3. 10 位透明基础设施 强烈建议实施者/广播者确保辅助数据和信号(见表 1)在整个制作链中不被改变。此外,制作链中的设备应适当处理信号。否则,必须手动验证每个制作步骤(正确设置色彩空间、色彩矩阵、传递函数)。
30 多年来,IDT 的创新基因组学应用工具和解决方案一直在推动进步,激励科学家敢于梦想,实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品,为学术和商业研究、农业、医疗诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务,提供个性化的客户服务。
Highly efficient CRISPR-mediated homologous recombination via 1 NHEJ deficiency rather than HDR factors overexpression in Populus 2 3 Ali Movahedi 1§* , Hui Wei 1§ , Zhong-Hua Chen 2 , Weibo Sun 1 , Jiaxin Zhang 3 , Dawei Li 1 , Liming 4 Yang 1* , and Qiang Zhuge 1* 5 6 1 College of Biology and the Environment,中国南部7号的可持续林业共同创新中心,森林遗传学与生物技术主要实验室,教育部,南京林业大学8号,南京210037,210037,9 2霍克斯伯里环境学院,霍克斯伯里环境学院,西悉尼悉尼大学,10佩里斯大学,新南威尔士州佩里斯2751,新南威尔士州2751,澳大利亚11 3 n and NANJ and nanj andial andical Instriciting andical Sciention and nan Junan Junlan andical Instriciting Synormitics Squartring Synormitics Squarnion,NAN NAN NAN NAN NAN SACEITIC 210046,中国13 14 15 *应将信件发送给Qiang Zhuge,Ali Movahedi和Liming Yang:生物学与环境学院16,南部17中国可持续林业中心共同创新中心,中国森林遗传学与生物技术的主要实验室,教育部,Nanjing 18 Forestry University,Nanjing 18 Forestry University,Nanjing University,Nanjing University,Nanjing 210037。电子邮件:qzhuge@njfu.edu.cn; 19 ali_movahedi@njfu.edu.cn; yangliming@njfu.edu.cn;传真:+86 25 85428701 20 21§这些作者同样作为第一作者22 23 22 23 24跑步标题:高效通过XRCC4 Poplar中的XRCC4缺乏效率25 26 26 27 27 27 27 28 29 28 29 30 31 32 33 33 34 35 33 35 36 37 37 38 39 39 38 39 38 39 39 38 39 38 39 38 39 38 39电子邮件:qzhuge@njfu.edu.cn; 19 ali_movahedi@njfu.edu.cn; yangliming@njfu.edu.cn;传真:+86 25 85428701 20 21§这些作者同样作为第一作者22 23 22 23 24跑步标题:高效通过XRCC4 Poplar中的XRCC4缺乏效率25 26 26 27 27 27 27 28 29 28 29 30 31 32 33 33 34 35 33 35 36 37 37 38 39 39 38 39 38 39 39 38 39 38 39 38 39 38 39
图 2:在 K-562 细胞中通过电穿孔优化 HDR 介导的报告基因敲入。A. LMNA -EGFP 供体质粒单独电穿孔,浓度增加,显示非特异性 EGFP 表达量较低。Cas9 蛋白:crRNA:tracrRNA 电穿孔,LMNA -EGFP 供体质粒浓度增加,显示 EGFP 表达相关增加。B. 放大倍数增加后,HDR 介导的敲入样本中 EGFP 表达的定位与 LMNA 的预期一致,位于细胞核中,并与 Hoechst 染色共定位。C. HDR 介导的敲入细胞群的流式细胞术分析显示,随着 DNA 供体质粒数量的增加,EGFP 表达增加高达 32%。单独 DNA 供体质粒对照的相应分析显示所有剂量的 EGFP 表达均低于 0.5%(未显示数据)。
(ssDNA) 是优于 dsDNA 的 HDR 模板。在此,我们报告了一项系统研究,比较了 HEK293 细胞中的 dsDNA HDR 模板和 IDT Ultramer® 寡核苷酸 ssDNA HDR 模板。测试了链选择和同源臂长度,以确定 HDR 在 Cas9 dsDNA 断裂点创建新的限制位点(6 个碱基插入)的效率。使用较长 ssDNA HDR 模板的初步实验表明,与较短 ssDNA 模板具有类似的优势和行为。具有不对称同源臂的模板的 HDR 插入。使用具有不对称同源臂的 HDR 模板导致 EcoRI 插入率与对称同源臂的插入率相似。使用靶向链模板获得了高 HDR 效率,其中
摘要 CRISPR 相关 (Cas) 酶通过实现 RNA 引导的基因组编辑彻底改变了生物学。在供体模板存在下进行同源定向修复 (HDR) 目前是 CRISPR-Cas 诱导的双链 DNA 切割后引入精确编辑的最通用方法,但 HDR 效率通常低于导致插入和缺失 (indel) 的末端连接途径。我们测试了使用与 PRDM9 融合的 Cas9 构建体可以增加 HDR 的假设,PRDM9 是一种染色质重塑因子,可沉积组蛋白甲基化 H3K4me3 和 H3K36me3,经证实可介导人类细胞中的同源重组。我们的结果表明,融合蛋白特异性地在 DNA 中的 Cas9 切割位点接触染色质,使观察到的 HDR 效率加倍,并将 HDR:indel 比率提高 3 倍,与单独使用 Cas9 诱导的相比。HDR 增强发生在多种细胞系中,脱靶基因组编辑没有增加。这些发现强调了染色质结构对于 CRISPR-Cas 基因组编辑过程中 DNA 修复途径选择的重要性,并提供了一种提高 HDR 效率的新策略。意义声明 CRISPR-Cas 介导的同源定向修复 (HDR) 可为各种研究和临床应用提供精确的基因组编辑,但由于竞争性端接途径,HDR 效率通常较低。在这里,我们描述了一种通过设计 CRISPR-Cas9-甲基转移酶融合蛋白来影响 DNA 修复途径选择并提高 HDR 效率的简单策略。该策略强调了组蛋白修饰对 CRISPR-Cas 诱导的双链断裂后 DNA 修复的影响,并增加了 CRISPR 基因组编辑工具箱。
面对陪审团,由:Ginestet,Stéphane大学教授,Insa-Toulouse报告员Le-Pierre,Nolwenn大学教授,Savoie Mont Blanc Rapporteur Zondag大学教授,Herbert A.大学,Insa-Lyon论文主任Johannes,Kévyn讲师(HDR),大学论文联合主任Claude Bernard Lyon 1 Horgnies,Matthieu医生,HDR,HDR,HDR,研究工程师,研究工程师,Lafargeholcim Innovation Center /viv>/viv>/viv>/viv>>
摘要:精确的基因编辑是 - 或很快就会用于多种疾病的临床用途,并且正在开发更多应用。由单个诱导RNA(SGRNA)导演的可编程核酸酶CAS9可以在基因组DNA的靶位点中引入双链断裂(DSB),这构成了使用这种新技术的基因编辑的初始步骤。在哺乳动物中,两种途径占主导地位的DSB修复 - 非同源末端连接(NHEJ)和同源指导的修复(HDR) - 基因编辑的结果主要取决于这两个修复途径之间的选择。尽管HDR以其高度有吸引力,但在生物学环境中,修复途径的选择是有偏见的。哺乳动物细胞优先通过多种机制利用NHEJ:NHEJ在整个细胞周期中都活跃,而HDR仅限于S / G2阶段; NHEJ比HDR快。 NHEJ抑制了HDR过程。这表明可以通过操纵细胞修复途径的选择来实现对编程DNA病变结果的明确控制。在这篇综述中,我们总结了DSB修复途径,基于DNA切除的选择选择的机制,并在研究策略中取得了进展,该策略基于操纵修复途径的选择以增加哺乳动物细胞的HDR频率,从而有利于Cas9介导的HDR。还讨论了提高HDR效率的其余问题。本评论应促进CRISPR / CAS9技术的开发,以实现更精确的基因编辑。
CRISPR – CAS蛋白是用于在靶向基因组基因座上引入双链断裂(DSB)的RNA引导的核酸酶。DSB通过内源性细胞途径(例如非同源末端连接(NHEJ)和同源指导修复(HDR))修复。在修复过程中提供外源DNA模板,可以通过HDR途径有意,精确地掺入所需的突变。但是,与更快但准确的NHEJ介导的修复相比,HDR的维修率通常很慢。在这里,我们使用单链寡脱氧核苷酸(SSODN)供体模板描述了全面的设计注意事项和优化的高效HDR方法,用于包括S.P.Cas9,S.P。 cas9 d10a nickase和A.S. CAS12A作为核糖核蛋白(RNP)配合物传递。 针对指导RNA选择,供体链的偏好以及在供体模板中的阻止突变的掺入以防止重新切断的功能,并在新颖的在线工具中实现了HDR供体模板设计。 这些发现允许在多个哺乳动物细胞系中使用HDR进行高频率的精确修复。 工具可用性:https://www.idtdna。com/hdrCas9,S.P。cas9 d10a nickase和A.S. CAS12A作为核糖核蛋白(RNP)配合物传递。针对指导RNA选择,供体链的偏好以及在供体模板中的阻止突变的掺入以防止重新切断的功能,并在新颖的在线工具中实现了HDR供体模板设计。这些发现允许在多个哺乳动物细胞系中使用HDR进行高频率的精确修复。工具可用性:https://www.idtdna。com/hdr
摘要 简介:基于成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白 (CRISPR-Cas) 的技术通过诱导位点特异性双链断裂 (DSB) 在宿主基因组中产生靶向修饰,而位点特异性双链断裂可作为体外和体内模型中同源定向修复 (HDR) 的底物。HDR 通路可以增强外源 DNA 模板掺入 CRISPR-Cas9 介导的 DSB 位点。由于 HDR 通路的速率低,精确基因组编辑的效率降低。提高 HDR 的效率可以提供基于 CRISPR-Cas9 技术的快速、简便和准确的技术。方法:本研究概述了基于小分子和改进的 CRISPR-Cas9 系统的精确基因组编辑策略的尝试。结果:为了提高靶细胞中的 HDR 率,已经引入了几种合理的策略,例如生成 CRISPR 效应嵌合蛋白、抗 CRISPR 蛋白、用供体模板修饰的 Cas9,以及使用经过验证的合成或天然小分子来抑制非同源末端连接 (NHEJ)、刺激 HDR 或同步细胞周期。最近,高通量筛选方法已被用于鉴定与 CRISPR 系统一起可以通过 HDR 调节精确基因组编辑的小分子。结论:刺激 HDR 成分或抑制 NHEJ 可以提高 CRISPR-Cas 介导的工程系统的准确性。生成嵌合可编程内切酶提供了这种机会来引导 DNA 模板靠近 CRISPR-Cas 介导的 DSB。小分子及其衍生物还可以有效地阻断或激活某些 DNA 修复途径,并为提高 HDR 效率带来新的视角,尤其是在人类细胞中。此外,小分子库的高通量筛选可以发现更多有前景的化学物质,从而改善 HDR 效率和 CRISPR-Cas9 系统。