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2023; 19(4): 1146-1162. doi: 10.7150/ijbs.80233 综述 tRNA 修饰和修饰酶在疾病中的潜在治疗靶点
tRNA是保守性最高、含量最高的RNA种类之一，在蛋白质翻译过程中发挥着关键作用。tRNA分子在转录后被tRNA修饰酶修饰。由于高通量测序技术的快速发展，许多研究领域都发现了tRNA修饰类型。在tRNA中，多种类型的tRNA修饰和修饰酶与生物学功能和人类疾病有关。在我们的综述中，我们讨论了tRNA修饰的相关生物学功能，包括tRNA稳定性、蛋白质翻译、细胞周期、氧化应激和免疫。我们还探讨了tRNA修饰如何促进人类疾病的进展。基于先前的研究，我们讨论了一些评估tRNA修饰的新兴技术，以帮助发现不同类型的tRNA修饰。
健康与疾病中的乳酸化
乳酸是各种细胞生理功能中必不可少的物质，在能量代谢和信号转导的不同方面扮演调节作用。lactylation（KLA）是一种乳酸发挥其功能的关键途径，已被鉴定为一种新型的翻译后修饰（PTM）。研究表明，KLA是多种生物的基本平衡机制，并且通过不同的途径参与了许多关键的细胞生物过程。KLA与疾病的发展密切相关，代表了潜在且重要的新药靶标。 与现有报告一致，我们在组蛋白和非组蛋白上搜索了新发现的KLA位点。 reviewed the regulatory mechanisms of Kla (particularly focusing on the enzymes directly involved in the reversible regulation of Kla, including “writers” (modifying enzymes), “readers” (modification-binding enzymes), and “erasers” (demodifying enzymes); and summarized the crosstalk between different PTMs to help researchers better understand the widespread distribution of Kla and its各种功能 此外，考虑到KLA在生理和病理环境中的“双刃剑”作用，该评论突出了KLA在生理状态中的“有益”生物学功能（能量代谢，炎症反应，细胞命运，开发，发育等） 及其对病理过程的“有害”致病性或诱导作用，尤其是恶性肿瘤和复杂的非肿瘤疾病。 我们还阐明了健康和疾病中KLA的分子机制，并讨论了其作为治疗靶点的可行性。KLA与疾病的发展密切相关，代表了潜在且重要的新药靶标。与现有报告一致，我们在组蛋白和非组蛋白上搜索了新发现的KLA位点。 reviewed the regulatory mechanisms of Kla (particularly focusing on the enzymes directly involved in the reversible regulation of Kla, including “writers” (modifying enzymes), “readers” (modification-binding enzymes), and “erasers” (demodifying enzymes); and summarized the crosstalk between different PTMs to help researchers better understand the widespread distribution of Kla and its各种功能此外，考虑到KLA在生理和病理环境中的“双刃剑”作用，该评论突出了KLA在生理状态中的“有益”生物学功能（能量代谢，炎症反应，细胞命运，开发，发育等）及其对病理过程的“有害”致病性或诱导作用，尤其是恶性肿瘤和复杂的非肿瘤疾病。我们还阐明了健康和疾病中KLA的分子机制，并讨论了其作为治疗靶点的可行性。最后，我们描述了KLA的检测技术及其在诊断和临床环境中的潜在应用，旨在为治疗各种疾病的治疗提供新的见解，并加速从实验室研究到临床实践的翻译。
GRAS 通知编号 GRN 000971
本通知的主题是克劳氏碱盐杆菌菌株 MCC 0538 1（A. clausii MCC 0538）孢子制剂，使用水平高达 2 x 10 9 菌落形成单位（CFU）/作为配料 2 用于烘焙食品和烘焙混合物；早餐谷物；奶酪；非酒精饮料和饮料基质；咖啡和茶；牛奶和奶制品；乳制品类似物；脂肪和油；果汁；调味品和调味品；糖果和糖霜；冷冻奶制品和混合物；水果和冰块；明胶、布丁和馅料；果酱和果冻；谷物制品和面食；硬糖和止咳糖；软糖；口香糖；草药、种子、香料、调味品、混合物、提取物和调味品；坚果和坚果制品；植物蛋白制品；加工水果；加工蔬菜和蔬菜汁；零食汤和汤混合物；糖；以及甜酱、配料和糖浆。通知告诉我们，Advanced Enzymes 认为 A. clausii MCC 0538 孢子制剂的这些用途是通过科学程序实现的 GRAS。Advanced Enzymes 将 A. clausii MCC 0538 孢子制剂描述为浅棕色至棕色粉末。Advanced Enzymes 指出，A. clausii MCC 0538 是一种无致病性、无毒的革兰氏阳性、运动性、产孢、杆状细菌。该菌株存放在印度浦那国家微生物资源中心 (NCMR) 的菌株收藏中。Advanced Enzymes 讨论了用于确认菌株身份的表型和基因型表征结果。Advanced Enzymes 描述了 A. clausii MCC 0538 孢子制剂的制造
基于靶向定量蛋白质组学的小肠药物转运蛋白和代谢酶的个体发育 Kiss, M.; Mbasu, Richard; Nicolai, J
儿童大部分药物为口服给药，但各年龄段儿童小肠药物代谢酶（DME）和药物转运体（DT）的蛋白质丰度信息仍不明确，这阻碍了儿童精准用药。为了探索 DME 和 DT 的年龄相关差异，收集了儿童和成人空肠和回肠手术剩余的肠组织，并通过靶向定量蛋白质组学分析了顶端钠 - 胆汁酸转运蛋白、乳腺癌耐药蛋白（BCRP）、单羧酸转运蛋白 1（MCT1）、多药耐药蛋白 1（MDR1）、多药耐药相关蛋白（MRP）2、MRP3、有机阴离子转运多肽 2B1、有机阳离子转运蛋白 1、肽转运蛋白 1（PEPT1）、CYP2C19、CYP3A4、CYP3A5、UDP 葡萄糖醛酸转移酶（UGT）1A1、UGT1A10 和 UGT2B7。分析了 58 名儿童（48 条回肠、10 条空肠，年龄范围：8 周至 17 岁）和 16 名成人（8 条回肠、8 条空肠）的样本。比较年龄组时，成人回肠中的 BCRP、MDR1、PEPT1 和 UGT1A1 丰度明显高于儿童回肠。空肠 BCRP、MRP2、UGT1A1 和 CYP3A4 丰度在
Caspedia数据库：2类CRISPR-CAS酶Benjamin A. Adler 1,2†，Marena I. Trinidad 1,3†，Daniel Bellie
Caspedia数据库：2类CRISPR-CAS酶的功能分类系统Benjamin A. Adler 1,2†，Marena I. Trinidad 1,3†，Daniel Belieny-Relo 1,2，Elaine 1，Elaine 1，Elaine 1， 1,2，Brittney W. Thornton 1,5，Rachel F. Weissman 1,5，Peter H. Yoon 1,5，Lixing Chen 1,6，Tomas Hessler 1,6-8，Amy R.Eggers 1,5，Ron Boger Doherrty 1,2，Connor A. Tsuchida 1,9，Ryan V. Tran 4，Laura Hofman 1,2,10，Honglue Shi 1,3，Kevin M. Wasko 1,5，Zehan Zhou 1,5帕特尔1，维也纳C.J.X.Thomas 1,4，Rithu Pattali 1,5，Matthew J. Kan 1,11，Anna Vdapetyan 1，Pag Yang 1,5，Arushi Lahiri 5，Michael Maxwell 12，Andrew G. Murdock 12 Roland W. Calvert 13，Rebecca S. Bamert 13，Gavin J. Knott 13，Audrone Lapinatite 14-16，Pausch 17，Joshua C. Cofsky 18，Erik J 23-26，Stan J.J. Brouns 27-28，Dipali G. Sashhital 29，Brian C. Thomas 30，Christopher T. Brown 30，Daniela S. A. Goltsman 30，Rodolphe Barrangou F. Savage 1,3,5，Jennifer A. Doudna 1-5,34-35 * 1 Innovative gentites Institute，加利福尼亚大学，加利福尼亚州伯克利分校，加利福尼亚州94720，美国。2加州定量生物科学机构（QB3），加利福尼亚大学，加利福尼亚州伯克利分校，美国94720，美国。 3美国加利福尼亚州伯克利分校，加利福尼亚大学，美国94720，美国。 4，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，美国94720，美国化学系。2加州定量生物科学机构（QB3），加利福尼亚大学，加利福尼亚州伯克利分校，美国94720，美国。3美国加利福尼亚州伯克利分校，加利福尼亚大学，美国94720，美国。4，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，美国94720，美国化学系。4，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，美国94720，美国化学系。5分子与细胞生物学系，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，美国94720，美国。5分子与细胞生物学系，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，美国94720，美国。
连接器不被忽视和被忽视的继子
The labile linker is designed to be recognized and cleaved by brush border enzymes (BBEs), such as neutral endopeptidase (also known as neprilysine), that are present on the membrane of proximal convoluted tubules Following cleavage, the radiometabolite is not retained in the kidneys, but is excreted into the urine to lower the radiation dose to the kidneys.
基于专利数据的植物基因编辑技术发展动态与竞争态势分析
突变或遗传工程，及其涉及的 DNA 或 RNA, 载体 ( 如质粒 ) 或其分理、制备 或纯化；所使用的宿主 Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engi- neering, vectors, e. g. plasmids, or their isolation, preparation or purifica- tion; Use of hosts therefor 酶；酶原；其组合物、制备、活化、抑制、分离或纯化酶的方法 Enzymes, e. g. ligases; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating, or purifying enzymes 微生物本身，如原生动物；及其组合物；繁殖、维持或保藏微生物或其组 合物的方法；制备或分离含有一种微生物的组合物的方法；及其培养基 Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propa- gating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorgan- ism; Culture media therefor 具有多于 20 个氨基酸的肽；促胃液素；生长激素释放抑制因子；促黑激 素；其衍生物 Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Mela- notropins; Derivatives thereof 饲养或养殖其他类不包含的动物；动物新品种 Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New breeds of animals 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法；其组合物；这种组合物的测定方法 Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microor- ganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
核苷酸和核酸
Important roles of other nucleotides: • Energy rich (high energies of hydrolysis, but kinetically stable) besides ATP, includes: GTP, CTP, UTP • Carrier molecule (key intermediates in metabolism) UDP-sugars, CDP-lipids, NADH, FAD • Secondary messengers (cAMP, cGMP) • Other cofactors for enzymes
在微生物组中微生物裂解中的遗传潜能与代谢调节和表达之间的解耦
抽象的宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学用于探索酶分泌的微生物能力，但是在生态系统中，pro tein te-tein编码基因与相应的转录本/蛋白之间的联系是毫无疑问的。By conducting a multi-omics comparison focusing on key enzymes (carbohydrate-active enzymes [CAZymes] and peptidases) cleaving the main biomole cules across distinct microbiomes living in the ocean, soil, and human gut, we show that the community structure, functional diversity, and secretion mechanisms of microbial secretory CAZymes and peptidases vary drastically between微生物组在主质，元文字和元蛋白质组水平上。由于主要参与者对有机物物质源和浓度的不同反应，这种变化导致cazymes与肽酶之间从遗传潜能到蛋白质表达的decouper质关系。我们的结果强调了对有机物上微生物裂解的因素进行系统分析的需求，以更好地将OMICS数据与生态系统过程联系起来。
劳伦斯·伯克利国家实验室
合成生物学的进步促进了将异源代谢途径掺入各种细菌底盘中，从而导致靶向生物产品的合成。然而，异源生产途径的总产量可能会遭受低浮标，酶滥交，有毒中间体的形成或对竞争反应的中间损失，这最终阻碍了其全部潜力。基于蛋白质的细菌微校区（BMC）的自组装，易于修饰的，提供了一种复杂的方法来克服这些障碍，通过充当与细胞的调节性和代谢网络解耦的自主催化模块。More than a decade of fun- damental research on various types of BMCs, particularly structural studies of shells and their self-assembly, the recruitment of enzymes to BMC shell scaffolds, and the involve- ment of ancillary proteins such as transporters, regulators, and activating enzymes in the integration of BMCs into the cell's metabolism, has signi fi cantly moved the fi eld 向前。这些进步使生物工程师能够设计合成的多酶BMC，以促进乙醇或氢的产生，增加细胞多磷酸盐水平，并将甘油转化为丙二醇或甲酸盐或丙酮酸。这些开创性的努力揭示了合成BMC的巨大潜力，以封装非本性多酶生化途径以合成高价值产品。