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Cas9 融合可实现精确的体内编辑
Cas9 以高特异性靶向基因组位点。然而，当用于敲入时，Cas9 通常会导致非预期的靶向敲除，而不是预期的编辑。这种不精确性是无法进行克隆选择的直接体内编辑的障碍。在这里，我们展示了一种高通量工作流程，以比率方式评估编辑结果的靶向效率和精度。使用这种工作流程，我们筛选了供体 DNA 和 Cas9 变体的组合，以及与 DNA 修复蛋白的融合。这产生了新的高性能双链断裂修复编辑剂和组合优化，敲入精度提高了几个数量级。Cas9-RC 是一种与 eRad18 和 CtIP 融合的新型 Cas9，在发育中的小鼠大脑中，体外和体内的敲入性能提高了 3 倍以上。继续使用这种效率和精度的比率框架对现有和新型编辑剂进行比较评估，将进一步促进直接体内敲入和未来基因疗法的发展。
专注于测试RET融合
针对患有晚期非小细胞肺癌的患者，肿瘤的基因组促进，以识别潜在的靶向改变，从而告知治疗选择现在是标准护理的一部分。分子分析主要集中于与监管机构批准的疗法相关的可起作用的生物标志物，但在临床发育高级阶段，与研究剂相关的新兴生物标志物将成为批准的药物。特别及时的例子是报道的数据，美国食品和药物管理局批准了原始癌基因酪氨酸蛋白蛋白激酶受体RET的高度特定小分子抑制剂，表明在NSCLC患者中测试肿瘤RET基因融合物的测试至关重要。作为在NSCLC增长中要测试的生物标志物的数量，优化和优先考虑活检组织的使用变得越来越重要，以便继续允许准确的组织病理学诊断，并支持并发基因组促进，以识别可能相对不受共识的基因遗传事件。为了提供实用的专家共识指南，以优化促进NSCLC基因组测试并克服访问和实施的障碍的流程，2019年1月30日在纽约举行了跨学科咨询委员会。小组组成的医师包括样品采购（介入放射科医生和胸外科医师），专门研究肺，分子病理学家和胸腔肿瘤学家的外科病理学家。特别考虑了这些专家在建立NSCLC机构基因组筛查计划方面面临的关键障碍。潜在的解决方案是以共识意见的形式设计的，可以用来帮助解决此类问题。
Cas9 融合可实现精确的体内编辑
目前的 Cas9 试剂可以高度特异性地靶向基因组位点。然而，当用于敲入时，靶向结果本质上是不精确的，通常会导致非预期的敲除而不是预期的编辑。这将基因组编辑的应用限制在离体方法中，其中可能进行克隆选择。在这里，我们描述了一种使用迭代高通量体外和高产量体内测定的工作流程，以评估和比较 CRISPR 敲入试剂在编辑效率和精度方面的性能。我们测试了 Cas9 和 DNA 供体模板变体的组合，并确定 Cas9-CtIP 与原位线性化供体在细胞系和小鼠脑体内显示出成倍的编辑精度增加。通过迭代此过程，我们生成了新的化合物融合，包括 eRad18-Cas9-CtIP，其性能进一步成倍增加。继续利用该平台开发精确编辑试剂有望在模型生物中直接进行体内敲入，并有望用于未来的靶向基因疗法。
实体肿瘤中的 NTRK 基因融合和 TRK 抑制剂
摘要：拉罗替尼和恩曲替尼获批用于治疗携带 NTRK 基因融合的癌症患者，这是“组织学不可知”药物时代的一个里程碑。在促成这两种药物获批的临床试验中，大多数入组患者患有软组织肉瘤、肺癌和唾液腺癌。然而，随着新一代测序检测在临床环境中越来越普及，医疗保健专业人员可能能够检测到临床试验中未涉及或未涉及的肿瘤类型患者的 NTRK 基因融合。为此，我们系统地审查了 MEDLINE 从成立之初到 2022 年 8 月 31 日的病例报告和病例系列，这些病例报告和病例系列涉及使用 TRK 抑制剂治疗的 NTRK 基因融合阳性肿瘤患者。我们创建了一个由 43 名患者组成的虚拟队列，不包括参加上述临床试验的患者。尽管我们的结果与文献中现有的结果一致，但我们队列中登记了各种中枢神经系统肿瘤病例，证实了这些药物对这一亚组患者的益处。需要大型、多机构登记，以提供更多关于 TRK 抑制剂对临床试验中未涉及或未涉及的肿瘤类型癌症患者的疗效的信息。
准确高效地检测 RNA 中的基因融合...
Fröhlich 1,2,3，Barbara Hutter 1,2,3，Umut H. Toprak 3,6，Olaf Neumann 7，Albrecht Stenzinger 3,7,8,4
基于人工智能的 NSCLC 中 ALK 和 ROS1 融合检测...
肺癌是癌症相关死亡的主要原因，每年全球约有 176 万人死于肺癌。间变性淋巴瘤激酶 ( ALK ) 和 c-ROS 致癌基因 1 ( ROS1 ) 基因融合是非小细胞肺癌 (NSCLC) 中公认的关键因素。尽管它们的发生频率相对较低，但它们的检测对于治疗决策和靶向治疗的实施至关重要。用于检测它们的公认方法是免疫组织化学 (IHC) 和荧光原位杂交 (FISH) 检测，以及基于 DNA 和 RNA 的测序检测。在这里，我们提出了一种基于图像的解决方案，可直接从苏木精和伊红 (H&E) 染色的病理切片图像进行分子分析。
中枢神经系统肿瘤中的 NTRK 融合
摘要：神经营养性原肌球蛋白受体激酶 ( NTRK ) 基因 ( NTRK1 、 NTRK2 和 NTRK3 ) 编码三种跨膜高亲和力酪氨酸激酶神经生长因子受体 (TRK-A、TRK-B 和 TRK-C)，主要参与神经系统发育。这些基因的功能丧失会导致神经系统发育问题；相反，激活变异具有致癌潜力，促进细胞增殖/存活和肿瘤发生。染色体重排是病理性 NTRK 激活最具临床意义的变异，可导致结构性活性嵌合受体。在许多儿童和成人癌症类型中，包括中枢神经系统 (CNS) 肿瘤，已检测到 NTRK 融合的频率极其多变。这些变异可以通过不同的实验室检测方法（例如免疫组织化学、FISH、测序）检测出来，但每种方法都有各自的优势和局限性，在诊断或研究中必须加以考虑。此外，这种分子标记的治疗靶向性最近显示出极高的疗效。考虑到脑肿瘤总体上缺乏有效的治疗方法，预计 NTRK 融合检测将很快成为中枢神经系统肿瘤诊断评估的主要方法，因此有必要深入了解这一主题。
STAT6融合和基因组范围的DNA甲基化分析
全基因组DNA甲基化分析（n = 80）和靶向TERT促进突变测试（n = 98）。使用NAB2 :: STAT6融合状态（n = 101案例; 51 = ex5-7 :: ex16-17，26 = ex4 :: ex4 :: ex2-3; 12 = ex2-3 :: ex2-3 :: ex2-3 :: ex2-3 :: Ex2-3 :: extany/extany/of fusion and 12 = no fusion）检查的关联。 nab2 :: STAT6融合断点（融合类型）与无转移的表面（MFS）显着相关（P = 0.03），并且在调整级别的CNS时，在多元分析中，疾病特异性生存（DSS）（p = 0.03）。 DNA甲基化分析显示了三个不同的簇：群集1（n = 38），群集2（n = 22）和簇3（n = 20）。 甲基化簇与融合类型（p <0.001）显着相关，其中2个集群携带EX4 :: EX2-3 16中的Ex2-3融合（属于20; 80.0％），几乎所有TERT启动子突变（8; 87.5％），以及主要的“ SFT”“ SFT”“ SFT”“ SFT”组织学现象（15 of 22 of 22; 68.68.68.68.2％）。 簇1和3的区别较小，均由具有EX5-7 :: EX16-17融合的肿瘤（分别为33; 75.8％的25个； 75.8％和12个; 66.7％）和可变的组织学表型。 甲基化簇与MFS显着相关（p = 0.027），但总体存活率（OS）无关。 总而言之，NAB2 :: STAT6融合类型与MFS和DSS显着相关，这表明具有EX5 :: EX16-17融合的肿瘤可能具有较低的患者结局。 甲基化簇与融合类型，TERT启动子的状态，组织学表型和MF显着相关。的关联。nab2 :: STAT6融合断点（融合类型）与无转移的表面（MFS）显着相关（P = 0.03），并且在调整级别的CNS时，在多元分析中，疾病特异性生存（DSS）（p = 0.03）。DNA甲基化分析显示了三个不同的簇：群集1（n = 38），群集2（n = 22）和簇3（n = 20）。甲基化簇与融合类型（p <0.001）显着相关，其中2个集群携带EX4 :: EX2-3 16中的Ex2-3融合（属于20; 80.0％），几乎所有TERT启动子突变（8; 87.5％），以及主要的“ SFT”“ SFT”“ SFT”“ SFT”组织学现象（15 of 22 of 22; 68.68.68.68.2％）。簇1和3的区别较小，均由具有EX5-7 :: EX16-17融合的肿瘤（分别为33; 75.8％的25个； 75.8％和12个; 66.7％）和可变的组织学表型。甲基化簇与MFS显着相关（p = 0.027），但总体存活率（OS）无关。总而言之，NAB2 :: STAT6融合类型与MFS和DSS显着相关，这表明具有EX5 :: EX16-17融合的肿瘤可能具有较低的患者结局。甲基化簇与融合类型，TERT启动子的状态，组织学表型和MF显着相关。
D4.4 数据融合、分析和语义质量解决方案
本文档代表了数据分析、数据融合和语义质量可交付成果。其主要目标是描述用于实现数据融合、分析和语义质量的方法，这些方法是组成虚拟个体模型 (VIM) 的解决方案。已与 PRECIOUS 项目的参与者一起建立了受控词汇表。它为所有合作伙伴（用户、开发人员、专家和卫生人员）提供了对数据的共同理解，建立了与专注于电子健康的现有项目和数据源的关系，允许监控和维护词汇表的质量问题，协调来自不同传感器和输入提供商的数据，并为整个项目使用标准化数据模型。然后，提出了每个领域知识的描述，以详细说明从低级上下文中提取语义数据，例如文本数据的语义分析、食物分析、心率处理、环境传感器分析和手机传感器数据分析。
针对Pan-Raf和垂直MAPK抑制作用BRAF激酶融合
BRAF激酶融合是基因组结构变异的一种形式，是驱动器阴性黑色素瘤中的复发事件。虽然BRAF融合可重复保存激酶结构域，但具有5'基因伴侣和特定BRAF断裂点的遗传变异性。我们研究了BRAF激酶融合的遗传多样性如何影响二聚体信号传导和ERK激活。我们与5'基因伙伴（包括AGK，ZKSCAN1，ARMC10，PPFIBP2和TRIM24）的BRAF融合过过表达，并发现依赖融合的信号传导和抑制剂敏感性。尽管有下一代RAF抑制剂的发展，但多种pan-Raf抑制剂仍存在矛盾的ERK磷酸化，在某些BRAF融合中，使用TrameTinib和Ly3009120改善了垂直RAF/MEK抑制的某些BRAF融合。共同观察到了一些融合依赖性作用，但肿瘤的生长抑制和垂直途径抑制的矛盾激活的分辨率。