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细胞色素P450的机器学习辅助工程，用于木质素片段的最佳生物转化
尤其是在肝脏中，有一系列CYP450同工酶参与异生物生物的生物降解，而其他几种CYP450同工酶则参与了HOR-Monnes的生物合成。CYP通常充当单氧酶，并通常通过脂肪族或芳族羟基化反应将一个从O 2的氧原子安装到底物中。2尽管CYP不知道激活木质素链，但有证据表明它们与木质素片段反应，即单体，二聚体或三聚体。是特定的，最近已经确定了两个降解木质素的CYP同工酶，即CYP255A，也称为GCOA和CYP199A4。前者已显示出多种木质素单体的多样性，并通过氧气激活与由O- Dealkylation和芳族羟基化产生的相应产物反应。3因此，CYP255A结合了木质素碎片肠guethol，并执行氧化的O-二乙基化以形成儿茶酚和乙醛产物，4
一种脂肪族胺的无痕连接剂，还原后可快速定量碎裂
RSL 的一个重要应用是对蛋白质上赖氨酸残基进行可逆修饰。例如，已经开发出大量可提高蛋白质治疗效果的化合物，如 PEG 或细胞穿透肽。10 – 12 这些佐剂需要与蛋白质结合以增强蛋白质递送。赖氨酸残基在蛋白质上普遍存在，由于其高亲核性，可以在温和的水条件下轻松修饰，因此是将佐剂与蛋白质结合的有吸引力的靶标。然而，赖氨酸残基也经常对蛋白质活性至关重要，大量修饰通常会损害蛋白质活性。因此，可逆修饰赖氨酸残基的 RSL 有可能克服这一限制，从而成为一种有前途的蛋白质递送策略。13
一种脂肪族胺的无痕连接剂，还原后可快速定量碎裂
RSL 的一个重要应用是对蛋白质上赖氨酸残基进行可逆修饰。例如，已经开发出大量可提高蛋白质治疗效果的化合物，如 PEG 或细胞穿透肽。10 – 12 这些佐剂需要与蛋白质结合以增强蛋白质递送。赖氨酸残基在蛋白质上普遍存在，由于其高亲核性，可以在温和的水条件下轻松修饰，因此是将佐剂与蛋白质结合的有吸引力的靶标。然而，赖氨酸残基也经常对蛋白质活性至关重要，大量修饰通常会损害蛋白质活性。因此，可逆修饰赖氨酸残基的 RSL 有可能克服这一限制，从而成为一种有前途的蛋白质递送策略。13
基于沸石 - 塑料碳
作者的完整列表：Gabe，atsushi; Tohoku大学，穆罕默德的高级材料多学科研究研究所； Tohoku University，泰勒（Erin）高级材料多学科研究研究所；蒙大拿州立大学Bozeman Uchiyama，Naoki； Atsumitec Co。，Ltd。Stadie，Nicholas；蒙大拿州立大学Bozeman，化学与生物化学系Kanai，Tomomi； Atsumitec Co。，Ltd。Nishina，Yuta；冈马大学，田纳卡跨学科科学的研究核心；辛申大学，郑兹的上材料研究计划； Tohoku Universiy，高级材料研究所，Tohoku University Kyotani，Takashi； Tohoku Universiy，Hirotomo的高级材料多学科研究研究所； Tohoku大学，高级材料多学科研究研究所
开发用于分析脑脊液中内源性tau片段的IP-maldi方法
质量（obs。）强度（obs。）开始末端长度同工序列[m+h]+（theo。）质量类型ION_NAME错误（PPM）错误（AMU）77G7-1 77G7-2 77G7-3 77G7-4 77G7 77G7 2950.524278 4215144.5 287 311 25 25 2 25 2N4R [phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKCGSKDNIKHVPGGGSVQIVYK 2949.931449 average 287-311_Phospho4_2N4R_a 200.9634884 0.592828515 0 1 0 0 1 2950.524278 4215144.5 256 281 26 2N4R [Phospho]?[Phospho]?VKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKK 2950.209511 average 256-281_Phospho2_2N4R_a 106.6931135 0.314767038 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 350 374 25 2N4R [磷]？[phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETH 2950.853499 average 350-374_Phospho4_2N4R_a -111.5679467 -0.329220666 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 359 383 25 2N4R [Phospho]?[phospho]？nithvpgggnkkiethkltfrenak 2951.112984平均359-383_phospho2_2n4r_a -199.4862197 -0.588706373 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2950.524278 4215144444.5 33444444444444444444年4月444.5日[phospho]？vtskcgslgnihhkpgggqvevkseksekl 2951.130967平均318-344_phospho2_2n4r_a -205.5785917 -0.606666689348 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.5224215151444.5294444444444444. [磷]？[Phospho]?SKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLD 2951.151178 average 258-283_Phospho2_2N4R_a -212.4255588 -0.626899938 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 277 304 28 2N4R iinkkldlsnvqskcgskdnikhvpggg 2951.385553平均277-304__2N4R_A -291.8204416 -0.861274635 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.524278 4215151515144.5 264 3.2N33R ENERKHQPGGGKVQUVYKPVDLSKVTSK 2951.404132平均264-321__2N3R_A -298.113849 -0.879854446 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2950.52424278 421515144.5 344.5 3444.5 3444.5 3472 26 2n2n44.2[Phospho]?KDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIE 2952.096111 average 347-372_Phospho2_2N4R_a -532.4462535 -1.571832514 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 350 376 27 2N4R [Phospho]？
通过对宿主来源的转移 RNA 片段进行化学修饰来靶向核梭杆菌
宿主粘膜屏障拥有一系列防御分子，以维持宿主-微生物体内平衡，例如抗菌肽和免疫球蛋白。除了这些已证实的防御分子外，我们最近还报道了人类口腔角质形成细胞与具核梭杆菌 (Fn) 之间的小 RNA (sRNA) 介导的相互作用，Fn 是一种口腔致病菌，在口腔外疾病中的影响越来越大。具体而言，在 Fn 感染后，口腔角质形成细胞会释放 Fn 靶向 tRNA 衍生的 sRNA (tsRNA)，这是一类具有基因调控功能的新兴非编码 sRNA。为了探索 tsRNA 的潜在抗菌活性，我们对 Fn 靶向 tsRNA 的核苷酸进行了化学修饰，并证明所得的 tsRNA 衍生物（称为 MOD-tsRNA）在纳摩尔浓度范围内无需任何运载工具即可对各种 Fn 型菌株和临床肿瘤分离株表现出生长抑制作用。相反，相同的 MOD-tsRNA 不会抑制其他代表性口腔细菌。进一步的机制研究揭示了 MOD-tsRNA 在抑制 Fn 中的核糖体靶向功能。总之，我们的工作提供了一种通过共同选择宿主衍生的细胞外 tsRNA 来靶向致病菌的工程方法。
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示
TIPS-VF：具有序列，长度和位置意识的可变长度DNA片段的增强向量表示Marvin I.de los santos logia.co，马尼拉大都会，菲律宾Midelossantos1215@gmail.com摘要，在机器学习过程中准确编码和表示遗传序列的能力对于生物技术的进步至关重要，这对于生物技术的进步至关重要，特别是基因工程和合成生物学。传统的序列编码方法在处理序列变异性，保持阅读框架完整性并保留生物学相关的特征中面临着显着的限制。这项初步研究介绍了TIPS-VF（可变长度片段的翻译器互动预种植者），这是一个简单有效的编码框架，旨在解决代表机器学习遗传序列的一些关键挑战。结果表明，TIPS-VF启用了可变的长度序列表示，该表示可以保留生物学环境，同时确保编码与密码子边界的对齐，从而特别适合模块化遗传结构。TIPS-VF在截断和碎片分析，序列同源性检测，域评估和剪接连接识别方面表现出卓越的性能。与需要固定长度输入的常规方法不同，TIPS-VF动态适应序列长度变化，保留基本特征，例如域相似性和序列基序。此外，TIPS-VF通过将序列嵌入与三个可能的开放式阅读框架统一，改善了开放的阅读框架识别并增强了向量零件和质粒元素的识别。总的来说，TIPS-VF提供了一个强大的，生物学上有意义的编码框架，通过结合序列，长度和位置意识来克服传统序列表示的约束。TIPS-VF编码基础架构可在https://tips.logiacommunications.com上找到。利益冲突：作者宣布没有利益冲突资金资金信息：无
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
使用动物组织片段的多巴胺定量质谱成像（Q-MSI）的替代方法
质谱成像（MSI）是一种众所周知的分子在组织切片上电离及其定位的可视化方法。最近，已将不同的样品制备方法和新的仪器用于MSI，并且不同的分子变得可见。另一方面，尽管已经提出了几种量化方法（Q -MSI），但仍有开发简化过程的空间。在这里，我们尝试使用从样品冷冻片段的组织碎片制备的校准曲线来开发可再现可靠的定量方法，当我们修剪冷冻块时。我们讨论了这种方法在不同样本批次的可重复性以及生物矩阵（离子抑制）对我们的结果的影响。根据准确性和相对标准偏差评估了定量性能，并通过酶联免疫吸收测定（ELISA）进一步评估了通过基质辅助激光解吸/电离MSI获得的定量值的可靠性。我们的Q -MSI方法用于定量小鼠脑组织中多巴胺的方法是高度线性，准确且精确的。发现，通过MSI获得的定量值与ELISA从同一组织提取物获得的结果高度可比（> 85％相似性）。
通过电流零模式波导直接测序对DNA片段的快速识别
在单分子，实时（SMRT）测序中，通过单个DNA聚体在DNA链复制过程中实时监测单个核苷酸，跟踪掺入multicolor荧光标记的核苷酸。[3A]通过扩散过程将要测序的DNA模板加载到100 nm直径的纳米线的底部，称为零模式波导（ZMW），这自然有利于捕获由于井的大小约束而捕获较短的DNA分子。[3b，4]为了从长片段中获取读数，使用尺寸选择系统，其中短片段通过凝胶电泳去除。[5]总体而言，在SMRT测序方案中需要高输入DNA量（> 3 µg每1 GB基因组），[5,6]，尽管可提供来自亚纳米图DNA的库制备方法[7] [7]来自低输入的这种低输入量的DNA负载限制可有效读取来自低输入的有效读数。需要新平台有效地将各种尺寸的DNA碎片加载到没有长度偏差的ZMW中，并且从超值输入（PICOGRAMPOMPOM级别）导致了几种类型的电气致命ZMW的发展，包括纳米孔ZMWS（NZMWS）（NZMWS）[8]和POOL ZMWS（POOL ZMWS）（POROUL ZMWS（POLOUL ZMWS））（POROUL ZMWS）（POLFOOL ZMWS）。[9]在这些设备中，跨设备的电压应用导致离子流过ZMWS的多孔碱基，从而导致电动介导的生物分子（DNA，RNA和蛋白质）的电动介导的负载。与基于扩散的负载相反，电力学介导的负载功能低尺寸偏差和亚纳米革兰氏DNA输入要求。在该设备中，波导在其底部嵌入了电极，可以使电压诱导的DNA分子捕获到EZMWS中。但是，这些设备都依赖于独立的超薄膜，这在某种程度上承诺了设备的寿命并增加背景光致发光。为了克服这些问题，我们在这里脱颖而出，电光ZMWS（EZMWS），这是一种新型的电气可致动ZMW的设计，其中不需要独立的membranes。我们的新设备功能