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归一化的关联，非差异表达
交叉数据测试对于检查机器学习（ML）模型的性能至关重要。但是，大多数关于转录组和临床数据建模的研究仅进行了数据内测试。还不清楚归一化和非差异表达基因（NDEG）是否可以改善ML的跨数据库建模性能。因此，我们旨在了解归一化，NDEG和数据源是否与ML在跨数据库测试中的性能有关。使用了TCGA和ONCOSG中肺腺癌病例共享的转录组和临床数据。仅使用转录组数据就达到了最佳的跨数据库ML性能，并且在统计学上比使用转录组和临床数据更好。最佳平衡精度（BA），曲线下的面积（AUC）和在TCGA上的ML算法培训中的精度明显高于ONCOSG的测试，而在ONCOSG上进行了测试并在TCGA上进行了测试（所有人的P <0.05）。归一化和NDEG在两个数据集中大大改善了数据集中的ML性能，但在跨数据库测试中却没有。引人注目的是，单独对ONCOSG的转录组数据进行建模优于建模转录组和临床数据，而TCGA中包括临床数据的转录组和临床数据并没有显着影响ML性能，这表明TCGA中转录量数据的临床数据值有限或转录量的倒数影响。在数据内测试中的性能提高更为明显。在比较的六个ML模型中，支持矢量机是在数据集和跨数据库测试中最常见的表现最常见的。因此，我们的数据显示了数据源，归一化和NDEG在建模转录组和临床数据中与数据集和跨数据库ML性能相关。
美国对 SARS-CoV-2 mRNA 疫苗的态度......
在美国食品药品管理局 (FDA) 疫苗和相关生物制品咨询委员会 (VRBPAC) 于 2020 年 12 月 10 日和 17 日举行会议后，辉瑞 BioNTech (BNT162b2) 和 Moderna (mRNA-1273) 疫苗获得了紧急使用授权 (EUA)。达到这些里程碑具有历史意义和鼓舞人心，但 COVID-19 疫苗的可接受性并非理所当然。知情且明确的临床指导、值得信赖的发言人、商业和科学的透明度以及对个人风险的认知推动了疫苗的可接受性 (1,2)。这些条件在新型疫苗获得 EUA 之后可能尤为重要，但 COVID-19 大流行的特点对它们不利。美国联邦机构、世界卫生组织和私营部门内部和之间存在着紧张关系。此外，疫情已经被政治化，通过社交媒体传播疫苗错误信息的情况猖獗 (3,4)。不同群体和国家之间病例数量的巨大差异，加上健康素养较差，加剧了人们的怀疑，降低了人们的信心 (5)。为了进一步了解对 mRNA COVID-19 疫苗 EUA 的担忧，我们审查了提交给 VRBPAC 会议的公众评论。我们试图了解接种疫苗以改善疫情的机会与 EUA 下疫苗推广的犹豫之间的脱节之处。从这些公开文件中出现的主题表明，需要建立一种公众、疫苗学家和公共卫生科学家、医疗保健提供者、制药利益相关者和政策制定者之间统一合作的模式。该模型将实现学习免疫
对...
我们是一组研究人员，在大气化学，空气质量和气候变化的交集中工作。我们位于哥伦比亚大学的Lamont-Doherty Earth观测站，纽约州和纽约，纽约。我们由Lamont副研究教授Daniel M. Westervelt教授领导。欢迎任何适合空气污染，气候变化和大气化学的项目。我们使用实验室设备，模型和卫星遥感等工具。我们在拉蒙特（Lamont）有一个最先进的“空气传感器实验室”，我们在研究，构建和验证空气传感器针对研究级方法进行了验证。传感器研究中感兴趣的主题包括使用传感器对污染的来源归因，与卫星数据的数据融合，空气污染暴露和健康研究等。我们还致力于气候建模，重点是气溶胶的气候影响。我们运行了多种模型，并且是区域气溶胶模型对比项目（RAMIP）的创始成员，该项目是CMIP7的一部分。我们还运行更多以化学为重点的大气模型，例如Geos-Chem。
识别高度表达的基因和有效的核心...
摘要。具有特定转录活性的有效启动子在调节外源基因表达中起着显着的作用。对骨骼肌的有效启动子对骨骼肌肉的高表达能力。这对于通过结合基因编辑和传统繁殖技术的有针对性改善牲畜肉质的质量非常重要。To identify efficient promoters specific to the skeletal muscles of buffalo, in the present study, a total of 14 genes, CACNG1 , LRRC30 , CACNG6 , MYOG , VGLL2 , MYOD1 , KCNA7 , DUPD1 , PRR32 , LBX1 , IGFN1 , ACTN3 , PITX3 , and MURC , were firstly基于高通量测序数据筛选为骨骼肌肉特异性表达的基因。通过定量逆转录聚合酶链反应（RT-QPCR），在其中只有两个基因（即vgll2和cacng1）被鉴定为在buffalo的骨骼肌中特异性和有效表达。然后，通过双重荧光素酶报告基因检测系统在小鼠C2C12细胞和水牛骨骼肌细胞中评估了VGLL2和CACNG1上游推定的启动子区域的不同截短片段的转录活性。结果，VGLL2和CACNG1的核心启动子均被鉴定为在骨骼肌组织中具有特定和有效的转录活性，而VGLL2核心启动子的转录活性更为有效。这些结果为水牛和其他牲畜动物的肉质质量有针对性改善提供了重要的信息。
双重癌症表达的apoptin的抗肿瘤作用 -
摘要。- 凋亡是一种源自鸡贫血的小分子量蛋白，它可以诱导转型细胞和肿瘤细胞的凋亡，并使原发性和未转化的细胞不受伤害。apoptin的细胞定位取决于其自身的磷酸化状态和细胞类型。在肿瘤细胞中，植酸化的凋亡可以进入细胞核，并导致细胞凋亡。而，在正常细胞中，apoptin主要存在于细胞质中。apoptin作为细胞中的无序蛋白质，与细胞信号途径中的许多蛋白质相互作用，诱导肿瘤细胞凋亡。尚未完全阐明凋亡诱导的凋亡的特定机制。因此，apoptin已成为潜在的抗癌剂。这种情况总结了我们的实验室中阿poptin的研究结果，并揭示了由Oncolytic病毒载体在多种肿瘤细胞和小鼠模型上表达的Apoptin的特定抗抗毒素机制。
Instagram 上的疫苗：巴西背景下的情绪表达研究
摘要 随着新冠病毒的出现，有关疫苗的讨论开始在世界范围内产生更大的影响。在社交媒体这个不同受众创作内容、表达看法和兴趣的空间上，有关疫苗的出版物已成为公众辩论的主要话题之一。在本文中，我们旨在识别和分析 2020 年和 2021 年巴西民众围绕疫苗和疫苗接种过程表达的感受和情绪。为此，我们通过 Crowdtangle 图形界面收集了 Instagram 上关于该主题的公开帖子，并从中构建了一个随机样本，作为实证样本。情绪的分类和识别过程是使用人机交互情绪网络（HUMAINE）的标准化描述符进行的，然后采用 Russell (2003) 的环形模型（核心情感模型）。结果，数据分析表明，在巴西的情景中，人们对疫苗普遍存在希望和信心等积极情绪，而根据背景因素（时任总统雅伊尔·博索纳罗的形象、他的讲话和行动，以及 Covid-19 的进展和新变种的出现），语料库中则发现了反对和担忧等负面情绪。
CD39在功能效应子和组织驻留记忆CD8+ T细胞上表达
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年3月17日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.03.15.585252 doi：Biorxiv Preprint
原创文章 根据差异表达基因识别肝细胞癌候选药物
摘要：晚期肝细胞癌 (HCC) 患者的预后极差，主要是由于病情进展迅速和有效药物匮乏。全基因组分析允许基于差异表达基因 (DEG) 探索潜在药物。然而，HCC 中的候选药物和 DEG 在很大程度上是未知的。在本研究中，我们使用癌症基因组图谱 (TCGA)、国际癌症基因组联盟 (ICGC)、基因表达综合 (GEO) 和免疫组织化学染色研究了 DEG 和预后。还分析了 DEG 之间的蛋白质-蛋白质相互作用网络，以阐明 12 个枢纽基因并查询在线数据库以寻找潜在的 HCC 治疗药物。我们发现 TCGA 数据集中的 3219 个 DEG 中有 885 个与预后相关。我们阐明了在肿瘤样本中过表达的 12 个枢纽基因，它们与 HCC 患者的总体生存率 (OS) 较差显着相关。这些发现已通过 GEO 和 ICGC 队列得到验证。此外，还使用在线数据库预测了针对 HCC 的有希望的候选药物。总的来说，12 个中心基因的上调与 HCC 患者的预后不良有关，关注它们的表达可能会推动针对 HCC 的治疗努力。
评估在Komagataella phaffii中表达的重组人乳铁蛋白的潜在食物过敏风险
1 Helaina，Inc，345 Park Ave，South，South，New York，New York，10010 USA。 yanisa@myhelaina.com; raysa@myhelaina.com; shashwat@myhelaina.com; xiaoning@myhelaina.com; ross@myhelaina.com; isabella@myhelaina.com; kahler@myhelaina.com; anthony.clark@myhelaina.com; carrie@myhelaina.com 2 Re Goodman Consulting，8110 Dougan Circle，NE NE，NE，68516美国。 rgoodman2@unl.edu 3内布拉斯加州林肯大学的食物过敏研究与资源计划，1901年North 21 St Street Po Box 886207美国。 Philip.johnson@unl.edu 4独立学者，加利福尼亚州圣地亚哥，美国92108。 sarah.dimitratos@gmail.com 5俄勒冈健康与科学大学，3181 SW Sam Jackson Park Rd，波特兰，俄勒冈州，美国97212； scottoli@ohsu.edu *通讯作者信息：Carrie-Anne Malinczak； carrie@myhelaina.com; 734- 657-2414摘要：在将新型食品成分引入食品供应之前，安全风险评估为1 Helaina，Inc，345 Park Ave，South，South，New York，New York，10010 USA。yanisa@myhelaina.com; raysa@myhelaina.com; shashwat@myhelaina.com; xiaoning@myhelaina.com; ross@myhelaina.com; isabella@myhelaina.com; kahler@myhelaina.com; anthony.clark@myhelaina.com; carrie@myhelaina.com 2 Re Goodman Consulting，8110 Dougan Circle，NE NE，NE，68516美国。rgoodman2@unl.edu 3内布拉斯加州林肯大学的食物过敏研究与资源计划，1901年North 21 St Street Po Box 886207美国。Philip.johnson@unl.edu 4独立学者，加利福尼亚州圣地亚哥，美国92108。 sarah.dimitratos@gmail.com 5俄勒冈健康与科学大学，3181 SW Sam Jackson Park Rd，波特兰，俄勒冈州，美国97212； scottoli@ohsu.edu *通讯作者信息：Carrie-Anne Malinczak； carrie@myhelaina.com; 734- 657-2414摘要：在将新型食品成分引入食品供应之前，安全风险评估为Philip.johnson@unl.edu 4独立学者，加利福尼亚州圣地亚哥，美国92108。sarah.dimitratos@gmail.com 5俄勒冈健康与科学大学，3181 SW Sam Jackson Park Rd，波特兰，俄勒冈州，美国97212； scottoli@ohsu.edu *通讯作者信息：Carrie-Anne Malinczak； carrie@myhelaina.com; 734- 657-2414摘要：在将新型食品成分引入食品供应之前，安全风险评估为
