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基因组流行病学揭示了 mpox 在人类中出现的时间和起源
Ayotunde E. Sijuwola 1 , Muhammad I. Ahmed 1 , Oludayo O. Ope-ewe 1 , Olusola Akinola Ogunsanya 1 , Alhaji Olono 1 , Philomena Eromon 1 , Christopher H Tomkins-Tinch 5 , James Oduno 8 Osendio Awuneu 7 , Ehiakhamen 8, Chimaobi Chukwu 8, Kabiru Suleiman 8, Afolabi Akinpelu 8, Adama Ahmad 8, Khadijah Isa Imam 8, Richard Ojedele 8, Victor Dripenaye 8, Kenneth Ikeata 8, Dondej 8, Sophjumocyba Adelakun , Loique Landry Messanga Essengue 9 , Moïse Henri Moumbeket Yifomnjou 9 , Mark Zeller 2 , Karthik Gangavarapu 2 , Áine O'Toole 3 , Daniel J Park 5 , Gerald Oboowa 10 , Sofonias Fode Kefle 10 ,Tessema 1 , Anise Happi 1 , Philippe Lemey 12 , Marc A Suchard 6,13,14 , Kristian G. Andersen 2,15 , Pardis Sabeti 5,16 , Andrew Rambaut 3 , Richard Njoum 9 , Chikwe Ihekweazu 8 Jideyo 8 Idriss
社论：口蹄疫流行病学、疫苗和免疫接种：前进
疫苗接种在口蹄疫 (FMD) 控制中发挥了重要作用。疫苗接种活动的设计和实施方法各不相同，流行病学信息对于影响最适合每个地理位置的疫苗和疫苗接种策略至关重要。口蹄疫流行地区通常将疫苗接种活动作为常规预防控制政策或减轻疾病影响。目前使用的大多数疫苗都是用化学灭活的全病毒颗粒和合适的佐剂（如单油乳剂和双油乳剂）配制的。通常根据疫苗匹配数据和体外实验的结果选择特定地区最新的菌株作为抗原，然而，如果没有在自然宿主中进行活病毒攻击以及可靠的现场数据，基于疫苗匹配方法的预测通常是不确定的。疫苗选择和成功的疫苗接种活动依赖于对这些疫苗将要使用的地区的流行病学的深入了解，以及获得适当的诊断工具来支持这些活动。灭活疫苗是通过培养大量活病毒来生产的，这需要生物安全水平较高的设施，而且存在病毒逃逸的风险，这可能会阻碍无口蹄疫地区的疫苗生产。此外，用于配制疫苗的抗原灭活不充分可能会导致疫情爆发，因此如果该过程不符合足够的质量标准，残余风险可能会持续存在。无需培养完全传染性病毒即可生产的新一代疫苗可以为这些风险提供解决方案。理想情况下，这些疫苗应保护宿主免受大量口蹄疫菌株的侵害，并提供至少与当前灭活疫苗相同水平的保护。本研究主题的主要目标是收集专注于口蹄疫疫苗和疫苗接种方面的研究，以促进支持实施有助于预防和控制疾病的疫苗接种活动的科学研究。
哮喘对神经炎症和神经发育的影响：从流行病学到基本模型
哮喘是一种高度异质性炎症性疾病，对呼吸系统和中枢神经系统都有显着影响。基于人群的研究和动物模型发现哮喘与许多神经系统疾病（包括抑郁症，焦虑和神经发育序列）相结合。此外，怀孕期间的母体哮喘与后代的神经发育障碍有关，例如自闭症谱系障碍和注意力不足多动障碍。在本文中，我们回顾了哮喘的最新流行病学研究，这些研究确定了与神经系统状况的联系，这既与患有哮喘患者和怀孕期间哮喘的影响有关，可能会对后代神经发育产生。我们还讨论了研究这些联系，解决知识差距的相关动物模型，并探索该领域的潜在未来方向。
地理信息系统和地理统计学在植物病害流行病学和管理中的应用
信息管理将成为未来几十年改善农业实践的关键。将农业信息组织到空间数据库中是有意义的，因为农业系统本质上是空间的。农业系统的生物和物理方面产生了空间异质性，因此，植物病原体和疾病的发生和分布具有不均匀性 (3)。通过使用地理信息系统 (GIS) 将流行病学信息置于与其他农场信息相同的格式中，可以改善植物病害管理实践。GIS 是一种能够汇编、存储、处理和显示地理坐标引用数据的计算机系统 (45)。GIS 现在可以安装在任何最新型号的台式计算机上（例如，具有至少 32 MB RAM 的奔腾个人计算机足以满足大多数应用的需求），并且不需要深入了解该技术的统计和数学基础。商业上大力推动精准农业是基于将 GIS 与复杂的硬件相结合，以获得地理参考的产量数据和肥料和其他农用化学品的可变速率应用。 GIS 可以适应任何规模的操作，并且可以以任何规模整合数据，从单一田地到农业地区。许多问题应该在多个规模上进行研究。GIS 数据库开发的一部分是决定使用什么规模以及使用哪种类型的数据。
cyclospora cayetanensis：透视（2020-2023），重点是流行病学和检测方法
摘要：环虫cayetanensis感染在全球范围很普遍，寄生虫已成为主要的公共卫生和食品安全问题。尽管重要的努力已致力于促进防止和减少环孢子虫病的发生率，但仍有一些知识差距阻碍了实施有效措施的实施，以防止用环孢子虫卵囊污染农产品和水。其中一些数据差距可以归因于以下事实：访问卵囊是C. cayetanensis研究中的一个限制因素。没有动物模型，体内或体外培养系统来传播促进C. cayetanensis研究所需的卵囊。因此，研究人员必须依靠有限的卵囊供应有限的卵囊，从自然感染的人类患者那里获得的卵囊可以极大地限制有关该寄生虫的知识。尽管C. cayetanensis卵囊的供应有限，但在过去的三年中仍发生了一些重要的进步。在菌株和物种的分子表征，基因组产生以及新型检测方法的发展方面取得了巨大进步。这种全面的观点总结了2020年至2023年发表的研究，并评估了我们学到的知识，并确定了需要进一步研究的那些方面。
人工智能在检测、诊断和流行病学领域对抗击 COVID-19 的前景：超越炒作
COVID-19 造成了巨大的痛苦，影响了人们的生活，甚至导致死亡。这种冠状病毒传播的容易程度暴露了世界各地许多医疗保健系统的弱点。自疫情出现以来，世界各地的许多政府、研究团体、商业企业和其他机构和利益相关者一直在以各种方式努力遏制疾病的传播。科学技术帮助许多政府实施了旨在减轻疫情影响以及诊断和治疗疾病的政策。最近的技术工具，尤其是人工智能 (AI) 工具，也被用于追踪冠状病毒的传播、识别高死亡风险的患者和诊断患者是否患有该疾病。本文讨论了人工智能技术在检测、诊断和流行病学预测、预报和社会控制中用于对抗 COVID-19 的领域，重点介绍了成功应用的领域，并强调了在抗击 COVID-19 和未来疫情方面取得重大进展需要解决的问题。目前已开发出多种使用医学成像方式（例如胸部 CT 和 X 射线图像）诊断 COVID-19 的 AI 系统。这些 AI 系统主要在图像分割、分类和疾病诊断算法的选择上有所不同。其他基于 AI 的系统则专注于预测 COVID-19 的死亡率、患者的长期住院率和患者预后。AI 在抗击 COVID-19 大流行方面具有巨大潜力，但迄今为止这些基于 AI 的工具在实际应用中的成功部署受到限制，原因是数据可访问性有限、需要对 AI 模型进行外部评估、AI 专家对医疗领域 AI 工具部署的监管环境缺乏认识、临床医生和其他专家需要在多学科背景下与 AI 专家合作，以及需要解决公众对数据收集、隐私和保护的担忧。拥有一支在医疗数据收集、隐私、访问和共享方面具有专业知识的专业团队，使用联邦学习，即人工智能科学家将训练算法交给医疗机构在本地训练模型，并充分利用存储在生物库中的生物医学数据，可以缓解这些挑战带来的一些问题。应对这些挑战
马来西亚新生儿重症监护病房的晚期败血症的流行病学，2015-2020
简介：确定44个马来西亚新生儿重症监护病房（NICUS）中血液培养阳性晚期败血症（LOS，> 72小时）的流行病学。材料和方法：研究设计：使用马来西亚国家新生儿注册中心的数据多中心回顾性观察性研究。参与者：739486名新生儿（出生体重≥500G，妊娠≥22周）出生并于2015 - 2020年出生。结果：LOS在2707（0.4％）新生儿中发展。Median annual incidence (per 100 admissions) was 12.0 (range: 8.1-13.8) in extremely preterm (EPT, gestation <28 weeks), 5.3 (range: 5.0-6.8) in very preterm (VPT, gestation 28-<32 weeks), 0.5 (range: 0.4-0.7) in moderate/late preterm (gestation 32-<37 weeks) and 0.1 in term (gestation ≥37周）新生儿。革兰氏阴性细菌占分离的病原体的54.7％，革兰氏阳性细菌39.3％，真菌和其他病原体6.0％。最常见的六种病原体是凝聚酶阴性葡萄球菌（18.3％），克雷伯氏菌属。（18.3％），金黄色葡萄球菌（9.9％），假单胞菌属。（8.9％），acinetobacter spp。（7.7％）和大肠杆菌（5.9％）。LOS-Attributable死亡率为EPT为14.3％，VPT为9.3％，LPT为8.3％，术语新生儿为6.2％。多重逻辑回归分析表明，EPT，小捕获（SGA），常规机械通气（CMV），高频通气（HFV），TPN和中央静脉线（CVL）的使用是与新生儿LOS相关的重要独立危险因素。结论：革兰氏阴性菌是最常见的病原体。与新生儿死亡率相关的重要独立危险因素是SGA，CMV，HFV，革兰氏阴性败血症，真菌败血症和肺炎。减少侵入性通气的使用情况，CVL和TPN可能会降低LOS的发病率和死亡率，特别是在妊娠<32周的新生儿中。
评估SARS-COV-2基因组的数据共享，以跨越19个大流行病的分子流行病学
摘要：在Covid-19于2019年12月出现之后，由冠状病毒SARS-COV-2引起，该疾病在全球范围内广泛传播。使用基因组学来追踪病毒的分散和新变体的识别对于定义含有疾病的措施至关重要。我们旨在评估全球努力，以基于基因组的循环谱系的循环谱系，考虑到Gisaid中存入的数据是Gisaid中的数据，Gisaid是大规模的全球合作企业中数据共享的主要平台。我们将近三年的数据（2020年1月至2022年10月）对主要贡献国家，特征性分离物的百分比以及在全球大流行的背景下进行数据处理的时间的情况进行情境化。在这项合作的工作中，我们还评估了七个主要的SARS-COV-2谱系，G，GR，GH，GH，GK，GV，GRY和GRA。在初始期间，欧洲和美国在测序的情况和数据沉积时间方面表现出了积极的结果，但这种努力在全球范围内是异质的。鉴于当前的免疫接种，主要威胁是逃避获得免疫力的变体的出现。在这种情况下，对这些假设变体的监视仍将发挥至关重要的作用。
由肺炎链球菌肺炎引起的社区获得性肺炎的流行病学：叙事评论
根据全球疾病负担，PCAP仍然是老年人下呼吸道感染中最普遍的状况。老年人可以表现出非典型症状，例如混乱，一般临床恶化，新发作和潜在疾病的加剧，这可能会引发PCAP的临床怀疑。与年龄相关的免疫力变化和合并症的患病率更高，与年轻人相比，患有PCAP的老年人通常会增加疾病的严重程度增加，肺部并发症的风险更高。疫苗接种是预防的基本，强调需要有效的免疫策略，特别是针对老年人量身定制的。迫切需要加强旨在提高肺炎球菌疫苗接种率的努力。
沙特人口中肠易激综合征的流行病学和危险因素：系统评价
本系统综述研究了有关沙特人群中易激综合症（IBS）的流行病学和危险因素的可用文献。进行了对PubMed，Scopus，Science Direct，Cochrane图书馆和Web Science的全面电子搜索，遵循针对系统评价和荟萃分析的首选报告项目2020指南，以识别评估沙特阿拉伯中IBS普遍存在和风险因素的研究。共有22项涉及20,755名参与者的研究符合纳入标准。大多数研究（21/22）使用罗马IV标准进行IBS诊断，而一项研究使用了自我管理的问卷。报告的IBS的患病率在2.7％至83.3％之间，总体患病率为26.3％（5461例）。IBS的重大危险因素包括抑郁症，焦虑，IBS的家族史，女性性别，学生地位和中年，而IBS患者更有可能表现出更高水平的焦虑，抑郁和恐惧症。饮食习惯也发挥了作用，非IBS组消耗更多的纤维和烟酸，而IBS组则消耗了更多的能量和碳水化合物。这项系统评价的发现突出了IBS在沙特阿拉伯的重大负担，并强调了饮食模式，社会心理因素和遗传倾向在其发作和严重性中的重要性。鉴于这些见解，公共卫生计划应专注于患者教育和文化量身定制的干预措施，以有效地管理IBS。