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分析M6a相关的LNCRNA用于预后和...
背景：RNA甲基化修饰是以表观遗传学方式调节的重要后翻译后修饰。最近，n 6-甲基腺苷（M 6 A）RNA修饰已成为肿瘤生物学的潜在表观遗传标记。方法：LIHC的基因表达和临床病理数据是从癌症基因组图集（TCGA）数据库中获得的。使用PERL和R软件通过基因表达分析确定长期非编码RNA（LNCRNA）和M 6 A与M 6与A之间的关系。共表达网络，并使用单变量COX回归分析鉴定了与预后相关的相关LNCRNA。然后将这些LNCRNA分为两个簇（群集1和群集2），以确定不同LNCRNA亚型之间的存活率，病原参数和免疫细胞浸润的差异。进行了最低的绝对收缩和选择算子（Lasso）进行回归分析和预后模型。HCC患者被随机分为火车组和测试组。根据模型的中位风险评分，HCC患者分为高风险和低风险组。我们使用火车组建立了模型，并通过测试组确认了模型。使用R软件分析了肿瘤突变负担（TMB），免疫逃避和免疫功能的M 6 A-LNCRNA。AL355574.1被确定为重要的M 6 A相关LNCRNA，并选择进行进一步研究。伤口愈合和Transwell分析用于确定细胞迁移能力。最后，进行了体外实验，以确认AL355574.1对HCC生物学功能和可能的生物学机制的影响。HUH7和HEPG2细胞，通过CCK-8，EDU和菌落形成测定法测量细胞增殖能力。MMP-2，MMP-9，E-钙粘着蛋白，N-钙粘着蛋白和Akt/mTOR磷酸化的表达水平均由Western blotting确定。结果：通过一致的聚类分析将具有显着预后值的LNCRNA分为两个亚型。我们发现lncRNA亚型之间的临床特征，免疫细胞浸润和肿瘤微环境（TME）显着差异。我们的分析表明，这些不同的LNCRNA亚型与免疫浸润和基质细胞之间的显着相关性。我们使用LASSO回归创建了最终风险概况，其中特别包括三个LNCRNA（AL355574.1，AL158166.1，TMCC1-AS1）。构建了由三个LNCRNA组成的预后特征，该模型显示出出色的预后预测能力。低风险队列的总生存期（OS）显着高于火车和测试组的高风险队列。两个风险评分[危险比（HR）= 1.062; P <0.001]和阶段（HR = 1.647; P <0.001）被视为通过单变量和多元COX回归分析的HCC预后独立指标。在HUH7和HEPG2细胞中，AL355574.1敲低抑制了细胞的增殖和迁移，抑制了MMP-2，MMP-9，N-钙粘着蛋白和AKT/MTOR磷酸化的蛋白质表达水平，但促进了E-Cadherin的蛋白质表达水平。
LNCRNA在大脑发育和发病机理中的作用 bárbaracarollo de almeida冬季crispr-cas9 e ... 使用EPCAM适体肿瘤抑制的乳腺癌免疫疗法 知识，态度和对登革热的实践 基于2- ... 的铜（ii）/diiminic复合物 病毒17-00035（1）.pdf
人类基因组被普遍转录，产生了大多数短而长的无编码RNA（LNCRNA），可以通过各种转录和转录后调节性机械性能影响细胞程序。大脑是长期非编码转录本的最富有的曲目，在中枢神经系统发育和体内稳态期间的每个阶段都起作用。功能相关的lncRNA的一个例子是在不同大脑区域中与时空组织的时空组织有关，这些物种在核水平以及特定神经元位点的其他转录本的运输，翻译和衰减中起着作用。在该领域的研究已经鉴定出了特定的LNCRNA对某些脑部疾病的贡献，包括阿尔茨海默氏病，帕克丁疾病，癌症和神经发育疾病，并赋予针对这些RNA的潜在治疗策略，以恢复正常现象的潜在治疗策略。在这里，我们总结了与大脑中LNCRNA相关的最新机械发现，重点是它们在神经发育或神经退行性疾病中的失调，它们用作中枢神经系统（CNS）疾病的生物标志物（CNS）疾病，体内和体内及其潜在的实用性及其对策略的潜在用途。
lncRNA 在水果和蔬菜中的新作用和机制
随着基因组测序技术的发展，水果和蔬菜中发现了许多长链非编码RNA（lncRNA）。lncRNA主要由RNA聚合酶II（Pol II）或植物特异性Pol IV/V转录和剪接，表现出有限的进化保守性。lncRNA通过基因表达调节、与激素和转录因子的相互作用、microRNA调控以及参与可变剪接等多种机制，对水果和蔬菜的各个方面进行复杂的调控，包括色素积累、生殖组织发育、果实成熟以及对生物和非生物胁迫的反应。本综述全面概述了lncRNA的分类、基本特征，最重要的是，对其功能和调控机制的最新进展进行了了解。
lncRNA在肿瘤微环境及黑色素瘤免疫治疗中的作用
黑色素瘤是恶性程度最高、转移性最强的肿瘤之一，免疫治疗和靶向治疗对黑色素瘤有一定的治疗作用，但相当一部分患者在治疗后仍然产生耐药性。最近的研究表明，长链非编码RNA（lncRNA）是公认的癌症调控因子，可以调控细胞增殖、转移、上皮间质转化（EMT）进展和免疫微环境等多种细胞过程。lncRNA在恶性肿瘤中的作用备受关注，而lncRNA与黑色素瘤的关系还有待进一步研究。本文综述了与黑色素瘤发生发展密切相关的抑癌和致癌lncRNA，总结lncRNA在免疫微环境、免疫治疗和靶向治疗中的作用，为临床治疗提供新的靶点和治疗方法。
鉴定阿尔茨海默氏病中不受管制的lncRNA
Non coding RNAs (ncRNAs), as long non coding RNAs (lncRNAs), circular RNAs (circRNAs) and microRNA (miRNAs) are key regulators of many cellular processes and are known to be widely expressed in the brain where they play crucial roles in proliferation, survival, metabolism and differentiation of neuronal cells ( Salta and De Strooper, 2017 ).在NCRNA中，LNCRNA在转录和转录后水平上的基因表达的新型表观遗传调节剂受到了越来越多的关注（Nadhan等，2022）。随着测序技术的进步，转录组学研究逐渐识别出新的LNCRNA，即使仍然缺乏全面的功能注释。据估计，大约40％的lncRNA在脑组织中特异性表达，它们参与了不同的脑生理功能（Zimmer-Bensch，2019; Srinivas et al。，2023）。在几种神经退行性病理中，LNCRNA的失调表达与神经元损伤有关，例如AD，帕金森氏病（PD），肌萎缩性侧面硬化症（ALS）和亨廷顿氏病（HD）（HD）（HD），但如何影响这些疾病的疾病，这些疾病是否仍未影响这些疾病的发作（srinivas et srinivas等）。到目前为止，在AD中，最有记录的LncRNA放松管制是lncRNA，是源自已知的AD相关基因的MRNA的反义转录，作为Bace1-AS，51A，17A和BC200，这些基因已直接参与A iposition和neuromation（Fagsphopphormation and neuromation and flagiration and a a a a iarlimation（fagsphoft）。等人，2012年； Ahmadi等人，2020年；此外，对死后人类大脑的转录组分析表明，尽管LNCRNA在疾病发作中的作用仍然难以捉摸，但AD患者的基因表达显着改变（Cain等，2023）。这一证据，以及他们对新的AD治疗策略的开采的可能性，逐渐要求对LNCRNA在AD中的作用进行更深入的研究（Balusu等，2023）。
Cuproptosis 相关 lncRNA 预测急性髓系白血病的预后
急性髓系白血病 (AML) 是成人中最常见的白血病类型，是一种源自造血祖细胞的恶性克隆性疾病 (1)。AML 的发生和发展常伴有多种基因异常，包括染色体异常如 t [8; 21]、inv [16]、t [15; 17]，基因异常如 FLT3 、 PDGFB 、 RUNX1 、 NPM1 、 CEBPA 、 ASXL1 (2)。近年来，临床医生除了强化化疗外，还重视靶向小分子抑制剂的应用，如 IDH1/IDH2 抑制剂、FLT3 抑制剂、BCL2 抑制剂和 Hedgehog 通路抑制剂 (3)。新兴的嵌合抗原受体-T 细胞 (CAR-T) 疗法、基于抗体的疗法和自然杀伤 (NK) 细胞疗法也带来了鼓舞 (1,4,5)。但脱靶效应、免疫逃逸和耐药性仍然不可避免（6），高危难治患者的缓解率仍然不足35%（7），占新发病例大多数的老年患者预后仍然不佳（8,9）。其中一个不可忽视的原因是白血病干细胞（LSC）的存在（10）。作为白血病的起源，LSC具有自我更新和分化的能力，它们大多处于静止期，存活信号通路异常，使它们能够逃避主要针对快速增殖细胞的常规化疗。因此，探索不损害正常造血细胞的LSC靶向疗法应是一种有效的策略（11）。
通过长的非编码RNA（LNCRNA）的转录后调节
从真核基因组中发现了数千种非编码RNA（NCRNA）已彻底改变了生物学的“中心教条”，并转移了对RNA作为调节分子的作用的关注，而不仅仅是基因组信息的传统介体。非编码RNA是不编码蛋白质的转录本，通常根据其平均大小（<或> 200 nt）分类为短或长。在几乎所有生物体中都发现了非编码RNA。其中，长期的非编码RNA（LNCRNA）在许多生物过程中在发育和疾病中起关键作用。自发现以来，lncRNA领域已经爆炸，而lncrnas的新作用不断出现，这使得他们的研究是研究任何水平的基因表达调节的优先事项。本期特刊涵盖了NCRNA场专家的七篇评论论文和一篇原始研究文章，并说明了LNCRNA在转录后层次调节基因表达的主要机制。此文章集提供了其多功能角色的完整概述，并在基因表达和相关细胞过程的调节中提出了额外的复杂性。lncRNA的长度，低表达和缺乏序列保守性经常代表其识别和表征的主要技术限制。在他们的评论中，Carter等。提供了详尽的指南，在硅和低到高的吞吐量实验方法中，以帮助研究人员面对这一挑战。Sadeq等。在扩散的大B细胞淋巴瘤细胞中发现他们还提供了关键的见解，以促进我们对LNCRNA如何参与肿瘤发生的理解[1]。已显示出多种RNA结合蛋白（RBP）与LNCRNA合作以调节基因表达。在评论中，Briata和Gherzi引起了人们对LNCRNA – RBP关联的复杂性的关注[2]。它们说明了LNCRNA-RBP复合物可以控制细胞中所有转录过程的各种机制。讨论了内源性LNCRNA相关的DSRNA结构的耐受性，而病毒衍生的DSRNA触发了一个复杂的防御网络；并进一步研究了自身免疫性疾病和癌症治疗的潜在影响[3]。在他们的综述中，Pisignano和Ladomery描述了LNCRNA有助于调节替代剪接的多种机制，以及它们的作用如何进一步增强了mRNA刺激变体的表达，从而增加了复杂生物体中蛋白质组织的多样性[4]。在更细胞质的环境中，卡拉卡斯和Ozpolat讨论了LNCRNA如何通过控制正常和肿瘤条件下的翻译因子和信号通路来影响mRNA的翻译[5]，而Sebastian-Delacruz等。强调了LNCRNA在调节mRNA稳定性和离职率方面的重要性，这是细胞过程和稳态的正确功能的基础[6]。在这方面，在本期特刊中提出的另一项工作中，Munz等。
吸烟者肺腺癌表观遗传调控 lncRNA 和 DNA 甲基化情况
在本研究中，我们利用来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的 184 个合格肺腺癌 (LUAD) 组织样本和 21 个正常肺组织样本的临床和甲基化/表达数据，鉴定了与肺腺癌 (LUAD) DNA 甲基化相关的长链非编码 RNA (lncRNA)。我们鉴定了 1865 个与正常肺组织、从不吸烟者 LUAD 组织和吸烟者 LUAD 组织的甲基化谱呈负相关的差异表达基因，同时使用相同标准鉴定了 1079 个差异表达的 lncRNA。使用独创性通路分析整合这些转录本，以确定与癌症直接相关的重要通路，表明 lncRNA 在致癌作用中起着至关重要的作用。当比较正常肺组织和吸烟者 LUAD 组织时，鉴定了 86 个候选基因，包括六个 lncRNA。通过比较从不吸烟者 LUAD 组织和吸烟者 LUAD 组织发现的 43 个候选基因中，有 13 个与正常肺组织相比也有所不同。然后，我们使用正常和肿瘤组织的基因表达 (GENT) 和正常和肿瘤组织的甲基化和表达数据库 (MENT) 数据库研究了这些基因的表达。我们观察到正常肺组织和吸烟者 LUAD 组织中 13 个基因的表达之间存在负相关性，而从不吸烟者和吸烟者 LUAD 组织之间有 5 个基因的表达存在负相关性。这些发现在临床标本中通过亚硫酸盐测序进一步验证，结果显示 AGR2 、 AURKB 、 FOXP3 和 HMGA1 显示出甲基化的边界差异。最后，我们探索了 DNA 甲基化、lncRNA 和基因表达之间的功能联系，以确定可能导致吸烟相关 LUAD 发病机制的可能靶点。总之，我们的研究结果表明差异表达的 lncRNA 及其靶转录本可以作为 LUAD 的潜在生物标志物。
EMT相关基因及lncRNA在结直肠癌预后、免疫及药物治疗中的作用综合分析
在TCGA数据中通过单因素cox-Lasso回归分析筛选出9个与预后相关的EMT-RDGs，计算各基因得分，以各基因表达量*风险得分构建CRC风险预后模型，将GEO数据对应值代入公式验证模型效果（Riskscore=TCF15*0.006387445+SIX2*0.000957825+NOG*0.016976643+FGF8*0.047052635+TBX5*0.00178245+SNAI1*0.000456714+PHLDB2*1.08E-05+TIAM1*6.55E-05+TWIST1*6.70E-05）。将GEO数据对应值代入上式验证模型，TCGA训练集低危组总生存期（OS）较长（图2A、C）、GSE40967（HR=0.54857，95%CI=0.41328-0.72814）（图3B）、GSE12954组