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山羊乳制品中具有代谢疾病益生潜力的本土乳酸杆菌的表征
本研究旨在设计具有益生菌潜力的功能性发酵山羊奶，用于治疗代谢疾病。因此，我们鉴定了山羊乳制品中旨在改善炎症、脂质和血糖状况的本土乳酸杆菌。我们使用德氏乳杆菌印度亚种 CRL1447 作为起始菌株，并补充了由 Limosilactobacillus fermentum CRL1446、Lactiplantibacillus paraplantarum CRL1449 和 CRL1472 菌株形成的不同益生菌群落，设计了发酵山羊奶。这些乳酸杆菌之所以被选中，是因为它们对抑制 α-葡萄糖苷酶、胆汁盐水解酶活性、胆固醇吸收和降低秀丽隐杆线虫的甘油三酯百分比具有积极作用。此外，给肥胖小鼠口服乳酸杆菌后，其体重增长显著下降，高血糖和高血脂得到改善。这些结果揭示了这种山羊乳制品作为预防肥胖和相关病症的功能性食品的潜力。山羊奶衍生产品因其市场潜力而脱颖而出。因此，加入新型益生菌的发酵山羊奶代表了一组具有广阔前景的食品，因为它们具有良好的营养和治疗代谢疾病的特性。本研究设计的山羊乳制品可用于预防肥胖人群的血脂异常和高血糖。
印度东高止山脉一种具有重要经济价值的濒危树种——紫檀 Lf 的基因组测序和微卫星标记表征
摘要。紫檀木是一种特有的、濒危的、具有重要经济价值的树种，分布于印度安得拉邦的东高止山脉。这种树以其血红色的木材而闻名，在国际市场上价值不菲。由于对木材的需求量很大，对紫檀木的非法砍伐导致其自然种群的分裂和枯竭。评估遗传多样性是确定自然栖息地中不同紫檀木种群的先决条件，以便优先开展保护工作。本研究重点是紫檀木的基因组测序、微卫星标记的鉴定和验证。使用来自紫檀木叶组织的全基因组序列共鉴定出 282,918 个简单序列重复 (SSR) 位点。对属于三个种群的 52 个 P. santalinus 个体共选取 28 个 SSR 进行多态性分析，共鉴定出 502 个等位基因，多态信息含量为 0.83；观测杂合度（ H o ）为 0.42，预期杂合度（ H e ）为 0.69。遗传分化系数（ F ST ）为 0.19（ F ST \ 0.25），表明种群间遗传分化中等。来自 P. indicus Willd. 和 P. erinaceus Poir. 的 6 个 SSR 在 P. santalinus 中成功扩增，产生了 131 个等位基因。这些新鉴定的 SSR 对检测遗传多样性和进一步制定 P. santalinus 保护策略很有用。
利用人工神经网络提高内洛尔牛肉嫩度的基因组预测准确性
摘要 本研究的目的是比较人工神经网络 (ANN) 与贝叶斯岭回归、贝叶斯套索、贝叶斯 A、贝叶斯 B 和贝叶斯 Cπ 在估计内洛尔牛肉嫩度的基因组育种值方面的预测性能。使用 Illumina Bovine HD Bead Chip（HD，来自 90 个样本的 777K）和 GeneSeek Genomic Profiler（GGP Indicus HD，来自 485 个样本的 77K）对动物进行基因分型。对每个芯片应用基因型的质量控制，包括去除位于非常染色体上的 SNP，其次要等位基因频率 <5%、与 HWE 的偏差（p < 10 –6）以及连锁不平衡 >0.8。使用 FImpute 程序进行基因型估算。基于谱系的分析表明，肉质嫩度具有中等遗传性（0.35），这表明可以通过直接选择来改善肉质嫩度。贝叶斯回归模型的预测准确度非常相似，加性效应和显性效应分别从 0.20（贝叶斯 A）到 0.22（贝叶斯 B）和 0.14（贝叶斯 Cπ）到 0.19（贝叶斯 A）不等。ANN 对遗传价值的基因组预测准确度最高（0.33）。尽管人们认识到深度神经网络可以提供更准确的预测，但在我们的研究中，具有一个隐藏层、105 个神经元和整流线性单元 (ReLU) 激活函数的 ANN 足以提高对肉质嫩度遗传价值的预测。这些结果表明，具有相对简单架构的 ANN 可以为 Nellore 牛肉质嫩度提供卓越的基因组预测。
杂交牛胚胎中催乳素受体基因外显子11存在多处突变
具有 SLICK 单倍型的牛具有光滑且短的毛发特征，SLICK 单倍型的主要优点之一是其在改善牛的体温调节方面发挥的作用，尤其是在炎热潮湿的气候下。导致牛出现光滑表型的致病变异主要位于催乳素受体基因的第 11 个外显子中，但应注意的是，并非在此区域发现的所有变异都会导致光滑表型（Porto-Neto 等人，Front. Genet.，9:57，2018）。尽管如此，这些单个等位基因对于 CRISPR 实验中的引导设计问题仍然至关重要，特别是那些旨在敲除或修改催乳素受体基因的实验。这些单个等位基因的鉴定有助于更全面地了解该区域的遗传变异，并可帮助研究人员为他们的实验设计更精确、更有效的引导 RNA。因此，即使不直接导致光滑表型的等位基因，在增进我们对与这一基本特征有关的潜在遗传机制的了解方面也具有重要价值。本研究旨在评估体外受精 (IVF) Bos taurus x Bos indicus 杂交牛胚胎的基因组序列，特别关注 PRLR 区域。单独收集囊胚，并使用两步孵育法用蛋白酶 K (1,5ug/uL) 裂解缓冲液进行 DNA 提取。随后，重复进行 PCR 扩增，并对 PCR 片段进行 Sanger 测序。使用 Unipro Ugene 软件进行序列分析 (Okonechnikov K., et al. Bioinformatics, 28 (8):1166-7, 2012)。共分析了 15 个样本，发现 33.3% (5/15) 的样本在位置 39099463 处出现单个突变 (C>T)，导致丝氨酸被替换为终止密码子，这是之前未曾报道过的。此外，在一个位置很近的区域中发现了一对错义突变，60% 的样本在位置 39099322 处出现精氨酸被替换为亮氨酸的突变 (G>T)，而所有样本在位置 39099190 处出现丝氨酸被替换为亮氨酸的突变 (C>T)。最后，在位置 39099368 处发现了一个静默突变，可能导致 60% 的样本中的胞嘧啶被胸腺嘧啶替换，在这两种情况下都会导致酪氨酸的合成。根据初步分析的结果，可以推断该区域具有较高的遗传变异潜力。因此，建议在设计旨在引入插入/缺失以促进光滑表型的向导 RNA 之前，检查杂交动物的目标基因组区域并与 Bos taurus 进行比较。总之，本研究的结果为了解牛 PRLR 区域的遗传变异提供了宝贵的见解，这可能会影响基因编辑效率。
基因组选择在提高奶牛生产力方面的机会：综述 Birara Tade* Aberra Melesse
埃塞俄比亚阿瓦萨大学农学院动物与牧场科学学院，邮政信箱 5，阿瓦萨，电子邮件：birara1982@gmail.com http://orcid.org/0000-0003-4045-8983 摘要 本综述旨在总结和综合在提高奶牛生产力方面基因组选择方面的零散信息。基因组选择一直是提高遗传改良率和缩短世代间隔的有效工具。此外，它还可用于在早期根据基因组育种值选择优良品种，精度高，从而提高奶牛种群的生产力。基因组选择特别用于改良那些遗传力较低的性状，如饲料效率、生殖性状，尤其是生育力（包括适应性状）。发达国家实施基因组选择的主要使用的是纯种和杂交牛。大多数研究发现，对作为奶牛高产奶量的大型参考种群的纯种进行基因组评估可以带来更多益处。由于大多数研究工作都是使用 Bos taurus 牛进行的，因此需要重点研究基因组选择在 Bos indicus 牛上的应用，以评估其对热带牛品种生产力的影响。 关键词：奶牛、基因组选择、生产力、基因改良 DOI：10.7176/ALST/98-02 出版日期：2023 年 6 月 30 日 介绍 基因组学是对具有大量核苷酸序列的物种基因组结构和功能的科学研究。这是牲畜遗传改良的一种新方法（Yadav 等人，2018 年）。基因组选择（GS）首次由 Meuwissen 等人（2001）描述，是指通过基于基因组估计育种值（GEBV）的选择对动物进行遗传改良。 GEBV 是整个基因组中密集遗传标记的影响与可能捕获导致性状变异的所有数量性状基因座 (QTL) 的总和 (Borakhatariya 等人，2017)。基于 GEBV 进行生产和生殖性状的详尽后代测试对于提高奶牛生产力非常重要。基因组选择对没有记录或后代的动物育种值的可靠性有显著影响 (Berry 等人，2014)。支持基因组预测准确性的遗传改良的增加有助于了解奶牛后代的遗传效应 (Gutierrez-Reinoso 等人，2021)。所选候选者的总遗传价值是根据单核苷酸多态性 (SNP) 效应的估计值预测的，该估计值是使用已进行基因分型的参考个体估计的 (Wallén 等人，2017)。
天然产物水飞蓟宾对 TMEM16A 的抑制
癌症是全球威胁人类生存的最严重的恶性疾病之一（Allemani et al.，2018），其中肺癌在所有癌症类型中发病率和死亡率均居首位（Bray et al.，2018）。目前，手术是根治肺癌唯一有效的方法，但术后仍需配合辅助化疗（Aokage et al.，2017）。另外部分肺癌转移较早，只能依赖化疗（Nasim et al.，2019），因此化疗是治疗肺癌的主要方法之一。但是肺癌化疗药物普遍存在严重的副作用（Islam et al.，2019），靶向抗癌药物的出现，提高了肿瘤的化疗效果，抗癌药物治疗效果好，副作用少。靶向抗癌药物的缺点是容易产生耐药性，需要不断更新药物以延长患者的生存时间（Hirsch et al., 2017; Mayekar and Bivona, 2017），因此研究人员不断探索新的抗癌靶点和新药物。TMEM16A是一种新的肺癌生物标志物（Hu et al., 2019），在癌症中发现TMEM16A基因作为人类染色体11q13扩增子的一部分被扩增（Qu et al., 2014），这可能是TMEM16A与许多癌症相互作用的原因。TMEM16A与癌细胞的持续增殖密切相关（Crottes and Jan 2019）。此外它对癌细胞的增殖、抗凋亡、迁移和侵袭也有比较重要的影响(Guo et al., 2017; Wang et al., 2017)。抑制细胞中TMEM16A的高表达可显著抑制肿瘤生长(Hu et al., 2019)。研究表明，TMEM16A在正常肺组织中几乎不表达，但在肺癌细胞中表达急剧升高(Zhang et al., 2020)。针对TMEM16A的肺癌治疗药物副作用小、耐药性低、特异性强(Guo et al., 2020c)。因此，探索以TMEM16A为靶点的肺腺癌靶向药物是肺腺癌药物研发的新趋势。草药是肺癌治疗药物发现的源头之一。多种草药化合物和活性成分对肺癌表现出令人满意的治疗效果。例如，含有黑种草（种子）、印度半枝莲（根）和光菝葜（根茎）的多种草药混合物的提取物显示出抗非小细胞肺癌作用（Pathiranage 等人，2020 年）。从 Carissa carandas 中分离的六种天然产物显示出强大的抗肺癌活性（Bano 等人，2021 年）。水飞蓟宾是草药水飞蓟的主要有效成分之一（Di Fabio 等人，2013 年）。水飞蓟宾可以保护肝细胞膜，促进肝细胞生长，增强巨噬细胞活性，促进脂肪转移，减轻肝脏损伤（Singh et al., 2020 ; Tsaroucha et al., 2020）。目前，水飞蓟宾在临床上常用于治疗肝炎、肝硬化、脂肪肝、肝中毒等肝病（Derakhshandeh-Rishehri et al., 2020 ; Jia et al., 2020）。此外，水飞蓟宾还能抑制