下一代测序(NGS)技术的进步已大大改变了进行生命科学和临床研究的速度。随着测序速度的提高和成本降低,生成数据的能力将超过从数据中提取生物学和临床见解的能力。应对管道开发和实施的挑战,扩展信息学工作流以及主要的安全数据管理需要灵活而全面的平台。Illumina Connected Analytics允许用户在保持数据隐私,安全性和合规性的同时构建,版本和部署灵活的分析管道。
1a。条款和条件:哥伦比亚大学和Illumina的条款和条件的共同政府,以及尊重哥伦比亚的冲突点条款和条件。1B。 定价从02/15/2024有效。 在此定价协议上列出产品并不构成当前可用性的保证。 Illumina应尽最大努力在任何价格变动之前30天通知哥伦比亚大学。 其他规模/定价折扣可以逐案提供。 特殊报价将用于特殊定价。 这些折扣是根据真诚的理解提供的,即客户将为客户提供采购订单,以及每月或季度的船只时间表,总计$ 4,000,000.00购买此报价中列出的产品(此类金额,“购买承诺”和2)和2)在此处的expiratation(S)之前(S)在此处送达。 客户的折扣始终在到期日期后进行审查和更改。 如果客户未能在到期日之前履行购买承诺,这可能会影响Illumina继续提供类似折扣的能力,而Illumina和客户应真诚地重新谈判客户的未来折扣。1B。定价从02/15/2024有效。在此定价协议上列出产品并不构成当前可用性的保证。Illumina应尽最大努力在任何价格变动之前30天通知哥伦比亚大学。其他规模/定价折扣可以逐案提供。特殊报价将用于特殊定价。这些折扣是根据真诚的理解提供的,即客户将为客户提供采购订单,以及每月或季度的船只时间表,总计$ 4,000,000.00购买此报价中列出的产品(此类金额,“购买承诺”和2)和2)在此处的expiratation(S)之前(S)在此处送达。客户的折扣始终在到期日期后进行审查和更改。如果客户未能在到期日之前履行购买承诺,这可能会影响Illumina继续提供类似折扣的能力,而Illumina和客户应真诚地重新谈判客户的未来折扣。
Illumina下一代测序(NGS)技术提供了高质量,准确的数据,并实现了广泛的基因组学,转录组学和表观基因组学的应用。NGS工作流程从库准备到测序再到数据分析和解释。Illumina产品组合涵盖了整个工作流中的一系列组件,这些组件解决了许多可能的应用领域。由于Illumina产品的多样性,一些新客户发现将单个组件集成到单个工作流程(通过变体报告隔离遗传材料)是费力且耗时的。此外,尽管许多Illumina工作流与自动化兼容,但某些客户对将自动化方法集成和优化自动化方法所需的技术专长感到恐惧。
Mark Wang 是 Illumina 副总裁兼测序平台主管,负责管理全球工程和系统集成部门,开发用于研究和临床用途的下一代 DNA 测序系统。过去十年来,Mark 一直参与 Illumina 测序仪器平台的开发,包括 HiSeq、MiSeq、NextSeq、NovaSeq 和 iSeq,以及 Illumina 的微阵列产品(包括 iScan)。加入 Illumina 之前,Mark 曾在 Genoptix 和 Ziva 领导新型光子和微流体技术的研究。他拥有加州大学圣地亚哥分校电气工程博士学位和斯坦福大学物理学学士学位,并拥有 20 项美国专利。
人群和连接分析中的附加模块通过启用更好的研究设计,可以加速从基因组发现到有意义的研究的路径。使用集成的同类浏览器,开箱即用的汇总统计数据和图表,并与下游分析工具集成在一起,可以使您可以在几分钟而不是几周内构建研究。
5。在E列中输入GDNA的量子浓度。6。确定将使用哪个索引套件。在J列中选择索引井位置。7。输入用于在F列中用于文库制备的提取的DNA的体积。基因组量已标准化DNA的起始体积至5μL(GDNA浓度为20-50 ng/μL),但是,建议的输入DNA的建议量为100-500 ng。我们的建议是使用至少100 ng的输入DNA。个别实验室可以调整输入DNA体积,以确保数量属于此范围内。建议的最小输入DNA为2μL,如果DNA过于浓缩,则执行稀释度以使输入DNA体积高于2μL并进行。
Illumina NGS 文库制备产品组合可为 DNA 和 RNA 测序提供高质量、高精度和易用性。方案可满足各种通量需求,从低通量测序研究到大型实验室的全自动文库制备。现有试剂盒支持多种样本类型,从细胞系到新鲜组织、FFPE 样本、血液和其他具有挑战性的样本类型。本手册概述了热门应用,并在 Illumina 网站上提供了其他解决方案和应用。
Illumina在Imlumina平台上测序在Illumina平台上测序的cleanplex amplicon库工作流程设置建议建议使用Illumina的本地运行经理(LRM)DNA Amplicon分析模块进行分析。LRM DNA扩增子分析模块v2.1.0可在ISEQ(控制软件V1或V2),Miseq(MCS V3),NextSeq 500/550(NCS 4.0)和NextSeq 500DX(NCS 4.0)上获得。LRM DNA扩增子分析模块v3.0.0.14可在Miseq(MCS v4.0)上获得。这些说明是一个简单的摘要,描绘了如何为已经完成的运行设置分析,或设置新运行以包括分析。样品必须通过基因组进行分析以进行分析:如果在一个测序运行中存在不同的基因组,则只能设置新运行以用一个基因组进行运行分析。但是,这些样品可以在同一运行中进行测序,然后通过基因组分批分析。如果测序运行中的所有样本均来自同一基因组,则用户可以使用任何一种分析方法。此模块对齐扩增子读取针对清单文件中指定的参考,并要求变体针对目标区域。工作流程还产生了运行质量和覆盖信息的摘要报告。有用的提示和资源:●有关其他详细信息和故障排除,请参阅Illumina的最新本地运行经理DNA
除了提供快速工作流程外,Illumina DNA准备化学为输入类型和输入量提供了非凡的灵活性,包括直接的新鲜血液或唾液的直接样品输入,并支持广泛的应用(表1)。Illumina DNA Prep与全基因组测序(WGS)应用兼容,包括人,小/微生物和大型复杂基因组测序。对于有针对性的DNA富集应用,包括不同尺寸的固定和自定义面板以及全外显子组测序(WES),Illumina提供具有富集的Illumina DNA Prep,其具有丰富的珠子连接的转座体(EBLTS),以提供丰富的兼容库兼容库。此外,具有富集的Illumina DNA准备与Illumina和第三方富集探针/面板兼容,从而使内容可移植性提高了灵活性。
Illumina DNA准备富集的功能是Illumina富集作品集中最快的工作流程。用户友好,兼容自动化的解决方案支持所有经验级别的用户,并为各种实验设计提供了共同的工作流程,包括固定面板,自定义面板和全外观测序。珠子上标记可以使用多种DNA输入量和各种样本类型。具有富集的Illumina DNA准备与Illumina和第三方富集探针/面板兼容,从而实现了内容可移植性。具有富集溶液结合Illumina SBS Chemistry的创新Illumina DNA Prep,提供了最佳的靶向富集和外显子组测序体验。