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快速检测独特的基因组区域
在两种情况下，独特的基因组区域特别感兴趣：从单个哺乳动物靶基因组中提取时，它们对发育基因的高度富集。与密切相关的邻居基因组相比，从靶基因组中提取出来时，它们在诊断标记中高度富集。尽管具有生物学重要性和潜在的经济价值，但独特的地区仍然很难从整个基因组序列中检测出来。在这篇综述中，我们调查了三个有效的程序，以大规模检测独特的区域，Genmap，Macle和fur。我们通过分析模拟和真实数据来解释这些程序，并通过分析它们的应用。可以从GitHub存储库EvolbioInf/确定作为详细教程的一部分中获得搜索唯一区域的示例脚本。
泛型 - 癌基因组学的肿瘤免疫表征
建议推荐引用Frances Petrailia；但是，韦普； Yaron，Tomer M； Caruso，法国皮亚；蒂诺，妮可；王，约书亚M； Charytonowicz，丹尼尔；约翰逊，贾里德·L；亨斯曼，艾米丽·M； Marino，Giacomo b；卡利纳万，安娜；传教士约翰·埃罗尔（John Erol）； Selvans，Esai的Myselis；学习，Shrabanti； Rykunov，Dmitry；克雷克，阿兹拉；歌曲，小纽； Turhan，伯克；克里斯蒂安·卡伦（Karen E）；刘易斯，大卫A；邓，伊登Z；克拉克，丹尼尔·J·B；白人，杰弗里·R；肯尼迪，雅各布J； Zhao，Lei； Segra，Rossana Lazcano；巴特拉，苛刻； Raso，Maria Gabriela；帕拉（Parra），埃德温·罗杰（Edwin Roger）；他们听起来，拉玛；唐，ximing;李，Yize； yi，Xinpei; Satpathy，Shankha；王，ying；荒野，狼牙棒； Gonzalez-Robles，Tania J；伊伊瓦隆，安东尼奥； Gosline，Sara J C； Revas，Boris；罗布，安娜一世； Neesviz，Alexey I； Mani，D r; Giette，Michael A；克莱因（Robert J）； Cieslik，Marcin；张，宾； Paulovich，Amanda G；塞布拉，罗伯特；社区，Zeynep H；主持人Galen； Fenyö，David；吉尔伯特（Gilbert S）；坎特利，刘易斯C；马亚扬，阿维；拉撒路，亚历山大·J；热，米歇尔；王，佩；和临床蛋白质组学免疫（2024）。2139。
云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。
对比造影剂增强了回顾性NSCLC队列模型中的CT放射基因组学，尝试验证已发布模型以及临床环境的相关性
来自多伦多大学多伦多大学玛格丽特公主医院医学成像联合部，加拿大M5G 2C1（又名R.H.，R.K.，R.K.，S.M.，C.O.，C.O.，U.M.，P.V.-H。）;苏黎世苏黎世大学苏黎世大学苏黎世大学诊断与介入放射学研究所，瑞士（R.H.）；多伦多大学多伦多大学玛格丽特癌症中心生物统计学系，加拿大M5G 2C1（L.A.）；加拿大安大略省多伦多的安大略省癌症研究所/公主玛格丽特癌症中心大学卫生网络（M.T.，Q.L.）;加拿大多伦多大学大学卫生网络辐射肿瘤学系（A.H.）。收到2023年12月11日；修订于2024年1月18日； 2024年1月23日接受。地址为：K.A。电子邮件：andres.kohan@uhn.ca电子邮件：andres.kohan@uhn.ca
智能原型的霍斯学学习
摘要B-千奇蛋白具有重要的生态和生理作用以及广泛应用的潜力，但是很少有来自B-奇异生产剂的差异相关酶的表征。针对Tara Oceans基因地图集的查询，在芽孢杆菌元转录组中发现了来自12个PFAM接收器的4,939个与丁氏蛋白相关的独特序列。假定的几丁质合酶（CHS）序列在甲壳类（39％），斯特雷默刺激（16％）和昆虫（14％）中降低，来自Tara Oceans Unigenes Unigenes Unigenes Unigenes Unigenes版本1 Metatranscrentsomes（Matouv1 1 T）数据库的昆虫（14％）。从模型diatom thalassiosira pseudonana（thaps3_j4413，指定为tp chs1）中的CHS基因被鉴定。海洋微生物真核生物转录组测序项目（MMETSP），Phycocosm和Plaza Diotom Omics数据集的TP CHS1的同源分析表明，Mediophyceae和thalassionemales物种是潜在的B -Chitin生产国。tp chs1在酿酒酵母和三角肌中过表达。在转基因P. tricornutum系中，TPCHS1- EGFP定位于高尔基体和质膜，并且在细胞分裂期间的裂解沟中主要可获得。增强的TP CHS1表达可以诱导异常的细胞形态并降低三角杆菌的生长速率，这可能归因于G2/M期的抑制。S.酿酒酵母被证明是表达大量活性TPCHS1的更好系统，在放射测定中，在放射测定中有效地不合适的UDP-N-乙酰葡萄糖胺。我们的研究扩大了有关海洋真核微生物中几丁质合酶分类分布的知识，并且是第一个集体表征活性海洋硅藻CHS的知识，该硅藻可能在细胞分裂过程中起重要作用。
在两个紧密相关的物种（绵羊和山羊）中局部适应的多种基因组溶液面对相同的气候约束
fi g u r e 3绵羊和山羊之间的相对差异，用于外围基因组区域（∆GR）的数量（∆GR）和XP-CLR/ F ST（∆GX）和SAMßADA（∆GS）检测到的基因。这三个索引被计算为绵羊和山羊中的区域/基因数量除以区域/基因的总数。它们在-1和 + 1之间变化：仅在山羊或绵羊中与环境参数相关的区域/基因。有关环境参数的代码，请参见表2。由于环境变量在每个物种上都不同（χ2测试，df = 9，p <.001），基因组区域和基因的数量在选择性下被选择。有关基因列表，请参见表S3。
Panorama：探索种间多样性的微生物基因组的比较pangenomics工具
随着公共数据库中核基因组的增加，比较基因组学方法现在使用数百种基因组来分析物种多样性。许多研究着重于整个物种基因含量，即pangenome，以了解其在流行病学或环境数据方面的共同和可变基因方面的进化。在这种情况下，我们一直在研究基因组数据表示作为pangenome图。我们开发了用于重建和分配的pangenome重建和分区（Ppanggolin 1），基因组可塑性鉴定区域（PANRGP 2）和模块检测（PanModule 3）的方法。与Panorama一起，我们将实现新的方法论发展，以进行pangemenomes的比较研究。 将有助于研究细菌的适应潜力，并更好地了解微生物代谢多样性背后的进化动力学。与Panorama一起，我们将实现新的方法论发展，以进行pangemenomes的比较研究。将有助于研究细菌的适应潜力，并更好地了解微生物代谢多样性背后的进化动力学。
犬肠道微生物群的宏基因组解剖
作者的完整列表：Alessandri，Giulia；帕尔马大学，兽医医学系米兰，莱昂纳多克里斯蒂安·曼卡贝利；帕尔马大学，生命科学Mangifesta，Marta；帕尔马大学，生命科学Lugli，Gabriele Andrea；帕尔马大学，化学，生命科学与环境可持续性系Alice，Alice；帕尔马大学，Genprobio Srl Duranti，Sabrina Turroni，Francesca Ossiprandi，Maria；帕尔马大学，医学兽医科学系，杜威（Douwe）；爱尔兰国立大学，Marco微生物学系；帕尔马大学生命科学
研究论文大规模基因组范围CRISPR筛查显示PRC1是透明细胞肾细胞癌中的肿瘤必需候选者
背景：透明细胞肾细胞癌（CCRCC）是肾癌的普遍和侵略性亚型，通常与转移和复发有关。鉴定CCRCC进展涉及的关键基因对于改善治疗策略和患者预后至关重要。方法：我们进行了大规模基因组CRISPR筛选，以使用DEPMAP数据库识别对CCRCC进展至关重要的基因。为了发现和验证，我们整合了来自癌症基因组图集（TCGA），GEO和NJMU-CCRCC临床群体的多摩学数据。进行了生物信息学分析，包括差异表达，途径富集和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络分析，以阐明生物学功能。为了验证我们的发现，我们采用了免疫组织化学，QRT-PCR和各种细胞分析来研究PRC1在CCRCC中的作用。结果：CRISPR筛选将PRC1确定为一个关键基因，从DEPMAP数据库中的CCRCC组织中显着过表达。升高的PRC1表达与整体生存率差，疾病特异性生存和无进展间隔有关。在CCRCC细胞系中的沉默PRC1抑制细胞增殖，迁移和菌落形成。功能富集分析表明，PRC1参与了基本过程，例如细胞周期调节，有丝分裂和细胞因子。另外，PRC1表达与Wnt/β-蛋白途径的激活相关，这表明PRC1在肿瘤进展中起关键作用。结论：PRC1成为CCRCC的有希望的生物标志物和治疗靶标。升高的PRC1表达与预后不良有关，其抑制作用抑制了CCRCC细胞的增殖和迁移。我们的发现强调了PRC1在CCRCC进展中的关键作用，并强调了进一步研究其分子机制和治疗潜力的必要性。
语言遵循一种独特的基因组进化模式
作为最具体，最多样化的人类行为之一，语言是基因组和基因组进化的影响。共享这些进化方式之间的共享方法和模型显着提高了我们对语言的理解，并激发了其进化的广义理论。的进步受到了阻碍，这是语言的典型演变，即语言进化，仅部分映射到其他形式的进化。将其与真核生物的生物学演变和技术的文化演变作为最佳理解的模型进行了对比，我们表明语言演化是特殊的，它通过产生固定的动态而不是稳定的解决方案而不是稳定的解决方案，并且这种动态允许语言变化用于社会差异，同时保持其全球适应性。语言进化与技术进化不同，通过需要垂直传播，允许重建系统发育。它与真核生物生物学的进化不同，它通过预言基因型与表型的区别，允许故意和偏见的变化。认识到这些差异将改善我们的经验工具，并开放新的途径，以分析当语言在人类谱系中出现时语言，文化和生物学进化如何相互作用。除了语言之外，这里提出的区别允许识别其他形式的生物和文化进化的变化，从而发展了实证研究的新观点。重要的是，我们的框架将有助于应对前所未有的科学和道德挑战，这些挑战目前是由于文化进化的迅速影响而引起的，最急需的语言疾病临床工具，技术对语言对语言的潜在表观遗传作用，人工英特尔语，人工领域，人工领域以及语言交流和全球语言损失的语言损失和语言学多样性和身份。