我们提供的软件SBIAX旨在使用机器学习和物理研究人员使用密度估计SBI技术来运行贝叶斯推断。这些模型可以轻松地适合代码中的多加速器培训和推断。该软件 - 用JAX编写(Bradbury等,2018) - 允许将最先进的生成模型整合到SBI上,包括连续正常化的流量(Grathwohl等,2018),匹配流量(Lipman等人,2023年,2023年),掩盖了自动化的自动化型(papamakarian et aul ther and all。在代码中实现。该代码具有与Optuna(Akiba等,2019)的集成(Akiba et al。,2019年)的超参数优化框架,该框架将用于确保一致的分析,用于快速MCMC采样的BlackJax(Cabezas等,2024)用于Neural网络方法,用于快速MCMC采样(Kidger&Garcia,2021)。SBIAX的设计允许训练和采样新的密度估计算法,只要它们符合SBIAX中所示的简单且典型的设计模式。
对复杂动物行为的自动检测仍然是神经科学的挑战。developments具有大量高级自动化行为检测,并允许高通量临床前和机械研究。需要进行集成的硬件和软件解决方案,以促进在行为神经基因的领域采用这些进步,尤其是对于非计算实验室而言。我们使用开放式领域发表了一系列论文,以注释复杂行为,例如修饰,姿势和步态以及更高层次的结构,例如生物年龄和痛苦。在这里,我们向社区介绍了综合的啮齿动物表型平台,JAX动物行为系统(JABS),以进行数据获取,基于机器学习的行为注释和分类,分类者共享和遗传分析。JABS数据采集模块(JABS-DA)允许统一数据收集,其3D硬件设计和软件的组合用于实时监视和视频数据收集。jabs-Active学习模块(JABS-AL)允许行为注释,分类训练和验证。我们介绍了一个基于图形的新型框架(Ethograph),该框架能够对jabs-al分类器的有效比较。jabs-分析和集成模块(jabs-ai),一种Web应用程序,促进用户部署并共享对jabs培训的任何分类器,从而减少了行为注释所需的精力。这可以将遗传学用作适当行为分类器选择的指南。它支持训练有素的刺戳分类器和下游遗传分析(遗传力和遗传相关性)的推断和共享,这些数据集涉及168个策划的数据集,这些数据集涉及我们与这项研究一起公开释放的168个小鼠菌株。此开源工具是一个生态系统,它允许神经科学和遗传学社区共享高级行为分析,并减少进入该新领域的障碍。
2011 年 9 月 15 日至 20 日,在 JAX OPAREA 内进行 ASWEX 训练活动期间和之后进行了空中监测(见图 1、表 1)。调查方法与目前接受的距离采样理论一致(Buckland 等人2001 年),并遵循了用于所有海军靶场综合体空中调查的完善协议(Smultea 等人2009 年)。在努力期间,以每小时 185 公里的速度保持约 305 米的调查高度,但可能会根据该地区的天气条件略有变化。一旦发现海洋哺乳动物,如果条件合适,则尝试在 305 米或更高处进行焦点跟踪盘旋(Smultea 等人2009;请参阅本文件第 4 页的调查方法)。焦点跟踪会话后,为了拍摄目的,建立了约 213 至 244 米的较低高度,以提供物种识别所需的更清晰的图像。
利用基因编辑技术,成功培育出携带与导致 RTD 2 型的 SLC52A2 基因突变相同的基因突变的小鼠(“RTD 小鼠”)。这些 RTD 小鼠的早期版本在出生前就死亡了。然而,通过在怀孕期间为母亲提供高剂量的核黄素 (FMN) 以及在试验不同的 SLC52A2 基因突变组合和小鼠品种后,成功的 RTD 小鼠可以活着出生以供研究。培育这些 RTD 小鼠主要是为了证明 RTD 基因疗法的安全性和有效性,这是开始人类临床试验前的必要步骤。该基因治疗项目是与德克萨斯州西南德克萨斯大学 (UT) 的 Steven Gray 博士合作进行的。这些 RTD 小鼠还将用于研究导致 RTD 的机制并开发其他新的 RTD 治疗策略。在开始基因治疗试验之前,有必要了解这些 RTD 小鼠的症状和存活率。该项目跟踪了未接受任何治疗或接受与 RTD 患者接受的类似核黄素治疗的 RTD 小鼠组。在研究结束时,测量了小鼠血液和大脑中的核黄素水平(RF、FMN 和 FAD)。导致视力丧失的视神经萎缩是 2 型 RTD 患者最常见的早期症状之一。根据这些信息,18 只 RTD 小鼠的眼睛也被解剖以寻找眼部疾病的迹象。我们很高兴地宣布,这个项目已经完成。这项研究的结果令人鼓舞,表明应该继续对这些 RTD 小鼠进行基因治疗试验。关于 Jackson Laboratories
概率图形模型(PGM)紧凑地编码一组随机变量的完整关节概率分布。PGM,并已成功地用于计算机视觉中(Wang等,2013),误差校正代码(McEliect等,1998),生物学(Durbin等,1998)等(Durbin等)等。在本文中,我们专注于离散的PGM。对具有可牵引因子1的离散PGM进行近似后验推断的标准方法涉及诸如循环信念传播(LBP)之类的消息通讯算法(Pearl,1988; Murphy等,1999)。lbp在变量和因子图的因子之间传播“消息”。,尽管过去进行了几次尝试(请参阅第2节),但没有建立良好的开源Python软件包可以实现效率和可扩展的LBP用于一般因子图。关键挑战在于设计和操纵Python数据结构,该数据结构包含LBP消息,用于支持具有任意拓扑的大型因子图和
基因表达调节中的遗传变异对表型32变异有很大贡献。了解DNA序列和表观依恋修饰的变异如何导致33个基因表达变异仍然是一项艰巨的任务。在杂种动物的34个环境是均匀的杂种动物中,父亲和母体35等位基因的表达之间的差异必须是由于顺式序列或表观遗传差异所致。因此,混合映射是一种有效识别和表征在CIS中的37个机制下调节基因的36强方法。在这项研究中,使用表型发散的杜罗克38和Lulai Pig品种的相互交叉,我们在四个发育阶段对调节性39变化进行了全面的多摩尼克表征。迄今为止,我们在猪中生产了一个40个最大的多OMIC数据集,其中包括16个整个基因组测序基因组,41 48个48个全基因组Bisulfite测序,168个ATAC-SEQ和168个RNA-SEQ样品。我们开发了42种基于读数的新方法,以可靠地评估等位基因特异性甲基化,染色质43可访问性和RNA表达。我们表明,在所有DNA甲基化,染色质可及性和基因45表达中,组织特异性比44个发育阶段特异性强得多。我们鉴定了573个基因,显示了等位基因特异性表达,包括受父母的影响46的基因以及等位基因基因型效应。52通过整合甲基化,染色质47可访问性和基因表达数据,可以通过等位基因特异性甲基化和/或染色质访问性来解释这些等位基因特异性表达中的许多。这项研究提供了多个组织的调节变化和猪发育50个阶段的最大49个综合特征之一,并为这一重要的食物动物51种提供了新的遗传改善机会。
地球系统模型(ESM)对于理解过去,现在和未来的气候至关重要,但它们遭受了旧式技术基础设施的困扰。ESM主要在Fortran中实施,该语言为早期职业科学家带来了很高的入境障碍,并且缺乏GPU运行时,随着GPU功率的增加和CPU缩放缩放的速度,这对于继续前进至关重要。fortran也缺乏可不同的性能 - 通过数值代码区分的能力 - 可以实现整合机器学习方法的混合模型。将ESM从Fortran转换为Python/JAX可以解决这些问题。这项工作提出了一种半自动化的方法,该方法使用大语言模型(GPT-4)将单个模型组件从Fortran转换为Python/Jax。通过从社区地球系统模型(CESM)中转换光合作用模型,我们证明了Python/JAX版本使用GPU并行化最多可快速运行时间,并通过自动差异启用参数估计。Python代码也易于阅读和运行,教室的讲师可以使用。这项工作说明了通往快速,包容和可区分气候模型的最终目标的途径。
Xero介绍了“ Just Quest Xero”(JAX),生成的AI会计工具,以节省客户的时间Xero还将预览其新的生成AI解决方案(旨在帮助客户完成关键任务)的新生成AI解决方案(JASS JAST Xero'(Jax)(JAX)。一旦可用,JAX将帮助小型企业及其顾问自动化会计任务,提供个人见解并收回可以花在经营企业上的时间。客户将能够“只要求Xero”来完成诸如在Xero或其他应用程序(例如电子邮件或WhatsApp)中生成发票的任务。JAX将完成任务,并预测并提出可能以下的其他任务,例如跟进逾期付款或制作电子邮件。
Xero 推出生成式 AI 会计工具“Just Ask Xero”(JAX)以节省客户时间 Xero 还将预览其新的生成式 AI 解决方案“Just Ask Xero”(JAX),旨在成为帮助客户完成关键任务的智能商业伴侣。一旦推出,JAX 将帮助小型企业及其顾问自动化会计任务、提供个人见解并节省他们用于经营业务的时间。客户将能够通过“Just Ask Xero”在 Xero 或其他应用程序(如电子邮件或 WhatsApp)中完成生成发票等任务。JAX 将完成任务并预测和建议可能随后进行的其他任务,例如跟进逾期付款或撰写电子邮件。
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