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通过一致反馈抑制控制酶活性*
最近的研究-4关于微生物中天冬氨酸家族氨基酸生物合成的最终产物调节的研究揭示了存在几种神经控制模式。本报告描述了在光合细菌中观察到的一种现象，该现象为一个控制方案提供了一个基本元素，即，在分支的生物合成途径中，通过两种氨基酸源产物的同时作用。我们认为，这种效应可能被认为是一致的反馈抑制，它将被证明具有一般意义，尤其是在分支或相互连接的生物合成途径中。Materials and Methods.-Growth of bacteria: The strain of Rhodopseudomonas capsulatus used was a new isolate, with properties closely corresponding to those described by van Niel.5 It was grown photosynthetically in a synthetic medium identical to that specified by Ormerod et al.,6 except that the nitrogen source was 0.1 per cent L-glutamate instead of ammonium sulfate, and thiamine添加盐酸盐（1 mg/L）代替生物素。细胞，以制备提取物。酶制备：提取物是通过悬浮在0.05 m磷酸钾 + 0.02 m的声音破坏（10-kc示波器）中制备提取物，在氩气的大气下，磷酸钾 + 0.02 m，F-磁乙醇缓冲液pH 7.2。通过以18,500 x g离心30分钟来阐明Sonicate，然后在30,000 rpm下进行第二个离心16小时（Spinco RotorN1O。30）。饱和硫酸铵溶液，
Cyclin-G相关激酶（GAK）是一种新型有丝分裂激酶和弥漫性大B细胞淋巴瘤作者的治疗靶标：Olivia B. Lightfuss 1
Machine learning prediction of enzyme optimum pH Japheth E. Gado, 1,2,3,4 Matthew Knotts, 4 Ada Y. Shaw, 4 Debora Marks, 4,5 Nicholas P. Gauthier, 4,6 Chris Sander, 4,5 Gregg T. Beckham 1,2,3* 1 Renewable Resources and Enabling Sciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Golden, CO,美国2瓶财团，美国加利福尼亚州埃默里维尔的敏捷生物基础，美国4个系统生物学系，美国马萨诸塞州波士顿，哈佛医学院。5哈佛大学和麻省理工学院，美国马萨诸塞州剑桥市6数据科学系，达纳 - 法伯癌症研究所，美国马萨诸塞州波士顿 *通信：gregg.beckham@nrel.gov摘要pH和酶催化活性之间的关系，尤其是最佳pH（phopt），eNzyme ph（phopt）的关系至关重要。因此，预测PHOPT的计算方法将通过促进准确鉴定在特定pH水平上最佳起作用的酶，并阐明序列 - 功能功能关系，从而增强酶的发现和设计。在这项研究中，我们提出并评估了预测PHOPT，进行广泛的超参数优化以及培训11,000多个模型实例的各种机器学习方法。我们的结果表明，利用语言模型嵌入的模型在预测PHOPT时明显超过其他方法。我们提出了预测PHOPT的表现最好的模型Ephod，这使研究人员公开使用。从序列数据中，以ephod直接学习与PHOPT相关的结构和生物物理特征，包括残基与催化中心的接近度以及溶剂分子的可及性。总体而言，Ephod提出了PHOPT预测的有希望的进步，并有可能加快酶技术的发展。引言酶活性受反应环境的pH值的显着影响，通常由于催化失活和结构不稳定而超出特定pH范围的活性下降。1,2虽然大多数特征性的酶具有最佳的活性pH值（PHOPT）接近7.0的中性值，但某些酶在极度酸性或碱性条件下最佳起作用，酸性或碱性PHOPT值分别低至1.0或高达1.0或高至12.5。3–5在工业生物化学过程中，酶经常被使用或希望使用，远离其PHOPT，从而大大减少了活性。结果，人们对发现和工程酶具有增强的pH耐受性，以克服这些限制。
血管紧张素转化酶抑制剂相关咳嗽...
抽象目标：血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）是主要的抗高血压药物之一。虽然通常可以很好地容忍，但干咳嗽是其重要的副作用之一，频率高达10％。与ACEI相关咳嗽频率增加的药物没有很好地描述。我们想评估可能对ACEI相关咳嗽产生影响的药物。方法：这项研究被设计为对我们先前发表的研究的事后分析。确定了ACEI的患者，并通过电子病历检索了人口统计学，合并症，实验室数据和药物。 报告咳嗽，其咳嗽后咳嗽后停止的患者被定义为“与ACEI相关的咳嗽”。根据患者根据ACEI相关的咳嗽存在分组。 结果：研究中包括一百二十一名患者，其中14例经历了相关的咳嗽。 除低剂量的乙酰水杨酸（ASA）和钙通道阻滞剂（CCB）外，所有药物之间的所有药物在两组之间相似。 低剂量的ASA使用率明显更高，患有ACEI相关的咳嗽（50％比16.8％，p = 0.04）。 另一方面，CCB的使用与较低的ACEI相关咳嗽（7.7％vs. 35.5％，P = 0.03）有关。 ASA和CCB以外的其他药物，人口统计学，合并症和实验室数据相似。 讨论：低剂量ASA的患者与ACEI相关的咳嗽风险较高，而CCB患者的患者较低。确定了ACEI的患者，并通过电子病历检索了人口统计学，合并症，实验室数据和药物。报告咳嗽，其咳嗽后咳嗽后停止的患者被定义为“与ACEI相关的咳嗽”。根据患者根据ACEI相关的咳嗽存在分组。结果：研究中包括一百二十一名患者，其中14例经历了相关的咳嗽。除低剂量的乙酰水杨酸（ASA）和钙通道阻滞剂（CCB）外，所有药物之间的所有药物在两组之间相似。低剂量的ASA使用率明显更高，患有ACEI相关的咳嗽（50％比16.8％，p = 0.04）。另一方面，CCB的使用与较低的ACEI相关咳嗽（7.7％vs. 35.5％，P = 0.03）有关。ASA和CCB以外的其他药物，人口统计学，合并症和实验室数据相似。讨论：低剂量ASA的患者与ACEI相关的咳嗽风险较高，而CCB患者的患者较低。需要进一步的研究来证明是否存在与ACEI相关咳嗽无关的“安全”乙酰水杨酸剂量。关键字：高血压，血管紧张素转化酶抑制剂，乙酰酸性酸，钙通道阻滞剂，咳嗽H
许多药物的作用机理取决于酶抑制
微生物中的二甲甲胺至二氢二甲基肽和四氢叶酸酶在微生物中近100,000倍，也像人类一样，以及抑制酶以降低血压或减少胆固醇合成或减少胆固醇的合成或血管紧张素作为血管紧张素抑制酶抑制的血管素抑制作用，使血管素的化学作用抑制了血管素的化学结构，使血管素的化学量抑制了血管素的化学结构。 （收缩）导致血压升高，还通过称为3-羟基甲基麸质还原酶在体内的胆固醇合成，该酶作用于3-羟基甲基谷氨酸（HMG）（HMG）（HMG）（是胆固醇合成的关键步骤），导致胆固醇的形成降压，其血液中的血液，其血液中的质量为血液，以下是胆固醇。以及胆碱酯酶抑制的间接胆碱属能可逆或不可逆的胆碱化酶，例如，在青光眼中使用的药物，也是通过从水和二氧化碳中形成碳酸酸性的碳酸盐酶作用，从而导致水和血液降低，从而导致水位降低。通过形成ATP，磷酸二酯酶在平滑肌收缩中起着重要作用，当患者服用硝酸盐或硝酸盐磷酸二酯酶抑制时，没有收缩，因此没有收缩，因此血管的平滑肌松弛会导致血管舒张作用会导致血压降低血压。
RNA编辑酶ADAR2限制L1迁移率
作用于RNA（ADARS）的摘要腺苷脱氨酶是将腺苷转化为双链RNA中的插入（RNA编辑A-TO-I）的酶。adar1和adar2先前被报道为HIV-1前病毒因素。这项研究的目的是研究HIV-1表达期间ADAR2核糖核蛋白蛋白复合物的组成。通过在表达HIV-1然后进行质谱分析的细胞中使用双标记亲和力纯化程序，我们确定了10个非核糖体ADAR2-相互作用因子。先前发现了与长的散布元素1（Line1或L1）核糖核颗粒相关的这些蛋白质的很大一部分，并调节L1逆转录子的生命周期。考虑到我们先前证明ADAR1是Line-1逆转录座子活性的抑制剂，我们研究了ADAR2是否也起着相似的功能。为了达到这个目标，我们在过表达或消融的ADAR2的细胞中进行了特定的细胞培养逆转录分析。这些实验揭示了ADAR2作为L1反转座的抑制剂的新功能。此外，我们表明ADAR2结合了基底L1 RNP复合物。
酶替代疗法的免疫耐受性诱导的进步
Abstract Inborn errors of metabolism (IEMs) are a group of genetic diseases that occur due to the either deficiency of an enzyme involved in a metabolic/biochemical pathway or other disturbances in the metabolic pathway including transport protein or activator protein deficiencies, cofactor deficiencies, organelle biogenesis, maturation or trafficking problems.这些迷失者对受影响个体的福祉和生存都有很大的影响，因此具有统一的意义。在寻求有效治疗的过程中，酶替代疗法（ERT）已成为许多溶酶体储存障碍（LSD）（LSD）和酶替代疗法的可行策略，以其他代谢症（包括苯基酮酮尿症和下层层盘）的罕见形式形式。然而，这些疾病患者（主要是LSD）与酶融合有关的主要挑战是高抗体滴度的发展。专注于免疫调节的策略在诱导对ERT的免疫耐受性方面表现出了希望，从而提高了总体生存率。与仅用ERT治疗的病例相比，IgG抗体发育的发生也导致IgG抗体发育的发生也减少了。通过纳入从术方法中获得的知识并分析临床和临床前试验中免疫耐受诱导（ITI）方式的结果，这表明ERT的疗效有了显着提高。在这项综合综述中，评估了ITI模式的进展，从临床和临床前试验中汲取了见解。重点是在IEM的背景下评估ITI的进步，专门针对通过ERT管理的LSD。
硝化抑制剂对氮浸出和酶活性的影响
摘要：使用尿素肥料的硝化抑制剂（Thiourea和硝化抑制剂“ A”）用于提高氮效率。硝化抑制剂和氮量通过尿素肥料施加到蛋白表中的水稻种子。整个实验是通过以下治疗方法进行的； urea application as a control at 2gN/10kg (200 kg N/ha), urea application 2gN/10kg (200 kg N/ha) added with 1.0%, 0.5%, 0.1%, 0.05% and 0.01% of thiourea (w/w) and urea application 2gN/10kg (200 kg N/ha) added with 1.0%, 0.5%, 0.1%, 0.05% and 0.01% of nitrification抑制剂“ A”（w/w）单独和组合形式。浸出样品是从圆柱裂解器中引起的，并在第一次，3 2秒，第三和第四周观察到NO和NO氮。使用紫外可见度3 2分光光度计，也观察到了NO和NO还原酶的活性。发现所有治疗方法都降低了硝化过程中涉及的氮浸出和酶活性。还可以观察到，硫脲，硝化抑制剂的0.01％和硝化抑制剂“ a”的含量为“ A”，以降低浸出样品3 2中的NO和NO浓度，并在第四周后降低了土壤中NO和无还原酶的活性。3 2
木聚糖酶对石油烃污染土壤的生物修复
汽油范围碳氢化合物 (GRH) 有两种：汽油范围 GRH 和柴油范围 GRH。DRH (PHC) 包括多环芳烃和长链烷烃等。GRH 包括甲苯、苯、二甲苯和乙苯等碳氢化合物 [3]。糖苷水解酶（称为木聚糖酶 (EC 3.2.1.x)）可催化木聚糖中 1,4-D-木糖苷键的内水解。包括细菌、藻类、真菌、原生动物、腹足类和人足类在内的多种生物都会产生这种普遍存在的酶组，这些酶参与木糖的形成（木糖是细胞代谢的关键碳源）以及植物病原体对植物细胞的感染 [4]。木聚糖是自然界中第二常见的多糖，是植物细胞的主要结构成分，约占整个地球可再生有机碳的三分之一。半纤维素、木葡聚糖、葡甘露聚糖、半乳葡甘露聚糖和阿拉伯半乳聚糖的主要成分是木聚糖 [4, 5]。在酿造过程中，木聚糖酶可以提高麦芽汁的过滤性并减少最终产品的浑浊度。它们还可用于咖啡提取和速溶咖啡的制备、洗涤剂、植物细胞的原生质体化、生产用作抗菌剂或抗氧化剂的药理活性多糖，以及生产用作表面活性剂的烷基糖苷 [6]。
酶工程：为可持续未来的工业过程革命
化学工程和生物技术的整合正在通过在各种应用中有效使用酶来改变行业。酶作为自然生物催化剂，在许多生物过程中一直是数十亿年的关键。然而，生物技术和化学工程的现代进步已促进了在工业环境中对这些蛋白质进行更系统和大规模利用的促进。通过工程酶，研究人员正在开发新颖的解决方案，以更高的精确，效率和可持续性加速化学反应，从而使从药品到食品生产和环境保护的众多部门受益。为了修改工业应用酶，研究人员使用了基因工程，蛋白质工程和计算建模的组合。
药物靶标的结构研究和药物代谢酶
本文中介绍的工作描述了如何获取有关蛋白质的结构信息，以及如何使用它来回答有关蛋白质功能，动态行为以及与其他蛋白质或配体的相互作用的科学问题。嘧啶降解，药物代谢酶β-尿肽酶（βUP）的催化功能取决于寡聚态之间的变化。在二聚体二聚体界面中的氨基酸H173和H307在活性位点取代，表明这些对于βup激活至关重要。对基材和产物类似物的抑制作用研究允许假设与F205相互作用的能力可以将激活因子与抑制剂区分开。使用低温电子显微镜确定了激活的较高低聚物状态的第一个结构，并确认封闭的入口环构象和二聚体二聚体接口在HSβUP和DMβUP之间保守。研究了表观遗传药物靶标与含有蛋白3（SMYD3）的MYND结构域与可能的抑制剂之间的相互作用。晶体结构证实了在SMYD3的活性位点，合理设计的靶向抑制剂的共价键。使用具有阻塞活性位点的生物传感器屏幕发现了一个新的变构结合位点。晶体结构揭示了新结合位点的位置，以及变构抑制剂的（s） - （r）对映异构体的结合模式。最后，采用了一种基于碎片的药物发现方法，并通过碎片屏幕上的命中进行共结晶和浸泡Smyd3。这导致四个晶体结构在酶的几个位置的碎片密度弱。动态乙酰胆碱结合蛋白（ACHBP）是Cys环型配体离子通道的同源物。从各种生物传感器筛选中进行命中，其中一些表明构象变化与ACHBP共结晶。确定了来自生物物理筛选的命中化合物的复合物中ACHBP的七个晶体结构。在几个晶体结构中检测到Cys-loop的小构象变化，与生物传感器筛选的结果一致。在这些研究中，我们探讨了研究与药物发现和优化相关的蛋白质功能和调节的新策略。