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全基因组关联研究的网络分析以确定药物靶点的优先次序
摘要 在过去的几十年中，全基因组关联研究 (GWAS) 导致与人类特征和疾病有关的遗传变异急剧增加。这些进展有望带来新的药物靶点，但从 GWAS 中识别致病基因和人类疾病背后的细胞生物学仍然具有挑战性。在这里，我们回顾了基于蛋白质相互作用网络的 GWAS 数据分析方法。这些方法可以在没有直接遗传支持的情况下对 GWAS 相关位点或疾病基因相互作用因子中的候选药物靶点进行排序。这些方法可以识别出不同疾病中共同受影响的细胞生物学，为药物重新利用提供机会，也可以与表达数据相结合以识别局部组织和细胞类型。展望未来，我们预计这些方法将随着特定情境相互作用网络表征和罕见与常见遗传信号的联合分析方面的进展而得到进一步改进。
完整的线粒体基因组和莲花角膜的系统发育分析（Fabaceae，papilionaideae）
结果和讨论：我们发现线粒体基因组的长度长度为401,301 bp，其GC含量为45.15％。它由53个基因组成，包括32个蛋白质编码基因，3个核糖体RNA基因和18个转移RNA基因。在线粒体基因组中总共存在146个散射重复序列，8个串联重复序列和124个简单的序列重复序列。对所有蛋白质编码基因的彻底检查揭示了485个RNA编辑和9579个密码子的实例。此外，在角膜软骨基因组和叶绿体基因组中鉴定了57个同源片段，占线粒体基因组的约4.04％的叶绿体基因组。此外，这是一种基于来自属于四个Fabaceae亚家族的33个物种的线粒体基因组数据，而其他家族的两个物种验证了莲花的进化关系。这些发现对理解角膜乳杆菌基因组的组织和演变以及遗传标记物的识别具有重要意义。他们还提供了与制定豆类分子育种和进化分类策略有关的有价值的观点。
植物基因组中的多功能参与者
转座因子 (TE) 是真核生物基因组中不可或缺的组成部分，在基因调控、重组和环境适应中发挥着多种作用。它们在基因组内移动的能力导致基因表达和 DNA 结构变化。TE 是遗传和进化研究的宝贵标记，有助于遗传图谱和系统发育分析。它们还通过促进基因重排（导致新的基因组合）来深入了解生物体如何适应不断变化的环境。这些重复序列对基因组结构、功能和进化有重大影响。本综述全面介绍了 TE 及其在生物技术中的应用，特别是在植物生物学中，由于其广泛的功能，它们现在被认为是“基因组黄金”。本文讨论了 TE 在植物发育中的各个方面，包括其结构、表观遗传调控、进化模式以及它们在基因编辑和植物分子标记中的应用。目标是系统地了解 TE 并阐明它们在植物生物学中的多种作用。
引用Dreyer GJ，Drabbels JJM，De Fijter JW，Van Kooten C，Reinders Mej和Heidt S（2023）Allogen
间充质基质细胞（MSC）疗法对肾脏移植引起了显着兴趣。MSC治疗已在几种临床研究环境中进行了研究，无论是诱导疗法，急性排斥反应或支持维持治疗，允许断奶以断奶的免疫抑制药物（1-5）。在肾脏移植的情况下，对于大多数临床研究，已应用自体MSC治疗（3，5-7）。但是，由于制造MSC产品需要数周的时间，因此在临床环境中使用“现成”同种异体MSC更为可行。在海王星研究中，移植后6个月注入同种异体MSC（8）。在这项1B研究中，选择第三方MSC不具有反复的人白细胞抗原（HLA）与肾脏供体的不匹配，以最大程度地降低抗Donor免疫反应的风险。这项研究证明了HLA选择的第三方MSC在肾脏移植受者中输注的安全性与输注后他克莫司龙槽水平较低（MSC IFFUSION 6.1（±1.7）ng/mL相比，与MSC Iffusion 3.0（±0.9）Ng/ml相比）。MSC被认为可以促进移植后的免疫耐受性，并具有免疫调节和抗炎性弹药特性（4、9、10）。但是，MSC治疗的作用机理仍未完全阐明。临床前鼠研究表明，潜在的局部作用机理不太可能是由于大多数MSC在肺的微脉管系统中积累，并且在输注后几个小时内无法检测到（11，12）。Dazzi等人小组的鼠类研究。几项研究表明，旁分泌作用因子（例如细胞因子，生长因子和免疫调节蛋白）的分泌（13-16）。另一种建议的作用机理是MSC在肺中被单核细胞吞噬，并且这些单核细胞在MSC的免疫调节作用的介导，分布和传播中起重要作用（17）。确定输注后不久将MSC降解（10）。此外，他们发现凋亡过程对于MSC的免疫调节作用至关重要。假定这部分取决于吞噬凋亡MSC后的吞噬细胞衍生的吲哚胺2,3-二氧酶（IDO）活性。尽管有这些临床前数据，但在临床环境中输注时MSC的细胞死亡证明很少。最近，无细胞的DNA（CFDNA）已被鉴定为固体器官移植中排斥反应的有趣生物标志物（18）。CFDNA的存在部分是由于主动分泌，但最重要的来源是细胞经历细胞凋亡或坏死。因此，供体衍生的CFDNA可以用作细胞损伤和细胞死亡的读数，并作为移植排斥的间接度量（19-21）。在2017年，发表了DART试验的结果（22）。在这项研究中，肾移植后测量了供体衍生的无细胞DNA（DD-CFDNA），并用作
儿童青少年焦虑和抑郁的跨大陆环境和全基因组关联研究
儿童和青少年的焦虑和抑郁应受到特别关注，因为它们是一个公共卫生问题，会对发展和心理健康产生毁灭性和长期影响。从遗传易感性到环境压力源等多种因素都会影响患上这些疾病的风险。本研究旨在了解环境因素和基因组学如何影响三个群体中儿童和青少年的焦虑和抑郁：青少年大脑和认知发展研究（美国，9-10 岁；N=11,875）、外化障碍和成瘾脆弱性联盟（印度，6-17 岁；N=4,326）和 IMAGEN（欧洲，14 岁；N=1888）。我们进行了数据协调，并使用线性混合效应模型、递归特征消除回归和 LASSO 回归模型确定了环境对焦虑/抑郁的影响。随后，通过大型分析和荟萃分析对所有三个队列进行了考虑了重要环境因素的全基因组关联分析，然后进行了功能注释。结果表明，多种环境因素导致发育过程中焦虑和抑郁的风险，其中早期生活压力和学校支持指数对所有三个队列的影响最为显著且一致。在荟萃分析和大型分析中，chr11p15 中的 SNP rs79878474 成为与焦虑和抑郁相关的特别有希望的候选者，尽管未达到基因组显著性。对元分析和巨分析中最有希望的 SNP 映射的常见基因进行基因集分析，发现在 chr11p15 和 chr3q26 区域中，在钾通道和胰岛素分泌功能方面有显著富集，特别是 chr11p15 中分别由 KCNC1、KCNJ11 和 ABCCC8 基因编码的 Kv3、Kir-6.2、SUR 钾通道。组织富集分析显示小肠中显著富集，
基于 CRISPR/Cas9 的基因组编辑可加快......
棕榈科植物包括 200 个属，2500 多个品种，在农业食品生产和工业应用领域仅次于禾本科 (Poaceae) 和豆科 (Fabaceae)。椰子 (Cocos nucifera L.)、槟榔 (Areca catechu L.)、油棕 (Elaeis guineensis Jacq.) 和枣椰子 (Phoenix dactylifera L.) 是棕榈科中具有重要经济价值的多年生植物。椰子通常被称为“生命之树”，因其在食品、营养、医药和各种工业用途中的广泛应用而闻名 (Ramesh et al., 2021)。椰子产品包括从椰仁或种皮中提取的食用油、嫩椰子水、椰仁、椰干、椰子壳、椰子饼、木质产品、椰壳髓以及各种增值过程产生的物品。未开放的佛焰苞被挖掘以提取花序汁液（neera），可进一步加工成棕榈糖、糖、醋和各种副产品（Hebbar 等人，2022 年）。槟榔（Areca catechu L.）是热带亚洲和东非部分地区的一种作物。在印度，它是一种重要的经济作物，也有重要的医学价值，主要种植在该国的几个邦。尽管如此，其商业产品分布在整个印度，该国在种植面积和产量方面无疑处于领先地位，占世界产量的 54%。槟榔棕榈的果实或坚果，俗称槟榔或 supari，在印度人民中作为咀嚼产品使用已有悠久历史，可以追溯到吠陀时期。因此，槟榔与印度的历史和社会遗产深深交织在一起。在全球范围内，仅亚洲就有多达 6 亿人食用槟榔。另一方面，椰枣生长在埃及、伊朗、沙特阿拉伯和阿联酋等干旱地区（Aljohi 等人，2016 年）。除了果实外，椰枣种子也是食用油的新来源，进一步拓展了其工业应用（Ali 等人，2015 年）。油棕是一种具有经济重要性的棕榈树种，供应着全球约 35% 的植物油。油棕的遗传改良可能在全球营养安全中发挥关键作用。
全基因组 - crispr-screen-识别tmem41b-as-a-gene ...
大自源性是一个细胞内降解过程，需要多个自噬相关（ATG）基因。在这项研究中，我们使用自噬型号报告基因GFP-LC3-RFP进行了全基因组筛选，并鉴定出TMEM41B作为一种新型ATG基因。TMEM41B是一种位于内质网（ER）中的多层膜蛋白。它在液泡膜蛋白1（VMP1）中也发现了一个保守的结构域，这是另一种ER多跨度膜蛋白，对于自噬，酵母菌TVP38必不可少的，以及推定的半转生蛋白的细菌deda家族。TMEM41B的缺失阻止了早期的自噬体的形成，从而导致ATG蛋白和小囊泡的积累，但不会拉长自噬体样结构。此外，在TMEM41B -KNOCKOUT（KO）细胞中积累的脂质液滴。TE表型类似于VMP1 -KO细胞的表型。的确，TMEM41B和VMP1在体内和体外形成了复杂的复杂，VMP1的过表达恢复了TMEM41B -KO细胞中的自噬量。TESE结果表明，TMEM41B和VMP1在自噬体形成的早期步骤中起作用。
叉质：对异常DNA甲基化对肝细胞癌中替代启动子使用的影响的影响
在发表的文章中，传说中有一个错误的补充图6M，n。使用“启动子活动”而不是“ WGB”进行样品相关聚类。正确的材料语句出现在下面。（M）热图显示了GSE70091中三对启动子活性的相关性。（n）热图显示了删除N3和T3对后，GSE70091中两对启动子活性的性能相关性更好。在已发表的文章中，存在印刷错误。基因名称“ rabgap1l”被错误地写成“ rabgapl1”。对结果进行了校正，甲基化调节的AP可以用作肿瘤诊断标记，第1段。这句话先前指出：“六个MRAP被聚集为四个上调的MRAPS（TNFRSF10的Prmtr.53735，RGS3的Prmtr.32651，CCDC150的Prmtr.36049，RASSF1的Prmtr.5237和RASSF1的Prmtr.5237和Prmtr.5237）和两个下降MRAPS（prmtr.14） prmtr.39585 rabgapl1的启动子活动（图4D，鞋面；表1;表S5）”
微生物基因组的三种视图
局部重复是在小区域内发生的对称元素的出现（以100 bp为单位）。所有四种局部重复都可以参与特殊的DNA结构的形成 - 最著名的是十字形，可以通过倒重复序列形成。镜面重复序列可以形成非常不同的结构：分子内三链DNA，也称为triplex DNA和H-DNA [8]。加上三链部分，Triplex DNA还由一个单链部分组成，可以与另一个DNA混合；这被认为是同性重组的可能机制[21]。也存在与直接重复序列相关的特殊DNA结构，并且也存在重复的重复。直接重复可以形成所谓的滑动链DNA（S-DNA），这可能会导致框架移动muta-
氰化物的最新基因组进化、驯化和代谢
1. 哥伦比亚波哥大安第斯大学系统与计算机工程系 2. 哥伦比亚波哥大安第斯大学化学与食品工程系产品与工艺设计组（GDPP） 3. 哥伦比亚波哥大哥伦比亚国立大学农业科学学院 4. 哥伦比亚波哥大Biotecnologia y Genética SAS, Biotecgen 5. 哥伦比亚波哥大安第斯大学生物科学系马克斯·普朗克计算生物学串联组计算生物学和微生物生态学研究组 6. 哥伦比亚国立大学农业科学学院，帕尔米拉校区，帕尔米拉，哥伦比亚 7. UMR DIADE，发展研究所（IRD），CIRAD，蒙彼利埃大学，34394，蒙彼利埃，法国 + 共同第一作者 * 通讯作者： ja.duitama@uniandes.edu.co