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ALK，ROS1，RET，...
测序技术的最新进展表明，由染色体重排引起的基因融合是癌症基因组畸变的常见标志之一。例如，对癌症基因组图集（TCGA）数据集进行了详细分析，确定了33种癌症类型的9,966个表征良好的癌症样品中的20,731个基因融合（在对3,838种转录列表过滤后，在648个非否认样品中检测到的3,838个转录列表。另一项研究分析了来自TCGA的9,624个肿瘤的研究总共确定了25,664个融合，并建议融合驱动16.5％的癌症病例的发展，并在超过1％的癌症病例中充当唯一的致癌驱动器（9）。在这篇综述中，我们将总结并讨论新颖的基因融合，除了ALK，ROS1，NTRK和RET融合，这些基因融合被认为是NSCLC中的致癌驱动因素，尤其是对于肺腺癌。这些罕见但可能重要的融合包括神经凝集素1（NRG1）融合，MET融合，涉及成纤维细胞生长因子受体受体（FGFR）家族成员，EGFR融合和BRAF融合的融合基因。Some studies reported that rare primary pulmonary tumors have specific fusion genes, e.g., synaptotagmin 1 ( SYT )- SSX1 or SYT- SSX2 fusions in synovial sarcoma (10) and EWS RNA binding protein 1 ( EWSR1 )- cAMP responsive element binding protein 1 ( CREB1 ) fusion in pulmonary myxoid sarcoma (11);但是，我们不会在这篇评论中包括这些罕见的肿瘤。
染色体融合有助于适应三分之一的粘性环境3
©作者2021。由牛津大学出版社代表分子生物学与进化学会出版。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。
CRISPR-CAS9直接融合，以改进基因组编辑，通过增强的同源重组
基因编辑是一种尖端技术，正在迅速重塑生物技术，医学和农业学科。遗传构成的精确改变需要在感兴趣的区域引入DNA病变，并利用DNA损伤响应和同源驱动的修复机制。DNA容易受到各种生理和病理因素的每日损害[1]，导致DNA双链断裂（DSB）或单链断裂（SSB或Nick）可能会触发基因组恢复，如果未经修复或不正确地修复时[2]。这些事件可以触发下游过程，例如致癌或程序性细胞死亡[3]。为维持基因组完整性，维修机制网络已经发展，它们的激活是由内源性或外源性应激引起的DNA损伤类型决定的。基因编辑技术利用了此内在修复网络的功能来重写DNA。四个主要的编辑平台包括巨型核酸酶，锌纤维核酸酶（ZFN），转录激活剂样效应核酸酶（TALENS）和定期插入的短短圆锥形重复序列（CRISPR）。天然巨核触发了DNA损伤，但需要独特的识别序列才能进行动作，这使得很难找到目标区域特异性的endonucle-Ases [4]。重新设计核酸酶的努力导致了替代方案的发展，例如ZFNS和TALES，其中DNA结合结构融合到了FOKI限制酶的裂解结构域。这种大大改善了人类细胞和动物模型中的基因编辑，从而促进了基因编辑的治疗应用[5-8]。然而，可行性问题仍然无法解决，因为这些人工核酸酶除了随机的脱靶诱变外，还需要蛋白质工程的目标序列，这使整个过程中的目标序列的每一个变化都使整个过程都易于努力且昂贵[9]。包装和大型核酸酶的包装和交付也很困难，进一步限制了体内应用[7]。另一方面，CRISPR技术在编辑方式上具有非常重要的优势，因为它克服了每个新目标站点对蛋白质工程的需求，从而使其易于重编程[4]。但是，由于CRISPR会产生非专业的DSB，可以介绍 -
LncFusion 鉴定出儿童神经母细胞瘤中常见的 lncRNA 衍生融合：潜在的生物标志物和治疗意义
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.16.25320696 doi：medRxiv preprint
血清素再摄取抑制剂可增加前路颈椎间盘切除术和融合术中的假关节发生率
研究设计：回顾性队列。目的：确定（1）血清素再摄取抑制剂对前路颈椎减压融合术 (ACDF) 后假关节发生率的影响，以及（2）确定服用血清素再摄取抑制剂的患者报告的结果指标。文献概述：最近的文献表明，选择性血清素再摄取抑制剂 (SSRI) 可能通过下调成骨细胞分化来抑制骨折愈合。脊柱融合补充富含成骨细胞的物质可增强脊柱融合，因此 SSRI 可能有害。方法：ACDF 术后 1 年动态颈椎 X 光片患者分为血清素再摄取抑制剂处方组（SSRI、血清素-去甲肾上腺素再摄取抑制剂 [SNRI] 或三环类抗抑郁药 [TCA]）和无处方组（非典型抗抑郁药或无抗抑郁药）。假关节定义为动态 X 光片上棘突间运动≥1 mm。控制 Logistic 回归模型的混杂因素，分析假关节发生率。Alpha 设置为 p 值 <0.05。结果：在符合纳入标准的 523 名患者中，137 名 (26.2%) 被处方了 SSRI、SNRI 或 TCA。被处方这些药物的患者更有可能患上假关节 (p=0.008)，但不太可能因假关节而接受翻修手术 (p=0.219)。此外，这些患者术后 1 年心理成分总结 (MCS)-12 (p=0.015) 和颈部残疾指数 (NDI) (p=0.006) 较差。多元逻辑回归分析显示，SSRI/SNRI/TCA 的使用（优势比 [OR]，1.82；95% 置信区间 [CI]，1.11–2.99；p=0.018）和结构长度（OR，1.91；95% CI，1.50–2.44；p<0.001）是假关节的预测因素。单变量分析显示，SSRI/SNRI/TCA 处方是邻近节段疾病导致的翻修手术的预测因素（OR，2.51；p=0.035），但在多元逻辑回归分析显示并非如此（OR，2.24；p=0.10）。结论：服用抑制血清素再摄取的抗抑郁药的患者术后结果评分（包括 NDI 和 MCS-12）较差的风险增加，这可能是由于他们潜在的抑郁症状。这可能增加他们接受邻近节段手术的可能性。此外，接受 ACDF 的患者术前使用血清素再摄取抑制剂可以预测放射学假关节，但不能预测假关节修复。
泛癌症分析揭示实体肿瘤中反复出现的 BCAR4 基因融合
摘要 ◥ 染色体重排通常会导致活性调控区域与致癌基因上游并列，从而产生表达的基因融合。共同的下游伴侣的反复激活（在患者群体中上游区域不同）表明其具有保守的致癌作用。对 32 种实体瘤类型的 9,638 名患者的分析显示，注释的长链非编码 RNA (lncRNA)——乳腺癌抗雌激素抗性 4 (BCAR4) 是 11 种癌症中最普遍、未表征的下游基因融合伴侣。使用具有内源性 BCAR4 基因融合的多种细胞系证实了其致癌作用。此外，在未转化的细胞系中过度表达临床上普遍存在的 BCAR4 基因融合足以诱导致癌表型。我们表明，所有基因融合的最小共同区域都包含一个驱动增殖所必需的开放阅读框。
晚期非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的 NTRK 和 NRG1 基因融合
随着个性化医疗的兴起，非小细胞肺癌也开始出现。自 2004 年发现表皮生长因子受体 (EGFR) 突变以来，从分子水平上定义的可从靶向治疗中获益的患者亚组名单已大幅增加，目前的国际指南建议对所有新诊断的局部晚期或转移性非鳞状非小细胞肺癌患者进行至少 5-8 种生物标志物的分子检测，以选择最佳患者 (5-9)。非小细胞肺癌中 ALK 重排的惊人故事促使人们寻找其他可能用于靶向治疗的致癌重排。神经调节蛋白 - 1 (NRG1) 和 NTRK 融合是最近在非小细胞肺癌中发现的两种重排，是肿瘤不可知生物标志物的两个杰出例子。虽然这两种基因异常相对罕见，但它们代表了 NSCLC 的两个临床相关亚组，可以从靶向治疗中获益。本文我们全面概述了 NRG1 和 NTRK 重排 NSCLC 的生物学和临床病理学特征，以及关于利用这些靶点进行治疗的现有数据。
kinome重新编程是ESR1融合型乳腺癌的治疗机会，但在妇科癌症中
结论•在Caris队列中，在乳腺癌（263例），子宫癌（90例）和卵巢癌（87例）中检测到复发性ESR1融合。•与ERα相比，ESR1融合物是独立的，多动并且在生理上稳定的，具有更大的半寿命，并且可能足以足以具有内分泌Tx耐药性。•与没有ESR1变异的患者相比，ESR1融合阳性队列的ESR1的表达和拷贝数明显更高。这在包括乳腺癌，卵巢癌和子宫癌在内的所有适应症中都是一致的•与对照组相比，所有适应症的ESR1融合患者的预后都明显差。•ESR1融合在RET，IGF1R和FGFR3的上调观察到乳腺癌中的致癌激酶信号传导上调。•在ESR1融合病例中未观察到卵巢和子宫内膜癌的肿瘤信号传导的类似上调，这可能是由于缺乏TP53-FoxA1-轴。•靶向致癌激酶信号传导可能是ESR1融合阳性乳腺癌的一种有希望的方法。参考
验证田园基因缩写测定法以检测融合并遇到非小细胞肺癌中的外显子孔
idylla™平台在欧洲符合2017/746年欧盟IVD规定的CE标记，该法规在美国出售，并在许多其他国家进行了注册。idylla™基因输入测定法仅用于研究用途（RUO），而不是用于诊断程序。该产品包含superscript™III逆转录酶，并根据由Life Technologies Corporation拥有或许可的专利或专利申请提供了许可，该公司的许可仅限于人类诊断领域和研究领域，并专门排除在法医学（包括人类认同测试）中的应用。SuperScript™III商标归Life Technologies Corporation拥有。专利美国7,700,339，8,168,383，8,481,279，8,486,645，8,232,060，8,288,102，8,3777,642，9,988,688，9,523,688，9,523,130,130,9,66,130,9,96,85555 9,364,477、9,539,254、10,551,383，并在US申请及其所有各自的外国等价物中获得了Cell Signaling Technology，Inc.。该外部出版物中提供的数据和结论是由第三方在外部得出的，在开发idylla™GeneFusion测定法中尚未得到验证，也没有由Biocartis NV的当前标记中包含。Biocartis NV产品设计为使用特定于产品的使用（IFU）中所述。idylla™可在欧洲，美国和许多其他国家 /地区出售。请与Biocartis代表一起检查可用性。Biocartis和Idylla™是欧洲，美国和许多其他国家的注册商标。Biocartis拥有的Biocartis和Idylla™商标和徽标是使用的。保留所有权利©2024年1月，Biocartis NV。
循环肿瘤DNA可以对癌症类型的可起作基因融合和重排的敏感检测
摘要◥目的：基因组重排可以产生有效的致癌驱动因素或破坏肿瘤抑制基因。本研究检查了循环肿瘤DNA（CTDNA）在不同癌症类型的循环肿瘤DNA（CTDNA）检测到的融合局势和重排的景观。实验设计：使用FoundationOneleliquid CDX（一种杂交捕获测序平台，从53,842例患者进行66例实体瘤类型的患者的LBX，该LBX被降低，该平台查询了324个与癌症相关的基因。使用粉底核定型的组织活检（TBX）利用为比较器。结果：在所有LBX中，有7,377（14％）检测到≥1个致病后脉冲。总共3,648（6.8％）LBX具有≥1个功能（GOF）致癌基因重排，而检测到4,428（8.2％）LBX的功能障碍障碍丧失。癌症类型具有较高的GOF重排率的癌症类型包括