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nebnext Ultra II FS DNA库Prep Kit for Illumina E7805 E6177手册
注意：此处提供的Spriselect或Nebnext样品纯化珠的体积可与此步骤中的精确缓冲液中包含的样品一起使用（71.5 µL；步骤1.2.5。）。也可以使用Ampure XP珠。如果使用Ampure XP珠，请在使用前至少30分钟将珠子温暖至室温。这些珠子量可能无法正常工作以在工作流程的不同步骤中进行清理，或者在此步骤中是第二个清理。对于在不同缓冲条件下包含的样品的清理，可能需要实验确定体积。
使用 Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 检测 FFPE 肿瘤样本中的罕见体细胞变异
将组织活检基因组分析的结果与补充液体活检数据相结合，可以全面了解肿瘤生物学。Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 是一种多功能文库制备试剂盒，可用于从循环无细胞 DNA (cfDNA) 或从 FFPE 组织样本中提取的基因组 DNA (gDNA) 制备可用于测序的文库 (图 1)。该工作流程包括用于纠正错误和减少假阳性的唯一分子标识符 (UMI)，从而能够准确、灵敏地检测 FFPE 肿瘤样本中的低频突变。Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 与 Illumina 和第三方富集探针或面板兼容，以支持灵活的实验设计。本应用说明展示了 Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 在生成高质量 NGS 文库和从 FFPE 样本中鉴定低频体细胞变异方面的优异性能。
使用富集
组织活检的基因组分析结果与液体活检的互补数据的结合提供了有关肿瘤生物学的详尽信息。用富集来照亮无细胞的DNA制备是一种多功能试剂盒，可用于准备准备从循环DNA（CFDNA，无细胞DNA）和基因组DNA（GDNA，GDNA，基因组DNA）从FFPE织物中提取的书架（图1）。工作流程包括唯一的分子标识符（UMI，唯一的分子标识符），以校正误差和误报降低，从而可以准确且敏感地检测FFPE肿瘤样品中的低频突变。用ENRIGHMP照亮无细胞的DNA Prep与探针或富集面板照明和第三方，以支持灵活的实验设计。该应用程序上的注释表明，在高质量的NGS书店的一代中，没有光明细胞的DNA准备表现出色，并确定了FFPE冠军的低频体细胞变体。
细菌群落结构中的精细尺度一致性，来自iLlumina上的短读和纳米孔上的长阅读的海洋沉积物
在开发高通量测序仪后，环境原核生物群落通常是通过在16S域上用遗传标记来描述的。然而，由于底漆的选择和读取长度，简短读取测序遇到了系统发育覆盖率和分类分辨率的局限性。在这些关键点上，纳米孔测序（一种适用于长读的元编码的上升技术）被低估了，因为其每读的错误率相对较高。在这里，我们比较了模拟社区中的原核生物群落结构和两个对比的红树林遗址的52个沉积物样本，由16SV4-V5标记上的短读描述（Ca。0.4kpb）通过Illumina测序分析（Miseq，v3），由长读细菌对细菌的描述几乎完整16s（Ca。1.5 kpb）由牛津纳米孔（Minion，R9.2）分析。短读和长阅读从模拟中检索了所有细菌属，尽管两者都显示出与所期待的比例相似的偏差。从沉积物样品中，具有覆盖范围的读数稀有性，在单例过滤后，共同恩赐和Procrustean测试表明，从短读和长长读取的细菌社区结构显着相似，表明位点之间的相当对比度和站点内相干的海岸方向是可比的。在我们的数据集中，分别将84.7和98.8％的短阅读分别分别分配给了相同的物种和属，而不是长阅读所检测到的物种和属。长期16的底漆特异性使其能够检测到309个家庭中的92.2％，而在短16SV4-V5检测到的448属中，有87.7％。长阅读记录了973个未检测到的额外分类单元，其中91.7％被确定为该属等级，其中一些属于11个独家门，尽管仅占长期读数的0.2％。
用Illumina甲基化的珠奇普测定法分析的人DNA甲基化的纵向变化和变化及其对法医年龄预测的影响
DNA甲基化是一种关键表观遗传学修饰，在调节基因表达中起着至关重要的作用，并且已知会随着年龄的增长而发生动态变化。本研究研究了使用Illumina Epic850k阵列在两个时间点（相距15年）的64个个体的表观基因组宽的甲基化谱。混合效应模型确定了2821年龄相关的差异甲基化CPG位置（ADMP），中位变化率每年为0.18％，与人类寿命期间的变化10-15％一致。在所有ADMP中观察到了相似年龄的个体之间的基线DNA甲基化水平的显着变化以及在各个个体之间随着时间的变化方向不一致的变化。2821个ADMP的23个先前已纳入法医年龄预测模型。与所有ADMP相比，这些标记随着年龄的增长而显示出更大的DNA甲基化变化，并且个体之间的变化更少。然而，法医ADMP在DNA甲基化变化方向上也显示出个体间的变化。Elovl2中仅CG16867657在被研究的个体中表现出与年龄相关的变化的统一方向，这支持当前的Elovl2中的CpG站点是年龄预测的最佳标记。
NEBNext® Ultra™ II DNA PCR-free Libray Prep Kit for Illumina® (NEB #E7410S/L, #E7415S/L)
6 将 100 μl 或 200 μl 移液器调至 80 μl，然后上下移取整个体积至少 10 次以充分混合。快速旋转以收集管壁上的所有液体 注意：NEBNext Ultra II Ligation Master Mix 粘稠。应注意确保充分混合连接反应，因为混合不完全会导致连接效率降低。少量气泡的存在不会影响性能。
WMRGL实施Illumina Trusight One临床外显子的经验，以扩大我们对罕见疾病的诊断测试。
引言Illumina Trusight One临床外显子（TSO CE）于2015年12月引入了西米德兰兹区域遗传学实验室，以取代现有的下一代测序和Sanger测序服务。变化背后的驱动力是扩大测试组合并提高接送率，同时保持临床敏感性和特异性，并降低成本。在这里，我们介绍了从稀有疾病服务中选择的1604例案件的第一个队列的审查。
Biomek Ngenius Illumina Trusight肿瘤学500 DNA仅自动化套件应用程序模板设置指南
Illumina Trusight肿瘤学500 DNA自动化套件应用DNA仅允许创建与Illumina测序平台兼容的库。f it tollowing批处理，可以将Covaris剪切的DNA样品加载到库制备反应容器（RV）上，并通过末端修复/A-tailing，适配器连接和索引PCR制备到Illumina库中。感兴趣的区域与探针杂交，磁捕获和洗脱，并且富集的文库被杂乱无章。可选的荧光定量步骤可用于确保在基于珠子的归一化之前有足够的库。归一化后，库准备池进行测序。下面的图1详细介绍了工作流的特定自动化和手动步骤。
评估RNA提取和Illumina NGS库制备方法，以检测不同样品矩阵的病毒RNA
1。人类细胞，组织以及细胞和组织碱基产物（HCT/PS）需要根据21 CFR第1271部分遵守供体资格要求，以及适用的指导文件，以防止HCT/P的引入，传播和传播传播疾病。2。确保在各个制造阶段（标题21 CFR 610.1，610.13，21 CFR 312.23（a）（a）（a）（7）（7）（i）（i）和（i）和（iv）和（iv）和（iv）和（iv）和（iv）。3。下一代测序（NGS）或高通量测序是一种能够大规模平行测序核酸序列的技术。因此，这种测序技术为生物制剂中的综合病毒检测提供了潜在的应用。4。从细胞和组织高通量测序中检测病毒检测的关键步骤是有效提取核酸从不定的剂和下一代测序文库制备中。检测不定代理的另一个关键步骤是使用生物信息学识别外科药物的读数。5。该项目旨在评估RNA提取方法和下一代测序库制备方法，以检测来自不同样本矩阵的不定剂RNA。此外，我们的目标是评估和开发生物信息学工作流程，以有效地检测这些药物。