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calaxin稳定脊椎动物中的外臂动力蛋白的对接到纤毛双子微管
抽象的外臂动力蛋白（OAD）是纤毛跳动的主要力发生器。尽管OAD损失是人类原发性睫状运动障碍的最常见原因，但OAD的对接机制在纤毛双线微管上（DMT）仍然难以捉摸脊椎动物。在这里，我们使用斑马鱼精子和冷冻电子层析摄影术分析了脊椎动物OAD-DC（停靠复合物）的五个组成部分中的Calaxin/efcab1和ARMC4的功能。ARMC4的突变导致OAD完全丢失，而卡拉辛的突变仅导致OAD的部分损失。 详细的结构分析表明，卡拉辛 - / - OAD通过Calaxin以外的其他DC组件将DMT束缚在DMT上，并且重组卡拉辛可以自主挽救缺陷的DC结构和OAD的不稳定性。 我们的数据证明了Calaxin和ARMC4在OAD-DMT相互作用中的离散作用，这表明OAD对接在脊椎动物中DMT上的稳定过程。ARMC4的突变导致OAD完全丢失，而卡拉辛的突变仅导致OAD的部分损失。详细的结构分析表明，卡拉辛 - / - OAD通过Calaxin以外的其他DC组件将DMT束缚在DMT上，并且重组卡拉辛可以自主挽救缺陷的DC结构和OAD的不稳定性。我们的数据证明了Calaxin和ARMC4在OAD-DMT相互作用中的离散作用，这表明OAD对接在脊椎动物中DMT上的稳定过程。
PADDOCK WOOD邻里计划2022-2038
在11月和2020年12月的所有居民中，都向所有邻里计划愿景和计划的重点领域的信息传单以及调查表分发了。当时我们正处于共同19大流行中的中间，但尽管如此，居民还是收到了上述预期的反应。由我们的顾问分析的该问卷的结果证实，确定邻里计划的重点领域得到了很好的支持和适当的支持，解决了帕多克伍德公众所关注的许多担忧。调查回答批准了计划的重点，并为正在进行的工作提供了坚实的基础。居民提出了一系列其他问题，但其中许多想法已经包含在先前准备的计划草案中，并且随着更新计划的工作已得到加强。愿景也进行了更新和修改，以更加重视气候变化事务。它于2022年提交考试。
分子对接和动力学模拟
基质金属蛋白酶9（MMP-9）是锌，依赖钙的蛋白水解酶，参与细胞外基质降解。MMP-9的过度表达已在几种疾病中得到证实，包括癌症，阿尔茨海默氏病，自身免疫性疾病，有氧运动血管疾病和龋齿。因此，建议将MMP-9抑制作作为对抗各种疾病的治疗策略。肉桂酸衍生物在不同的癌症，阿尔茨海默氏病，心血管疾病和龋齿中表现出治疗作用。进行了一种计算药物发现方法，以评估选定的肉桂酸衍生物与MMP-9活性位点的结合亲和力。还检查了对顶级化合物的停靠姿势的稳定姿势。使用Autodock 4.0工具测试了12种草药肉桂酸衍生物可能抑制MMP-9。通过10纳秒模拟中，通过分子动力学（MD）评估了最有效的MMP-9抑制剂的停靠姿势的稳定性。在MMP-9活性位点中，在MD模拟之前和之后研究了本研究中最佳的MMP-9抑制剂与在MMP-9活性位点中掺入的残基之间的相互作用。cynarin，绿原酸和马链酸与MMP-9催化结构域具有相当大的结合亲和力（δg结合<–10 kcal/ mol）。在皮摩尔尺度上计算了cynarin和绿原酸的抑制恒定值，并将其分配为肉桂酸衍生物中最有效的MMP-9抑制剂。在10 NS模拟中，cynarin和绿原酸的根平方偏差低于2Å。cynarin，绿原酸和红氨酸酸可能是MMP-9抑制作用的候选药物。
通过分子对接，MM/GBSA计算，MD模拟和ADMET分析，从天然产物中鉴定自然产物的潜在人胰腺淀粉酶抑制剂
人胰腺α-淀粉酶（HPA）是碳水化合物水解的催化剂，是控制2型糖尿病的可行靶标之一。抑制α-淀粉酶低葡萄糖水平，有助于减轻高血糖并发症。在此，我们通过分子建模系统地从天然产物库中系统地筛选了潜在的HPA抑制剂。建模包括分子对接，MM/GBSA结合能计算，MD模拟和ADMET分析。This research identified new- boulaside B, newboulaside A, quercetin-3-O- β -glucoside, and sasastilboside A as the top four potential HPA inhibitors from the library of natural products, whose Glide docking scores and MM/GBSA binding energies range from -9.191 to -11.366 kcal/mol and -19.38 to -77.95 kcal/mol。基于模拟，其中newboulaside b被发现为最佳的HPA抑制剂。在整个模拟过程中，偏差为3Å（Acarbose =3Å），它与ASP356，ASP300，ASP197，THR163，ARG161，ASP147，ALA106和GLN63相互作用。此外，全面的ADMET分析表明，它具有良好的药代动力学特性，没有急性毒性，适中的生物利用和非抑制剂的性质，并且对细胞色素p450。所有结果表明，Newboulaside B可能是针对2型糖尿病的药物发现的有前途的候选人。
探索西他列汀治疗 2 型糖尿病的新靶点：网络药理学、分子对接、分子动力学模拟和 SPR 方法
糖尿病是一种由多种原因引起的以慢性高血糖为特征的代谢性疾病，可导致心脑血管疾病、糖尿病肾病、糖尿病视网膜病变等慢性并发症（1）。糖尿病已成为全球重大公共卫生问题，严重影响人们的日常生活。世界范围内糖尿病患病率逐年上升，2型糖尿病（T2DM）患者占糖尿病患者的90%以上（2，3）。目前，治疗2型糖尿病的药物分为两类：传统药物（如磺酰脲类、噻唑烷二酮类、双胍类、胰岛素等）和新型靶点药物（如多种肠促胰岛素激动剂、葡萄糖激酶激动剂、胰高血糖素受体拮抗剂等）（4）。西他列汀于2006年获美国食品药品管理局(FDA)批准上市，可单独或与其他药物联合使用，治疗2型糖尿病并改善血糖控制(5)。它是第一个用于治疗2型糖尿病的二肽基肽酶IV(DPP4)抑制剂，主要通过选择性抑制DPP4活性，减少胰高血糖素样肽1(GLP-1)的降解，从而发挥降血糖作用(6)。DPP4又称CD26，是一种110kDa的II型跨膜糖蛋白，在脑、内皮、心脏、肠、肾、肝、肺、骨骼肌、胰腺、胎盘和淋巴细胞等组织中表达(7)。GLP-1是DPP4的内源性生理底物。 GLP-1主要刺激胰岛素分泌，抑制胰高血糖素分泌，从而限制餐后血糖波动。作为食欲和食物摄入的生理调节剂，它还抑制胃肠蠕动和胃酸分泌。餐后GLP-1分泌迅速增加，但约75%的分泌肽被内皮细胞管腔表面的DPP4降解，仅25%到达门脉循环，其余50%的GLP-1在肝脏DPP4和可溶性DPP4的作用下进一步降解(8)。因此，DPP4与2型糖尿病密切相关，我们认为发现DPP4与2型糖尿病的发病密切相关。
Paddock 110 kV 变电站开发 Kilbride Road, Co. Meath
变电站会对人类或动物造成健康风险吗？有些人担心电线和电缆附近的电场和磁场 (EMF)。电流流动时会产生 EMF，但其频率处于电磁波谱的极低端。它们出现在家庭、工作场所或我们使用电的任何地方。EMF 的天然来源包括地球的地磁场和风暴云的电场。卫生和监管机构的共识是，极低频率的 EMF 不会带来健康风险。
新型双氯芬酸衍生物作为抗菌剂的合成，生物学评估和分子对接研究
在近年来，由于其exceptiational生物学活性，对双氯芬酸衍生物的合成的兴趣增加了。我们在这里通过简单的合成程序提出了一些新型双氯芬酸衍生物的合成，其中碳水化合物化合物1用氯乙烷在二恶烷中产生了化合物2。氯乙酰氢氮杂化合物2进一步对使用不同的亲核试剂进行亲核取代反应，例如：氢氮水合物，硫代硫代 - 巴齐德和P-氨基苯甲苯甲酰胺分别给予相应的衍生物3-5。更重要的是，羟基林化合物3与活性氢种的反应，例如：乙酰乙酸乙酸乙酯和乙酰丙酮在重新流动的乙醇中提供了相应的吡唑酮衍生物6和7。此外，先前报道的双氯芬酸酯8与1,2-二氨基乙烷的反应给出了氨基衍生物9。最后，后一种化合物与苯甲醛中的缩合反应提供了相应的Schiff的碱化合物10，而在二Xan中含有氯乙酰氯的酰化产生了11。不同的光谱（IR，NMR和质量）和元素分析技术用于探索合成化合物的结构。对所有合成化合物的体外抗菌活性进行了测试，以针对不同的细菌菌株表现出满意的结果，并进行了分子对接研究以研究作用方式。©2022 Elsevier B.V.保留所有权利。
经生物信息学和分子对接分析筛选出Dhea和2-14,15-Eg对胆管癌有疗效
胆管癌 (CCA) 是一种罕见的腺癌，起源于胆管上皮细胞，常表现为局部晚期或转移性病变，预后极差 [1]。根据病理结构的位置，可分为三型：肝内胆管癌 (iCCA)、肝门部胆管癌 (pCCA) 和远端胆管癌 (dCCA) [2]。目前胆管癌的首选治疗方法是手术切除，但该方法仅适用于早期。对于不适合手术的中晚期患者，一般选择局部区域治疗、化放疗和靶向药物治疗 [3]。但即使采用综合治疗，治疗效果也不令人满意。3 期和 4 期胆管癌的 5 年总生存率分别为 10% 和 0% [4]。此外，由于发病率上升，胆管癌死亡人数累计增加了39%，男性死亡率（1.9/100 000）高于女性死亡率（1.5/100 000）[5]。近年来，生物信息学和微阵列方法在复杂疾病的多基因或蛋白质探索和分析中变得越来越有效[6]。通过应用相应的生物信息学算法，这些方法可以识别疾病的核心驱动基因和异常调控通路，有助于研究人员系统、准确、有效地揭示治疗的分子靶点，为肿瘤的发生发展提供理论依据。分子对接是一种成熟的基于计算机结构的方法，广泛应用于药物研发[7]。虚拟筛选是一种具有多种可用工具的计算技术[8]，通过分子对接可以从数百万个分子中筛选出具有药物特性的活性化合物。因此，虚拟筛选和分子对接是合理药物设计和药物化学中广泛实用的方法[9，10]。例如，针对胆管癌中潜在的驱动基因畸变，已经开发了几种治疗晚期疾病的新药，包括FGFR抑制剂和IDH抑制剂[11]。在本研究中，我们利用生物信息学和虚拟筛选方法相结合，筛选出可以结合特定靶点的药物，以促进胆管癌药物的研究和开发。此外，该方法已被证明是有效的，并有助于治疗其他疾病，如骨肉瘤和胶质母细胞瘤[12，13]。本研究从基因表达综合数据库中下载了3个涉及CCA的mRNA微阵列数据集（GSE132305、GSE89749和GSE45001），并通过比较CCA和正常组织的基因表达谱来分析这些数据集以识别差异表达基因（DEG）。然后，使用Venn分析筛选出相互的DEG。通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，研究CCA的生物学功能和信号通路改变。进行PPI网络构建，识别枢纽基因。接下来，利用虚拟筛选、分子对接等一系列结构生物学方法，筛选和识别对MYC有潜在抑制作用的先导化合物。此外，我们的研究还预测了CCA在体内的吸收、分布、代谢和功能。
通过高通量逆对接识别抗 SARS-CoV-2 的再利用药物的靶点
摘要 筛选已批准的药物以检测其对抗新型病原体的活性可能是全球应对流行病的快速反应策略的重要组成部分。这种高通量重新利用筛选已经确定了几种具有对抗 SARS-CoV-2 潜力的现有药物。然而，要将这些热门药物开发为专门针对这种病原体的药物，需要明确识别它们相应的靶标，而高通量筛选通常无法揭示这一点。我们在此介绍了一种新的计算逆对接协议，该协议使用全原子蛋白质结构和对接方法的组合对几种现有药物的靶标进行排序，最近的多个高通量筛选检测到了这些药物的抗 SARS-CoV-2 活性。我们用已知的药物-靶标对（包括非抗病毒和抗病毒化合物）证明了该方法的有效性。我们对 152 种可能适合重新利用的不同药物进行了逆对接程序。最常见的优先靶标是人类酶 TMPRSS2 和 PIKfyve，其次是病毒酶解旋酶和 PLpro。所有选择 TMPRSS2 的化合物都是已知的丝氨酸蛋白酶抑制剂，而那些选择 PIKfyve 的化合物都是已知的酪氨酸激酶抑制剂。对对接姿势的详细结构分析揭示了这些选择产生的原因，并可能有助于更合理地设计针对这些靶标的新药。
基于网络药理学与分子对接探讨岩藻甾醇治疗非小细胞肺癌的作用机制
我们使用 TIMER 数据库 (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) 进行了免疫浸润分析，该数据库是一个友好的综合工具集，用于对不同类型的癌症进行免疫浸润的综合分析。TIMER 数据库中涉及六种免疫细胞的分析，包括 CD4 + T 细胞、CD8 + T 细胞、B 细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞。此外，我们在调整肿瘤纯度后进行了基因 GRB2 与 EGFR 的关联分析。