图1。SAM-SEQ同时探测植物组织上的染色质访问性和DNA甲基化。a。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估(EcoGII-WEALED GDNA)。 b。 链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后,M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。 centromeres被描述为灰色盒子。 拟南芥12-mer序列的 c umap投影,由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA,含量和含量。 MCG,MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。 e。 链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。 f。 拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性(Lu等人 2017)(右Y轴)和SAM-SEQ染色质可及性(M6A/A),使用独立的实验使用不同的M6A-MTases(ECOGII或HIA5)以及不同的ONT化学(R9.4.1或R10)(左Y轴)(左Y轴)。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估(EcoGII-WEALED GDNA)。b。链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后,M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。centromeres被描述为灰色盒子。c umap投影,由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA,含量和含量。MCG,MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。e。链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。f。拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性(Lu等人2017)(右Y轴)和SAM-SEQ染色质可及性(M6A/A),使用独立的实验使用不同的M6A-MTases(ECOGII或HIA5)以及不同的ONT化学(R9.4.1或R10)(左Y轴)(左Y轴)。
gdna柱洗涤3-1:gDNA 1st WB-2 [用于植物]500μL→CFG(14,000 rpm,30 sec,4°C)→删除溶液→hispin柱(透明环3-2:shispin ring):3-2:hispin柱(透明环)GDNA 2ND WB500μL→CFG(cfg 500μl→14,000 sec),4,000 sec,4,000 sec,4,000 sec,4,000 sec,4,000 sec,4,000 rpm,c.14,000 rpm,°C cef(14,000 rpm cm cm c.14,000 sep,rpm cm cm c。集合管中的列(透明环)(2个重复)→[步骤4]进行
14。基因组DNA纯化试剂盒•试剂盒应适用于哺乳动物培养基细胞,细菌,酵母和组织样品进行基因组DNA净化。•套件必须适合纯化GDNA,终点PCR,QPCR和NGS的库准备应用。•套件与旋转结肠技术一起使用。•套件含量应为50个反应。•组织裂解缓冲液(12mL),GDNA结合缓冲液(24ml),GDNA洗涤缓冲液(1 8ml),GDNA 80ml(14ml),自旋柱(50件),自旋收集管(50片),proteinase K(0.55ml)和RNase A(0.55ml)和RNase A A和RNase A (0.17毫升)应具有满足感。15。热启动TAQ DNA聚合酶•酶200单位(5000单位/ml)和0.04ml的0.04ml。•基于适体的抑制作用。•最多5 kb的目标应适用于LAN的放大。•酶热启动功能。•5'皮瓣必须具有IndonuctLease活性。•除了酶外,还应应为1 .5ml 10x标准TAQ反应缓冲液。
NEB 部件编号 组件描述 批号 单个 QC 结果 T3062-1 Monarch® 蛋白质分离溶液 10265475 通过 T3061-1 Monarch® HMW gDNA 组织裂解缓冲液 10265472 通过 T3056-1 Monarch® gDNA 洗脱缓冲液 II 10265465 通过 T3018-2 Monarch® RNase A 10265371 通过 T3015-1 Monarch® gDNA 洗涤缓冲液 10265355 通过 T3005-1 Monarch® DNA 捕获珠 (100) 10265326 通过 T3004-1 Monarch® 珠子固定器 10265323 通过 T3003-1 Monarch® 2 ml 试管 (50) 10264542 通过 T3002-1 Monarch® 研杵(50) 10264539 合格 T3001-1 Monarch® 研杵管 (50) 10152756 合格 T2118-1 Monarch® 旋转收集管 10245009 合格 P8200SVIAL 蛋白酶 K,分子生物学级 10262750 合格
图 4. Charles River Laboratories 共享了小鼠模型患者来源的异种移植瘤 (PDX) 的 FFPE 卷轴。来自 2 名患者样本的 PDX 肿瘤被嵌入 1 至 7 年的石蜡块中。使用 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒从核材料中提取 gDNA,并通过 Agilent TapeStation 评估 DNA 完整性评分 (DIN)。K562 对照 A (未固定) gDNA 由 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒提取,K562 对照 B (未固定) gDNA 由 Zymo Quick-DNA/RNA 纯化试剂盒提取,以提供来自 2 个 DNA 提取试剂盒的高质量样本示例。顶部代表性图像:明场碎片。底部代表性图像核标记:碘化丙啶。
我们确定了四个在鹌鹑研究人群中表现出等位基因多样性的鹌鹑特异性微卫星引物,从而使我们能够与研究殖民地区分两个男性和两个雌性鹌鹑。允许一名男性与雌性交配,并收集卵进行PVM去除和GDNA分离,然后进行微卫星PCR扩增。我们以足够高的浓度成功地分离了GDNA(5-10 ng/ µl,250-500 ng),以达到每个卵的微卫星剖面。所有卵都表现出微卫星扩增,使我们可以为每个鸡蛋建立一个DNA谱。但是,由于过多的普通等位基因,只有一个微卫星能够通过将两个雌性排除在三分之一的卵中,并在所有卵中排除了非繁殖雄性。
neb零件编号成分描述批号单个QC结果T3062-1MONARCH®蛋白分离解决方案10265475 PASS T3061-1-1-1-莫纳奇®HMWGDNA组织裂解缓冲区10265472 Pass T3056-1Monarch®GDNAELUTION®GDNAELUTIO GDNA洗涤缓冲10265355 PASS T3005-1MONARCH®DNA捕获珠(100)10265326 PASS T3004-1MONARCH®BEADERAINERS10265323 PASS T3003-1管(50)10152756 Pass T2118-1Monarch®SpinCollection Tubes 10245009 Pass P8200SVIAL蛋白酶K,分子生物学级10262750 Pass
Agilent 4200 Tapestation System是一种用于快速可靠的DNA和RNA电泳的高通量自动化系统。唯一地,该系统以每个样本的恒定成本提供可扩展的样品处理,从1到96个样本。与Agilent基因组DNA筛选分析结合使用,该系统可以将基因组DNA(GDNA)分开,从200到60,000多个碱基对。它提供了基于DNA完整性数(DIN)¹的GDNA质量的准确定量和尺寸数据,因此是下一代测序(NGS)和阵列比较基因组杂交(ACGH)工作表的理想QC工具。此技术概述着重于GDNA完整性分析和样品灵敏度,以及大小和量化的准确性和精度,基因组DNA筛选测定的性能。将这些数据与Agilent 2200 Tapestation系统相关联,证明了这两个系统的全部兼容性。
请注意,单个SRE/剪切自动化运行中不能包括高质量和低质量样品。如果可用0.5–1.25 µg gDNA并使用Revio Sprq化学,则低质量工作流将为Revio SMRT细胞(+SPRQ)提供足够的库;但是,如果需要过多的文库,则高质量参数也可以用于Revio Sprq化学。对于Revio非SPRQ化学和VEGA,仍建议使用2 µg GDNA输入来加载1个SMRT细胞。
图1。使用三个不同试剂盒纯化的高拷贝pDNA的平均产率。屈服代表三份提取的平均值。图3。使用三个不同试剂盒分离的高拷贝pDNA。(a)将凝胶运行10分钟,以可视化RNA污染。红色框指示如果有RNA污染,则频带在哪里。(b)凝胶再运行65分钟,以将GDNA和超螺旋pDNA带分开。蓝色框指示GDNA的存在。