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营救酵母人工染色体的末端碎片
酵母人工染色体（YAC）为隔离和映射哺乳动物染色体的区域提供了强大的工具。，我们通过通过同源重组将救援质粒插入YAC载体中的DNA片段开发了一种快速有效的方法来分离代表YAC克隆极端的DNA片段。构建了两个救援载体，其中包含一个酵母Lys2可选基因，一个细菌的复制起源，一个抗生素耐药基因，一个包含多个限制位点的聚链链接和与PYAC4载体同源的片段。“终端克隆”程序涉及将救援载体转化为带有YAC克隆的酵母细胞，然后制备酵母DNA并转化为细菌细胞。所得质粒的长度最高20 kb，可用作杂交探针，作为直接DNA测序的模板，以及作为荧光原位杂交绘制的探针。这些向量适合从使用PYAC衍生载体构建的任何YAC中拯救端键。我们通过从人类YAC图书馆中拯救Yac-end片段来证明这些质粒的实用性。
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示Marvin I.de los santos logia.co，马尼拉大都会，菲律宾Midelossantos1215@gmail.com摘要，在机器学习过程中准确编码和表示遗传序列的能力对于生物技术的进步至关重要，这对于生物技术的进步至关重要，特别是基因工程和合成生物学。传统的序列编码方法在处理序列变异性，保持阅读框架完整性并保留生物学相关的特征中面临着显着的限制。这项初步研究介绍了TIPS-VF（可变长度片段的翻译器互动预种植者），这是一个简单有效的编码框架，旨在解决代表机器学习遗传序列的一些关键挑战。结果表明，TIPS-VF启用了可变的长度序列表示，该表示可以保留生物学环境，同时确保编码与密码子边界的对齐，从而特别适合模块化遗传结构。TIPS-VF在截断和碎片分析，序列同源性检测，域评估和剪接连接识别方面表现出卓越的性能。与需要固定长度输入的常规方法不同，TIPS-VF动态适应序列长度变化，保留基本特征，例如域相似性和序列基序。此外，TIPS-VF通过将序列嵌入与三个可能的开放式阅读框架统一，改善了开放的阅读框架识别并增强了向量零件和质粒元素的识别。总的来说，TIPS-VF提供了一个强大的，生物学上有意义的编码框架，通过结合序列，长度和位置意识来克服传统序列表示的约束。TIPS-VF编码基础架构可在https://tips.logiacommunications.com上找到。利益冲突：作者宣布没有利益冲突资金资金信息：无
RNA：Okazaki片段的DNA杂交造成了ku介导的障碍物的复制效果
非同源最终连接（NHEJ）因素在复制叉保护，重新启动和维修中。在这里，我们确定了一种与RNA相关的机制：在裂变酵母中建立NHEJ因子KU介导的障碍物的DNA杂种。rNase H活性促进新生的链降解和复制重新开始，RNase H2在处理RNA中的重要作用：DNA杂种以克服新生链降解的KU级杂种。rNase H2与MRN-CTP1轴合作，以KU的方式维持对复制应激的抗性。从机械上讲，新生链降解中RNAseH2的需求需要培养基活性，该活动允许建立KU级驻射击器exo1，而损害Okazaki碎片的成熟会加强KU驻式甲壳。最后，复制应力以原始酶依赖性方式诱导KU灶，并有利于KU结合与RNA：DNA杂交。我们提出了RNA的功能：DNA杂交源自冈崎片段的DNA杂交，以控制KU驻式核能指定核酸酶的要求，以使分叉切除。
细胞色素P450的机器学习辅助工程，用于木质素片段的最佳生物转化
尤其是在肝脏中，有一系列CYP450同工酶参与异生物生物的生物降解，而其他几种CYP450同工酶则参与了HOR-Monnes的生物合成。CYP通常充当单氧酶，并通常通过脂肪族或芳族羟基化反应将一个从O 2的氧原子安装到底物中。2尽管CYP不知道激活木质素链，但有证据表明它们与木质素片段反应，即单体，二聚体或三聚体。是特定的，最近已经确定了两个降解木质素的CYP同工酶，即CYP255A，也称为GCOA和CYP199A4。前者已显示出多种木质素单体的多样性，并通过氧气激活与由O- Dealkylation和芳族羟基化产生的相应产物反应。3因此，CYP255A结合了木质素碎片肠guethol，并执行氧化的O-二乙基化以形成儿茶酚和乙醛产物，4
IDT高通量杂交捕获术的长基因组片段的富集证明了协议（RUO23-2352_001 09/23）
图1。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。 （a）高分子量（HMW）基因组DNA需要长片段的制备和富集。 （b）使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。 （c）使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。 （d）尺寸选定的片段被最终修复（ER）A-Tail（AT），并将适配器连接到适配器序列，并带有样品识别条形码序列。 （e）样品池与XGEN自定义HYB面板杂交，并捕获并富集。 （f）富集的目标片段通过远程PCR扩增。 （g）放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。 然后，富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。（a）高分子量（HMW）基因组DNA需要长片段的制备和富集。（b）使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。（c）使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。（d）尺寸选定的片段被最终修复（ER）A-Tail（AT），并将适配器连接到适配器序列，并带有样品识别条形码序列。（e）样品池与XGEN自定义HYB面板杂交，并捕获并富集。（f）富集的目标片段通过远程PCR扩增。（g）放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。
2023; 13（9）：3041-3063。 doi：10.7150/thno.80901审查较小的尺寸包装更强的打孔 - 针对tum的小抗体片段的最新进展
附着在蛋白质，脂质或形成长而复杂的链上，糖是在自然界中最通用的翻译后修饰，并围绕所有人类细胞。独特的聚糖结构由免疫系统监测，并将自我与非自身和健康与恶性细胞区分开。异常的糖基化，称为肿瘤相关的碳水化合物抗原（TACAS），是癌症的标志，与癌症生物学的各个方面相关。因此，塔卡斯（Tacas）代表了用于癌症诊断和治疗的单克隆抗体的有吸引力靶标。然而，由于较厚且密集的糖脂以及肿瘤微环境，常规抗体通常遭受限制的访问和体内有效性。为了克服这个问题，许多小型抗体片段已经出现，比全长的效率表现出相似的亲和力，其效率更高。在这里，我们回顾了针对肿瘤细胞上特定聚糖的小抗体片段，并强调了它们比常规抗体的优势。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
通过对宿主来源的转移 RNA 片段进行化学修饰来靶向核梭杆菌
宿主粘膜屏障拥有一系列防御分子，以维持宿主-微生物体内平衡，例如抗菌肽和免疫球蛋白。除了这些已证实的防御分子外，我们最近还报道了人类口腔角质形成细胞与具核梭杆菌 (Fn) 之间的小 RNA (sRNA) 介导的相互作用，Fn 是一种口腔致病菌，在口腔外疾病中的影响越来越大。具体而言，在 Fn 感染后，口腔角质形成细胞会释放 Fn 靶向 tRNA 衍生的 sRNA (tsRNA)，这是一类具有基因调控功能的新兴非编码 sRNA。为了探索 tsRNA 的潜在抗菌活性，我们对 Fn 靶向 tsRNA 的核苷酸进行了化学修饰，并证明所得的 tsRNA 衍生物（称为 MOD-tsRNA）在纳摩尔浓度范围内无需任何运载工具即可对各种 Fn 型菌株和临床肿瘤分离株表现出生长抑制作用。相反，相同的 MOD-tsRNA 不会抑制其他代表性口腔细菌。进一步的机制研究揭示了 MOD-tsRNA 在抑制 Fn 中的核糖体靶向功能。总之，我们的工作提供了一种通过共同选择宿主衍生的细胞外 tsRNA 来靶向致病菌的工程方法。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
世界是量子碎片的堆吗？
抽象的片段主义最初是作为新的时间理论引入的。它得到了进一步的修订和讨论，并提出了原始见解的不同发展。In a celebrated paper, Jonathan Simon contends that frag- mentalism delivers a new realist account of the quantum state—which he calls conservative realism —according to which: (i) the quantum state is a complete description of a physical system, (ii) the quantum (superposition) state is grounded in its terms, and (iii) the superposition terms are themselves grounded in local goings-on about the system in question.我们将争辩说，碎片主义至少沿西蒙提出的线条并没有提供对量子状态的新的，令人满意的现实描述。这就提出了一个问题，即是否还有其他一些可行的量子碎片主义形式。