCDI 工艺和 RO 一样表现出很强的去除能力，而 NF 在相同的恢复条件下无法充分去除。 MCDI 对包括 TMA+ 在内的一价离子的去除率高于二价离子。此外，在碱性溶液中，MCDI 对 TMA+ 的去除率高于在中性和酸性条件下的去除率。这些结果首次证明了 MCDI 在处理含有 TMAH 的半导体废水方面具有巨大潜力。