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4 酶抑制剂在计算机模拟研究中潜在的抗
摘要 糖尿病是一种与血糖代谢受损有关的慢性疾病。黑蒜具有作为抗糖尿病药物的潜力，因为它含有多种可以控制血糖水平的化合物，例如酚酸、黄酮类化合物和 S-烯丙基-L-半胱氨酸 (SAC)。DPP-4 是一种酶，在治疗 II 型糖尿病中作为格列汀的治疗靶点发挥着重要作用。这项研究旨在通过分子对接方法证明黑蒜中的化合物作为 DPP-4 酶的计算机抑制剂的效力。根据研究结果，SAC 的键能值为 -5.36 kcal/mol，抑制常数值为 118.08 μM。这表明 SAC 化合物与 DPP-4 酶之间的键是稳定的，并且与其他四种测试化合物相比，具有作为 DPP-4 酶抑制剂的潜力。然而，SAC 化合物并不比天然配体更好，因为它具有较小的键能值和抑制常数。因此可以得出结论，黑蒜中的 SAC 化合物并不比其天然配体维达列汀更有效，但它仍然具有作为 DPP-4 酶抑制剂的潜力。关键词：抗糖尿病、黑蒜、DPP-4
jojph.ms.id.555744.pdf
糖尿病是全球最普遍的疾病之一，许多药物已经根据不同的药物靶标进行了开发和测试。但是，在当前情况下，天然产品对药物发现变得更具吸引力。在当前的研究中，我们测试了靶向二肽基肽酶-4（DPP4）的肉桂醛化合物的潜力，这是一种II型跨膜糖蛋白，在葡萄糖的代谢中起着至关重要的作用。DPP-4抑制剂降低胰高血糖素和血糖水平。DPP-4抑制剂的机制是增加肠降血糖蛋白水平（GLP-1和GIP），该水平抑制胰高血糖素释放，从而增加胰岛素分泌，降低胃排空并降低血糖水平。我们进行了一项分子对接研究，并通过分子动力学模拟评估了复合物的稳定性，并评估了其药代动力学特性。该化合物在-5.7 kcal/mol之间具有结合能。分子动力学（MD）分析表明，它们在DPP4上都非常稳定，结果可比。化合物的药代动力学参数显示出明亮的特性。我们的研究表明，化合物可以活跃于治疗DPP4功能障碍以调节葡萄糖水平。
通过计算机模拟分析 admet 特性和抑制...
1 犹他大学生物化学系，犹他州，美国 2 拉各斯州立大学理学院化学系，拉各斯，尼日利亚 3 拉各斯州立大学理学院生物化学系，拉各斯，尼日利亚 *通讯作者电子邮件地址：zechariaholuwadamilola@gmail.com 摘要：不同类别的生物碱已证明具有抗癌治疗功效。干扰素诱导的四肽重复序列 5 蛋白 (IFIT5) 与肾细胞癌 (RCC) 的发病机制有关。人们对这些药理相关类别的生物碱对 IFIT5 的抑制作用知之甚少。因此，我们确定了这些生物碱的 ADMET 特性，以及它们对 IFIT5 的抑制潜力。从 PubChem 中检索到 50 种生物碱。IFIT5 的结构是从蛋白质数据库中获得的，并使用 Biovia Discovery Studio 进行处理以消除非标准分子。使用 PyRx 进行分子对接以评估蛋白质-配体复合物的结合亲和力，而使用 AdmetSAR 和 swissADME 进行 ADMET 分析。对接结果显示，所有 50 种选定的生物碱均表现出较高的 IFIT5 结合效果，范围从 -7.1 到 -11.0 kcal/mol，超过二（羟乙基）醚共结晶配体（-3.9 kcal/mol），其中 nortopsentin A 成为最有希望的候选药物。此外，前五种 IFIT5 结合生物碱中的四种（nortopsentin A、stylopine、氧化苦参碱和脱氧微管蛋白）表现出良好的类药物特性。这些生物碱（尤其是 nortopsentin A）表现出的良好类药物特性和强大的 IFIT5 结合影响凸显了它们在开发用于靶向 RCC 治疗的选择性 IFIT5 抑制剂的临床前/临床试验中的潜力。关键词：肾细胞癌，IFIT5，生物碱，结合亲和力，药代动力学，毒性介绍肾细胞癌 (RCC) 是一种隐匿性肿瘤，约占全球癌症诊断和死亡的 2% (Padala 等人，2020 年)。RCC 的一个独特特征是许多患者通常无症状；据估计，超过 50% 的患者在因无关问题进行影像学检查时被偶然诊断出患有 RCC (Rosner 等人，2021 年)。与 RCC 相关的几个主要风险因素包括吸烟、体重过重、饮酒、高血压、糖尿病、慢性肾病，以及遗传因素，例如 von Hippel-Lindau (VHL) 肿瘤抑制基因突变 (Al-Bayati 等人，2019 年)。大多数肾细胞癌发生在肾脏皮质，由肾小球、肾小管和集合管组成（El-Zaatari 等人，2020 年）。发达国家的肾细胞癌病例通常通过影像学诊断，只有 10% 的患者出现经典的三联症状，包括血尿、腰痛、可触及的肿块、发热、体重减轻和白细胞增多（Satwikananda 等人，2023 年）。
新型 Siglec-15-Sia 轴抑制剂通过靶向 miR-6715b-3p 和致癌基因导致结直肠癌细胞死亡
Siglecs 是众所周知的癌症免疫治疗靶点。目前的检查点抑制剂疗效有限，因此需要针对 Siglec-15 等靶点的新型疗法。目前，针对 Siglec-15 的小分子抑制剂尚未与涉及 CRC 进展的 microRNA 的特征性调控机制一起进行探索。因此，体外阐明了针对 Siglec-15 的小分子抑制剂，并研究了 microRNA 介导的抑制剂作用。我们的研究结果表明，SHG-8 分子对细胞活力、迁移和菌落形成具有显着的细胞毒性，IC 50 值约为 20µM。SHG-8 暴露在体外诱导 SW480 CRC 细胞晚期凋亡。值得注意的是，miR-6715b-3p 是高通量测序中上调最多的 miRNA，这也通过 RT-qPCR 进行了验证。 MiR-6715b-3p 可能调节 PTTG1IP，这是一种潜在的致癌基因，已通过 RT-qPCR 和计算机模拟分析进行了验证。此外，分子对接研究显示 SHG-8 与 Siglec-15 结合口袋相互作用，结合亲和力为 -5.4 kcal/mol，突出了其作为小分子抑制剂的作用。重要的是，Siglec-15 和 PD-L1 在相互排斥的癌细胞群中表达，表明与 PD-L1 拮抗剂联合治疗的潜力。
孟加拉国气候变化对稻米市场和农户的影响
BBS Bangladesh Bureau of Statistics BCCSAP Bangladesh Climate Change Strategy and Action Plan BRKB Bangladesh Rice Knowledge Bank CCTF Climate Change Trust Fund cm Centimetre CO 2 Carbon dioxide FAO Food and Agriculture Organization GDP Gross Domestic Product gm Gram GoB Government of Bangladesh ha Hectares HIES Household Income and Expenditure Survey IAPP Integrated Agricultural Productivity Project IFAD International Fund for Agricultural Development IFPRI International Food Policy Research Institute INGOs International Non-Governmental Organizations IPCC Intergovernmental Panel on Climate Change kcal Kilocalories kg Kilogram km Kilometer MDGs Millenium Development Goals MoA Ministry of Agriculture MoFDM Ministry of Food and Disaster Management NGOs Non-Governmental Organizations o c Degree Celsius ppm Parts per million ppt Parts per thousand ROW Rest of the world可持续发展目标的可持续发展目标联合国联合国联合国联合国发展计划USDA美国农业部WB世界银行WFP世界食品计划$ DOLLLAR（US）％
使用基于片段的量子化学计算蛋白质-配体相互作用能量的收敛协议
基于碎片的量子化学方法提供了一种避免电子结构计算的非线性缩放的方法，因此可以使用高级方法研究大型分子系统。在这里，我们使用碎片来计算具有数千个原子的系统中的蛋白质-配体相互作用能，使用一种用于管理基于碎片的计算的新软件平台，该平台实现了屏蔽多体展开。使用最小基半经验方法 (HF-3c) 进行的收敛测试表明，使用单残基碎片和简单氢帽的二体计算足以重现使用传统超分子电子结构计算获得的相互作用能，误差在 1 kcal/mol 以内，计算成本约为 1%。我们还表明，HF-3c 结果说明了密度泛函理论在增强四倍 ζ 质量的基组中获得的趋势。碎片化的战略部署有利于融合生物分子模型系统与高质量电子结构方法和基组一起使用，将从头算量子化学引入迄今为止难以想象的规模的系统。这将有助于为机器学习应用生成高质量的训练数据。
![arXiv:2406.05197v1 [quant-ph] 2024 年 6 月 7 日 - Richerme Lab](/simg/0\0db710bf8a82f527a23d4a619f14c201a7da5092.png)
arXiv:2406.05197v1 [quant-ph] 2024 年 6 月 7 日 - Richerme Lab
具有波包时间演化的量子核动力学在经典上是难以处理的，被视为量子信息处理的一种有前途的途径。在这里，我们使用 IonQ 11 量子比特离子阱量子计算机 Harmony 来研究短强氢键系统中共享质子的量子波包动力学。我们还提供了分布式量子计算在化学动力学问题中的第一个应用，其中分布式量子过程集是使用张量网络形式构建的。对于一系列初始状态，我们通过实验驱动离子阱系统来模拟量子核波包沿电子结构产生的势表面演化。在实验创建核波包之后，我们提取了测量可观测量，例如其时间相关的空间投影及其特征振动频率，与经典结果非常吻合。通过量子计算获得的振动本征能量与通过经典模拟获得的振动本征能量相一致，误差在千卡/摩尔的几分之一以内，因此表明具有化学准确性。我们的方法为研究分子的量子化学动力学和振动光谱开辟了一个新范式，也为分布式离子阱量子计算机上的并行量子计算提供了首次演示。
符合与疾病相关的营养不良患者的高蛋白和能量浓密的口服营养补充剂：一项随机开放标签跨界试验
患者有资格参加试验，如果他们年龄在18岁以上，则根据主观全球评估（SGA类别B和C）的营养不良或怀疑营养不良，具有高能量的要求，因此需要摄入两个ONS的瓶装/天（≥2kcal/ml）的摄入量为8周（≥2kcal/ml）。如果处于以下任何情况下，则将其包括在内：在纳入前一个月未接受手术的肿瘤患者，包括头部和颈部，食道，胃，胰腺或结肠癌；接受手术少于1个月的手术患者，包括所有类型的手术过程；以及其他被诊断为良性食管狭窄，慢性辐射炎和非符合性颌面病变，囊性纤维化，人类免疫缺陷病毒（HIV），吸收不良综合症，溃疡性结肠炎，克罗恩病，克罗恩病，克罗恩病，菲斯塔尔，菲斯塔尔·普尔匹马，concdive contive contricion consputive stricienction（Chronic op Puctivicion contive Puctivicion（Chronic obsitive）， （CHF），或者计划在不少于2个月内进行大手术或移植。手术患者除外，根据该站点的标准程序，其他患者
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 的凝血调节剂用于治疗 COVID-19：一种计算机模拟方法
PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接：（i）检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构（PDB 6Y2E）中缺失的原子、键和接触，去除水分子并使用以下参数进行能量最小化，力场：Amber ff14SB，最陡下降步长：100，最陡下降步长：0.02 Å，共轭梯度步长：10，共轭梯度步长：0.02 Å，使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。（4）该最小化结构用作对接分析的受体。（ii）将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。（iii）配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中，网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点，其尺寸为 Å：中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58)，尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
植物化学分析玛丽安玛丽亚花
植物中的抽象二级代谢产物，识别，量化和确定植物的生物学活性，可以在药理学，食品和化妆品等不同领域使用植物。不同的色谱法（例如GC-MS/MS）（挥发性化合物，脂肪酸）和LC-MS/MS（酚类化合物）用于识别和量化这些次级代谢物。silybum marianum是Asteraceae家族的成员，自然成长。在公众中以蓟，玛丽·索恩和乳白色的肯格尔等名字而闻名。在这项研究中，通过GC-MS/MS分析了玛丽亚己烷链球菌提取物，并通过LC-MS/MS分析了甲醇 - 氯仿（1：1 v/v）提取物。通过GC-MS/MS确定棕榈酸甲酯（17.96％），亚油酸甲基酯（14.20％）和替奎酸（10.22％）。此外，LC-MS/MS分析导致绿原酸（250.171 µg/g提取物），水杨酸（234.95 µg/g提取物），等奎尔辛林（210.65 µg/g提取物）和rutin（102.05 µg/g提取物）。根据分析结果，分别检测到棕榈酸和氯化酸为脂肪酸和酚类化合物的主要成分。分子对接被应用以确定它们与尿素酶的相互作用。棕榈酸和与尿素酶相互作用的相互作用计算为-104.63和-113.21，结合能分别为-3.70，分别为-6.50 kcal/mol。根据结果，绿原酸可能是尿素酶抑制剂。silybum marianum asteraceaefamilyasınınbirüyesidirvedoğalOalarakYatişir。本质植物中的二级代谢产物定义，测量和确定植物的生物学活性，使植物可以在药理学，食品和化妆品等不同领域中使用。不同的色谱方法，例如GC-MS/MS（精油，脂肪酸）和LC-MS/MS（酚类化合物）来识别和测量这些次级代谢产物。在人民中，大陆，玛丽·索恩（Mary Thorn）以牛奶的肯格尔（Kengel）的名字而闻名。在这项研究中，用GC-MS/MS和甲醇 - 氯仿（1：1 v/v）分析了Marianum Hexan提取物，用LC-MS/MS分析。棕榈酸甲酯（17.96％），亚油酸甲基酯（14.20％），西替醇（10.22％）化合物由GC-MS/MS确定。还导致LC-MS/MS分析，绿原酸（250.171 µg/g提取物），水杨酸（234.95 µg/g提取物），等肌酸，Isokerstrine（210.65 µg/g Extra）和（日常）和常规（102.05 µg/g提取物）。根据分析的结果，棕榈酸和酚类化合物被确定为脂肪酸为主要成分。分子编织以确定其与尿素酶的相互作用。含有尿素酶的棕榈酸和氯化酸分别鉴定为-103,16和-113,21。连接能量分别计算为-3.70和-6.50 kcal/mool。根据结果，绿原酸可能是尿素酶抑制剂。