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使用分子倒置探针对循环游离肿瘤 DNA 进行有效且高效的靶向测序
仅供研究使用。不可用于诊断程序。Molecular Loop 和 Molecular Loop 徽标是 Molecular Loop Biosciences, Inc. 的商标。所有其他商标均为其各自所有者的财产。© 2022 Molecular Loop Biosciences, Inc. 保留所有权利。05/22 www.molecularloop.com
超声回波信号全波形反演评价后张混凝土结构中筋管灌浆质量
1 Mondaic AG，瑞士苏黎世 2 IMP Bautest AG，瑞士 Oberbuchsiten 3 苏黎世联邦理工学院建筑材料研究所，瑞士苏黎世 *通讯作者，电子邮件地址：lion.krischer@mondaic.com 摘要 对于老化基础设施的维护，可靠的钢筋混凝土和预应力混凝土结构无损评估技术至关重要。一个特别感兴趣的领域是评估后张混凝土中肌腱管道内的灌浆质量。检测塑料或金属管道中的空隙和充水空腔具有挑战性，特别是在较深处或钢筋附近。基于弹性波的传统无损检测方法，例如使用合成孔径聚焦和/或信号相位分析的冲击回波或超声脉冲回波法，通常对这些缺陷缺乏灵敏度和/或依赖于对复杂数据的手动和主观解释。为了克服这些问题，我们提出了一项基于全波形反演的综合可行性研究，以实现可靠的超声无损检测。全波形反演是一种强大的成像技术，它可以根据超声测量推断出材料特性的断层重建。该方法广泛用于基于地震波的地球物理应用，最近在超声检测应用中受到越来越多的关注。使用数字孪生，我们展示了空隙和水夹杂物对 s 的影响
温度相关选择与大扇贝（Pecten maximus）的染色体倒位有关
基因组分化图景（即基因组中不同种群或物种之间差异的分布）越来越多地被描述，以了解自然选择和重组等微进化力量在导致和维持遗传分化方面所起的作用。这方面研究还表明，染色体结构变异是塑造适应性遗传变异图景的重要因素。由于染色体结构变异的普遍性及其固着性质所必需的强大局部适应压力，双壳类软体动物是探索染色体结构变异与局部适应之间关系的理想分类单元。在这里，我们报告了使用最近的染色体水平基因组组装对东北大西洋自然分布范围内的大扇贝 (Pecten maximus) 进行的种群基因组调查。我们报告了至少三个较大的（12 – 22 Mb）染色体倒位，这些染色体倒位与海面温度有关，其频率与中性种群结构形成对比。这些结果强调了重组抑制染色体倒位在局部适应中可能发挥的巨大作用，并提出了一个假设来解释在相对较小的空间尺度上在王扇贝种群中发现的生殖时间差异的维持。
CRISPR-Cas9 介导诱导人类支气管上皮细胞发生大型染色体倒位
1. 通过 UCSC 基因组浏览器 ( https://genome.ucsc.edu/ ) 可获得用于设计两个 gRNA 的目标 DNA 序列。a. 选择感兴趣的基因组版本。在我们的例子中，使用的是“人类 GRCh38/hg38”。b. 根据已知的倒位断点 1 的位置，标记断点前 100-150 bp 到断点后 100–150 bp 范围内的基因组区域。例如，如果断点 1 位于 chr3:2,920,305，则在 UCSC 基因组浏览器搜索框中输入“chr3:2,920,205–2,920,405”以标记所需的染色体区域，然后单击“Go”。c. 在 UCSC 基因组浏览器工具栏上选择“查看”，然后单击“DNA”选项。d.在新窗口中，单击“获取 DNA”以获得准确的 DNA 序列。这是使用 CRISPOR 算法设计 gRNA 引物所需的序列（见下面的步骤 2a）。e. 对倒位的断点 2 重复步骤 1a-1d。2. 要设计 gRNA，请使用 CRISPOR 算法（http://crispor.tefor.net/）：a. 输入从步骤 1d 获得的断点 1 的 DNA 序列。确保参考基因组与 UCSC 浏览器（步骤 1a）中使用的基因组相匹配，然后选择可通过转染载体编码的 Cas9 酶类型识别的 Protospacer Adjacent Motif (PAM)。如果转染载体表达 SpCas9，则选择 20 bp-NGG PAM 格式。单击“提交”以获得针对模板 DNA 的候选 gRNA 序列。b. CRISPOR 算法默认按特异性从高到低对候选 gRNA 序列进行排序，因为这是关键参数。从新页面上出现的候选 gRNA 列表中，选择具有最高麻省理工学院 (MIT) 和切割频率确定 (CFD) 特异性得分的指导序列（Doench 等人，2016 年；Hsu 等人，2013 年；Tycko 等人，2019 年）。这些分数根据以下方面评估候选 gRNA
利用双主键编辑对大型 DNA 序列进行可编程删除、替换、整合和反转
与疾病相关的人类遗传变异范围从单碱基对替换到兆碱基重复、缺失和重排 1-3 。可以在人类细胞中安装、纠正或补充这些致病变异的基因编辑方法有可能促进对遗传疾病的了解，也可能实现新的治疗方法 4、5。过去十年来，已经开发出几种基于 CRISPR-Cas 系统的哺乳动物细胞基因编辑方法 6，包括核酸酶 7-9 、碱基编辑器 10、11 和主要编辑器 12 ，每种方法都有可能解决一组已知的致病序列变化。CRISPR-Cas 核酸酶（如 Cas9）可用于通过创建导致不受控制的插入/缺失混合的 DSB 来破坏基因。此外，配对的 Cas9 核酸酶策略可以介导长度从约 50 到 > 100,000 个碱基对的基因组 DNA 序列的靶向删除 13 。通过提供线性供体 DNA 序列，可以通过末端连接或同源性定向修复 (HDR) 过程在单个切割位点或成对切割位点之间定向插入新的 DNA 序列 14, 15。单核酸酶和成对核酸酶编辑方法虽然用途广泛，但它们也存在相当大的缺点。DNA 供体敲入伴随着高效的 indel 副产物 16，因为在大多数细胞类型中，HDR 与末端连接过程相比通常效率低下 17, 18。使用成对核酸酶进行靶向删除会产生多种副产物 13, 19，而且缺失的精确位置受到 PAM 可用性的限制。此外，在靶位或脱靶位点的 DSB 可促进大面积缺失 20-22、染色体异常 23、24 和染色体碎裂 25。 DSB 倾向于生成不良副产物和染色体改变的复杂混合物 26 - 28，这在应用基于核酸酶的编辑来操作较大的 DNA 序列时带来了相当大的挑战，特别是在治疗环境中。
利用双主编辑和位点特异性重组酶进行可编程大片段 DNA 删除、替换、整合和反转
。CC-BY-NC 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 11 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466790 doi：bioRxiv 预印本
快速反演，预条件量子线性系统......
在经典迭代线性系统求解器中，预处理是处理病态线性系统最广泛和最有效的方法。我们引入了一种称为快速求逆的量子原语，可用作求解量子线性系统的预处理器。快速求逆的关键思想是通过量子电路直接对矩阵求逆进行块编码，该电路通过经典算法实现特征值的求逆。我们展示了预处理线性系统求解器在计算量子多体系统的单粒子格林函数中的应用，该函数广泛用于量子物理、化学和材料科学。我们分析了三种情况下的复杂性：哈伯德模型、平面波对偶基中的量子多体哈密顿量和施温格模型。我们还提供了一种在固定粒子流形内进行二次量化格林函数计算的方法，并指出这种方法可能对更广泛的模拟有价值。除了求解线性系统之外，快速求逆还使我们能够开发用于计算矩阵函数的快速算法，例如高效准备吉布斯态。我们分别基于轮廓积分公式和逆变换介绍了两种高效的此类任务方法。
适用于 FPGA 平台的 Hex Itoh-Tsujii 逆算法
摘要 Itoh-Tsujii 逆算法在椭圆曲线密码等密码应用中寻找逆元方面做出了重要贡献。本文提出了一种新的 Hex Itoh-Tsujii 逆算法，用于在现场可编程门阵列 (FPGA) 平台上高效计算由 NIST 推荐的不可约三项式生成的二进制域的乘法逆元。基于 Hex Itoh Tsujii 逆算法的所提架构由十六进制电路和四重加法链构成。这种组合提高了资源利用率。实验结果表明，与现有实现相比，所提出的工作具有更好的面积时间性能。关键词：现场可编程门阵列 (FPGA)、Itoh-Tsujii 逆算法 (ITA)、查找表 (LUT)、有限域 (FF) 分类：集成电路（存储器、逻辑、模拟、射频、传感器）
FPGA平台的Hex Itoh-Tsujii反转算法
摘要ITOH-TSUJII反转算法在发现诸如椭圆曲线密码学等密码应用中的倒数方面构成了主要贡献。在本文中，提出了一种新的HEX ITOH-TSUJII反转算法来计算由NIST推荐的不可舒服的三通式产生的二进制的二进制式栅极阵列（FPGA）平台上的多重逆逆向算法。基于十六进制算法的六角itoh tsujii反转算法是由十六进制电路和四链链构建的。此组合改善了资源利用率。实验结果表明，与现有实施相比，所提出的工作具有更好的区域时间性能。关键词：现场可编程栅极阵列（FPGA），ITOH-TSUJII反转算法（ITA），查找表（LUT），有限字段（FF）分类：集成电路
基于自适应动态逆的抗干扰与耦合纵向自动着舰控制律
摘要：基于非线性动态逆（NDI）设计了纵向自动着舰系统（ACLS）控制律，以实现抑制尾流、解耦横向状态和跟踪动态期望着陆点（DTP）的目的。首先，建立F/A−18飞机六面进近非线性着舰模型，获取气动、操纵面、极限状态等参数。其次，采用俯仰角控制跟踪期望纵向轨迹的策略。基于自适应NDI设计了自动功率补偿系统（APCS）、俯仰角速率、俯仰角和垂直位置控制环路，并详细推导了稳定性分析和原理描述。采用频率响应法设计了甲板运动补偿（DMC）算法。第三，通过遗传算法对控制参数进行优化。提出了一种综合考虑飞机速度、迎角（AOA）、俯仰速率、俯仰角和垂直位置的适应度函数。最后，在半实物仿真平台上进行了综合仿真。结果表明，所采用的自动着陆控制律既能达到良好的性能，又能抑制气流尾流和横侧耦合。