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分析Alx1的DNA结合特性，Alx1是棘皮动物中骨骼生成的进化保守调节剂
alx1是一种含同源域的转录因子，是棘皮动物中骨骼生成的高度保守调节剂。在海胆中，ALX1在分化胚胎原代间充质细胞（PMC）中起着核心作用，并积极调节这些细胞表达的大多数生物矿化基因的转录。ALX1基因通过重复而产生，并通过41 - 氨基酸基序（D2域）获得了与其旁系同源物（ALX4）不同的骨骼发育功能。alx1和alx4含有谷氨酰胺-50成对型同源域，它们在体外优先与alindromic结合位点相互作用。染色质免疫沉淀测序（CHIP-SEQ）研究表明，ALX1在体内与腔植物和一半位点结合。为了解决这种明显的差异并探索D2结构域的功能，我们使用了与SP-MTMMPB关联的内源性顺式调节模块，SP-MTMMPB是一个编码PMC特定金属蛋白酶的基因，用于分析ALX1的DNA结合特性。我们发现，Alx1在含有一半位点的TAAT上形成了二聚体复合物，该机制与众所周知的二聚体位点上的机制不同。我们使用转基因报告基因测定法分析了一半位点在体内的功能作用，并证明了两个具有部分冗余功能的位点对于SP-MTMMPB CIS-顺式调节模块的PMC特异性活性至关重要。最后，我们表明D2结构域在体外影响了Alx1的DNA结合特性，这表明该基序的免除可能促进了新的转录靶标的获取，并因此是一种新颖的发展功能。
表没食子儿茶素没食子酸酯 (EGCG) 对生物学的影响...
作者：Y Li · 2021 · 被引用 24 次 — 绿茶：天然的抗恶性肿瘤防御剂。食品科学与营养评论，49(5)，463–473。Cohenca, N., Paranjpe, A., & Berg, J...
高效去嵌合化和碱基编辑
摘要：尽管最近取得了进展，但 CRISPR/Cas9 在多年生植物中的应用仍有许多障碍需要克服。我们之前在苹果和梨中使用 CRISPR/Cas9 的结果表明，在编辑赋予白化表型的八氢番茄红素去饱和酶 (PDS) 基因后，经常产生表型和基因型嵌合体。因此，我们的第一个目标是确定从原代转基因植物 (T0) 的叶子中添加不定芽再生步骤是否可以减少嵌合体。在从杂色 T0 系再生的数百个不定芽中，89% 是同质白化。此外，对其中 12 个再生系（RT0 为“再生 T0”系）的靶区序列的分析表明，99% 的 RT0 等位基因预测会产生截短的靶蛋白，67% 的 RT0 植物的异质性编辑谱比 T0 少。碱基编辑器是 CRISPR/Cas9 衍生的新型基因组编辑工具，可进行精确的核苷酸替换而不会造成双链断裂。因此，我们的第二个目标是证明使用两个易于评分的基因在苹果和梨中进行 CRISPR/Cas9 碱基编辑的可行性：乙酰乳酸合酶 - ALS（赋予对氯磺隆的抗性）和 PDS。MdU3 和 MdU6 启动子下的两个引导 RNA 被偶联到含有与切口酶 Cas9 融合的胞苷脱氨酶的胞苷碱基编辑器中。使用这个载体；我们在目标基因中诱导了 C 到 T 的 DNA 替换；导致氨基酸序列发生离散变异并产生新的等位基因。通过共同编辑 ALS 和 PDS 基因；我们成功获得了抗氯磺隆和白化梨系。总体而言；我们的工作表明，再生步骤可以有效减少初始嵌合现象，并且可以与碱基编辑的应用相结合，在多年生植物中创建准确的基因组编辑。