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Re-evaluating evidence for giant genomes in amoebae
Here we reassess available evidence for the long-held misconception of amoebae possessing exceptionally large genomes. Traditionally, estimates relied on inaccurate methods like DNA weight measurements, leading to inflated sizes. These methods failed to account for contaminating DNA from prey, endosymbionts, and intrinsic genomic features like ribosomal operon amplification. Modern sequencing techniques unveil a different picture. Fully sequenced amoebozoa genomes range from 14.4 to 52.37 mega basepairs, well within the typical single-celled eukaryote expectation. While the whole genome of the historically relevant Amoeba proteus has not yet been fully sequenced, we provide here a statistical analysis using protein-coding genes from transcriptomic data, suggesting that the genome size is consistent with this range, far smaller than previously claimed. The misconception likely originated in the early 21 st century and perpetuated through popular science materials. We conclude that there is no longer reason to reaffirm that amoeba genomes are giant.
人类丝状寄生虫的基因组Mansonella ...
少数寄生虫Mansonella Ozzardi和Mansonella Perstans，Mansonellelisois的病因，感染了全球数亿人，但仍然是人类官方病原体中最受研究所研究的人之一。M. Ozzardi在拉丁美洲国家和加勒比海群岛高度普遍，而M. Perstans主要在撒哈拉以南非洲以及南美的一些地区发现。除了其地理分布的差异外，这两个寄生虫还通过不同的昆虫载体传播，并且在其对常用的驱虫药物的反应上表现出差异。缺乏基因组信息阻碍了对Mansonella寄生虫的生物学和进化的研究，并了解物种之间临床差异的分子基础。在当前的研究中，报道了喀麦隆的两个独立临床分离株的高质量基因组和两个来自巴西的ozzardi分离株，另一个是委内瑞拉的。基因组的大小约为76 MB，每个基因编码约10,000个基因，并且基于BUSCO评分约为90％，与其他完整的基因组相似。这些序列代表了Mansonella寄生虫的第一个基因组，并实现了对Mansonella和其他细胞寄生虫之间相似性和差异的比较基因组分析。水平DNA转移（HDT）从线粒体（NUMTS）以及从内共生菌群沃尔巴氏菌（NUWT）转移到宿主核基因组的转移并进行了分析。序列比较抗合性药物的已知靶标二乙基钙化靶标（DEC），伊维沙素和梅本唑的序列发育分析表明，除GON-2基因编码的DEC靶标外，所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中，而GON-2基因编码了GON-2基因，该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。 这些新的参考基因组序列将为生物学，共生，进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。序列发育分析表明，除GON-2基因编码的DEC靶标外，所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中，而GON-2基因编码了GON-2基因，该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。这些新的参考基因组序列将为生物学，共生，进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。
基因组学时代的基因和基因组的进化
近几十年来，我们目睹了DNA测序领域的重大技术进步和革命。DNA测序应用的范围和范围得到了极大的扩展，影响了所有生命科学学科甚至更广阔的领域（Shendure等，2017）。低成本、高通量测序带来了来自模式生物和非模式生物的大量新的分子和基因组数据，使我们能够以前所未有的规模和深度研究进化的模式和过程及其潜在机制。特别是在进化的维度上，基因组数据与复杂的计算技术和分子生物学相结合，从而改变了生物学家看待生命世界的方式，并为解答有关生物多样性和进化的长期问题提供了机会（Wen等，2019）。这里我们简要总结了一些关于基因和基因组进化的最新研究，并强调了这些研究提供的新见解。我们重点关注四个具体主题，涉及基因获得和丢失的进化、转座因子、细胞器基因组的 RNA 编辑以及主要谱系的系统发育重建，强调需要统一不同科学学科的优势和见解，以扩展我们对进化的总体理解。
通过复制氨...
氨氧化古细菌（AOA）是微生物群落的无处不在成分，并在某些土壤中占据了硝化的第一阶段。当我们开始了解土壤病毒动力学时，我们对那些感染硝基菌的人的组成或活性或其影响过程的潜力不了解。这项研究旨在表征在两种硝化pH的硝化土壤中感染自身噬菌AOA的病毒，这是通过通过DNA稳定的异位素探测和化合物分析转移了同化的CO 2衍生的13 C从宿主到病毒的13 C。将13 C掺入低GC MOL％AOA中，病毒基因组增加了CSCL梯度中的DNA浮力密度，但导致与富含非增强的高GC MOL％基因组共同移民，减少了测序depth和Contig组装。因此，我们开发了一种杂种方法，其中AOA和病毒基因组是从低浮力DNA组装而成的，随后映射13 C同位素富集的高浮力密度DNA读取以识别AOA的活性。元基因组组装的基因组在两种土壤之间是不同的，并且代表了广泛的活性种群。识别64个AOA感染病毒运营分类单元（投票），与先前特征的原核生物病毒没有明确的相关性。这些投票在土壤之间也有所不同，其中42％的富含宿主的13 C富集。大多数人被预测为能够溶裂性，辅助代谢基因包括一种AOA特异性多孔氧化酶，表明感染可能会增强对中央代谢功能所必需的铜摄取。这些发现表明AOA的病毒感染可能是硝化过程中经常发生的过程，可能会影响宿主生理和活性。
33804参考基因组的多Kingdom集合...
人类阴道具有多种微生物（细菌，病毒和真菌）对妇女健康的深刻影响。对多个王国的阴道微生物组的基因组水平分析仍然有限。在这里，我们利用元基因组测序数据和真菌培养来建立阴道微生物基因组收集（VMGC），其中包括33,804个微生物基因组，涵盖786种原核生物，11种真菌物种和4,263个病毒性分类学单元。值得注意的是，超过25％的原核生物和85％的病毒性分类单元仍未进行。该收集显着丰富了基因组多样性，特别是对于普遍的阴道病原体，例如BVAB1（未培养的细菌性阴道病相关细菌）和杏仁核菌群。（BVAB2及相关物种）。利用VMGC，我们表征了原核生物的功能性状，尤其是sacCharofermentanales（一种不流动的但普遍的秩序），以及原核生物和真核生物病毒，为他们的壁co适应和潜在的角色提供了洞察力。VMGC是研究阴道菌群及其对阴道健康的影响的宝贵资源。
蔷薇叶绿体基因组的比较分析...
© 作者 2023。开放存取 本文根据知识共享署名 4.0 国际许可进行授权，允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您给予原作者和来源适当的信任，提供知识共享许可的链接，并指明是否做了更改。 本文中的图片或其他第三方资料包含在文章的知识共享许可中，除非资料的致谢中另有说明。 如果资料未包含在文章的知识共享许可中，且您的预期用途不被法定规定允许或超出允许用途，则需要直接从版权所有者处获得许可。 要查看此许可证的副本，请访问 http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。知识共享公共领域贡献豁免（http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非数据来源中另有说明。
人类基因组、人类起源和种族
1. 最初限制仅移植男性胚胎 2. 直到通过长期跟踪儿童获得该技术的安全性和有效性的有力证据之前，不得移植女性胚胎 3. 应进行公开讨论以确定是否应允许移植女性胚胎，因为这会导致可遗传的基因改造 4. 将临床研究限制在有传播严重 Mt 疾病风险的女性身上 5. 评估临床研究中的益处和风险的主要关注点是将对所生孩子造成伤害的风险降至最低
上下文样本：支持参考基因组
我们感谢ERGA SSP委员会的所有成员和委员会的会议参与者40对SSP和ERGA任务的支持。尤其要感谢Copo的Alice Minotto和Felix 41 Shaw，Ebi/Embl的Josephine Burgin和Joana Pauperio，以及Luisa 42 Marins（Leibniz动物园和野生动物园研究所），以帮助实施43 ERGA宣言。我们感谢Darwin Life Project的样本工作组，以在元数据收集和标准上进行44次富有成果的交流。我们感谢Erga的数据分析45委员会访问图1中使用的问卷数据。我们承认ERGA PILOT项目协调47团队的成员Giulio Formenti和Alice Mouton的基本工作，通过为这项工作做出贡献，以构建必要的样本元数据48收集基础设施，包括ERGA SUPTEST 49 PROCEST 49 PROCTEST GITHUB ESTERTER ERATER ERATER ERATER ERATER ERATER ERATER ERISTA和ER ERATER ERATER ERATER ER ORERATER ER ORFORT ER ORERATER ER ERISTARES以及他们的ERS努力提供努力，从而使这项工作成为可能。我们特别感谢Erga Chairs 51在ERGA建立阶段的富有成果的交流及其持续的支持。52 R. Oomen was supported by the James S. McDonnell Foundation 21st Century Postdoctoral 53 Research Fellowship, the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada 54 Postdoctoral Research Fellowship, and the Research Council of Norway (Earth BioGenome 55 Project Norway; Project no.326819）。R.Fernández认可以下56个资金来源的支持：RamónY Cajal奖学金（授予协议号 948281）。R.Fernández认可以下56个资金来源的支持：RamónY Cajal奖学金（授予协议号948281）。RYC-2017-22492由McIn/AEI/AEI/10.13039/501100011033和ESF资助57，ESF和“未来投资”），PID2019-58 108824GA-I00资助了McIn/10.13039/501100011033，在欧洲欧盟的20日，由MCIN/AEI/AE IN CORMINE COUNTING MCIN/AEIS INCOM INCOR IER CORNION（ERC）。和创新60计划（授予协议号O. Vinnere Pettersson得到RFI/VR和61 Science for Sweden的Science。S. McTaggart was supported by the Biotechnology and 62 Biological Sciences Research Council (BBSRC), part of UK Research and Innovation, through 63 the Core Capability Grant BB/CCG1720/1 and the Earlham Institute Strategic Programme 64 Grant Decoding Biodiversity BBX011089/1 and BBS/E/ER/230002B.J. Melo-Ferreira 65承认FCT，FCT，FUNDAçãoParaaciênciae a tecnologia 66（2021.00150.Ceecind合同和Project HybridChange，ptdc/bia-evl/bia-evl/1307/2020T. H. Struck承认挪威68研究委员会的资金（项目编号300587）。69A.Böhne感谢德国研究基金会DFG的支持（赠款数字70 DFG 497674620和DFG 492407022）和莱布尼兹协会。71A.Böhne，R。Monteiro，R。Oomen，T。Struck，R。Fernandez，S。Mctaggart，J。Melo-Ferreira，J.72 A. Leonard和O. Vinnere Pettersson由Horizon Europe在生物多样性，73循环经济和环境下资助（Rea.B.3）；由瑞士国家秘书处共同资助了74份教育，研究与创新（SERI）的合同编号22.00173；并由英国75研究与创新（UKRI）在商业，能源和工业76战略的Horizon Europe担保计划下。72 A. Leonard和O. Vinnere Pettersson由Horizon Europe在生物多样性，73循环经济和环境下资助（Rea.B.3）；由瑞士国家秘书处共同资助了74份教育，研究与创新（SERI）的合同编号22.00173；并由英国75研究与创新（UKRI）在商业，能源和工业76战略的Horizon Europe担保计划下。我们还要承认生物多样性基因组学计划的77个贡献，这些计划贡献了有关其78
利综合症：两个基因组的故事
Leigh综合征是一种罕见，复杂且无法治愈的早期发作（通常是婴儿或幼儿期）线粒体疾病，具有表型和遗传异质性。这种疾病的异质性，部分基于线粒体遗传学的复杂性，以及核和线粒体基因组之间的显着相互作用使研究和开发疗法特别具有挑战性。本评论文章讨论了迄今为止在领域中取得的一些进步。虽然预后较差，目前没有实质性治疗方案，但正在进行多项研究以了解利综合征的病因，发病机理和病理生理学。随着可用研究工具的进步，可以更好地了解健康和疾病中的线粒体，因此将来有新的治疗选择。