积极促进强大的公共/私人合作伙伴关系和共享的生物安全文化国家EDNA测试计划由DAFF Biosecurity Science Center
在接下来的12个月中,将从2022年秋季至2023年晚期收集的水样中提取并处理遗传物质。所产生的数据将提供遗传“指纹”,可用于识别在局部河口栖息地访问或避难的可能的鱼类。结果可能表明当地水域支持蓬勃发展的鱼类种群的适用性。从这项FISH EDNA试点研究中获得的有意义的信息可能会使这项研究工作将来扩展到墨西哥湾的其他河口系统。
尽管尼泊尔已经报道了180多种淡水鱼类,但对它们的生态和分布知之甚少。需要此信息,因为它们的多样性可能会受到水力发电等发展的威胁。我们在两条主要的河流系统中进行了尼泊尔的第一个基于环境DNA(EDNA)的鱼类生物多样性评估 - 卡尔纳利河(KR),该河仍然是原始的和Trishuli River(TR),并带有许多水力发电植物。通过滤波(0.45μm孔径)在每个研究地点的不同采样点上聚集了EDNA。收集了总共224个EDNA样品(KR = 162和TR = 62),利用Illumina测序平台通过12S rRNA元标记方法从中鉴定出鱼类。alpha和beta多样性。此外,在KR站点中,FISH(n = 795)被捕获,并使用基于COI基因的DNA条形码方法来鉴定尼泊尔尼泊尔的第一个鱼DNA参考数据库。现场采样通过形态和DNA栏编码确定了21种,其中Barilius spp。和schizothorax spp。是最丰富的。从244个EDNA样品中,在TR中鉴定出24个操作分类单元(OTU),在KR中鉴定了46个单位,其中19个位点共有19个地点,27个位置在KR中是独一无二的,仅在TR中有5个。大多数鱼类是塞具糖和siluriformes的命令,带有Barilius spp。和schizothorax spp。是最丰富的。长距离迁移鱼(Tor Spp,Neolissochilus
需要为鱼类社区组成建立现实的目标来评估河流修复项目的有效性。,我们使用了与米里什底漆的环境DNA(EDNA)元法编码,以获取估计位于日本Ehime ehime Prefecture的Shigenobu River System的上游,下游和恢复缓解项目区域(Kaihotsu - Kasumi)的17个地点(Kaihotsu - Kasumi)的估计。我们评估了使用Edna快速,敏感和广泛收集数据的好处,以在恢复区建立现有的鱼类群落组成,以及物种组合的潜在的短期,中期和长期目标,这些物种组合可能在分散到来自上游和下游群体的项目区域后现实地出现。我们将Edna Metabarcodod的结果与从同时捕获调查和历史信息获得的物种列表进行了比较。从埃德纳(Edna Surveys)获得的社区组成的非衡量多维标度图显示,Kaihotsu - Kasumi恢复区和周围的河流及其河流分为三个簇:上游,中层和下游及河口和河口。Kaihotsu - Kasumi恢复区位点包含在恢复区附近的流入和流出河流的中间和下到达的组中。我们在这一组中检测到了总共26种,二十一种本地物种和五个非本地物种。因此,这些本地物种被认为是短期目标物种,其散布到Kaihotsu - Kasumi恢复区域。相比之下,基于捕获调查和历史文献,只有14种被选为目标物种。增加了我们埃德纳调查的分辨率的一个因素是我们确定存在a anguillicaudatus(进化枝A和B)的种内谱系的能力,这些谱系被捕获调查遗漏了。这些结果表明,与捕获调查相比,EDNA Metabarcoding方法可以提供更全面和现实的短期目标物种估计,并通过种内谱系检测提供更高的分辨率监测。
思考使用或生活在这棵树中?4。抓住您的油漆滚筒,并将其滚动在树的树皮上,尽可能到达!将其围绕整棵树滚动几次,以确保您在树皮上收集所有Edna。5。小心地走回现场站的水桶,冲洗油漆辊。6。用冲洗水冲洗液辊,然后将其冲入水桶中。7。轮流通过过滤器抽水,以便您可以从滚筒中捕获所有EDNA进行实验室分析。8。完成数据表并将其交给现场站志愿者。
1诺丁汉大学马来西亚大学环境和地理科学学院海洋生物学的高级研究,印度波托纳诺沃海洋科学学院,马来西亚马来西亚科学学院4个生物科学学院,马来西亚科学院4个生物科学研究所Sumatera utara,梅德岛,印度尼西亚,6大学渔业与水产养殖研究所,塞里克·安塔(Cheikh Anta Dip),达卡(Dakar),塞内加尔(Dept),第7部。渔业生物学和遗传学,渔业学院,水产养殖与海洋科学,Sher-e-e-bangla农业大学,达卡,孟加拉国,孟加拉国8伊奥莫特站,8伊奥米特站,瑞哈拉大学,Uehara,UEHARA,UEHARA,UEHARA,UEHARA,UEHARA,UEHARA,UEHARA Taketomi,Yayama,冲绳,日本,
使用环境DNA在河流中发现了多营养生物多样性和食品卫生志术的时间模式。Communications Biology,5(1),1-11。https://doi.org/10.1038/ S4200 3-022-03216 -Z Boivin-Delisle,D.,Laporte,M.,Burton,F.,Dion,R.,Normandeau,R.使用环境DNA进行淡水鱼类群落的生物监测:与北方水力发电蓄水池中既定的gill-net调查进行了比较。环境DNA,3(1),105-120。https://doi.org/10.1002/edn3.135 Bruce,K.,Blackman,R.C.,Bourlat,S.J.,Hellström,M.,M.,Bakker,J.,Bista,I.,I.,Bohmann,I. Hänfling,B.,Leese,F.,Mächler,E.,Mahon,A.R.,Meissner,K.,Panksep,K。,…Deiner,K。(2021)。基于DNA的生物多样性评估方法的实用指南(第1卷1,E68634)。高级书籍。https://doi.org/10.3897/ab.e68634 Buchner,D.,Macher,T。H.,Beermann,A.J.,Werner,M.T。,&Leese,F。(2021)。使用DNA metabarcoding的标准化高通量生物监测:采用自动液体处理程序的策略。环境科学与生态技术,8,100122。https://doi.org/10.1016/j.ese.2021.100122
关于合作者科学系列:合作者科学系列丛书于2013年启动。其目的是促进研究项目报告的归档和检索,主要是由美国支持的调查鱼类和野生动物服务(FWS),尤其是野生动植物和运动鱼修复计划。选择了在线格式,以立即访问FWS,州和部落管理机构,保护界以及整个公众的科学报告。本系列中的所有报告均经过与进行研究的机构和实体一致的同行审查过程。对于美国地质调查局作者,同行评审过程(http://www.usgs.gov/usgs-manual/500/502-3.html)还包括局在传播之前的批准官员的审查。提供这些报告的作者和/或机构/机构对其内容完全负责。FWS不提供这些报告的社论或技术审查。本系列报告中的评论和其他信件应针对报告作者或机构/机构。在大多数情况下,本系列发表的报告是以当前或修订的格式出版的,在同行评审的科学文献中。在科学文献发表之前进行进一步的同行审查或其他数据和/或分析后,可以修改报告中包含的数据的结果和解释。合作者科学系列得到了西弗吉尼亚州Shepherdstown国家保护培训中心FWS的支持和维护。101-2013。该系列依次编号为参考的出版年度,并从报告号FWS已将其他各种编号系统用于类似但现在停止的报告系列。从编号101对于当前系列而言,旨在避免与早期报告编号的混淆。使用合同的研究机构和机构,贸易,产品,行业或公司名称或产品或软件或模型(无论是否商业上)仅出于信息目的,并且不构成美国政府的认可。合同参考:本文件符合美国资助的研究报告要求鱼类和野生动物服务避难所(G15AC00021)。先前发布的文档,该文件在适用时会在其中一部分履行本合同的任何部分。(USGS IPDS#:IP-106157)。推荐引用:Brewer,S。K.,J。B. Mouser和R. van den Bussche。2020。使用环境DNA(EDNA)评估Ozark高地洞穴中的洞穴鱼和小龙虾种群的存在。美国内政部,鱼类和野生动物服务部,合作社科学系列FWS/CSS-135-2020,华盛顿特区
