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嘧啶抑制剂靶向基孔肯尼亚病毒NSP3大域的基于片段的药物设计
NSP3（NSP3MD）的大域在甲虫病毒中高度保守，而Chikungunya病毒（CHIKV）NSP3MD的ADP-核糖基水合酶活性对于Chikv病毒复制和毒力至关重要。迄今已确定针对CHIKV NSP3的小分子药物。在这里，我们报告了与NSP3MD结合的小片段，这些片段实际上是通过筛选片段和X射线晶体学来解决的。这些鉴定出的片段具有相似的支架，2-吡啶酮-4-羧酸，并特别结合了NSP3MD的ADP-核糖结合位点。Among the fragments, 2-oxo-5,6-benzo- pyrimidine-4-carboxylic acid showed anti-CHIKV activity with an IC 50 of 23 μ M. Our frag- ment-based drug discovery approach provides valuable information to further develop a specific and potent nsP3 inhibitor of CHIKV viral replication based on the 2-pyrimidone-4- carboxylic acid scaffold.表明，这种嘧啶支架也可以与其他α病毒和冠状病毒的大域结合，因此具有潜在的抗病毒活性。
ctDNA转移到尿液中的ctDNA超短状态，促进了HPV +口咽癌的无创液体活检
。此外，由于尿液可以在家中自我收集，因此这种远程标本的收集能力可以帮助达到服务不足的人群，并在人群范围内实现更有效的癌症筛查。尽管TR-CTDNA方法具有巨大的潜力，但与血液ctDNA相比，关于Tr-CTDNA检测效率的报道混杂（3-7）。对TR-CTDNA进行分析的潜在至关重要因素是知道尿液中存在的Tr-ctDNA片段的长度，因为这会影响测定设计，以在Tr-CTDNA检测中进行最佳灵敏度。迄今为止，已经有关于Tr-ctDNA片段长度的对比报告。基于PCR的TR-CTDNA研究，当使用缩短大于60 bp（4、8、9）时，在检测方面已显示出更大的成功，这是两项最近的下一代测序（NGS）研究（NGS）研究，该研究专门针对TR-CTDNA，表明中间长度的中间长度为112 bp（10）或101 bp（11）或较高的研究表明，与一项较高的comptions（相比），与一项较高的表现相结合。控件（11）。报告的NGS结果的限制是使用的特定库制备方法（例如，双链DNA [dsDNA]库制备方案，基于杂交的ctDNA片段捕获）容易偏向于恢复较短的片段，尤其是超级片段，尤其是超级片段（尤其是<50 bp）（12）（12）。为了检验这一假设，我们利用了能够捕获最小片段的单链NGS方法来开发TR-CTDNA大小的更完整的曲线。鉴于在非癌症环境中对无细胞的无细胞DNA（CFDNA）的研究（例如，孕妇尿液中的胎儿DNA或结核病患者的结核分枝杆菌DNA的胎儿DNA（13，14）（13，14）报道了跨性别的CFDNA是超消除的（<50 bp），我们可以彻底crunder（<50 bp） - 均可能是癌症。尿液。如结果所示，我们的数据表明TR-CTDNA是超短症（<50 bp），可在多种非动物癌症类型中检测到。除了单链DNA（SSDNA）NGS研究外，我们开发了一种基于液滴数字PCR（基于DDPCR）的测定法，以测量尿液中的TR-CTDNA，该测量提供了绝对的量化，更高的精度，更高的精度和更高的吞吐量。我们设计了此测定方法来研究患有HPV +口咽鳞状细胞癌（OPSCC）的患者。在此类患者中，HPV DNA序列在血液循环中以CTDNA为单位，我们假设可以通过DDPCR在尿液中检测到肾脏肾小球屏障的ctDNA片段。HPV ctDNA代表了TR-CTDNA的DDPCR分析开发的理想靶标，因为（a）90％的HPV + OPSCC患者共享单个HPV亚型HPV16的序列，因此，单个HPV16 TR-CTDNA分析可以覆盖大型患者； （b）由于HPV是一个非人类序列，因此预计没有HPV +癌症患者的“背景”信号将很低； （c）HPV16可以在肿瘤基因组内的多个位点整合，从而导致每个肿瘤基因组的信号更高。因此，我们试图开发一种能够从HPV + OPSCC患者的尿液中检测到尿液中超常用的HPV16 TR-CTDNA片段的第一代DDPCR分析。值得注意的是，与HPV +宫颈癌的设置不同，可以将肿瘤DNA直接沉积到尿液中，HPV16 HPV16信号在HPV + OPSCC患者的尿液中必然是跨性别的。我们将此测定（42 bp扩增子）与常规长度测定（77 bp amplicon）进行了比较，发现靶向超短片段对于可靠的尿液TR-CTDNA检测至关重要。利用超短扩增子测定法，我们在HPV + OPSCC患者的尿液中获得了TR-CTDNA检测，这些尿液与匹配的血浆CTDNA的结果一致。此外，使用小病例系列中的纵向尿液样品，我们展示了概念证明，用于早期发现癌症复发。因此，我们的结果表明，通过靶向超短DNA片段，TR-CTDNA成为HPV + OPSCC检测的可行方法，并且有可能在治疗后进行癌症复发监测。
药物基因组学 (PGx) 指南
一种通用的实验室方法，涉及将数千到数百万个已知核酸片段阵列结合到固体表面，称为“芯片”。然后将从研究样本（如细胞或组织）中分离的 DNA 或 RNA 浸泡在芯片上。样本和芯片固定片段之间的互补碱基配对通过荧光产生光，可以使用专门的机器进行检测。微阵列技术可用于研究和临床研究中的多种目的，例如测量基因表达和检测特定 DNA 序列（例如单核苷酸多态性）。
Farnesyl转移酶KO-2806将复发性肿瘤重新敏感为RAS抑制
这项研究采用纳米颗粒亲和力珠技术来分离石油的DNA。研究确定了来自石油提取物（PDNA）的3,159,020个DNA序列，主要来自环境DNA（EDNA）。这项研究表明，石油如何通过与周围环境的分子交流捕获大量的埃德纳，包括古代（paedna）和更近代的碎片（predna）。建立了一种学术上严格的“大型筛查方法”来识别这些碎片，揭示了最原始的原位DNA（Oridna）的显着损失。有趣的是，Paedna的持久性提供了超过传统化石的宝贵生态和进化见解。石油被认为是新发现的化石，它通过发现海洋物种，祖先鸟类和未分类的古代人类种类的古老存在，揭示了地球的隐藏历史。此外，该研究还阐明了当地灭绝的动物的轨道，包括牛，火鸡和猕猴桃鸟。值得注意的是，这些古老的DNA（ADNA）片段不显示
DNA梯子步骤100长
描述DNA梯子步骤100长适合用作估计琼脂糖凝胶中双链DNA分子的长度和数量分析的标准。从质粒DNA中制备的梯子中包含14至3000 bp的14个DNA片段。有关琼脂糖凝胶的简单参考，500 bp和1500 bp片段是双重浓缩的。dna梯子步骤100长。该梯子可以用溴化乙锭或SYBR绿色染料染色。DNA分子量标记
Kintyre Rainforest Alliance（KRA） - 其他信息
几个世纪以来，温带雨林覆盖了我们的Kintyre半岛。这与遍布英国和爱尔兰西部边缘的巨大森林有关。丰富的树木覆盖着稀有的苔藓，地衣和蕨类植物，包括世界上最稀有的物种，这些森林仍然存在于Kintyre的小碎片口袋中。与当地社区合作，将这些雨林碎片恢复和再生为健康，充满活力的林地，并与我们的北部邻居Knapdale相连。这将在Kintyre的东海岸创建一个雨林走廊，使原生野生动植物自由旅行，繁殖和繁荣。此外，我们还将恢复和再生在金蒂尔（Kintyre）南部和西部存在的较小碎片，那里的隐藏的古老林地碎片仍在附着在陡峭的沟渠上。在我们的社区，当地的土地所有者，农民和克罗弗斯，拥护者和政治家的支持下，在金特耶尔内外，我们将确保我们的金特雷雨林林的雨林将变得更大，状态更大，并且在碎片之间自然而然地扩展和连接，可以在碎片之间进行更多的增长，并在碎片之间进行更多的恢复和多样化的树木和其他植物的培养，而他们却可以养成新的植物和其他新的植物。确保我们稀有的苔藓，肝脏和地衣有生长和扩展的空间。我们将为当地社区创造新的就业机会，带来新的技能，培训新一代的当地人在雨林管理中，并为我们的孩子和年轻人创造机会，以在Kintyre Peninsula上过着富有成效的生活。
用于分子的可极化力场的构建...
两个可极化碎片之间的 Lennard-Jones 相互作用的比例因子 𝑞- 可极化碎片的净电荷 𝛼- 可极化碎片的分子极化率 𝜇̅ 可极化碎片的偶极矩 𝑟 # 0 两个可极化碎片的质量中心之间的平衡距离 𝑇(𝑟) Thole 阻尼函数 𝑎 Thole 阻尼参数 𝑓 ++ (𝑟) Tang-Toennies (TT) 阻尼函数 𝑏 ++ 和 𝑐 ++ Tang-Toennies 阻尼参数 𝑡 时间 𝑑𝑡 时间步长 𝐷 扩散系数 𝑉 模拟盒的体积 𝑃 ,- 𝛼𝛽 平面中的应力 𝑔(𝑟) 径向对分布函数 𝑟 .,0
TAQ DNA聚合酶 - 顶级生物
描述TAQ DNA聚合酶是一种从热毛虫中分离出来的热稳定酶。酶在5´-> 3´方向上催化互补DNA链的合成，还具有5´-> 3´外丝酶活性。在扩增DNA片段时，TAQ聚合酶在3'结束腺苷悬垂的情况下增加。这可以用于克隆PCR生成的DNA片段。酶的优势是其高加工性[1000个碱基对（BPS）的扩增需要<1分钟]。 酶的缺点是它缺乏3´-> 5´EXONCOLLEASE校对活动，这说明了误差率很高（大约有1个错误至10 5-10 6基本BPS）。 该酶的主要用法是在诊断分析中用于扩增高达5000 bps的DNA片段。酶的优势是其高加工性[1000个碱基对（BPS）的扩增需要<1分钟]。酶的缺点是它缺乏3´-> 5´EXONCOLLEASE校对活动，这说明了误差率很高（大约有1个错误至10 5-10 6基本BPS）。该酶的主要用法是在诊断分析中用于扩增高达5000 bps的DNA片段。
创意工厂信息包和常见问题24/25
在King's Genomics上，我们使用Pippin HT提供服务选择的服务，Pippin HT是一个自动化平台，可实现精确的和可重现的DNA尺寸选择用于测序工作流程。它使用一种称为“数字凝胶电泳”的技术将特定尺寸的DNA片段与混合物分离和提取。这使您可以专注于排序仅与研究相关的DNA片段，从而提高测序数据的质量和效率。Pippin HT对于为诸如基因组测序，外显子组测序和靶向测序和纳米孔测序工作流程等应用制备样品特别有用。它与多种样本类型兼容，包括基因组DNA，cDNA和PCR产物。