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基于尿液系统泛 - 伴侣中与库相关的LNCRNA的预后和免疫疗法的构建和预测预测
单变量和多元COX回归分析。我们确定年龄，性别，T阶段和风险评分是独立的预后因素（图6a-b）。接下来，产生了包含风险评级和独立预后因素的列诺图，以预测1、3和5年的OS发生率（图。6C）。 红线指示了20名患者和NOMO分数以及1、3和5年OS发病率的信息。 NOMO在低风险组中的得分低于高风险组（图 6d）。 风险评分的AUC是所有因素中最大的。 进行一致性指数和ROC分析，以预测风险评分在预测泌尿系统患者预后时的唯一性和敏感性。 风险评分的一致性指数和ROC曲线下的面积（AUC）是风险评分的最高（图） 6e-f）。6C）。红线指示了20名患者和NOMO分数以及1、3和5年OS发病率的信息。NOMO在低风险组中的得分低于高风险组（图6d）。风险评分的AUC是所有因素中最大的。一致性指数和ROC分析，以预测风险评分在预测泌尿系统患者预后时的唯一性和敏感性。风险评分的一致性指数和ROC曲线下的面积（AUC）是风险评分的最高（图6e-f）。
无偏 lncRNA 缺失 CRISPR-Cas9 筛选显示 RP11-350G8.5 是多发性骨髓瘤的新治疗靶点
Katia Grillone（意大利Catanzaro的Magna Graecia）Serena Ascrizzi（意大利卡塔萨罗大学的Magna Graecia）Paolo Cremaschi（计算生物学研究中心，意大利人类技术研究中心）意大利的人类technopole罗伯塔·罗卡（Roberta Rocca）（意大利卡塔扎罗大学的麦格纳·格雷西亚（Magna Graecia））Caterina riillo（意大利卡塔萨罗大学的Magna Graecia）Francesco Conforti（意大利Cosenza，Cosenza，Annunziata Hospital） Ele caracciolo（意大利卡坦扎罗大学的Magna Graecia大学）Stefano Alcaro（意大利卡塔萨罗的Magna Graecia” Bruno Pagano（那不勒斯大学）费德里科二世大学，意大利） Antonio Randazzo（那不勒斯费德里科二世大学，意大利） Pierosandro Tagliaferri（大希腊大学，意大利） Francesco Iorio（人类科技城，意大利） Pierfrancesco Tassone（大希腊大学，意大利）
研究论文 识别葡萄膜黑色素瘤中预后的脂肪酸代谢 lncRNA 和潜在的分子靶向药物
背景 .本研究旨在通过整合生物信息学分析，寻找预测葡萄膜黑色素瘤预后的脂肪酸代谢lncRNA及潜在的分子靶向药物。方法 .本研究获取了309个FAM-mRNA的表达矩阵，通过共表达网络分析，鉴定出225个FAM-lncRNA，并进行单变量Cox分析、LASSO回归分析和交叉验证，最终得到由4个PFAM-lncRNA（AC104129.1、SOS1-IT1、IDI2-AS1、DLGAP1-AS2）组成的优化UVM预后预测模型。结果 .生存曲线显示，在预后预测模型中，训练队列、测试队列及所有患者中高危组UVM患者的生存时间均显著低于低危组（P<0:05）。进一步进行风险预后评估，结果显示，在训练队列、测试队列及所有患者中高危组的风险评分均显著高于低危组（P<0:05），随着风险评分的增加，患者生存率降低、死亡人数增加；AC104129.1、SOS1-IT1、DLGAP1-AS2为高危PFAM-lncRNA，IDI2-AS1为低危PFAM-lncRNA。随后，我们通过PCA分析和ROC曲线进一步验证了模型预测预后的准确性和预后价值。结论。我们鉴定出24种潜在的分子靶向药物，这些药物在高危和低危UVM患者之间具有显著的敏感性差异，其中13种可能是高危患者的潜在靶向药物。我们的研究结果对高危UVM患者的早期预测和早期临床干预具有重要意义。
使用新的稀疏监督自动编码器神经网络
基于CRISPR的单细胞转录组筛选是有效的遗传工具，可同时评估由一组指南RNA（GRNA）靶向的细胞的表达式，并从观察到的扰动中推断靶基因函数。然而，由于各种局限性，这种方法在检测弱扰动方面缺乏灵敏度，并且在研究主调节器（例如转录因子）时基本上是可靠的。为了克服检测微妙的GRNA诱导的转录组扰动和对响应最快的细胞进行分类的挑战，我们开发了一种新的监督自动编码器神经网络方法。我们稀疏的监督自动编码器（SSAE）神经网络提供相关特征（基因）和实际扰动细胞的选择。我们将此方法应用于基于基于缺氧的长期非编码RNA（LNCRNA）的子集的基于内部单细胞CRISPR干扰（CRISPRI）转录组筛查（CROCPRI）转录组筛选（CROP-SEQ），该子集受缺氧调节的疾病，该疾病在肺腺癌（Lung adenacoarcinoma）（LUAD）的背景下促进了肿瘤的侵略性和耐药性。针对LNCRNA的子集进行了经过验证的GRNA的农作物序列库，并且作为阳性对照，HIF1A和HIF2A（低氧反应的2个主要转录因子）在3、6或24 h期间在正态氧中培养的A549 LUAD细胞中转导的2个主要转录因子。我们首先通过确定在低氧反应的时间开关期间确定其敲低的特定效应，从而验证了HIF1A和HIF2上的SSAE方法。接下来，SSAE方法能够检测出稳定的短缺氧依赖性转录组特征，该特征是由某些LNCRNA候选者的敲低诱导的，表现优于先前发表的
长的非编码RNA在植物免疫中的作用
au：PleaseconfirmthatalleheadinglevelsarerepresentedCorrectedCorcely：稳健的植物免疫系统受蛋白质编码基因和非编码RNA的微调。长的非编码RNA（LNCRNA）是指rNA，其长度超过200 nt，通常没有蛋白质编码功能，并且不属于任何其他众所周知的非编码RNA类型。LNCRNA的非蛋白质编码，低表达和非保守特征限制了它们的识别。尽管对植物中LNCRNA的研究处于早期，但新兴的研究表明，植物采用LNCRNA来调节植物免疫。响应应力，差异表达了许多LNCRNA，这表现出低表达LNCRNA的作用，并使植物 - 微生物/昆虫相互作用成为研究LNCRNA功能的方便系统。在这里，我们总结了植物LNCRNA的当前进展，讨论它们在植物免疫的不同阶段的调节作用，并突出了它们在各种植物 - 微生物/昆虫相互作用中的作用。这些见解不仅会增强我们对lncrnas在植物 - 微生物/昆虫相互作用中的作用和作用的理解，而且还提供了对植物免疫反应的新见解，也可以为该领域的进一步研究提供基础。
长链非编码 RNA 及其在糖尿病肾病中的治疗前景
大规模 RNA 测序和全基因组分析项目的最新进展揭示了一组异质性 RNA，统称为长链非编码 RNA (lncRNA)，它们在许多不同的生物过程中发挥着核心作用。重要的是，据报道，lncRNA 的异常表达与多种人类病理学有关，包括多种肾脏疾病。这些观察结果提出了 lncRNA 可能代表肾脏疾病尚未开发的潜在治疗靶点的可能性。然而，关于 lncRNA 的功能及其对肾脏疾病的影响的几个重要问题仍有待仔细解决。在这里，我们概述了 lncRNA 的主要功能和作用机制，以及它们作为肾脏疾病治疗靶点的前景，强调了一些最典型的 lncRNA 在糖尿病肾病的发病机制和进展中的作用。
长非的功能作用和治疗潜力...
长链非编码 RNA (lncRNA) 是长度超过 200 个核苷酸且不会翻译成蛋白质的 RNA。众所周知，小的非编码 RNA，例如微小 RNA (miRNA)，可调节基因表达并在胆管病中发挥重要作用。最近的研究表明，lncRNA 也可能在胆管病的病理生理学中发挥关键作用。胆管病患者通常在晚期发展为胆管癌 (CCA)，这是一种胆管细胞衍生的癌症。胆管细胞是治疗胆管病和 CCA 发展的主要目标。先前的研究表明，胆管病或 CCA 组织的肝脏中 lncRNA 的表达水平发生了改变。一些 lncRNA 通过抑制导致肝病或胆管疾病进展的 miRNA 的功能来调节基因表达，这表明 lncRNA 可能是这些疾病的新治疗靶点。本综述总结了目前对 lncRNA 在胆管疾病中的功能作用的理解，并探索了它们作为新疗法的潜力。
通过作用长
高吞吐量测序技术和色度状态图表明，真核细胞产生了许多非编码转录本1-3。任意定义为200多个不属于任何其他明确定义的非编码RNA的核苷酸的转录本，例如核糖体RNA。通过各种机制，LNCRNA与各种细胞过程有关，包括转录调控，分化，细胞重编程和许多其他细胞（在其他地方4-6中综述）。具有不同水平的证据，LNCRNA也与各种人类疾病有关7 - 9。lncRNA由RNA聚合酶II（POL II）转录，它们的生物发生与mRNA相似，因为它们被封闭和聚腺苷酸化。lncRNA通常也被剪接，尽管它们的外显子数和剪接效率平均低于mRNAS 10-13的外显子数。然而，由于LNCRNA主要由排除标准定义，因此注释为lncRNA的基因包含许多不同的子基团，体现了多样化的结构性和功能特征。将LNCRNA分配给不同的官能团对于识别常见的原理至关重要，因此在开始阐明其角色时，构成了关键步骤。这一步骤仍然非常挑战，在过去十年的LNCRNA研究中取得了有限的进展。一种类型的LNCRNA分类基于LNCRNA相对于其转录位点功能的位置。他们的trans-作用LNCRNA被转录，处理，然后撤离其转录部位，以在其他地方（类似于mRNA）发挥其功能。
NHL和CLL中的PI3K抑制剂：未实现的承诺
目的：积累证据表明，长的非编码RNA（LNCRNA）在胃癌化学抗性（GC）中起着至关重要的作用。目前的系统评价总结了与化学抗性有关的LNCRNA的新兴作用，潜在目标或途径以及调节机制，并提出了LNCRNA作为GC的新治疗靶点的许多临床意义。方法：对参与GC化学抗性的LNCRNA的研究进行了系统的综述，直到2020年7月在PubMed和Web of Science数据库中进行了研究，并且详细概述了表达形式，在化学耐药性，靶或途径中的作用，相应的药物和相关LNCRNAS的潜在机制。结果：该系统综述总共包括48项研究。在这些研究中，有32个涉及单一耐药性，16个涉及多药耐药性（MDR）。收集的48项研究描述了GC药物耐药细胞中的38个LNCRNA，包括33个上调和5个下调的LNCRNA。顺铂（DDP）是研究最多的药物，LncRNA Malat1是与GC化学耐药性有关的研究最多的LNCRNA。GC中LNCRNA的化学耐药性的潜在机制主要包括凋亡的减少，自噬的诱导，DNA损伤的修复，促进上皮 - 间质转变（EMT）和相关信号通路的调控。结论：lncRNA在GC的化学上起着至关重要的作用，并且是该疾病的新型治疗靶标。迫切需要详细的化学抗性机制，翻译研究和临床试验GC中的LNCRNA。关键字：胃癌，GC，长的非编码RNA，LNCRNA，化学抗性，多药耐药性，MDR
长链非编码 RNA PTPRG- AS1 的过度表达与上皮性卵巢癌预后不良相关
长链非编码RNA（lncRNA）长度超过200个核苷酸，是一类新发现的基因转录副产物，由于缺乏开放阅读框6，其蛋白质编码功能有限。越来越多的研究表明，lncRNA通过转录和转录后水平等多种机制在基因调控中起着潜在的调节作用7。鉴于lncRNA对肿瘤相关基因的积极影响，其可能参与癌症进展也就不足为奇了8,9。近年来，利用高通量测序技术发现了越来越多在各类肿瘤中失调的lncRNA，随后通过RT-PCR实验进一步证实10,11。随后，许多功能实验表明，lncRNA可以作为肿瘤启动子或抑癌基因来调节肿瘤细胞行为12,13。 lncRNA 的频繁失调及其在肿瘤进展中的重要作用凸显了 lncRNA 作为新型生物标志物的巨大潜力 14,15 。LncRNA PTPRG 反义 RNA 1 (PTPRG-AS1) 是一种新发现的 lncRNA，由 Yi 等人首次在鼻咽癌中阐明其功能。16 。此前，PTPRG-AS1 也在肺癌和乳腺癌中表达 17,18 。然而，它们在上述两种肿瘤中的功能仍有待探索。到目前为止，PTPRG-AS1 是否在 EOC 中异常表达尚未得到证实。在这项研究中，我们首次提供了 PTPRG-AS1 在 EOC 组织中高表达的证据，并有可能作为 EOC 患者的新型预后生物标志物。