ICAN Ocean Pout链球菌Americus Fishery colaps collaps collaps collaps a s laps the造成的sporidian pleistophora acrozrozoarcides(Fischthal 1944年,Sandholzer等,1945,Sheehy等。 1974)。 彩虹窒息的Osmerus Mordax渔业的崩溃部分归因于Glugea Hertwigi的感染(Haley 1954)。 余生感染会降低生长,厌食症(Matthews&Matthews 1980,Figueras等人。 1992),《游泳能力障碍》(Sprengel&Lüchtenberg,1991年),降低了生殖成功(Summerfelt 1964,Wiklund等人 1996)和肌肉组织的液化(Nigrelli 1946,Grabda 1978,Egidius&Soleim 1986,Pulsford&Matthews 1991)。 glugea属,核孢菌,洛马和pleistophora的成员对农场饲养的鱼也有重大影响(Chilmonczyk等人。 1991,肖和1945,Sheehy等。1974)。彩虹窒息的Osmerus Mordax渔业的崩溃部分归因于Glugea Hertwigi的感染(Haley 1954)。余生感染会降低生长,厌食症(Matthews&Matthews 1980,Figueras等人。1992),《游泳能力障碍》(Sprengel&Lüchtenberg,1991年),降低了生殖成功(Summerfelt 1964,Wiklund等人1996)和肌肉组织的液化(Nigrelli 1946,Grabda 1978,Egidius&Soleim 1986,Pulsford&Matthews 1991)。glugea属,核孢菌,洛马和pleistophora的成员对农场饲养的鱼也有重大影响(Chilmonczyk等人。1991,肖和
在本文中,我们想使用FastAni(Jain等,2018)和AniclusterMap(https://github.com/moshi4/moshi4/aniclusterm ap)提出一种基于平均核苷酸认同(ANI)的细菌基因组比较的简单方法。ANI是作为新测序基因组分类隶属的标准。It is a similarity index between a given pair of genomes that can be applicable to prokaryotic organisms independently of their G+C content, and a cut-off score of > 95% indicates that they belong to the same species (Figueras et al ., 2014) Nevertheless, the usage of ANI value as a mean of strains phenotypic diversity offers a relatively easy way for studding bacterial phylogeny.所提出的程序可用于研究完整和细菌基因组草案的系统发育。程序的最大优势是它们的相对简单性。但是,程序允许进行基本的系统发育分析,并且不考虑编码和非编码区域或重组区域之间的差异。更详细的分析将需要另一种方法。
GAIA合作:L。Galluccio 1,M。Delbo1,⋆⋆,F。DeAngeli 2,T。Pauwels3,P。Tanga1,F。Mignard1,A。Cellino4,A。G。A. Brown 5,K。Muinonen6,7,6,7 M. Biermann 8,Ol Creevey 1,C。Ducourant 13,DW Evans 2,L。Eyer 14,R。Guerra 15,A。Hutton 16,C。Jordi 17,Sa Klioner 18,Sa Klioner 18, UL Lammers 15 , L. Lindegren 19 , X. Luri 17 , C. Panem 20 , D. Pourbaix 21,22 , † , S. Randich 23 , P. Sartoretti 11 , C. Soubiran 13 , NA Walton 2 , CAL Bailer-Jones 24 , U. Bastian 8 , R. Drimmel 4 , F. Jansen 25 , ⋆⋆⋆ , D. Katz 11 , MG Lattanzi 26 , F. van Leeuwen 2 , J. Bakker 15 , C. Cacciari 27 , J. Castañeda 28 , C. Fabricius 17 , M. Fouesneau 24 , Y. Frémat 3 , A. Guerrier 20 , U. Heiter 29 , E. Masana 17 , R. Messineo 30 , N. Mowlavi 14 , C. Nicolas 20 , K. Nienartowicz 31,32 , F. Pailler 20 , P. Panuzzo 11 , F. Riclet 20 , W. Roux 20 , G. M. Seabroke 33 , R. Sordo 9 , F. Thévenin 1 , G. Gracia-Abril 34,8 , J. Portell 17 , D. Teyssier 35 , M. Altmann 8,36 , R. Andrae 24 , M. Audard 14,32 , I. Bellas-Velidis 37 , K. Benson 33 , J. Berthier 38 , R. Blomme 3 , PW Burgess 2 、D. Busonero 4 、G. Busso 2 、H. Cánovas 35 、B. Carry 1 、N. Cheek 39 、G. Clementini 27 、Y. Damerdji 40,41 、M. Davidson 42 、P. de Teodoro 15 、M. Nuñez Campos 16 、L. Delchambre 40 、A. Dell'Oro 23 、P. Esquej 43 、J. Fernández-Hernández 44 、E. Fraile 43 、D. Garabato 45 、P. García-Lario 15 、E. Gosset 40,22 、R. Haigron 11 、J.-L. Halbwachs 46 、NC Hambly 42 、DL Harrison 2,47 、J. Hernández 15 , D. Hestro ffi er 38 , ST Hodgkin 2 , B. Holl 14,32 , K. Janßen 48 , G. Jevardat de Fombelle 14 , A. Krone-Martins 49,50 , AC Lanzafame 51,52 , W. Lö ffl er 8 , O. Marchal 46 , PM Marrese 53,54 , A. Moitinho 49 , P. Osborne 2 , E. Pancino 23,54 , A. Recio-Blanco 1 , C. Reylé 55 , M. Riello 2 , L. Rimoldini 32 , T. Roegiers 56 , J. Rybizki 24 , LM Sarro 57 , C. Siopis 21 , M. Smith 33 , A. Sozzetti 4 , E. Utrilla 16 , M. van Leeuwen 2 , U. Abbas 4 , P. Ábrahám 58,59 , A. Abreu Aramburu 44 , C. Aerts 60,61,24 , JJ Aguado 57 , M. Ajaj 11 , F. Aldea-Montero 15 , G. Altavilla 53,54 , MA Álvarez 45 , J. Alves 62 , RI Anderson 63 , E. Anglada Varela 44 , T. Antoja 17 , D. Baines 35 , SG Baker 33 , L. Balaguer-Núñez 17 , E. Balbinot 64 , Z. Balog 8,24 ,C。Barache 36,D。Barbato 14,4,M。Barros 49,Ma Barstow 65,S。Bartolomé17,J.-L。 T. Boch 46,A。Bombrun73,D。Bossini74,S。Bouquillon36,75,A。Bragaglia27,L。Bramante30,E。Breedt2,A。Bressan76,N。Brouillet 13,E.布鲁加莱塔 51,B.Bucciarelli 26,A。Burlacu77,AG Butkevich 4,R。Buzzi4,E。Cai效应11,R。Cancelliere78,T。Cantat-Gaudin 17,24,R。Carballo79,T。Carlucci36,Carner,Carner,Carner,Carner,Carner,Lmi Carla,M.Charla,M.Charlani 53,L.Casellani,L.CASAREL。 Chemin 80,V。Chiaramida,A。Chiavassa1,N。Chornay2,G。Comoretto35,81,G。Corsi,W。J。Cooper,18,14。 Luise 8,R。DeRider,R。DeRider,36。 Delisle 14, C. ,90, P. Fernique 46.91, F. Figueras 17, Y. A. Gerlach 18, R. Geyer 18, P. Gonzalez-Vidal 17, M. Granvik Helmer 66, A. Helmi 64, MH Serment 16, SL Hidalgoine 105, G. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、de Laverny 1、F. De Luise 84、R. De March 30、J. De Ridder 60、R. de Souza 85、A. de Torres 73、EF del Peloso 8、E. del Pozo 16、A. Delgado 43、J.-B.交付 14,C. Demouchy 86,AND Dharmawardena 24,圣迪亚基特 87 87,C. Diener 2,M. Figler,90,90,P. Fernique 46,91,F. 7,A. Gavel 29,P. Guarras 43,E,I. The Saint-Santamalle 45,J. Guirraud 20,R. Gutierrez-Sánchez 35,LP Guy 32.99,D.,101,M. Haywood 11,A. Helmer 66,A. Helmi 64,MH。106 瑕疵 106,A. Jean-Antoine Sin 20,Ó。 Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、de Laverny 1、F. De Luise 84、R. De March 30、J. De Ridder 60、R. de Souza 85、A. de Torres 73、EF del Peloso 8、E. del Pozo 16、A. Delgado 43、J.-B.交付 14,C. Demouchy 86,AND Dharmawardena 24,圣迪亚基特 87 87,C. Diener 2,M. Figler,90,90,P. Fernique 46,91,F. 7,A. Gavel 29,P. Guarras 43,E,I. The Saint-Santamalle 45,J. Guirraud 20,R. Gutierrez-Sánchez 35,LP Guy 32.99,D.,101,M. Haywood 11,A. Helmer 66,A. Helmi 64,MH。106 瑕疵 106,A. Jean-Antoine Sin 20,Ó。 Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、Jean-Antoine Piccolo 20 岁,Ó. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、Jean-Antoine Piccolo 20 岁,Ó. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、
Gaia合作:P。David 1,F。Friend 2,D。Hestrofer 1,P。Tanga 2,F。Spoto 3,J。Berthier 1,TCarry 2,M。Delbo2,A。Orolo7,C。Fouron8 8,L。S.J.-M。第2章Petit 13,J。Portell 14:15.16,A。G. A.冠军23,Y. P.LindstrømPina14.15.16,St.Marinon 54.55,
Gaia合作:P。Panuzzo 1,T。Mazeh 2,F。Arenou 1,B。All3,4,E Bercroke 11,N。Mowlavi3,G。M。M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. M. A.Brown 14,A。Vallari15,T。Prussia16,J.J.J.22,C。Jordi23,24,S.,P。Tanga18,N。A。Walton 20,C 19,18,F。VanLeeuwen 20,R。Andrae32,R。Andrae32,M。Audard3,M。Audard3,M。Fouesneau32,J.Fouesneau 32,J.Fouesneau 32,Y. 17,Y.Sordo 15,R.Sordo 15,R. Carrasco 24.23.27,B。Delisle 3,C。Enecouchy 103,E。Denis 18,104,T。E. E. E. H. E. H. Enke 64,C。Fabre 85,M。Mass 57.58,S。Faigler 2,Foron 76,F.Fragkoudi 108,M。Gai 33,M。Gai 33,G。G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. G. Giormore 20,giron 111 111 111 111 111,GOMB 57,A. ,I 24,23,27,R。Sánchez12,M。Haywood1,A。Helmer75 1116,T。Hilger25,D。Hobbs26,C。J。J. Juaristi Campillo 8,Z. Kaczmarek 8 8,Z.Cost-Rutkowska 68:14,K。Crusades 117,M.Kun 65,M.Kun 65,M.Kun 65,M.Kun 65,