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DNA极性对其电子激发态放松的影响
1。Alberts，b。约翰逊（Johnson）刘易斯（J。）；拉夫（M。）罗伯茨，K。 Walter，P。DNA的结构和功能。 在细胞的分子生物学中，第四版。 ;加兰科学：纽约，2002年。 2。 Hazel，P。; Huppert，J。； Balasubramanian，S。； Neidle，S。循环长度依赖性g-四链体的折叠。 J. am。 化学。 Soc。 2004，126，16405-16415。 3。 Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。 生物聚合物2012，97，950-962。 4。 sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。 D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。 J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Alberts，b。约翰逊（Johnson）刘易斯（J。）；拉夫（M。）罗伯茨，K。 Walter，P。DNA的结构和功能。在细胞的分子生物学中，第四版。;加兰科学：纽约，2002年。2。Hazel，P。; Huppert，J。； Balasubramanian，S。； Neidle，S。循环长度依赖性g-四链体的折叠。J.am。化学。Soc。2004，126，16405-16415。 3。 Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。 生物聚合物2012，97，950-962。 4。 sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。 D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。 J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。2004，126，16405-16415。3。Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。生物聚合物2012，97，950-962。4。sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。J. Mol。结构。2014，1075，49-52。5。Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。proc。natl。Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Acad.Sci。U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。U.S.A. 1998，95，9843-9848。6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。基因开发。1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。1998，12，2598-2609。7。Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。PLOS ONE 2012，7。8。nucl。lin，Y。H。; Chu，C.C。; Fan，H。F。; Wang，P。Y。； Cox，M。M。; Li，H。W.在没有ATP水解的情况下，5到3链交换极性是RECA核蛋白丝的内在性。ac。res。2019，47，5126-5140。9。saito，i。;高山Sugiyama，H。； Nakatani，K。通过电子传递通过电子传递进行了光诱导的DNA裂解 - 表明位于5'鸟嘌呤的鸟嘌呤残基是最含电子的位点。J.am。化学。Soc。1995，117，6406-6407。
可访问，可再现和协作生物医学分析的星系平台：2018 Update
星系（主页：https：//galaxyproject.org，主要公共服务器：https：//usegalaxy.org）是一个基于Web的科学分析平台，该平台由全球科学家的数十种科学家使用，全世界的科学家都在全球范围内进行了大型生物媒体数据集，例如在基因组学中分析的大型生物学数据集中，并且是基因组学，protolomics和potsoic of potsololomics and Impecol＆Metsoil of Impecol of Metsoil of Metimol of nevem of nevimol of。始于2005年，Galaxy继续专注于数据驱动的生物医学科学的三个主要挑战：所有研究人员都可以访问分析的分析，对分析的分析是完全可重现的，并且可以简单地进行分析，以便可以重复使用并扩展它们。在过去的两年中，Galaxy团队和Galaxy周围的开源社区已为Galaxy的核心框架，用户互间，工具和培训材料做出了实质性的证明。框架和用户界面改进现在使Galaxy可以用于分析数以万计的数据集，并且现在可以从Galaxy工具设置中获得> 5500个工具。Galaxy Community努力创建众多针对常见类型的基因组分析类型的高质量教程。Galaxy De-Veloper和用户社区继续增长，并且是Galaxy的开发不可或缺的一部分。星系公共服务器的数量，开发人员为
在美国中西部与其他男人发生性关系的黑人/非洲裔美国男人中，暴露前的预防侵害：系统评价
截至2022年，在美国中西部，男性（79.3％）和黑人（41.6％）更有可能患有艾滋病毒，而男性到男性的性接触（79.2％）是最常见的传播方式。另外，新艾滋病毒中十分之一（81.6％）中有八种是MSM（9）。此外，BMSM比非西班牙裔白人更负担HIV。，Mustanki及其同事在他们的队列研究中发现，HIV在BMSM中比其西班牙裔和非西班牙裔白人对同行更为普遍（10）。同样，BMSM患HIV的可能性是爱荷华州的非西班牙裔白人的10倍（11）。缺乏用于艾滋病毒预防性护理，历史歧视和结构性种族主义的医疗保险，例如制度种族主义和同性恋恐惧症，是美国艾滋病毒差异的根本原因（12，13）。
可访问，可重复和协作数据分析的银河平台：2024 Update
摘要星系（https://galaxyproject.org）全球范围内消失，主要是通过免费使用服务，支持每年扩大范围的用户驱动研究。用户被platf orm st abilit y，工具和参考dat Aset y多样性，培训，支持和集成的公共星系服务吸引，这可以实现复杂，可重复的，可共享的数据分析。应用用户体验设计的原理（UXD），已驱动了可访问性，通过Galaxy Labs / subdomains的工具访问性以及重新设计的Galaxy Toolshed驱动的。Galaxy工具功能正在以两个战略方向发展：整合通用图形处理单元（GPGPU）访问尖端方法和许可的工具支持。通过在银河系中开发更多的工作流程并通过为公共银河服务提供资源来运行它们，从而增加了与全球研究财团的参与。Galaxy Training网络（GTN）投资组合的规模和可访问性通过学习路径和与培训课程中功能的Galaxy工具的直接集成。代码v elopment继续与Galaxy项目路线图保持一致，并提供了工作调度和用户Interf ACE的精力。环境影响评估还可以帮助用户和De V Elopers吸引他们，通过显示每个星系作业产生的估计的CO 2排放，使他们想起了他们在维持Ainabilit y中的作用。
Galaxy中的RNA-Seq数据分析
近年来，RNA测序（简短的RNA-Seq）已成为一种非常广泛的技术，可以分析一个不断变化的细胞转录组，即一个细胞或一个细胞中的所有RNA分子的集合。RNA-seq最常见的目标之一是通过鉴定两个或多个生物学条件之间差异表达（DE）的基因或分子途径来填充基因表达。从RNA-seq数据中检测DE基因和途径的计算工作流量需要使用多种命令行工具和大多数用户可能无法访问的大量计算资源。Galaxy [1]是一个强大且易于使用的基于Web的平台，用于科学数据分析。分析中的步骤是通过运行Galaxy工具执行的，该工具描述了如何将命令行软件的参数转换为用户友好的Web界面。图形网络界面以及大量高质量，社区开发和维护的工具和培训材料，可以为新手和专家用户进行快速的交互式分析。对于分析的每个步骤，Galaxy捕获了几个元数据（例如，工具标识和版本，输入和参数）启用
增强的TP53重新激活破坏了MYC转录程序，并克服了急性髓样白血病中的Venetoclax耐药性
肿瘤抑制剂TP53经常在癌症中以突变的方式灭活，并通过抑制其阴性调节剂来重新激活。我们在这里cotarget MDM2和核出口XPO1至p53的最大转录活性。MDM2/XPO1抑制积累了核p53，并引起其转录靶标25至60倍。TP53调节MYC，MDM2/XPO1抑制作用破坏了C- MYC调节的转录组，从而导致急性髓样白血病（AML）的凋亡的协同诱导。出乎意料的是，耐Venetoclax的AML表达高水平的C-MYC，并且容易受到MDM2/ XPO1抑制体内的抑制作用。然而，MDM2/XPO1抑制后持续存在的AML细胞表现出静止和应激反应 - 相关表型。venetoclax克服了这种抗性，如单细胞质量旋转术所示。MDM2，XPO1和BCl2的三重抑制作用非常有效，对抗Venetoclax的AML体内。我们的结果提出了一种新型的，高度可翻译的治疗方法，利用p53重新激活以过度反应，反应适应压力的静脉抗体耐药性。
用于开发，部署和执行银河系和超越
用于科学数据分析的各个方面都有成千上万个维护良好的高质量开源软件实用程序。十多年来，Galaxy项目一直为这些工具提供计算基础架构和统一的用户界面，以使其可供广泛的研究人员使用。为了简化尽可能多的集成工具和集成工作流程的过程，我们开发了PlaneMo，这是一种用于工具和工作流开发人员和Galaxy Power用户的软件开发套件。在这里，我们概述了Planemo的实施，并描述了其用于设计，测试和执行Galaxy工具，工作流程和培训材料的广泛功能。此外，我们讨论了哲学的基础星系工具和工作流程开发，以及Planemo如何鼓励使用开发最佳实践，例如测试驱动的开发，包括那些不是专业软件开发人员的人。
放松和惩罚：一种新型的双重二元超参数优化方法
近年来，双重方法已经非常受欢迎，可以在机器学习模型的有效估计高维超参数上。迄今为止，二进制pa-Rameters是通过连续放松和四舍五入策略来处理的，这可能导致解决方案不一致。在这种情况下，我们通过基于适当的罚款术语求助于等效的连续二线重新构造，以应对混合二元超参数的挑战优化。我们提出了一个算法框架，在合适的假设下，可以保证提供混合二进制解决方案。此外，该方法的一般性允许在提议的框架内安全地使用现有的连续折叠求解器。我们评估了两个特定的机器学习问题的方法的性能，即，回归问题中的群 - 符号结构的估计和数据蒸馏问题。报告的结果表明，我们的方法具有基于放松和舍入的最新方法竞争。
对矩阵加权状态的半决赛放松 -
摘要 - 近年来，在所谓的可认证感知方法的发展中取得了显着进步，这些方法利用半闪烁，凸出放松，以找到对机器人技术中的感知问题的全球最佳选择。然而，其中许多放松依赖于简化促进问题制定的假设，例如各向同性测量噪声分布。在本文中，我们探讨了矩阵加权（各向异性）状态估计问题的半决赛松弛的紧密性，并揭示了其中潜伏在其中的局限性：基质加权因素会导致凸的松弛因失去紧密度。特别是我们表明，矩阵权重的本地化问题的半决赛松弛仅对于低噪声水平可能很紧。为了更好地理解这个问题，我们引入了状态估计的后验不确定性与通过凸面重新获得的证书矩阵之间的理论联系。考虑到这种联系，我们从经验上探讨了导致这种损失的因素，并证明可以使用冗余约束来恢复它。作为本文的第二项技术贡献，我们表明，当考虑矩阵重量时，不能使用标量加权大满贯的状态放松。我们提供了一种替代配方，并表明其SDP松弛并不紧密（即使对于非常低的噪声水平），除非使用特定的冗余约束。我们在模拟和现实世界数据上证明了制剂的紧密度。
Bcl2抑制剂Venetoclax通过树突状细胞激活介导抗癌作用
1 Cordeliers研究中心，由反对癌症联盟，巴黎大学，索邦大学，Inserm U1138，Inserm u1138，法国德国法国大学的INSERM U1138标签； 2个代谢组学和细胞生物学平台，法国维勒维夫古斯塔夫·鲁西癌中心； 3法国维勒纽夫的Gustave Roussy癌症校园。laurence.zitvogel@gustaveroussy.fr。4国家卫生与医学研究所（INSERM）UMR 1015，诊所，标记为法国维勒维夫的癌症结尾。laurence.zitvogel@gustaveroussy.fr。5癌症生物疗法（Biotheris）1428的临床研究中心，法国维勒维夫。laurence.zitvogel@gustaveroussy.fr。6巴黎 - 萨克莱大学，法国Gif-Sur-Yvette。7欧洲医院癌症研究所的生物学系，欧洲医院乔治·庞皮杜，法国巴黎，阿帕斯。