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V 型 CRISPR-Cas 效应子通过促进核酸生物标志物的检测,彻底改变了分子诊断。然而,它们依赖于目标双链 DNA (dsDNA) 上原间隔区相邻基序 (PAM) 位点的存在,这极大地限制了它们作为诊断工具的灵活性。在这里,我们提出了一种名为 PICNIC 的新方法,该方法只需对当代 CRISPR 检测方案进行约 10 分钟的简单修改,即可解决基于 CRISPR 的诊断的 PAM 问题。我们的方法包括通过高温和高 pH 处理将 dsDNA 分离成单个单链 DNA (ssDNA) 链。然后,我们以无 PAM 的方式使用多种 Cas12 酶检测释放的 ssDNA 链。我们通过成功将 PICNIC 用于 Cas12 家族的三种不同亚型(Cas12a、Cas12b 和 Cas12i)的无 PAM 检测,展示了 PICNIC 的实用性。值得注意的是,通过将 PICNIC 与含有 crRNA 的截短 15 核苷酸间隔区相结合,我们证明了使用 CRISPR 进行临床上重要的单核苷酸多态性的 PAM 独立检测。我们采用这种方法检测 HIV-1 的耐药变体(特别是 K103N 突变体)的存在,该变体在突变附近缺乏 PAM 位点。此外,我们成功地将我们的方法应用于临床样本,通过在 HCV 基因组中无 PAM 位点以 100% 特异性检测和基因分型 HCV-1a 和 HCV-1b 变体。总之,PICNIC 是一种简单但具有突破性的方法,它通过消除 PAM 序列的限制提高了基于 CRISPR-Cas12 的诊断的灵活性和精确度。
就像去年一样,我毫不犹豫地再次提到即将到来的百年校庆,毫无疑问,明年我还会再次提到。2027 年即将到来,我们的规划活动也将随之加速。细节仍有待解决,但我们正在从大纲概念转向更具体的细节,我们将在今年推出这些细节。正如本期其他地方所述,我们正在积极寻求您、我们的朋友和校友的想法和意见。您可以随时通过 alumni@path.ox.ac.uk 与我们联系,但今年 11 月还将举办一场在线规划活动,任何感兴趣的人都将受到热烈欢迎。别忘了把 2027 年 7 月 7 日标记为我们主要庆祝活动的日期:我们非常期待欢迎尽可能多的老朋友回来。百年校庆也是为 Dunn 学院未来 100 年筹集资金的机会(毕竟,最好的还在后头!)。正如我去年宣布的那样,我们已将人才作为我们的战略重点。具体目标是捐赠最多十二个新的研究生奖学金,确保我们能够接受尽可能多的来自世界各地的优秀学生申请者;并捐赠支持我们各个小组负责人的教职员工,他们最终负责我们的研究
气候就业研究所的成立基于这样一个立场:美国正面临两大历史性危机——气候变化危机和种族、性别、收入、财富、机会和希望不平等危机。为了避免气候灾难,我们必须立即采取大胆行动降低温室气体排放。在我们重建经济、确保气候安全的同时,我们有巨大的机会纠正历史不平等,创造一个更加公平、公正和包容的经济和社会。数万亿美元的投资和数千万个新就业岗位将被用于建设我们所需的清洁能源经济。CJI 与工会、政策制定者、环保领袖和其他人士密切合作,在纽约和全国各地制定了雄心勃勃的气候就业计划,以应对气候变化,同时确保新的清洁能源工作是维持家庭和社区的良好工会职业。历史表明,一份高薪和优厚福利的工作是减少收入、财富、种族和性别不平等并开辟进入中产阶级道路的最佳方式之一。
在生物信息学,人工智能,临床信息学,云计算,统计,计算科学,软件设计和编程,生物信息学,可视化,机器学习,预测分析,超级计算,超级计算,建模和模拟,数字健康,数字健康,数据共享,数据分享以及网络范围和其他信息范围内,以及他们的信息,以及他们的信息,以及他们的信息,以及他们的信息,以及其他信息,以及他们的信息,以及他们的信息,以及他们的信息,以及其他信息,以及他们的信息,以及其他信息,以及他们的信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及他们的信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息,以及其他信息>创建后续研究
打开集识别(OSR)要求模型对属于封闭设置的样本进行分类,同时在测试过程中拒绝未知样本。当前,生成模型通常比OSR中的判别模型更好,但是最近的研究表明,生成模型可能是计算在复杂任务上是不可行的或不稳定的。在本文中,我们提供了有关OSR的见解,并发现学习表达可以从理论上降低开放空间风险。基于分析,我们提出了一个新的模型,即多人注意融合(MEDAF),该模型以歧视性的方式学习了不同的表示。MEDAF由多个专家组成,这些专家以注意力多样性的正则化项为生,以确保注意力图互惠互机。每个前一个学到的逻辑都具有自适应融合,并用于通过分数函数识别未知数。我们表明,注意图的差异可能导致各种表示形式,以便融合的表示可以很好地处理开放空间。进行了实验,是根据标准和OSR大规模基准进行的。结果表明,所提出的鉴别方法可以在AUROC上胜过高达9.5%的生成模型,并实现新的最先进的效果,而计算成本很少。我们的方法还可以无缝整合现有的分类模型。代码可在https://github.com/vanixxz/medaf上找到。
加州大学戴维斯分校 Haley Broadhurst haley.broadhurst@thermofisher.com 加州大学伯克利分校 Sabrina Binczewski sabrina.binczewski@thermofisher.com 加州大学旧金山分校 Brenna Wall brenna.wall@thermofisher.com 加州大学默塞德乔蒂·迪隆 joti.dhillon@thermofisher.com 加州大学 Angel Chungel Chungel Angel 天使。
Prokaryotic CRISPR–Cas immunity is subverted by anti-CRISPRs (Acrs), which inhibit Cas protein activities when expressed during the phage lytic cycle or from resident prophages or plasmids 1 . Acrs often bind to specific cognate Cas proteins, and hence inhibition is typically limited to a single CRISPR–Cas subtype 2 . Furthermore, although acr genes are frequently organized together in phage- associated gene clusters 3 , how such inhibitors initially evolve has remained unclear. Here we investigated the Acr content and inhibition specificity of diverse Listeria isolates, which naturally harbour four CRISPR–Cas systems (types I-B, II-A, II-C and VI-A). We observed widespread antagonism of CRISPR, which we traced to 11 previously unknown and 4 known acr gene families encoded by endogenous mobile elements. Among these were two Acrs that possess sequence homology to type I-B Cas proteins, one of which assembles into a defective interference complex. Surprisingly, an additional type I-B Cas homologue did not affect type I immunity, but instead inhibited the RNA-targeting type VI CRISPR system by means of CRISPR RNA (crRNA) degradation. By probing viral sequence databases, we detected abundant orphan cas genes located within putative anti-defence gene clusters. Among them, we verified the activity of a particularly broad-spectrum cas3 homologue that inhibits type I-B, II-A and VI-A CRISPR immunity. Our observations provide direct evidence of Acr evolution by cas gene co-option, and new genes with potential for broad-spectrum control of genome editing technologies.
技术中立原则,特别是为了加强其对研究和创新政策的预期影响。该项目的第一个工作包侧重于如何识别新兴技术以及评估其未来影响和潜力的标准。在不同技术选项之间选择的权重是组织的一个关键战略决策,但作为研究课题几乎没有涉及。该主题是从技术中立原则的相关性和实施方面进行评估的。在第二个工作包中,对芬兰新兴技术的现状和资金进行了分析。特别是,它研究了技术中立如何反映在监管和公共资金中。该研究评估了融资工具如何在技术推动和市场拉动之间取得平衡等。
乳腺癌是一种激素依赖性癌症,性类固醇在乳腺癌进展中起着关键作用。雌激素与乳腺癌密切相关,70-80% 的人类乳腺癌组织中表达雌激素受体 (雌激素受体 α;ER α)。尽管抗雌激素疗法 (内分泌疗法) 显著改善了 ER α 阳性乳腺癌患者的临床结果,但一些患者在治疗后会出现复发。此外,缺乏 ER α 表达的乳腺癌患者无法从内分泌治疗中受益。雄激素受体 (AR) 也在 70% 以上的乳腺癌组织中表达。越来越多的证据支持这一新的治疗靶点可用于治疗缺乏 ER α 、孕激素受体和人类 EGF 受体 2 的三阴性乳腺癌以及对常规内分泌疗法有抗药性的 ER α 阳性乳腺癌。然而,AR 表达的临床意义仍然存在争议,雄激素在乳腺癌中的生物学功能尚不清楚。本文将重点介绍雄激素在乳腺癌中的作用以及雄激素对改善乳腺癌治疗的贡献的最新发现。