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Gustave Roussy 的 MATCH-R 重复活检试验的可行性和首批报告
揭示驱动肿瘤耐药性的生物学过程对于支持创新治疗策略的开发是必要的。我们报告了由 Gustave Roussy 领导的 MATCH-R 前瞻性试验的设计和可行性，该试验的主要目的是表征癌症治疗耐药性的分子机制。主要临床终点包括分析耐药性肿瘤中分子改变的类型和频率，并将其与治疗前的样本进行比较。在最初的部分缓解或病情稳定至少 24 周后病情进展的患者在 CT 或超声引导下接受肿瘤活检。使用全外显子组测序、RNA 测序和面板测序对肿瘤进行分子分析。在可行性分析的数据截止时，在 333 个纳入病例中，有 303 例 (91%) 获得了肿瘤活检样本。从这些活检样本中，278 个 (83%) 的质量足以通过高通量下一代测序 (NGS) 进行分析。所有 278 个样本均进行了靶向 NGS 测序，215 个（70.9%）进行了 RNA 测序，222 个（73.2%）进行了全外显子组测序。总共有 163 个肿瘤被植入 NOD scid gamma (NSG) 或裸鼠体内，并建立了 54 个患者来源的异种移植 (PDX) 模型，成功率为 33%。24 名患者（7.6%）发生了因侵入性肿瘤取样而导致的不良事件。研究招募仍在进行中。系统性肿瘤分子分析和患者来源的获得性靶向药物和免疫疗法耐药模型的开发是可行的，并且可以推动下一步治疗策略的选择。
社论：机器学习高级动态组学数据分析助力精准医学
通过蒙特卡洛特征选择方法和重复增量剪枝以减少错误方法，将分类规则作为潜在的非侵入性生物标志物。刘哲等人对结直肠癌患者的等位基因特异性表达 (ASE) 进行了全基因组分析，系统地了解了 ASE 如何与肿瘤和正常组织有关。胡等人利用 RNA 测序数据通过生物信息学分析来识别和量化心房颤动 (AF) 中的环状 RNA，并通过竞争内源性 RNA 网络和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络表征其潜在功能。石晓玲等人通过全外显子组测序筛选了一组完全性肺静脉异常连接病例和健康对照者的稀有拷贝数变异，提供了与罕见先天性出生缺陷相关的候选基因。吴等人对一个HSCR家系的7个成员进行了全外显子组测序，首次报道了导致可遗传的HSCR的RET移码变异p.Phe147del。谢志军等通过全外显子组测序，研究了一组无关的肺动脉闭锁患者和一组人群匹配的健康儿童对照队列中的罕见拷贝数变异（CNV），有助于阐明关键的疾病基因和新的发病机制见解。孟某等结合靶向测序和Hotspot3D计算方法，对中国非小细胞肺癌患者的驱动基因突变做了简要的研究报告。
原创文章 SOX11 的缺失和新生突变与具有 Cof-Siris 综合征特征的神经发育障碍有关
摘要 背景 SOX11 是一种转录因子，被认为在大脑发育中发挥作用。最近有报道称两例 Cofín - Siris 综合征患者出现 SOX11 突变，这表明 SOX11 与人类发育障碍有关。在这里，我们进一步研究 SOX11 变异在神经发育障碍中的作用。方法 我们使用基于阵列的比较基因组杂交和三外显子组测序来识别患有智力障碍的儿童，这些儿童的 SOX11 基因缺失或从头点突变会破坏 SOX11。使用体外基因表达报告系统评估 SOX11 突变的致病性。通过敲低 Sox11 表达在非洲爪蟾中进行了功能丧失实验。结果 我们确定了七个个体的 2p25 染色体缺失涉及 SOX11。三外显子组测序鉴定出三种新生 SOX11 变异体，两种错义（p.K50N；p.P120H）和一种无义（p.C29*）。利用体外基因表达系统评估错义突变的生物学后果。这些个体患有小头畸形、发育迟缓和与轻度 Cof - Siris 综合征相符的共同畸形特征。为了进一步研究 SOX11 的功能，我们敲除了非洲爪蟾中的直系同源基因。与对照组相比，变异体的头部尺寸显著减小。这表明 SOX11 功能丧失可能与小头畸形有关。结论因此，我们提出 SOX11 缺失或突变可能表现出 Cof - Siris 表型。
oncokdm lite：从肿瘤学实践中的VCF文件提高TSO500数据解释精度
最初，使用整个基因组和整个外显子组测序测量TMB以具有足够的功率（意味着碱测序）。尽管如此，这些技术的成本效益不足以用于临床常规。2019年初推出的来自Illumina的TSO500面板是能够实现这些目标的最先进的商业面板。但是，实验室可以很容易地标准化湿实验室，生物信息分析以从一个分析中获得最大的准确信息，这种复杂的面板可能需要复杂的策略，并且必须在临床前进行验证。
WES医生Eng_17x17_sb_preview_digital
医疗遗传学整个外显子组测序解码和发现（WES DECODE＆DISCOVE）分析是一项全面的基因检测，研究了约20,000个基因的编码区域（外显子）。虽然外显子仅占人类基因组的1-2％，但所有已知引起疾病的突变中有85％位于外显子区域。准确检测引起疾病的突变可以改善临床管理和有益的疗法，减轻或缓解患者的症状并造福其生活质量。通过WES分析，可以更快地实现诊断，避免进行广泛，昂贵和冗长的连续测试。
晚期软组织肉瘤的分子分析
背景：软组织肉瘤 (STS) 是一组异质性罕见肿瘤，包括 70 多种不同的组织学亚型。高通量分子分析（下一代测序外显子组 [NGS]）是识别驱动突变的独特机会，这些突变可以将通常的“一刀切”治疗模式转变为以患者为主导的治疗策略。MULTISARC 试验的主要目标是评估是否可以在合理的时间内为大部分转移性 STS 参与者进行 NGS，其次是确定 NGS 指导的治疗策略是否可以改善参与者的结果。方法：这是一项随机、多中心、II/III 期试验，其灵感来自伞状和生物标志物驱动试验的设计。该设置计划在法国各地设立多达 17 个研究中心并招募 960 名参与者。参与者年龄至少 18 岁，患有法国肉瘤病理参考网络确认的无法切除的局部晚期和/或转移性 STS，按照 1:1 的分配比例随机分配到实验组“ NGS ”和标准“无 NGS ”之间。如果 (i) NGS 结果可用且可解释，并且 (ii) 在生物病理平台上收到样本后 7 周内向研究者提供包含多学科肿瘤委员会临床建议的外显子组测序报告，则将 NGS 视为可行。可行性率预计超过 70%（零假设：70% vs 备择假设：80%）。在护理方面，随机分配到“无 NGS ”组且治疗失败的参与者将能够根据研究者的要求转换到 NGS 组。讨论：MULTISARC 试验是一项前瞻性研究，旨在提供高级别证据支持在晚期 STS 参与者的常规临床实践中大规模实施 NGS。试验注册：clinicaltrial.gov NCT03784014。
Illumina DNA准备富集 星座映射的阅读技术 病毒监视面板V2 病毒监视面板V2
Illumina DNA准备富集的功能是Illumina富集作品集中最快的工作流程。用户友好，兼容自动化的解决方案支持所有经验级别的用户，并为各种实验设计提供了共同的工作流程，包括固定面板，自定义面板和全外观测序。珠子上标记可以使用多种DNA输入量和各种样本类型。具有富集的Illumina DNA准备与Illumina和第三方富集探针/面板兼容，从而实现了内容可移植性。具有富集溶液结合Illumina SBS Chemistry的创新Illumina DNA Prep，提供了最佳的靶向富集和外显子组测序体验。
基于全异位测序的ADME基因中的遗传变异特征
基因组技术的快速演变已大大改变了医学和药物基因组研究的景观。在可用的众多方法中，整个外显子组测序（WES）是一种强大的工具，可以全面分析基因组的蛋白质编码区域。从WES中受益的最重要领域之一是研究ADME（吸收，分布，代谢和排泄）基因的遗传变异。这些基因在药物的药代动力学中起着至关重要的作用，从而影响了它们的效率和安全性。本文深入研究了ADME基因中遗传变异的重要性，探讨了WES在识别这些变体方面的影响，并突出了这项研究对个性化医学的未来影响[1-3]。
授予英国生物库的资金奖 - 2024年7月更新
投资了大量，分析数据并使这些新结果可用于更广泛的研究社区。例如，由Regeneron领导的公司联盟进行了外显子组对英国生物银行遗传学数据的测序，付出了数百万美元的成本。在其他场合，公司还以大幅折扣为英国生物库提供了研究平台，以加速英国生物银行参与者的研究人员可用的数据积累。英国生物库的真正价值不仅在改善健康并挽救生命的结果中。它的影响将在许多新的研究合作中以及以新的方式进行
服务指南临床提取...
AGRF 开展的所有临床工作均严格遵循 ISO15189 的要求。AGRF Ltd 已获得国家测试机构协会 (NATA) 在医学测试领域的认证（范围：体质遗传变异调查 - 诊断测试。遗传（种系）DNA/RNA 变化的全外显子组测序研究）。员工和分析流程遵循标准操作程序，该程序定义了责任和质量检查以达到报告的标准。在定期审查和内部审计期间，我们会监控合规性。工作由具有相关资格的人员监督，并在进行过程中和完成后进行检查，以确保其符合必要的 ISO15189 标准。