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振兴农业：下一代基因分型和...
生产力（Abbass等，2022）。因此，它们对与食品相关的独特品质和地理指示构成了威胁。在过去的几十年中，气候变化已经开始影响茄科作物，极端的天气模式将显着影响番茄，胡椒和茄子的产量和质量（Lee等，2018; Bhandari et al。，2021; 2021; Suman，2022; 2022; 2022; 2022; Toppino等。，2022年）。尽管某些农业实践和耕种技术可能会提供临时应对机制，但需要实施长期策略来应对脆弱地区气候变化的挑战。繁殖策略在开发气候富裕品种以及常规育种技术（CBT）和新育种技术（NBT）方面起着至关重要的作用，为增强低输入生产系统中农作物弹性提供了强大的工具（Razzaq等人，2021年，2021年； Xiong等，20222）。从历史上看，育种计划一直集中在开发抗疾病的品种上以确保可持续生产（Poczai等，2022）。通过选择性地育种自然抗性或纳入野生亲戚的抗药性基因，育种者可以增强农作物对常见疾病的韧性，例如晚枯萎病，细菌枯萎病和病毒感染。繁殖工作还针对农艺性状，可以减轻气候变化对溶阿酸作物的影响，包括干旱耐受性，耐热性，耐水性（WUE）和营养吸收效率（NUE）。同时，增强水果质量的属性是番茄，胡椒和茄子的关键育种目标（Bebeli和Mazzucato，2009年）。因此，主要的育种重点是改善特征，例如avor，营养含量，质地和保质期，将它们纳入新品种，以确保这些农作物对消费者保持吸引力并适应不断变化的市场需求。在本文中，将审查有关下一代基因分型和 - 组技术的最新技术，用于审查茄科家族中多种弹性特征的分子预测，旨在为恢复和弹性设施（RRF）NextGeneration externeration Ensteration eutlanting Plans建立研究活动的起点。
高度敏感的HPV检测和基因分型
人乳头瘤病毒（HPV）是宫颈癌以及头颈癌的良好危险因素。对HPV疫苗的研究需要细致的遗传分析，以查明各种（高风险）HPV基因型。同样，流行病学研究要求对普遍的HPV菌株进行全面的基因审查。在多种临床状况中，对普遍的HPV菌株进行了详细分析，例如肛门生殖器和头颈癌（包括口腔和喉癌）以及肛门，阴茎和外阴鳞状细胞癌。
优化 GBS 方案以实现牧草物种的有效基因分型
GBS（测序基因分型）以前被证明是一种经济高效且可靠的方法，可用于对几种牧草进行基因分型 [1; 2]。GBS 通过使用限制性酶来限制要扩增和测序的基因组部分（基因座）来降低基因组的复杂性 [3]。在某些情况下，当基因座数量相对于测序工作量而言很高时，就会生成许多基因座缺失数据的基因分型矩阵。因此，需要优化 GBS 协议以获得最多的基因座数量和最少的缺失数据比例。我们测试了几种限制性酶，并评估了在紫苜蓿（Medicago sativa）和鸭茅（Dactylis glomerata）两个物种中获得的基因座数量。对于紫苜蓿，我们还确定了在 1 066 个种质中获得的 SNP 和缺失数据的数量。
应用注释 - puretarget重复扩展面板和HIFI测序的全面基因分型
自定义Puretarget面板没有PACBIO正式支持。用户必须设计和订购其指南RNA并相应地优化其自定义面板。PACBIO可以提供有关指南RNA设计软件和优化自定义面板的策略的有限指导。我们建议在添加新的指南RNA或测试一组自定义指南之前，请首先使用支持的样本类型在Puretarget重复扩展面板上进行成功。添加少量重复扩展目标是相对较低的风险，因为片段的大小与套件（4-5 kb）中提供的面板相似。已显示出多达5对指南的成功，以实现其他重复扩展目标。SMRT链接PuretArget重复扩展分析或带有TRGT的命令行分析可以与包括新坐标的更新目标床文件一起使用。
识别肠杆菌科和cronobacter spp。在生牛奶，牛奶浓缩物和牛奶粉：患病率和基因分型
摘要cronobacter spp。（前肠杆菌Sakazakii）是偶尔的粉状婴儿配方奶粉（PIF）的污染物，并且与罕见的新生儿感染病例有关。对这些生物体的普遍性和/或污染群体的普遍性调查对制造商来说至关重要，以降低这些产品污染的水平。提高客户对其他奶粉基于（年龄较大的婴儿）可能污染的污染的认识提出了有关存在肠杆菌科，尤其是cronobacter spp的问题。在Pif e以外的其他导管中。 g。牛奶浓缩物（中级）和奶粉，都加入了各种婴儿食品。这项研究的目的是创建有关肠杆菌科的患病率和可能的流行病学相关性的数据。在生牛奶，牛奶浓缩物和奶粉中，从瑞士牛奶粉生产设施（2个生产地点）获得。收集了总共100种原始牛奶样品，91个牛奶浓缩样品和172个奶粉样品，并测试包括肠杆菌科在内，包括cronobacter spp。通过文化手段。子集选择进一步的分子鉴定和亚型分析。在所有类型的样品中都观察到了肠道科家族的各种成员，而cronobacter spp均观察到。仅从奶粉中隔离。亚型显示，在Cronobacter spp中，异质性的异质性相对较高。与两个生产地点的分离，表明将生产环境中的生物持续进入和传播到产品中。
Geny：杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因等位基因分解的基因分型工具
自然杀伤 (NK) 细胞是人类先天免疫系统的重要组成部分，是宿主抵御感染、病毒和疾病的第一道防线。这些细胞负责快速应对各种病理挑战，例如病毒感染细胞和癌细胞 ( 1 – 3 )。NK 细胞受细胞表面受体的调节，这些受体与体内各种细胞表面的主要组织相容性复合体 I 类 (MHC-I) 分子相互作用 ( 4 )。这些受体又由杀伤细胞免疫球蛋白样受体 (KIR) 基因编码，该基因位于人类 19 号染色体上白细胞受体复合体 (LRC) 的 150kb 区域内，其表达和相互作用对于区分健康细胞和异常细胞至关重要。由于个体之间存在巨大的遗传多样性，KIR 基因导致个体之间出现各种各样的免疫反应，这也影响疾病易感性 ( 5 )。因此，KIR 基因属于高度多态性基因家族，因此包含大量存在于人类群体中的已知基因相（也称为等位基因，或在某些情况下称为基因型）（ 6 ）。重要的是，这种变异不仅限于编码区，还涵盖指导 KIR 基因表达的调控区。有人提出，这种巨大的遗传多样性可能源于不断进化的病毒带来的进化压力（ 7 ）。这种复杂的遗传结构意味着不到 2% 的无关个体具有相同的 KIR 基因型（ 8 ）。十七 (17) 个 KIR 基因根据其胞外免疫球蛋白样 (lg-like) 结构域（指定为 2D 或 3D）和其胞质尾的长度（标记为 L 表示长胞质尾，标记为 S 表示短胞质尾，标记为 P 表示假基因）命名。一般规则是，短尾 KIR 是激活受体，而长尾 KIR 是抑制受体。基于这些名称，KIR 基因可分为以下几类： (a) 六 (6) 个基因，具有两个结构域和长胞质尾巴（ KIR2DL1 – KIR2DL5B ）， (b) 五 (5) 个基因，具有两个结构域和一个短胞质尾巴（ KIR2DS1 – KIR2DS5 ）， (c) 三 (3) 个基因，具有三个结构域和长尾巴（ KIR3DL1 – KIR3DL3 ）， (d) 一 (1) 个 KIR3DS1 ，其特征是具有三个结构域和一个短尾巴，以及 (e) 两 (2) 个假基因（ KIR2DP1 和 KIR3DP1 ）1. 全区域 KIR 单倍型分为两类：组 B（具有 KIR2DL5 、 KIR2DS1 、 KIR2DS2 、 KIR2DS3 、 KIR2DS5 和 KIR3DS1 之一）和组 A（没有这些基因中的任何一个） （ 7 ） （图 1 ）最后，单个基因等位基因的命名，大致遵循基因注释中使用的星号等位基因命名法（ 9 ， 10 ），其中每个等位基因被分配一个数字来表明其功能（ 8 ）。目前已知的 KIR 等位基因已在 IPD-KIR 数据库中进行了汇编和分类（11）。由于不同的 KIR 等位基因会导致不同的免疫反应，因此有必要对 KIR 基因进行精确的基因分型和分期，以更好地了解这些基因在免疫系统中的作用。一种经济有效的方法是使用高通量测序 (HTS) 技术，该技术已成功用于
对用于首次排尿样本的 Allplex HPV28 基因分型检测进行优化和分析验证
摘要尽管首次尿液 (FVU) 越来越多地被认可为一种可靠的人乳头瘤病毒 (HPV) 检测样本，但缺乏经过充分验证的检测方法，无法对 FVU 样本进行疫苗影响监测所需的完整定量基因分型。Allplex HPV28 检测能够单独检测 28 种 HPV 基因型，是一种很有前途的方法。我们旨在评估其在 FVU 样本上的基因型特异性性能，并优化 FVU 预分析。我们选择了使用 Colli-Pee 装置 (20 mL，带 UCM) 采集的 701 个 FVU 样本，这些样本基于之前使用 GP5+/6+-PCR 反向线印迹 (GP5+/6+ RLB) 和 Amicon 过滤 (AF) 后的 E7-MPG 进行的测试，以富集 HPV 阳性 (n = 630)。我们首先评估了根据不同的预分析方法 Allplex HPV28 基因型特异性阳性的可比性和一致性。随后，我们对 Allplex HPV28 与 GP5+/6+ RLB AF 和 E7-MPG AF 进行了基因型特异性比较。在比较预离心和非离心 DNA 提取时，以及在比较手动和自动 DNA 提取时，Allplex HPV28 检测的 HPV 阳性率没有显著差异。在 Allplex HPV28 和 GP5+/6+ RLB AF 之间观察到了良好的基因型特异性一致性，Allplex HPV28 对所有 28 种 HPV 基因型的敏感性略高（平均 Allplex HPV28：GP5+/6+ RLB AF 比率为 1.729）。与 E7-MPG AF 相比，Allplex HPV28 对所有 21 种重叠 HPV 基因型的灵敏度较低（平均 Allplex HPV28:E7-MPG AF 比率为 0.588）。本研究结果结合实际实施考虑，支持在自动或手动 DNA 提取后使用 Allplex HPV28 检测，无需预离心，用于基于 FVU 样本的 HPV 研究，尤其是用于疫苗对 HPV 流行率影响监测的研究。
开发rice中标题日期的SNP基因分型测定
标题日期（HD）是由多个基因座控制的至关重要的农艺性状，它可以探讨大米（Oryza sativa L.）的一系列地理和季节性适应。因此，有关跨父母HD基因型的信息对于标记辅助育种计划至关重要。在这里，我们使用Fluidigm 96-Plex SNP基因分型平台来开发基因分型测定，以确定41 HD基因座的等位基因（29个先前具有特征性的基因和12个定量性状基因座[QTLS]，包括新检测到的QTL）。基因分型测定总共区分了144个等位基因（根据文献和公开可用的数据库定义）和QTL。377个品种的基因分型平均显示3.5个等位基因，HD1，GHD7，PRR37和DTH8的多样性高于其他基因座的基因分型，而参考（“ Nipponbare”）基因型在41个基因座的30型中的占主导地位。HD预测模型使用来自200个品种的数据显示出良好的相互作用（r> 0.69，p <0.001），当时用22种未包含在预测模型中的品种进行测试。因此，开发的测定法提供了有关HD的基因型信息，并将实现具有成本效益的繁殖。
locityper：复杂多态基因的靶向基因分型
图2。单倍型精度定义和分析在256个具有挑战性的医学相关基因座。a，hap-lot型误差计算为实际和预测的单倍型之间的序列差异。质量值（QV）是单倍型误差的类似phred的变换。b，序列差异（单倍型误差）和QV箱之间的近似对应关系。c，全数据库locityper的单倍分型精度（以填充圆圈为标记）和1公斤的调用分别设置为最多40 HPRC样品。单倍型失败过滤的单倍型以灰色显示。d，在多达40个HPRC样本中，保留的一个设置中的locityper精度（loo;带有白色圆圈）和相应的单倍型可用性（实际和最接近可用的单倍型之间的QV）。e，从1kgp的602 Illumina WGS三重奏处的Locityper一致性。f，准确性，在跨HPRC样品的LOO设置中被Locityper丢失 - 最佳可用QV和预先介绍的QV之间的差异。累积分数显示为浅蓝色。
社论：植物基因分型：从传统标记到现代技术
与外部植物性状不同，肉眼的肉眼无法区分构成负责这些表型特征的基本遗传材料的基因型。使基因型可以进行研究，并在植物育种和相关主题中进一步理解和使用，已经可以使用各种基因分型方法。植物基因分型始于相当复杂的方法，基于使用标记的探针直接杂交DNA片段来鉴定需要大量靶DNA的特定基因（如限制片段长度多态性或RFLP的情况下）。几年后，它们演变为一系列相对简单，更便宜的基于PCR的方法。These latter reached a peak with very polymorphic and straightforward markers, like microsatellites or SSR (Simple sequence repeats), which were then followed by DNA sequencing and fragment analysis, PCR and qPCR, allele-speci fi c molecular probes and primers, and today ' s modern and advanced microchip-DNA technology involving hundreds to thousands of simultaneous reactions.我们的知识和植物基因分型进展的当前状态在此研究主题中进行了更新，在该主题中，我们详细介绍了用于针对不同植物物种感兴趣的各种基因的可用方法和技术。从传统分子标记到现代微阵列技术，我们的研究主题涵盖和解决了广泛而多样的领域。纳入了各种科学方法和研究思想，旨在更好地了解植物基因分型的更好的理解和实际应用。Yin等。 chinensis makino）。Yin等。chinensis makino）。这导致了随后的14篇发表论文。如上所述，SSR标记是一种简单，通用且直接的分子工具，用于植物基因分型。使用的SSR标记用于实用识别和非头卷心菜的独特性测试（Brassica Campestris ssp。这是一个非常重要的测试，它建立了独特的，统一性和稳定性（DU），这是授予植物品种权利（PVR）所需的基本因素。作者测试了287个SSR标记，用于423种非头卷心菜品种的基因分型，并使用了四种荧光染料，FAM，HEX，HEX，TAMRA和ROX，用于远期引物的标签。重要的是，两种方法