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Caenorhabditis秀丽隐杆线虫认可细菌纳米纤维素纤维作为功能性饮食纤维还原脂质标记
de ci d ci de Maternals de Barcelonal（ICMAB-CSIC），UAB校园，Bellaterra，Bellaterra 08193，西班牙B alkek宏基因组学与微生物学研究中心，分子病毒学和分子病毒学和微生物学系 homico (CNAG), C/Baldiri Reixac 4, 08028 Barcelona, Spain D University Aut `ONOMA DE BARCELONA, Biophysics Unit, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Avingua de Can Dom` Enech, 08193 Cerdanyola del Vall `Ex, Spain and Program in Development, Disease Models and Therapeutics, Baylor College of Medicine, 1贝勒广场，德克萨斯州休斯敦，美国德克萨斯州休斯敦，美国医学院，维克 - 中心加泰罗尼亚大学（UVIC-UCC）（UVIC-UCC），西班牙08500 VIC，西班牙G研究所，加泰罗尼亚中部的生命科学与健康研究所Aut'Onoma de Barcelona，08193，西班牙贝拉特拉，I Deprodoment debioquímicai生物学分子，大学Aut ot'Onoma'Onoma de Barcelona，08193 Bellaterra，西班牙de ci d ci de Maternals de Barcelonal（ICMAB-CSIC），UAB校园，Bellaterra，Bellaterra 08193，西班牙B alkek宏基因组学与微生物学研究中心，分子病毒学和分子病毒学和微生物学系 homico (CNAG), C/Baldiri Reixac 4, 08028 Barcelona, Spain D University Aut `ONOMA DE BARCELONA, Biophysics Unit, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Avingua de Can Dom` Enech, 08193 Cerdanyola del Vall `Ex, Spain and Program in Development, Disease Models and Therapeutics, Baylor College of Medicine, 1贝勒广场，德克萨斯州休斯敦，美国德克萨斯州休斯敦，美国医学院，维克 - 中心加泰罗尼亚大学（UVIC-UCC）（UVIC-UCC），西班牙08500 VIC，西班牙G研究所，加泰罗尼亚中部的生命科学与健康研究所Aut'Onoma de Barcelona，08193，西班牙贝拉特拉，I Deprodoment debioquímicai生物学分子，大学Aut ot'Onoma'Onoma de Barcelona，08193 Bellaterra，西班牙
肠道菌群对乳糜泻发病机理的贡献以及益生菌治疗的有效性
c。秀丽隐杆线虫是一种自由生活的线虫，被广泛用作研究基本生物学过程和疾病机制的小动物模型。自2011年发现奥赛病毒以来，c。秀丽隐杆线虫还具有剖析完整动物中病毒宿主相互作用网络和先天抗病毒途径的希望。ORSAY病毒主要靶向蠕虫肠，导致肠腔肿大以及对感染细胞（例如细胞质液化和令人费解的顶端边框）的可见变化。 Orsay病毒的先前研究确定为c。 秀丽隐杆线虫能够通过DRH-1/ RIG-I介导的RNA干扰和细胞内病原体反应来安装抗病毒反应，这是一种通过3 0末端尿液化和泛素蛋白蛋白质修饰和转移和泛素蛋白质的修饰和转移和泛素蛋白质的修饰和泛素的尿液RNA的尿路溶解剂。 在c中全面搜索新的抗病毒途径。 秀丽隐杆线虫，我们使用现有的细菌RNAi库来摄取全基因组RNAi筛查，覆盖整个基因组的94％。 在确定的106个潜在抗病毒基因命中中，我们研究了三种新途径的抗病毒基因：胶原蛋白，肌动蛋白重塑和表观遗传调节剂。 通过表征RNAi和突变蠕虫中的Orsay病毒感染，我们的结果表明，胶原蛋白可能在肠细胞中形成物理屏障，从而通过预防奥赛病毒进入来抑制病毒感染。ORSAY病毒主要靶向蠕虫肠，导致肠腔肿大以及对感染细胞（例如细胞质液化和令人费解的顶端边框）的可见变化。Orsay病毒的先前研究确定为c。秀丽隐杆线虫能够通过DRH-1/ RIG-I介导的RNA干扰和细胞内病原体反应来安装抗病毒反应，这是一种通过3 0末端尿液化和泛素蛋白蛋白质修饰和转移和泛素蛋白质的修饰和转移和泛素蛋白质的修饰和泛素的尿液RNA的尿路溶解剂。在c中全面搜索新的抗病毒途径。秀丽隐杆线虫，我们使用现有的细菌RNAi库来摄取全基因组RNAi筛查，覆盖整个基因组的94％。在确定的106个潜在抗病毒基因命中中，我们研究了三种新途径的抗病毒基因：胶原蛋白，肌动蛋白重塑和表观遗传调节剂。 通过表征RNAi和突变蠕虫中的Orsay病毒感染，我们的结果表明，胶原蛋白可能在肠细胞中形成物理屏障，从而通过预防奥赛病毒进入来抑制病毒感染。在确定的106个潜在抗病毒基因命中中，我们研究了三种新途径的抗病毒基因：胶原蛋白，肌动蛋白重塑和表观遗传调节剂。通过表征RNAi和突变蠕虫中的Orsay病毒感染，我们的结果表明，胶原蛋白可能在肠细胞中形成物理屏障，从而通过预防奥赛病毒进入来抑制病毒感染。Furthermore, evidence suggests that actin remodeling pro- teins ( unc-34 , wve-1 and wsp-1 ) and chromatin remodelers ( nurf-1 and isw-1 ) exert their antiviral activities by regulating the intestinal actin ( act-5 ), a critical component of the termi- nal web which likely function as another physical barrier to prevent Orsay infection.
通过秀丽隐杆线虫胚胎中的有丝分裂polike激酶1（PLK-1）拆卸的核孔复合物的机制
在有丝分裂过程中拆除了保护和组织基因组的核包膜。在秀丽隐杆线虫合子中，父母原核的核包络崩溃（NEBD）在有丝分裂过程中是空间和节气调节的，以促进母体和父亲基因组的统一。核孔复合物（NPC）拆卸是NEBD的决定性步骤，对于核通透性至关重要。通过结合实时成像，生物化学和磷蛋白质组学，我们表明NPC拆卸是一个逐步的过程，它可以将类似polo的激酶1（PLK-1）（PLK-1） - 依赖性和独立步骤。plk-1靶向多个NPC子分类，包括细胞质丝，中央通道和内环。PLK-1被募集到并磷酸化几种多价接头核孔蛋白的内在无序区域（IDR）。值得注意的是，尽管磷脂在人和秀丽隐杆线虫核孔之间并不保守，但它们位于这两个物种的IDR中。我们的结果表明，靶向多价接头核孔的IDR是有丝分裂过程中NPC拆卸的进化保守的驱动器。
秀丽隐杆线虫原始生殖细胞中线粒体 DNA 数量和质量的独立调控
摘要 线粒体含有一个独立的基因组，称为线粒体 DNA (mtDNA)，其中包含必需的代谢基因。尽管 mtDNA 突变发生频率很高，但它们很少被遗传，这表明生殖系机制限制了它们的积累。为了确定生殖系 mtDNA 是如何调控的，我们研究了秀丽隐杆线虫原始生殖细胞 (PGC) 中 mtDNA 数量和质量的控制。我们发现 PGC 结合多种策略来产生 mtDNA 数量的低点，方法是将线粒体分离成叶状突起，这些突起会被相邻细胞蚕食，同时通过自噬消除线粒体，使整体 mtDNA 含量降低两倍。当 PGC 离开静止状态并分裂时，mtDNA 会复制以维持每个生殖系干细胞约 200 个 mtDNA 的设定点。尽管同类相食和自噬会随机消除线粒体 DNA，但我们发现，独立于 Parkin 和自噬的激酶 PTEN 诱导激酶 1 (PINK1) 优先减少突变线粒体 DNA 的比例。因此，PGC 采用并行机制来控制种系线粒体 DNA 创始群体的数量和质量。
COVID 19
免疫系统不断与病原体诱导的压力作斗争，这通常会以物种特异性的方式导致免疫基因家族的进化膨胀。与单个哺乳动物的pals ortholog相比，PALS基因家族在秀丽隐杆线虫基因组中扩展到39个成员。我们以前的研究表明，该家族的两个成员PALS-22和PALS-25是控制细胞内病原体反应（IPR）的拮抗旁系同源物。IPR是一种保护性转录反应，在两种分子不同的天然细胞内病原体C感染后，它会激活。秀丽隐杆线虫 - 来自微孢子虫门的Orsay病毒和真菌Nematocida parisii。在这项研究中，我们确定了PALS-17的先前未表征的成员，作为新近描述的IPR负面调节剂。PALS-17突变体显示IPR基因表达的组成型上调，对细胞内病原体的免疫力增加以及发育和繁殖受损。我们还发现，另外两个先前未表征的PALS基因PALS-20和PALS-16是IPR的阳性调节剂，在PALS-17的下游作用。这些积极的调节剂逆转了PALS-17对IPR基因表达，免疫力和发育的影响。我们表明，阴性的IPR调节蛋白PALS-17和阳性的IPR调节蛋白PALS-20共定位在肠上皮细胞的顶部和顶部，这是IPR诱导病原体的感染部位。秀丽隐杆线。总而言之，我们的研究表明，来自扩展的PAL基因家族的几个PAL基因作为ON/OFF开关模块的作用，以调节c中自然细胞内病原体之间的生物发育与免疫之间的偏见。
核孔蛋白灶是应力敏感的凝聚力，可用于秀丽隐杆线虫核孔组装
核孔（NUPS）组装核孔，形成核质和细胞质之间的渗透屏障。核苷也位于胞质灶中，提议充当孔隙组装中间体。在这里，我们表征了完整动物秀丽隐杆线虫中细胞质NUP灶的组成和发生率。我们发现，在年轻的非压力动物中，NUP灶仅出现在发育的精子，卵母细胞和胚胎，表达高水平核孔蛋白的组织。焦点是高度有粘性FG重复核苷（FG-Nups）的冷凝物，它们通过翻译后修饰和伴侣活性在细胞质中的溶解度极限接近其溶解度极限。只有一小部分FG-NUP分子集中在NUP灶中，后者在M期溶解，并且对于核孔组装而言是可分配的。核孔蛋白的凝结通过压力和增长而增强，并且在后有丝分裂神经元中单个FG-NUP的过表达足以诱导异位凝结和生物麻痹。我们推测NUP焦点是非必需的且潜在的毒性冷凝物，其组装在健康细胞中被积极抑制。
秀丽隐杆线虫用于癌症标志的研究
经过数十年的研究，我们对癌症机制的复杂性的了解（优雅地总结为“癌症的标志”）正在扩大，这种知识带来的治疗机会也在扩大。然而，癌症仍然需要深入研究以减少其巨大影响。在这种情况下，使用简单的模型生物（例如秀丽隐杆线虫），其中发现了凋亡途径的遗传学，可以促进对几种癌症标志的研究。可用于遗传和药物筛查，方便快速有效的基因组编辑，并与伦理动物研究的3RS（“替代，减少和改进”）原理保持一致，秀丽隐杆线虫在揭示癌症机制的复杂网络中起着重要的作用，并在癌症机制中提出了有希望的选择。
评估葡萄皮质素，性类固醇和野生红耳龟（Trachemys Scripta Elegrans）
当获得资源有限时，生物必须将能源投资转移到生理过程之间，以生存，繁殖和应对不可预测的事件。这些有限的资源在过程之间的转移可能会导致生理折衷，通常是由糖皮质激素介导的。我们评估了免疫力，繁殖的生理过程和野生成年红耳乌龟（Trachemys Scripta Elegrans）中的压力反应之间的关系。红耳滑块表现出一种多闭合的生殖策略，需要在女性筑巢季节开始时对繁殖的高能投资。男性在春季伴侣，在夏末/秋季秋末进行精子发生和交配。我们期望在向生殖过程的服装涉及时要折衷。为了测试这一点，我们对123个个体进行了标准化的急性应激源，并收集了血液，以测量先天的免疫能力和循环类固醇激素浓度。女性繁殖与免疫能力之间的权衡发生在筑巢季节的初期。这项高生殖投资可以通过增强的孕激素和降低基线先天免疫来明显。皮质酮（Cort）也很高，表明在促进能量分配中起作用。折衷在男性中并不那么明显，尽管男性在秋天的精子发生和交配之前上调了先天的IM Mune功能，基线Cort和睾丸激素。在整个抽样期间，雄性和女性都会增加急性Stan折叠应激源后的Cort和免疫能力。综上所述，我们得出的结论是，生殖需要在女性生殖期最高的生殖期内进行能源分配的变化，但是即使在增加生殖投资期间，该人群中的所有个人也能够对标准化的压力源做出反应。这些发现加强了持续的证据，表明生理关系是上下文依赖性的，并且在整个生殖季节中的资源需求是动态的。
通过转基因阵列在秀丽隐杆线虫中的高通量文库转基因导致综合序列多样性（TARDIS）
图5。TARDIS启动子库。a）概述两个分裂的着陆垫及其相关的启动子插入向量。正确整合后，选择性标记和荧光团表达都会恢复。b）从单个TARDIS阵列线的单个热轴（PX819）中回收了9个基因的转录记者。集成到单个McSarlet-I /Hygr着陆垫中。主图像显示了指定的报告基因的MSCARLET-I表达，而插图显示同一区域的极化图像。c）示例同时，从单个TARDIS阵列中的双重整合到带有害虫的双降落垫菌株中。ceh-10p :: mneongreen :: pest是假彩色绿色和ceh-40p :: mcarlet-i :: pest是假彩色的洋红色。所有比例尺均代表20µm
秀丽隐杆线虫中伊维菌素反应的转录组学：整合淡蛋白的定量性状基因座并与伊维菌素暴露的DA1316菌株进行比较
寄生线虫对人类和动物的健康构成了重大威胁，并在农业部门造成经济损失。使用驱虫药物（例如伊维菌素（IVM））来控制这些寄生虫的使用导致了广泛的耐药性。识别寄生线虫中抗药性的遗传标记可能具有挑战性，但是秀丽隐杆线虫的自由生活的Nema-Tode Caenorhabditis提供了合适的模型。在这项研究中，我们旨在分析成人c的转录组。秀丽隐杆线虫蠕虫暴露于驱虫药伊维菌素（IVM）的N2菌株，并将其与抗性菌株DA1316和最近确定的杀伤蛋白定量性状基因座（QTL）进行比较。 RNA并在Illumina NovaseQ6000平台上对其进行了排序。使用内部管道确定差异表达的基因（DEG）。将DEG与先前关于IVM抗性c的微阵列研究的基因进行了比较。秀丽隐杆线虫和Abamectin-QTL。我们的结果显示，N2 c中不同基因家族的615摄氏度（183个上调和432个下调基因）。秀丽隐杆线伤。31与DA1316菌株的IVM成年蠕虫的基因重叠。我们确定了19个基因，包括叶酸转运蛋白（Folt-2）和跨膜转运蛋白（T22F3。11），在N2和DA1316菌株中表现出相反的表达，被认为是潜在的候选物。此外，我们编制了进一步研究的潜在候选列表，包括T型钙通道（CCA-1），氯化钾共转运蛋白（KCC-2），以及其他映射到Abamectin-QTL的基因，例如谷氨酸门控通道（GLC-1）。