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在益元合理条件下RNA和DNA-核苷的选择性磷酸化
使用活化磷酸盐的使用通常允许轻度反应条件以核苷对核糖磷酸化的磷酸化，通常在水分条件下进行反应。最常将反应作为糊反应进行，以最大程度地减少活化的磷酸盐的水解，同时有利于核苷和磷酸化剂的凝结反应。[15,17]尽管可以以这种方式增加产率，但通常不可能对单个羟基的选择性磷酸化。Krishnamurthy等。证明，使用DAP，可以直接合成2'3'核苷单磷酸盐（2'3'CNMP），仅产生痕量的5'-氨基磷酸盐，最终在水中培养基中最终凝结为5'核苷单磷酸盐（5'NMP）。[15] 2'3'CNMP不仅在人体中发挥作用[18]，而且还可能为在早期地球上形成RNA的途径提供了途径。[19,20]已经表明，发夹核酶或其变体能够催化在RNA链中添加2'3'CNMP，因此可能在RNA世界假设中起着基本作用。[19-23]
三阴性乳腺癌：在体内模型中具有功效的CIRCRNA
摘要。三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的侵略性亚型，治疗方案不足。为了确定新的靶标和治疗方式，我们搜索了文献中的循环RNA（CIRCRNA），这些循环RNA（CIRCRNA）介导了与TNBC相关的体内临床前模型中的功效。除了调节肿瘤抑制途径的5个下调的CIRCRNA外，我们还确定了15个上调的ciRCRNA。下调和上调是指在相应的非转化细胞和组织中的表达。上调的CIRCRNA包含五种跨膜受体和分泌的蛋白质作为靶标，五个转录因子和转录相关靶标，四个相关的细胞周期相关的CIRCRNA和一种涉及紫杉醇抗性。在本评论文章中，我们讨论了治疗干预的相关方面和方式。可以通过在肿瘤细胞中重新表达相应的ciRCRNA或相应靶标的上调来重新组建下调的ciRCRNA。可以通过小型互为RNA（siRNA）或短发夹RNA（shRNA）的方法来抑制上调的CIRCRNA，或使用小分子或与抗体相关的部分抑制相应的靶标。
非常稳定的基于发夹的生物传感器，用于快速检测DNA连接酶
摘要：DNA连接酶是所有生物体中与DNA复制和修复过程有关的必不可少的酶。这些酶通过催化在双链DNA中并置了5'磷酸盐和3'羟基末端之间的磷酸二酯键来密封DNA。除了它们在维持基因组完整性方面的关键作用外，DNA连接酶最近已被确定为几种类型的癌症的诊断生物标志物，并被认为是治疗各种疾病的潜在药物靶标。尽管DNA连接在基础研究和医学应用中是显着的，但开发有效检测和精确量化这些关键酶的策略仍然具有挑战性。在这里，我们报告了高度敏感和特定生物传感器的设计和制造，其中利用稳定的DNA发夹来刺激荧光信号的产生。在广泛的实验条件下，验证了该探测器是稳定的，并且在检测DNA连接酶时表现出有希望的性能。我们预计，基于发夹的生物传感器将显着发展针对某些疾病的新靶向策略和诊断工具。
大小可切换DNA折纸结构由动态跨界启用
图1。schema5c Illustra5on的大小开关DNA折纸纳米结构。（a）收缩状态下的一层DNA折纸。它由两个部分组成，上部（绿色）是交叉替换的可扩展结构，下部（灰色）是控制的DNA结构。可扩展的部分内部有两种响应式跨界单元：I-MO5F或DNA发夹。（b）当互补链F F打开二次结构时，DNA纳米结构的扩展状态形成了双链体，Theore5ccly 5 ccal将结构扩大到大约两个5MES大。燃料链FJ将F的去除反向结构转换为合同状态（F/FJ对仅是符号，但I-MO5F和发夹的序列是不同的）。对于启用了I-MO5F的扩展，pH值从5到7.5调整为7.5。当构造结构时，添加了燃料链FJ以去除F链，并且pH再次将5置为5。设计的结构宽度约为51 nm，可扩展部分的尺寸变化容量从40.5 nm到157.5 nm。
丙戊酸对胎儿脑转录组的快速影响
G蛋白偶联受体（GPCR）家族的μ阿片受体（μor）是阿片类镇痛药的分子靶标，例如吗啡和芬太尼。由于当前可用的阿片类药物的局限性和严重副作用，因此对开发新型μOR功能调节剂的兴趣很大。当今的大多数GPCR配体都是小分子，但是包括抗体和纳米体在内的生物制剂都在成为具有明显优势（例如亲和力和目标选择性）的替代疗法。在这里，我们描述了纳米型NBE，它有选择地结合μor并充当拮抗剂。我们在功能上将NBE表征为细胞外和遗传编码的配体，并通过求解NBE-µOR复合物的冷冻EM结构来揭示μor拮抗的分子基础。nbe显示出独特的配体结合模式，并通过与直角口袋和细胞外受体环的相互作用来实现μor选择性。基于由NBE组成的β-发pin回路，该环将深深插入µOR和最具结合的接触中，我们设计了保留μor拮抗作用的短肽类似物。这项工作说明了纳米构造与GPCR唯一互动的潜力，并描述了可以作为治疗性发展的基础的新型μor配体。
toehold介导的链位移的单分子力光谱
toehold介导的链位移的单分子力光谱Andreas Walbrun 1，*，Tianhe Wang 2，*，Michael Matthies 2，Petršulc2,3，Friedrich C. Simmel 2，+ Matthias Rief，Matthias Rief 1慕尼黑技术大学生物科学系综合蛋白质科学中心（CPA），Ernst-Otto-Fischer-STR。8，85748德国Garching。 电子邮件：matthias.rief@mytum.de 2。 慕尼黑技术大学，TUM自然科学学院，生物科学系，AM COULOMBWALL 4A，85748 GARCHING，德国。 电子邮件：simmel@tum.de 3。 亚利桑那州立大学生物设计学院的分子科学和分子设计与生物仪中心，美国亚利桑那州南卡利斯特大街1001号，美国亚利桑那州坦佩市85281，美国 *这些作者同样贡献：安德烈亚斯·沃尔布伦（Andreas Walbrun） （TMSD）在动态DNA纳米技术中广泛使用，并且是多种基于DNA或RNA的反应电路的基础。 以前的研究通常依赖于散装荧光测量值来研究TMSD的动力学，该动力学仅提供有效的，散装平均的反应速率，并且无法在单个分子甚至碱基对的水平上解决该过程。 在这项工作中，我们使用单分子力光谱（SMF）探索单分子水平的链位移过程的动力学，并具有由最先进的粗粒元模拟支持的光学陷阱。 此外，我们使用力研究了DNA入侵RNA的动力学，这一过程很少发生力。8，85748德国Garching。电子邮件：matthias.rief@mytum.de 2。慕尼黑技术大学，TUM自然科学学院，生物科学系，AM COULOMBWALL 4A，85748 GARCHING，德国。电子邮件：simmel@tum.de 3。亚利桑那州立大学生物设计学院的分子科学和分子设计与生物仪中心，美国亚利桑那州南卡利斯特大街1001号，美国亚利桑那州坦佩市85281，美国 *这些作者同样贡献：安德烈亚斯·沃尔布伦（Andreas Walbrun） （TMSD）在动态DNA纳米技术中广泛使用，并且是多种基于DNA或RNA的反应电路的基础。 以前的研究通常依赖于散装荧光测量值来研究TMSD的动力学，该动力学仅提供有效的，散装平均的反应速率，并且无法在单个分子甚至碱基对的水平上解决该过程。 在这项工作中，我们使用单分子力光谱（SMF）探索单分子水平的链位移过程的动力学，并具有由最先进的粗粒元模拟支持的光学陷阱。 此外，我们使用力研究了DNA入侵RNA的动力学，这一过程很少发生力。亚利桑那州立大学生物设计学院的分子科学和分子设计与生物仪中心，美国亚利桑那州南卡利斯特大街1001号，美国亚利桑那州坦佩市85281，美国 *这些作者同样贡献：安德烈亚斯·沃尔布伦（Andreas Walbrun） （TMSD）在动态DNA纳米技术中广泛使用，并且是多种基于DNA或RNA的反应电路的基础。以前的研究通常依赖于散装荧光测量值来研究TMSD的动力学，该动力学仅提供有效的，散装平均的反应速率，并且无法在单个分子甚至碱基对的水平上解决该过程。在这项工作中，我们使用单分子力光谱（SMF）探索单分子水平的链位移过程的动力学，并具有由最先进的粗粒元模拟支持的光学陷阱。此外，我们使用力研究了DNA入侵RNA的动力学，这一过程很少发生力。通过探测toehold结构的发夹的末端，我们可以通过微秒和纳米分辨率实时触发和观察TMSD。使用微流体测定法，我们将发夹暴露于触发链的溶液中，我们发现在负载下，TMSD的进行非常迅速，单步时间为1 µs。将不匹配引入入侵者序列使我们能够调节稳定性，以使入侵和重新染色在均衡中也发生，即使在负载下也是如此。这使我们能够在单个分子上研究数千个入侵/入侵事件，并分析入侵过程的动力学。将我们的发现推送到零载荷，我们发现DNA入侵DNA的单步速度比入侵RNA快的速度快四倍。我们的结果揭示了序列效应对TMSD过程的重要性，并且对于核酸纳米技术和合成生物学的广泛应用至关重要。关键字：肋骨调节器，脚趾介导的链位移，分支迁移，单分子力光谱
CRISPR-CSM复合物的精确成绩单靶向
使用效率低下，不精确和亚细胞隔室化引起的现有方法，哺乳动物细胞中的鲁棒和精确的转录物靶向仍然是一个困难的挑战。在这里我们表明，群集的定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）-CSM Complex是原核生物中III III CRISPR免疫系统的多蛋白效应子，可提供核和细胞质转录物的手术RNA消融。作为最广泛发生的CRISPR自适应免疫途径的一部分，CRISPR-CSM使用可编程的RNA指导的机制来查找和降低靶标RNA分子，而无需诱导细胞RNA的不差异化跨性别分解，从而使其比CRISPR-Cas13家族的enzemes eNzemes的重要优势具有重要优势。使用嗜热链球菌CSM复合体的单载体递送，我们观察到高效率RNA敲低（90-99％）和人类细胞中最小的脱靶效应，超过了现有技术，包括短发蛋白RNA RNA和Cas13介导的敲击。我们还发现，催化灭活的CSM达到了特定且耐用的RNA结合，这是我们对活细胞RNA成像的特性。这些结果确立了多蛋白CRISPR-CAS效应络合物作为真核生物中RNA靶向工具的可行性和功效。
basic-sirna-respension-protocol.pdf
1。简短离心管，包含siRNA，以确保在管子的底部收集siRNA颗粒。2。使用表1。a中列出的所需量的所需的最终浓度重悬于无RNase 1X siRNA缓冲液中（请参见下面的注释）。例如：对于10 nmol的siRNA和20 µm库存浓度，加入500 µl 1x siRNA缓冲液。3。移液器上下溶液上下3-5次，避免引入气泡并牢固密封管（或多孔板）。4。在室温下将溶液放在轨道搅拌机/振动器上30分钟。5。简短离心管，包含siRNA，以确保将溶液收集在管子底部。6。使用260 nm处的紫外分光光度法验证siRNA的浓度。对于siRNA，1 µm = 13.3 ng/µl。对于microRNA模拟，1 µm = 14.1 ng/µl和microRNA发夹抑制剂，1 µm = 18.5 ng/µl请参阅FAQ，有关其他信息。7。RNA可以立即使用，或将等分等分为较小的体积以限制冻融周期的数量。重悬于的siRNA应将其存储在-20°C中，以手动除霜或非周期冰柜。在4°C下存储最多可容纳6周。
胰腺癌中的circrnas
摘要。我们已经回顾了圆环RNA（CIRCRNA）的文献，在临床前胰腺癌中具有功效相关的体内模型。鉴定出的CIRCRNA靶化学抗性机制（n = 5），分泌的蛋白质和跨膜受体（n = 15），转录因子（n = 9），信号传导的成分 - （n = 11），泛素化 - （n = 2） - （n = 2），自噬系统（自动噬菌体）（n = 2）和其他（n = 9）。除了确定治疗性干预靶标外，CIRCRNA是治疗胰腺癌的潜在新实体。可以通过反义寡核苷酸（ASO），小型干扰RNA（siRNA），短发夹RNA（SHRNA）或定期散布的短上粒子短上粒细胞激素重复蛋白相关蛋白（CRISPR-CAS）基于基于的 - 基于基于短上的蛋白质（CRISPR-CAS） - 基于基于限制的可以抑制。 使用质粒或基于病毒的载体系统替换疗法可以重新构成下调的CIRCRNA的功能。 检查了目标验证实验和改进的相应剂输送系统的开发。 胰腺癌是癌症死亡的第三个总体原因，2022年全球每年60 000次发病率（1）。 手术后的五年生存中位数约为20％，只有15-20％的患者有资格进行诊断（2）。 目前，Abraxane，Paclitaxel-可以抑制。 使用质粒或基于病毒的载体系统替换疗法可以重新构成下调的CIRCRNA的功能。 检查了目标验证实验和改进的相应剂输送系统的开发。 胰腺癌是癌症死亡的第三个总体原因，2022年全球每年60 000次发病率（1）。 手术后的五年生存中位数约为20％，只有15-20％的患者有资格进行诊断（2）。 目前，Abraxane，Paclitaxel-。使用质粒或基于病毒的载体系统替换疗法可以重新构成下调的CIRCRNA的功能。检查了目标验证实验和改进的相应剂输送系统的开发。胰腺癌是癌症死亡的第三个总体原因，2022年全球每年60 000次发病率（1）。手术后的五年生存中位数约为20％，只有15-20％的患者有资格进行诊断（2）。目前，Abraxane，Paclitaxel-
在Peer Rev
摘要：RNA编程的CRISPR效应蛋白CAS12A已成为基因编辑和分子诊断的强大工具。但是，需要其他生物工程策略来控制CAS12A活动。在这里，我们表明，可以使用toehold开关DNA发夹，并在环路中呈现一个合理设计的锁定的原始探针相邻基序（PAM），可用于控制CAS12A，以响应分子输入。通过链位移反应从发夹中重新配置Toehold开关DNA从发夹到双链体构象，这提供了一种有效的手段来调节PAM的可及性，从而控制了Cas12a的结合和裂解活性。通过这种方法，我们通过利用基于接近度的链位移反应来响应目标结合来展示触发下游CAS12A活性的潜力。通过利用Cas12a的反式分解活性作为信号转导方法，我们证明了我们的传感应用方法的多功能性。我们的系统可以快速地检测具有高灵敏度和特异性的IgG抗体和小分子。除了生物分析应用外，可开关的PAM设计的脚趾开关还可以作为可编程工具，能够调节基于CAS12A的靶向和DNA处理，以响应分子输入，并且对广泛的生物技术应用持希望。