研究人员发现,基于RNA-Seq的方法从高病毒载荷(VL)的样品中产生了1%的总HCV序列产率。他们注意到这种方法在公正的虽然是如何代价高昂,对中端VL的样本不敏感。使用其VE-SEQ方法,该组能够生成VLS的线性检测到1000 IU/mL,比常规RNA-Seq低10倍。此外,VE-SEQ(带有XGEN探针)导致HCV总读数增加了224倍,其中包括对低至中端VL的样品的1000倍富集,而高VL样品的HCV序列含量接近100%。使用VE-SEQ,如果样品段的序列及其最接近的匹配探针≥80%相同,则可以实现接近最大的富集。研究人员实施了一种用于优化探针设计的算法,从而创建了一个全面的HCV面板,代表了当前识别的7种HCV基因型中的6种。
图 1. Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 促进近野生型靶向编辑效力并显著减少脱靶位点编辑。RNP 复合物由 Alt-R Sp Cas9 Nuclease V3 或 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 与靶向 EMX1 基因的 Alt-R crRNA:tracrRNA 复合物结合形成。RNP 复合物 (4 µM) 通过 Nucleofection™ 方法 (Lonza) 递送到 HEK-293 细胞中。通过下一代测序 (rhAmpSeq 扩增子测序,IDT) 测量了靶位点和 9 个已知脱靶位点处的插入/缺失形成 (在 y 轴上以对数标度表示)。
如果您先前往工作地点执行 IDT,但发生了一些事情,要求您在执行任何部分的 AT 之前回家,您的订单将被取消,并且您不会获得任何旅行或交通费用的报销。通过先完成 AT,您可以消除这种可能性。此外,有时资金意味着订单不能在接近 AT 开始日期之前削减,因此在 AT 开始日期之前进行 IDT 也可能会因此导致问题。如果由于任务要求您必须在 AT 之前执行 IDT,请从您的 AC 主管处获得理由并联系您的支队,以便在 IDT 开始之前批准您的订单。
图1。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。 (a)高分子量(HMW)基因组DNA需要长片段的制备和富集。 (b)使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。 (c)使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。 (d)尺寸选定的片段被最终修复(ER)A-Tail(AT),并将适配器连接到适配器序列,并带有样品识别条形码序列。 (e)样品池与XGEN自定义HYB面板杂交,并捕获并富集。 (f)富集的目标片段通过远程PCR扩增。 (g)放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。 然后,富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。(a)高分子量(HMW)基因组DNA需要长片段的制备和富集。(b)使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。(c)使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。(d)尺寸选定的片段被最终修复(ER)A-Tail(AT),并将适配器连接到适配器序列,并带有样品识别条形码序列。(e)样品池与XGEN自定义HYB面板杂交,并捕获并富集。(f)富集的目标片段通过远程PCR扩增。(g)放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。
* 我们保证针对人类、小鼠、大鼠、斑马鱼或线虫基因的预设计 gRNA 的性能。对于其他物种,您可以使用我们的专有算法来设计定制 gRNA。如果您有自己的或来自出版物的 gRNA 原型间隔物设计,请使用我们的设计检查工具评估它们的靶向和脱靶潜力,然后再订购使用我们的 Alt-R gRNA 修饰合成的 gRNA。有关预设计 gRNA 保证的详细信息,请参阅 www.idtdna.com/CRISPR-Cas9。
1. 筛查合成核酸采购订单,识别关注序列(SOC)。2. 筛查含有SOC的合成核酸采购订单的客户,以验证其合法性。3. 向有关部门报告涉及SOC的潜在非法合成核酸采购订单。4. 保留与合成核酸订单相关的记录。5. 采取措施确保网络安全和信息安全。
xGen DNA 文库制备 EZ 试剂盒简化了 NGS 样本制备,用于在 Illumina ® 平台上进行测序。该试剂盒提供快速 DNA 片段化和文库构建,以生成用于测序的文库(图 1)。提供了获取 350bp 或 200bp 平均比对插入片段的详细说明,用于直接或靶向测序。针对更大的插入片段大小(最多 550 bp),提供了协议修订版,以指导您使用 xGen 减速模块。
下一代测序(NGS)的数据高度取决于库的质量。XGEN CFDNA和FFPE DNA库准备套件与IDT XGEN NGS杂交捕获工作流程配对,为研究人员提供了一种行业领先的解决方案,以生成高质量的测序库。IDT与第三方研究组织合作,比较了XGEN CFDNA和FFPE DNA库Prep套件和自定义杂交捕获(HYB CAP)与两个竞争对手。IDT XGEN NGS工作流解决方案由于较高的样本转换效率和全面的XGEN自定义杂交捕获面板设计而优于竞争对手的工作流程。XGEN试剂被设计为一起使用,尽管它们在竞争对手HYB Cap Workfrows中使用时提高了库的复杂性和测序指标,但最高质量的数据来自使用完整的IDT XGEN NGS NGS Workflow解决方案。
LLR Large local reaction AlOH Aluminium hydroxide (Alum) MCT Mast cell tryptase AR Adverse reaction NSP Normal saline with phenol BAT Basophil activation tests PBS Pharmaceutical Benefits Scheme, AU CCD Common carbohydrate determinants Pharmac Pharmaceutical Management Agency, NZ DBPC Double blind placebo controlled PRP Pathogenesis-related protein DF Dermatophagoides farinae OAS Oral allergy syndrome DP Dermatophagoides pteronyssinus QOL Quality of life FDA Food and Drug Administration (USA) RCT Randomised controlled trials GMP Good manufacturing practice sIgE Allergen specific IgE HDM House dust mite SCIT Subcutaneous immunotherapy HSA Human Serum Albumin SLIT Sublingual immunotherapy IgE Immunoglobulin E SOTI Specific oral tolerance诱导IgG IgG免疫球蛋白G SPT皮肤刺测试IDT IDT IDT IDT IDT IDT SR全身反应IT免疫疗法TGA治疗产品管理,AU
本文档中提供的方法是由IDT客户提供的,他们在实验中使用了Alt-R CRISPR-CAS9系统。本文档可以作为在类似模型生物中使用Alt-R CRISPR-CAS9系统的起点,但可能无法针对您的基因或应用进行完全优化。idt不保证方法或任何此类方法的任何性能。IDT应用程序专家只能提供有关本文档中概述的方法的一般技术支持和故障排除支持。